MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	AT	3	6	1407	1412	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
2	NC_012226	AT	3	6	1738	1743	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
3	NC_012226	TA	3	6	1769	1774	50 %	50 %	0 %	0 %	225350701
4	NC_012226	TA	4	8	2304	2311	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
5	NC_012226	AT	3	6	2466	2471	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
6	NC_012226	TA	3	6	2536	2541	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
7	NC_012226	TA	3	6	2716	2721	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
8	NC_012226	TA	3	6	2842	2847	50 %	50 %	0 %	0 %	225350702
9	NC_012226	TA	3	6	3022	3027	50 %	50 %	0 %	0 %	225350703
10	NC_012226	AT	3	6	3319	3324	50 %	50 %	0 %	0 %	225350703
11	NC_012226	AT	3	6	3666	3671	50 %	50 %	0 %	0 %	225350703
12	NC_012226	AT	3	6	4133	4138	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
13	NC_012226	AT	3	6	4169	4174	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
14	NC_012226	TA	4	8	4536	4543	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
15	NC_012226	AT	3	6	4544	4549	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
16	NC_012226	AT	3	6	4619	4624	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
17	NC_012226	AT	3	6	4850	4855	50 %	50 %	0 %	0 %	225350704
18	NC_012226	TA	3	6	5085	5090	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
19	NC_012226	TA	3	6	5284	5289	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
20	NC_012226	TA	3	6	5476	5481	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
21	NC_012226	AT	3	6	5632	5637	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
22	NC_012226	AT	3	6	5675	5680	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
23	NC_012226	TA	3	6	5746	5751	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
24	NC_012226	AT	3	6	5770	5775	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
25	NC_012226	TA	3	6	5862	5867	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
26	NC_012226	TA	3	6	5926	5931	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
27	NC_012226	TA	3	6	6316	6321	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
28	NC_012226	AT	3	6	6454	6459	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
29	NC_012226	AT	3	6	6555	6560	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
30	NC_012226	TA	3	6	6614	6619	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
31	NC_012226	AT	3	6	6657	6662	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
32	NC_012226	AT	3	6	6821	6826	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
33	NC_012226	AT	3	6	6835	6840	50 %	50 %	0 %	0 %	225350705
34	NC_012226	TA	3	6	7398	7403	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
35	NC_012226	TA	4	8	7431	7438	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
36	NC_012226	AG	3	6	7515	7520	50 %	0 %	50 %	0 %	225350706
37	NC_012226	TA	3	6	7594	7599	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
38	NC_012226	TA	3	6	7852	7857	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
39	NC_012226	TA	3	6	7993	7998	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
40	NC_012226	AT	3	6	8252	8257	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
41	NC_012226	AT	4	8	8325	8332	50 %	50 %	0 %	0 %	225350706
42	NC_012226	TA	3	6	8509	8514	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
43	NC_012226	TA	3	6	8859	8864	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
44	NC_012226	TA	3	6	9249	9254	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
45	NC_012226	AT	3	6	9272	9277	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
46	NC_012226	TA	3	6	9353	9358	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
47	NC_012226	TA	3	6	9651	9656	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
48	NC_012226	AT	3	6	9932	9937	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
49	NC_012226	AT	3	6	10067	10072	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
50	NC_012226	AT	3	6	10112	10117	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
51	NC_012226	TA	3	6	10143	10148	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
52	NC_012226	TA	3	6	10237	10242	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
53	NC_012226	TA	3	6	10277	10282	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
54	NC_012226	AT	3	6	10299	10304	50 %	50 %	0 %	0 %	225350707
55	NC_012226	AT	3	6	11770	11775	50 %	50 %	0 %	0 %	225350708
56	NC_012226	AT	3	6	12025	12030	50 %	50 %	0 %	0 %	225350709
57	NC_012226	AT	3	6	12322	12327	50 %	50 %	0 %	0 %	225350709
58	NC_012226	TA	4	8	12583	12590	50 %	50 %	0 %	0 %	225350709
59	NC_012226	AT	3	6	12968	12973	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
60	NC_012226	AT	3	6	12985	12990	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
61	NC_012226	AT	3	6	13464	13469	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
62	NC_012226	TA	3	6	13548	13553	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
63	NC_012226	AT	3	6	14659	14664	50 %	50 %	0 %	0 %	225350711
64	NC_012226	AT	3	6	14984	14989	50 %	50 %	0 %	0 %	225350711
65	NC_012226	AT	3	6	15502	15507	50 %	50 %	0 %	0 %	225350712
