MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 2799

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	TTTTG	2	10	1587	1596	0 %	80 %	20 %	0 %	225618953
2	NC_012225	TACTT	2	10	2208	2217	20 %	60 %	0 %	20 %	225618953
3	NC_012225	CTTTG	2	10	2997	3006	0 %	60 %	20 %	20 %	225618954
4	NC_012225	ATATT	2	10	6025	6034	40 %	60 %	0 %	0 %	225618958
5	NC_012225	ATATA	2	10	6900	6909	60 %	40 %	0 %	0 %	225618959
6	NC_012225	AATGG	2	10	6921	6930	40 %	20 %	40 %	0 %	225618959
7	NC_012225	TATAC	2	10	9342	9351	40 %	40 %	0 %	20 %	225618961
8	NC_012225	GGGAT	2	10	10992	11001	20 %	20 %	60 %	0 %	225618962
9	NC_012225	TTTCA	2	10	14479	14488	20 %	60 %	0 %	20 %	225618964
10	NC_012225	TCTTT	2	10	15622	15631	0 %	80 %	0 %	20 %	225618964
11	NC_012225	TATAA	2	10	15771	15780	60 %	40 %	0 %	0 %	225618964
12	NC_012225	TTAAT	2	10	18912	18921	40 %	60 %	0 %	0 %	225618968
13	NC_012225	GCTTC	2	10	20101	20110	0 %	40 %	20 %	40 %	225618971
14	NC_012225	AGCAT	2	10	20134	20143	40 %	20 %	20 %	20 %	225618971
15	NC_012225	TTTTC	2	10	20881	20890	0 %	80 %	0 %	20 %	225618971
16	NC_012225	AAATA	2	10	21870	21879	80 %	20 %	0 %	0 %	225618973
17	NC_012225	TTTCA	2	10	23455	23464	20 %	60 %	0 %	20 %	225618976
18	NC_012225	CAAAA	2	10	23713	23722	80 %	0 %	0 %	20 %	225618977
19	NC_012225	AATTT	2	10	25884	25893	40 %	60 %	0 %	0 %	225618979
20	NC_012225	GAATA	2	10	26874	26883	60 %	20 %	20 %	0 %	225618980
21	NC_012225	AAATC	2	10	27359	27368	60 %	20 %	0 %	20 %	225618981
22	NC_012225	AAAAG	2	10	29310	29319	80 %	0 %	20 %	0 %	225618982
23	NC_012225	ATATA	2	10	30748	30757	60 %	40 %	0 %	0 %	225618983
24	NC_012225	ATTTA	2	10	31108	31117	40 %	60 %	0 %	0 %	225618983
25	NC_012225	TAATA	2	10	31186	31195	60 %	40 %	0 %	0 %	225618983
26	NC_012225	AAATA	2	10	31841	31850	80 %	20 %	0 %	0 %	225618984
27	NC_012225	TATAA	2	10	33626	33635	60 %	40 %	0 %	0 %	225618986
28	NC_012225	TTTTC	2	10	34599	34608	0 %	80 %	0 %	20 %	225618987
29	NC_012225	CAATG	2	10	39649	39658	40 %	20 %	20 %	20 %	225618993
30	NC_012225	TAATA	2	10	40664	40673	60 %	40 %	0 %	0 %	225618994
31	NC_012225	TGCTT	2	10	42083	42092	0 %	60 %	20 %	20 %	225618995
32	NC_012225	TTTCT	2	10	42631	42640	0 %	80 %	0 %	20 %	225618996
33	NC_012225	AGAAT	2	10	44201	44210	60 %	20 %	20 %	0 %	225618997
34	NC_012225	TAGTT	2	10	44479	44488	20 %	60 %	20 %	0 %	225618997
35	NC_012225	GAAAT	2	10	51859	51868	60 %	20 %	20 %	0 %	225619001
36	NC_012225	GAAAT	2	10	53306	53315	60 %	20 %	20 %	0 %	225619002
37	NC_012225	TAGAA	2	10	54681	54690	60 %	20 %	20 %	0 %	225619002
38	NC_012225	AGAGA	2	10	54959	54968	60 %	0 %	40 %	0 %	225619003
39	NC_012225	AAAAT	2	10	55360	55369	80 %	20 %	0 %	0 %	225619004
40	NC_012225	AAGCA	2	10	57392	57401	60 %	0 %	20 %	20 %	225619005
41	NC_012225	CTTTT	2	10	59477	59486	0 %	80 %	0 %	20 %	225619007
42	NC_012225	GGTAG	2	10	60752	60761	20 %	20 %	60 %	0 %	225619007
43	NC_012225	ATATT	2	10	61344	61353	40 %	60 %	0 %	0 %	225619008
44	NC_012225	AACAT	2	10	62567	62576	60 %	20 %	0 %	20 %	225619009
45	NC_012225	ATTTC	2	10	64835	64844	20 %	60 %	0 %	20 %	225619011
