MICAS: Microsatellite Analysis Server

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 853

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	AAAAT	2	10	3930	3939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012225	AGAGG	2	10	4920	4929	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012225	TAAAA	2	10	9646	9655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012225	AAATA	2	10	11249	11258	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012225	GTATA	2	10	15837	15846	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012225	TAAAA	2	10	16582	16591	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012225	ATTTT	2	10	16711	16720	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012225	TAATT	2	10	17918	17927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012225	AAGTT	2	10	22001	22010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012225	ATTTT	2	10	25352	25361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012225	TTTTA	2	10	26317	26326	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012225	TAATT	2	10	27882	27891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012225	ATTTT	2	10	28682	28691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012225	ATTTT	2	10	28863	28872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012225	TAAAC	2	10	29961	29970	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012225	ATATT	2	10	31218	31227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012225	TATAA	2	10	32264	32273	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012225	ATAAA	2	10	35757	35766	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012225	TTTAT	2	10	52807	52816	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012225	TTTAA	2	10	67026	67035	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012225	AAATT	2	10	68129	68138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012225	TGTTA	2	10	77351	77360	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012225	TTTAA	2	10	81218	81227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012225	AATAA	2	10	89159	89168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012225	TAAAA	2	10	93621	93630	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012225	TTAAA	2	10	102303	102312	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012225	ATTTT	2	10	102626	102635	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012225	ATAAA	2	10	103826	103835	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012225	TATAA	2	10	105632	105641	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012225	TAAAA	2	10	116721	116730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012225	GTATA	2	10	120457	120466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012225	TAAAA	2	10	121504	121513	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012225	TACTA	2	10	123585	123594	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012225	TAATA	2	10	125821	125830	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012225	ATTAT	2	10	126977	126986	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012225	ATTAT	2	10	126995	127004	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012225	ATTTT	2	10	132683	132692	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012225	TATAA	2	10	133702	133711	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012225	AATTA	2	10	135893	135902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012225	AATTA	2	10	142979	142988	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012225	TACGC	2	10	144236	144245	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012225	ATTTT	2	10	145245	145254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012225	TAAAC	2	10	150869	150878	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012225	TATAA	2	10	154954	154963	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012225	TAAAA	2	10	171574	171583	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012225	ATTAA	2	10	171786	171795	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012225	ATTAT	2	10	181980	181989	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012225	TTTAA	2	10	183755	183764	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012225	TTTTA	2	10	185485	185494	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012225	TTTAA	2	10	190002	190011	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012225	ATAAA	2	10	190045	190054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012225	TATAT	2	10	192796	192805	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012225	TAAAA	2	10	194840	194849	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012225	ATATT	2	10	199964	199973	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012225	ATGAT	2	10	204886	204895	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012225	TAAAA	2	10	206901	206910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012225	ATTTT	2	10	208676	208685	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012225	AATAC	2	10	208863	208872	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012225	CTAAT	2	10	209782	209791	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012225	TTTTA	2	10	209845	209854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012225	TTAAA	2	10	212709	212718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012225	TAATA	2	10	218580	218589	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012225	TAATT	2	10	218832	218841	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012225	GTAAT	2	10	218969	218978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012225	TCTTT	2	10	220855	220864	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012225	TATAA	2	10	231459	231468	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012225	ATATA	2	10	235853	235862	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012225	ATTTA	2	10	239476	239485	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012225	AAATA	2	10	240932	240941	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012225	ATTTT	2	10	250187	250196	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012225	ATATT	2	10	255612	255621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012225	ATATA	2	10	257035	257044	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012225	TTTTA	2	10	261477	261486	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012225	ATTAT	2	10	265558	265567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012225	TAATA	2	10	265622	265631	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012225	ACTTT	2	10	276595	276604	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012225	ATATT	2	10	276647	276656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012225	TTATA	2	10	286401	286410	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012225	TTATA	2	10	287352	287361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012225	ATTTT	2	10	292374	292383	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012225	ATTTT	2	10	294535	294544	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012225	AACAA	2	10	294653	294662	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012225	CTATA	2	10	297782	297791	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012225	ATTTA	2	10	299277	299286	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012225	TTTTA	2	10	307463	307472	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012225	TATGA	2	10	309187	309196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012225	AAATA	2	10	309238	309247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012225	ATATA	2	10	311364	311373	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012225	TATAA	2	10	320506	320515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012225	CTATA	2	10	324892	324901	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012225	ATTAT	2	10	330331	330340	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012225	CTATT	2	10	331799	331808	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012225	TATTG	2	10	332539	332548	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012225	ATTTA	2	10	332824	332833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012225	ATTAT	2	10	332958	332967	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012225	TTATA	2	10	337015	337024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012225	AAATA	2	10	337026	337035	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012225	ATATT	2	10	338752	338761	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012225	ATTAA	2	10	340053	340062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012225	TTATT	2	10	350726	350735	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012225	TAAAA	2	10	350750	350759	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012225	TACTA	2	10	351929	351938	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012225	TTTAT	2	10	354145	354154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012225	ATTAT	2	10	356766	356775	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012225	ATTAT	2	10	357956	357965	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012225	AGTAA	2	10	362093	362102	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012225	TATAA	2	10	366357	366366	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012225	TATAA	2	10	372058	372067	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012225	CTATA	2	10	377396	377405	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_012225	CCCGC	2	10	394489	394498	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
111	NC_012225	TATAA	2	10	394916	394925	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012225	AAAAT	2	10	396428	396437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012225	TTTTA	2	10	414414	414423	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012225	TTAAT	2	10	414486	414495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012225	GTTTA	2	10	415540	415549	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012225	GTGTT	25	125	415550	415674	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012225	AAGTA	2	10	428686	428695	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012225	TATAA	2	10	429159	429168	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012225	TATAA	2	10	431020	431029	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012225	ATATT	2	10	437747	437756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012225	ATTAT	2	10	437931	437940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012225	TTAAA	2	10	440930	440939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012225	ATTTA	2	10	445603	445612	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012225	AAATT	2	10	449189	449198	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012225	AATAT	2	10	461885	461894	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012225	TTTGT	2	10	462722	462731	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012225	AAATA	2	10	479732	479741	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012225	TTTAA	2	10	479975	479984	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012225	ATTAC	2	10	479988	479997	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_012225	GTTAT	2	10	482453	482462	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012225	TAAAA	2	10	482796	482805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012225	TACTA	2	10	482842	482851	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012225	TTTTA	2	10	489782	489791	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012225	TATAT	2	10	489846	489855	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012225	TAAAT	2	10	493645	493654	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012225	GATTT	2	10	496968	496977	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012225	GTTAA	2	10	499099	499108	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012225	ATATA	2	10	503688	503697	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012225	AAAAT	2	10	505281	505290	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012225	ATTAA	2	10	512027	512036	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012225	ATTAT	2	10	512135	512144	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012225	TATGA	2	10	536109	536118	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012225	TATAT	2	10	541100	541109	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012225	TAAAA	2	10	542310	542319	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012225	TGTTC	13	65	542378	542442	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_012225	ATTTT	2	10	549892	549901	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012225	TATTT	2	10	565697	565706	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012225	TATAA	2	10	575168	575177	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012225	TAATT	2	10	575248	575257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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