66	NC_012226	TA	4	8	16778	16785	50 %	50 %	0 %	0 %	225350713
67	NC_012226	AT	3	6	17345	17350	50 %	50 %	0 %	0 %	225350713
68	NC_012226	AT	3	6	17777	17782	50 %	50 %	0 %	0 %	225350714
69	NC_012226	AT	3	6	17976	17981	50 %	50 %	0 %	0 %	225350714
70	NC_012226	AT	4	8	18317	18324	50 %	50 %	0 %	0 %	225350714
71	NC_012226	TA	3	6	18566	18571	50 %	50 %	0 %	0 %	225350715
72	NC_012226	AT	3	6	18867	18872	50 %	50 %	0 %	0 %	225350715
73	NC_012226	CA	3	6	19026	19031	50 %	0 %	0 %	50 %	225350716
74	NC_012226	TC	3	6	19181	19186	0 %	50 %	0 %	50 %	225350716
75	NC_012226	TA	3	6	19326	19331	50 %	50 %	0 %	0 %	225350716
76	NC_012226	TA	3	6	21207	21212	50 %	50 %	0 %	0 %	225350718
77	NC_012226	AT	3	6	21461	21466	50 %	50 %	0 %	0 %	225350718
78	NC_012226	AT	3	6	21588	21593	50 %	50 %	0 %	0 %	225350718
79	NC_012226	AT	3	6	21796	21801	50 %	50 %	0 %	0 %	225350718
80	NC_012226	TA	3	6	22712	22717	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
81	NC_012226	TA	3	6	23026	23031	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
82	NC_012226	AT	3	6	23287	23292	50 %	50 %	0 %	0 %	225350719
83	NC_012226	CT	3	6	23485	23490	0 %	50 %	0 %	50 %	225350720
84	NC_012226	TA	3	6	23508	23513	50 %	50 %	0 %	0 %	225350720
85	NC_012226	AT	3	6	23644	23649	50 %	50 %	0 %	0 %	225350720
86	NC_012226	AT	3	6	23708	23713	50 %	50 %	0 %	0 %	225350720
87	NC_012226	TC	3	6	23729	23734	0 %	50 %	0 %	50 %	225350720
88	NC_012226	TA	4	8	23984	23991	50 %	50 %	0 %	0 %	225350720
89	NC_012226	AT	3	6	24579	24584	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
90	NC_012226	AT	3	6	24657	24662	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
91	NC_012226	TA	4	8	24859	24866	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
92	NC_012226	TA	3	6	24912	24917	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
93	NC_012226	AT	3	6	24949	24954	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
94	NC_012226	TA	3	6	25276	25281	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
95	NC_012226	TA	4	8	25432	25439	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
96	NC_012226	AT	3	6	25500	25505	50 %	50 %	0 %	0 %	225350721
97	NC_012226	TA	4	8	26029	26036	50 %	50 %	0 %	0 %	225350722
98	NC_012226	AT	3	6	26076	26081	50 %	50 %	0 %	0 %	225350722
99	NC_012226	AT	3	6	26176	26181	50 %	50 %	0 %	0 %	225350722
100	NC_012226	AG	3	6	26533	26538	50 %	0 %	50 %	0 %	225350722
101	NC_012226	TA	3	6	27130	27135	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
102	NC_012226	AT	3	6	27167	27172	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
103	NC_012226	TA	3	6	27271	27276	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
104	NC_012226	TA	3	6	27340	27345	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
105	NC_012226	TA	4	8	27607	27614	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
106	NC_012226	AT	3	6	27777	27782	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
107	NC_012226	TA	4	8	27814	27821	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
108	NC_012226	AT	4	8	27837	27844	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
109	NC_012226	TA	3	6	28048	28053	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
110	NC_012226	AT	3	6	28124	28129	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
111	NC_012226	AT	3	6	28146	28151	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
112	NC_012226	TA	5	10	28203	28212	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
113	NC_012226	AT	4	8	28432	28439	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
114	NC_012226	AT	3	6	28554	28559	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
115	NC_012226	AT	3	6	28626	28631	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
116	NC_012226	AT	4	8	28664	28671	50 %	50 %	0 %	0 %	225350723
117	NC_012226	TA	3	6	28925	28930	50 %	50 %	0 %	0 %	225350724
118	NC_012226	TA	3	6	29398	29403	50 %	50 %	0 %	0 %	225350724
119	NC_012226	TA	3	6	29415	29420	50 %	50 %	0 %	0 %	225350724
120	NC_012226	AT	3	6	29806	29811	50 %	50 %	0 %	0 %	225350724
121	NC_012226	TC	3	6	30139	30144	0 %	50 %	0 %	50 %	225350725
122	NC_012226	AT	3	6	31797	31802	50 %	50 %	0 %	0 %	225350727
123	NC_012226	TA	3	6	31835	31840	50 %	50 %	0 %	0 %	225350727
124	NC_012226	AT	3	6	31977	31982	50 %	50 %	0 %	0 %	225350727
125	NC_012226	AT	3	6	32006	32011	50 %	50 %	0 %	0 %	225350727
126	NC_012226	AT	3	6	32070	32075	50 %	50 %	0 %	0 %	225350727
127	NC_012226	TA	3	6	32168	32173	50 %	50 %	0 %	0 %	225350727
128	NC_012226	TA	3	6	32782	32787	50 %	50 %	0 %	0 %	225350728
129	NC_012226	TA	3	6	33390	33395	50 %	50 %	0 %	0 %	225350729
130	NC_012226	AT	3	6	34373	34378	50 %	50 %	0 %	0 %	225350729
131	NC_012226	AT	3	6	34738	34743	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730
132	NC_012226	AT	4	8	35021	35028	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730
133	NC_012226	AT	4	8	35246	35253	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730
134	NC_012226	TA	3	6	35306	35311	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730
135	NC_012226	AT	3	6	35583	35588	50 %	50 %	0 %	0 %	225350730

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.