46	NC_012225	GTAGG	2	10	65299	65308	20 %	20 %	60 %	0 %	225619012
47	NC_012225	AAATG	2	10	66549	66558	60 %	20 %	20 %	0 %	225619012
48	NC_012225	TTATC	2	10	66941	66950	20 %	60 %	0 %	20 %	225619012
49	NC_012225	AGCAT	2	10	67564	67573	40 %	20 %	20 %	20 %	225619013
50	NC_012225	ATTTT	2	10	72037	72046	20 %	80 %	0 %	0 %	225619016
51	NC_012225	TCCTT	2	10	72499	72508	0 %	60 %	0 %	40 %	225619017
52	NC_012225	TTATG	2	10	73357	73366	20 %	60 %	20 %	0 %	225619018
53	NC_012225	TAAGA	2	10	74178	74187	60 %	20 %	20 %	0 %	225619018
54	NC_012225	AGAAA	2	10	75025	75034	80 %	0 %	20 %	0 %	225619019
55	NC_012225	GTAAA	2	10	77877	77886	60 %	20 %	20 %	0 %	225619020
56	NC_012225	ACAAG	2	10	78680	78689	60 %	0 %	20 %	20 %	225619020
57	NC_012225	AAAGT	2	10	80148	80157	60 %	20 %	20 %	0 %	225619021
58	NC_012225	TTATA	2	10	81717	81726	40 %	60 %	0 %	0 %	225619022
59	NC_012225	TATAA	2	10	82758	82767	60 %	40 %	0 %	0 %	225619022
60	NC_012225	TGTTT	2	10	82969	82978	0 %	80 %	20 %	0 %	225619022
61	NC_012225	TATAA	2	10	83301	83310	60 %	40 %	0 %	0 %	225619022
62	NC_012225	TATAT	2	10	84258	84267	40 %	60 %	0 %	0 %	225619023
63	NC_012225	TTTAA	2	10	84350	84359	40 %	60 %	0 %	0 %	225619023
64	NC_012225	AGTAA	2	10	84608	84617	60 %	20 %	20 %	0 %	225619023
65	NC_012225	ATATC	2	10	86706	86715	40 %	40 %	0 %	20 %	225619025
66	NC_012225	CAAAA	2	10	87955	87964	80 %	0 %	0 %	20 %	225619026
67	NC_012225	AATGA	2	10	89253	89262	60 %	20 %	20 %	0 %	225619027
68	NC_012225	GATTT	2	10	90124	90133	20 %	60 %	20 %	0 %	225619027
69	NC_012225	TAATT	2	10	90380	90389	40 %	60 %	0 %	0 %	225619027
70	NC_012225	ATTTA	2	10	91272	91281	40 %	60 %	0 %	0 %	225619028
71	NC_012225	GGCTG	2	10	92771	92780	0 %	20 %	60 %	20 %	225619029
72	NC_012225	TATAT	2	10	92992	93001	40 %	60 %	0 %	0 %	225619030
73	NC_012225	GTCAG	2	10	93007	93016	20 %	20 %	40 %	20 %	225619030
74	NC_012225	AGATA	2	10	94229	94238	60 %	20 %	20 %	0 %	225619031
75	NC_012225	TAATG	2	10	95747	95756	40 %	40 %	20 %	0 %	225619033
76	NC_012225	TAGAA	2	10	96293	96302	60 %	20 %	20 %	0 %	225619033
77	NC_012225	AATTA	2	10	97999	98008	60 %	40 %	0 %	0 %	225619035
78	NC_012225	ATATT	2	10	98217	98226	40 %	60 %	0 %	0 %	225619035
79	NC_012225	ATCTA	2	10	100278	100287	40 %	40 %	0 %	20 %	225619037
80	NC_012225	CATAT	2	10	100413	100422	40 %	40 %	0 %	20 %	225619037
81	NC_012225	TTTCA	2	10	100797	100806	20 %	60 %	0 %	20 %	225619037
82	NC_012225	TAAAT	2	10	101563	101572	60 %	40 %	0 %	0 %	225619038
83	NC_012225	GAACA	2	10	101608	101617	60 %	0 %	20 %	20 %	225619038
84	NC_012225	AATTT	2	10	101685	101694	40 %	60 %	0 %	0 %	225619038
85	NC_012225	ATTTG	2	10	102181	102190	20 %	60 %	20 %	0 %	225619038
86	NC_012225	TAAAT	2	10	104986	104995	60 %	40 %	0 %	0 %	225619042
87	NC_012225	ATATT	2	10	107412	107421	40 %	60 %	0 %	0 %	225619046
88	NC_012225	GAAAA	2	10	107809	107818	80 %	0 %	20 %	0 %	225619047
89	NC_012225	TATTT	2	10	108840	108849	20 %	80 %	0 %	0 %	225619048
90	NC_012225	TCTTT	2	10	111546	111555	0 %	80 %	0 %	20 %	225619051
91	NC_012225	ATTTT	2	10	113784	113793	20 %	80 %	0 %	0 %	225619052
