MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 262

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	ATAAAA	2	12	8005	8016	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012225	TAATTT	2	12	11819	11830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012225	TAATTT	2	12	12162	12173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012225	TTTATA	2	12	16635	16646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012225	AATATT	2	12	23486	23497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012225	ATTATA	2	12	26281	26292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012225	TATATT	2	12	39984	39995	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012225	TATTAA	2	12	47755	47766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012225	TATTTT	2	12	81117	81128	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012225	TAAAAA	2	12	96693	96704	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012225	AATTGA	2	12	123563	123574	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012225	AAAAAT	2	12	130161	130172	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012225	ATATTT	2	12	155709	155720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012225	ATTAAA	2	12	174661	174672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012225	ATAATT	2	12	199929	199940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012225	TTTGAT	2	12	208744	208755	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012225	TAAAAA	2	12	216167	216178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012225	TTATAT	2	12	216337	216348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012225	TTTTTG	2	12	224211	224222	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012225	TATGAA	2	12	254434	254445	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012225	ATTAAA	2	12	257244	257255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012225	TGAAAT	2	12	285157	285168	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012225	TTTATT	2	12	286383	286394	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012225	TAAAAA	2	12	287396	287407	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012225	TATAAA	2	12	294499	294510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012225	AAATAT	2	12	306949	306960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012225	TTTATT	2	12	319337	319348	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012225	TTACAT	2	12	332370	332381	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012225	CTAATA	2	12	338764	338775	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012225	TAAAAT	2	12	340102	340113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012225	TAAAAA	2	12	350690	350701	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012225	TTTTTA	2	12	429086	429097	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012225	ATTAAA	2	12	439086	439097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012225	TAAAAA	2	12	466641	466652	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012225	TATTTT	2	12	498030	498041	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012225	TTATAA	2	12	540119	540130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012225	TATTAA	2	12	542592	542603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012225	TTTAAA	2	12	548611	548622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012225	TTATAT	2	12	551952	551963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012225	TAAAAT	2	12	565519	565530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012225	TTATAT	2	12	577259	577270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012225	AATAAA	2	12	593836	593847	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012225	ATTAAA	2	12	615365	615376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012225	TAATAT	2	12	618842	618853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012225	TTTATA	2	12	626360	626371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012225	AAAATA	2	12	631849	631860	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012225	TATTTT	2	12	653155	653166	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012225	TTTATA	2	12	655672	655683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012225	TATTTT	2	12	659191	659202	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012225	GCCCCA	2	12	662641	662652	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_012225	ATATAA	2	12	691438	691449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012225	TATAAT	2	12	696757	696768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012225	ATAAAA	2	12	699534	699545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012225	AATATA	2	12	759516	759527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012225	TATTAC	2	12	773290	773301	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_012225	TTATAA	2	12	780528	780539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012225	ATTAAA	2	12	781246	781257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012225	AAATTA	2	12	812273	812284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012225	TATAAT	2	12	828016	828027	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012225	AAAAAT	2	12	838570	838581	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012225	TAAATA	2	12	844322	844333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012225	TCATAC	2	12	864977	864988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012225	TATAAA	2	12	880954	880965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012225	AAAATT	2	12	882623	882634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012225	ATTATA	2	12	904013	904024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012225	TTTATT	2	12	906604	906615	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012225	ATTATA	2	12	923023	923034	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012225	ATAAAA	2	12	954696	954707	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012225	ATATTT	2	12	964183	964194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012225	AATATA	2	12	969189	969200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012225	TGTATA	2	12	976677	976688	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012225	ATTATA	2	12	982619	982630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012225	ATATTC	2	12	989506	989517	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_012225	TAATTT	2	12	1009309	1009320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012225	TTTTTA	2	12	1055450	1055461	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012225	AATAAA	2	12	1070736	1070747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012225	AGATTG	2	12	1072543	1072554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012225	TATTTT	2	12	1087824	1087835	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012225	AAAATT	2	12	1091176	1091187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012225	AAATAA	2	12	1091875	1091886	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012225	CTATAA	2	12	1096370	1096381	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012225	TTAAAA	2	12	1096564	1096575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012225	TAAAAA	2	12	1122693	1122704	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012225	GCATTT	2	12	1131841	1131852	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_012225	AATTAA	2	12	1145075	1145086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012225	TTTTTA	2	12	1151555	1151566	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012225	ACATAA	2	12	1162967	1162978	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012225	TTTAAT	2	12	1170074	1170085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012225	AGGCAG	2	12	1206326	1206337	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012225	ATCATT	2	12	1214707	1214718	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012225	TTTAAA	2	12	1218297	1218308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012225	TATTTA	2	12	1236565	1236576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012225	TCATTC	2	12	1274477	1274488	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_012225	TAAAAA	2	12	1278426	1278437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012225	TAAAAA	2	12	1298435	1298446	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012225	TATTTT	2	12	1299154	1299165	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012225	AAGCTA	2	12	1300563	1300574	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012225	TAAAAA	2	12	1329025	1329036	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012225	TTTATT	2	12	1331112	1331123	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012225	TAAAAA	2	12	1331936	1331947	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012225	ATTTTA	2	12	1334087	1334098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012225	TTTTTA	2	12	1337056	1337067	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012225	AATTTT	2	12	1356181	1356192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012225	ATTTAA	2	12	1363663	1363674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012225	AATTTT	2	12	1377220	1377231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012225	TAATTA	2	12	1395662	1395673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012225	TTTTTA	2	12	1400141	1400152	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012225	TAAAAA	2	12	1409565	1409576	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012225	TAATAT	2	12	1441115	1441126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012225	TTTTTA	2	12	1453934	1453945	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012225	ATAAAA	2	12	1464830	1464841	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012225	TATTTT	2	12	1470587	1470598	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012225	ATAAAA	2	12	1484172	1484183	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012225	ATTTAT	2	12	1485872	1485883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012225	CTCCTA	2	12	1496223	1496234	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_012225	TAAAAA	2	12	1497488	1497499	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012225	ATTATA	2	12	1525402	1525413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012225	CCTTAA	2	12	1535735	1535746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_012225	TATAAA	2	12	1550152	1550163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012225	TTTTAT	2	12	1577287	1577298	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012225	ATAAAA	2	12	1592253	1592264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012225	TTAACT	2	12	1603175	1603186	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_012225	TAAAAA	2	12	1632452	1632463	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012225	ATAATT	2	12	1663792	1663803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012225	AAATTA	2	12	1674154	1674165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012225	TTATTT	2	12	1685635	1685646	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012225	TTTTAA	2	12	1716346	1716357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012225	ATAAAA	2	12	1716706	1716717	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012225	ATAAAA	2	12	1735615	1735626	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012225	TTTTAT	2	12	1742236	1742247	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012225	TTTATT	2	12	1744961	1744972	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012225	TAAAAA	2	12	1780730	1780741	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012225	AATAAA	2	12	1792233	1792244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012225	TTTTAT	2	12	1816923	1816934	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012225	TTTATA	2	12	1817107	1817118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012225	ATTTTT	2	12	1817290	1817301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_012225	TTTAAA	2	12	1858639	1858650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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260	NC_012225	ATTTAC	2	12	2957457	2957468	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
261	NC_012225	TTTATT	2	12	2963816	2963827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_012225	ATTTAT	2	12	2999797	2999808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.