92	NC_012225	ATATT	2	10	114682	114691	40 %	60 %	0 %	0 %	225619052
93	NC_012225	GATAT	2	10	115507	115516	40 %	40 %	20 %	0 %	225619053
94	NC_012225	TAAAT	2	10	116056	116065	60 %	40 %	0 %	0 %	225619054
95	NC_012225	TCAAA	2	10	116952	116961	60 %	20 %	0 %	20 %	225619055
96	NC_012225	ATTTT	2	10	117477	117486	20 %	80 %	0 %	0 %	225619055
97	NC_012225	CTTTT	2	10	118113	118122	0 %	80 %	0 %	20 %	225619056
98	NC_012225	TATAA	2	10	119984	119993	60 %	40 %	0 %	0 %	225619057
99	NC_012225	TTACT	2	10	124732	124741	20 %	60 %	0 %	20 %	225619060
100	NC_012225	ACTTT	2	10	127542	127551	20 %	60 %	0 %	20 %	225619064
101	NC_012225	CTTTT	2	10	127574	127583	0 %	80 %	0 %	20 %	225619064
102	NC_012225	TTTTC	2	10	127629	127638	0 %	80 %	0 %	20 %	225619064
103	NC_012225	CTTCT	2	10	129163	129172	0 %	60 %	0 %	40 %	225619066
104	NC_012225	AAAAC	2	10	130653	130662	80 %	0 %	0 %	20 %	225619067
105	NC_012225	AGAAT	2	10	131116	131125	60 %	20 %	20 %	0 %	225619067
106	NC_012225	ATATT	2	10	131779	131788	40 %	60 %	0 %	0 %	225619068
107	NC_012225	AAGAA	2	10	133137	133146	80 %	0 %	20 %	0 %	225619069
108	NC_012225	TTATA	2	10	133817	133826	40 %	60 %	0 %	0 %	225619070
109	NC_012225	AAGAA	2	10	133979	133988	80 %	0 %	20 %	0 %	225619070
110	NC_012225	AGAAA	2	10	134940	134949	80 %	0 %	20 %	0 %	225619071
111	NC_012225	GATAT	2	10	135611	135620	40 %	40 %	20 %	0 %	225619071
112	NC_012225	ATAAA	2	10	136752	136761	80 %	20 %	0 %	0 %	225619072
113	NC_012225	TTACT	2	10	136806	136815	20 %	60 %	0 %	20 %	225619072
114	NC_012225	TAATA	2	10	137155	137164	60 %	40 %	0 %	0 %	225619072
115	NC_012225	CTTCT	2	10	137595	137604	0 %	60 %	0 %	40 %	225619072
116	NC_012225	AAAGA	2	10	139045	139054	80 %	0 %	20 %	0 %	225619074
117	NC_012225	AAGAA	2	10	140570	140579	80 %	0 %	20 %	0 %	225619074
118	NC_012225	TGAAA	2	10	141711	141720	60 %	20 %	20 %	0 %	225619075
119	NC_012225	TTAAT	2	10	142183	142192	40 %	60 %	0 %	0 %	225619076
120	NC_012225	TTTAA	2	10	142254	142263	40 %	60 %	0 %	0 %	225619076
121	NC_012225	GAAGA	2	10	142831	142840	60 %	0 %	40 %	0 %	225619076
122	NC_012225	ATAAA	2	10	143609	143618	80 %	20 %	0 %	0 %	225619077
123	NC_012225	AAGCA	2	10	143703	143712	60 %	0 %	20 %	20 %	225619077
124	NC_012225	AAATC	2	10	143762	143771	60 %	20 %	0 %	20 %	225619077
125	NC_012225	AGAGA	2	10	143956	143965	60 %	0 %	40 %	0 %	225619077
126	NC_012225	ATTTA	2	10	144632	144641	40 %	60 %	0 %	0 %	225619078
127	NC_012225	TGCTT	2	10	147769	147778	0 %	60 %	20 %	20 %	225619081
128	NC_012225	TTGAT	2	10	147993	148002	20 %	60 %	20 %	0 %	225619081
129	NC_012225	ATATC	2	10	150425	150434	40 %	40 %	0 %	20 %	225619083
130	NC_012225	GTTAT	2	10	153033	153042	20 %	60 %	20 %	0 %	225619085
131	NC_012225	GGTAT	2	10	154302	154311	20 %	40 %	40 %	0 %	225619085
132	NC_012225	TATGC	2	10	156505	156514	20 %	40 %	20 %	20 %	225619088
133	NC_012225	CTTCT	2	10	159145	159154	0 %	60 %	0 %	40 %	225619090
134	NC_012225	AATAG	2	10	160045	160054	60 %	20 %	20 %	0 %	225619091
135	NC_012225	TGCTT	2	10	160352	160361	0 %	60 %	20 %	20 %	225619092
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