MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 9947

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	AATA	2	8	29	36	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012225	AATA	2	8	97	104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012225	AATA	2	8	165	172	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012225	AATA	2	8	233	240	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
5	NC_012225	AATA	2	8	301	308	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
6	NC_012225	AATA	2	8	370	377	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
7	NC_012225	AATA	2	8	439	446	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
8	NC_012225	AATA	2	8	508	515	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
9	NC_012225	AATA	2	8	577	584	75 %	25 %	0 %	0 %	225618951
10	NC_012225	AATA	2	8	646	653	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012225	GATT	2	8	1028	1035	25 %	50 %	25 %	0 %	225618952
12	NC_012225	ATTT	2	8	1384	1391	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012225	TAAT	2	8	2334	2341	50 %	50 %	0 %	0 %	225618953
14	NC_012225	TTAT	2	8	2413	2420	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012225	ATTA	2	8	2426	2433	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
16	NC_012225	AATT	2	8	2670	2677	50 %	50 %	0 %	0 %	225618954
17	NC_012225	TCTG	2	8	2854	2861	0 %	50 %	25 %	25 %	225618954
18	NC_012225	TAAA	2	8	3099	3106	75 %	25 %	0 %	0 %	225618954
19	NC_012225	TTTA	2	8	3192	3199	25 %	75 %	0 %	0 %	225618955
20	NC_012225	TTTA	2	8	3370	3377	25 %	75 %	0 %	0 %	225618955
21	NC_012225	TTTC	2	8	3750	3757	0 %	75 %	0 %	25 %	225618955
22	NC_012225	ATAA	2	8	3952	3959	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012225	AGGA	2	8	4466	4473	50 %	0 %	50 %	0 %	225618957
24	NC_012225	ATTT	3	12	5140	5151	25 %	75 %	0 %	0 %	225618958
25	NC_012225	ATTC	2	8	5995	6002	25 %	50 %	0 %	25 %	225618958
26	NC_012225	TACA	2	8	7465	7472	50 %	25 %	0 %	25 %	225618960
27	NC_012225	TTTC	2	8	7732	7739	0 %	75 %	0 %	25 %	225618960
28	NC_012225	TTTC	2	8	8203	8210	0 %	75 %	0 %	25 %	225618961
29	NC_012225	AATA	2	8	8237	8244	75 %	25 %	0 %	0 %	225618961
30	NC_012225	AGAA	2	8	9992	9999	75 %	0 %	25 %	0 %	225618962
31	NC_012225	TTTA	2	8	10197	10204	25 %	75 %	0 %	0 %	225618962
32	NC_012225	TTGT	2	8	10288	10295	0 %	75 %	25 %	0 %	225618962
33	NC_012225	CCTG	2	8	10585	10592	0 %	25 %	25 %	50 %	225618962
34	NC_012225	ATTT	2	8	10907	10914	25 %	75 %	0 %	0 %	225618962
35	NC_012225	TATT	2	8	11099	11106	25 %	75 %	0 %	0 %	225618962
36	NC_012225	ATTA	2	8	11107	11114	50 %	50 %	0 %	0 %	225618962
37	NC_012225	TTTA	2	8	11180	11187	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012225	TATT	2	8	11233	11240	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012225	ATTA	2	8	11642	11649	50 %	50 %	0 %	0 %	225618963
40	NC_012225	ATTT	2	8	11775	11782	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012225	TCTT	2	8	11833	11840	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012225	AGCC	2	8	11865	11872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012225	GCGT	2	8	11976	11983	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_012225	TGGG	2	8	12011	12018	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012225	CACC	2	8	12208	12215	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
46	NC_012225	AATA	2	8	12240	12247	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012225	GAAT	2	8	12650	12657	50 %	25 %	25 %	0 %	225618964
48	NC_012225	TCTG	2	8	13273	13280	0 %	50 %	25 %	25 %	225618964
49	NC_012225	AATG	2	8	13432	13439	50 %	25 %	25 %	0 %	225618964
50	NC_012225	AGCA	2	8	13630	13637	50 %	0 %	25 %	25 %	225618964
51	NC_012225	TTGC	2	8	14096	14103	0 %	50 %	25 %	25 %	225618964
52	NC_012225	TAAA	2	8	14502	14509	75 %	25 %	0 %	0 %	225618964
53	NC_012225	AATA	2	8	14513	14520	75 %	25 %	0 %	0 %	225618964
54	NC_012225	TGTA	2	8	14586	14593	25 %	50 %	25 %	0 %	225618964
55	NC_012225	ATTT	2	8	15147	15154	25 %	75 %	0 %	0 %	225618964
56	NC_012225	CAAT	2	8	15297	15304	50 %	25 %	0 %	25 %	225618964
57	NC_012225	TATT	2	8	15410	15417	25 %	75 %	0 %	0 %	225618964
58	NC_012225	ATAA	2	8	16129	16136	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012225	ATAA	2	8	16268	16275	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012225	CATT	2	8	16409	16416	25 %	50 %	0 %	25 %	225618966
61	NC_012225	TAAA	2	8	16465	16472	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012225	TAAT	2	8	16508	16515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012225	TTTA	2	8	16729	16736	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012225	ATTA	2	8	16737	16744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012225	ATAC	2	8	17043	17050	50 %	25 %	0 %	25 %	225618967
66	NC_012225	TAAT	2	8	17086	17093	50 %	50 %	0 %	0 %	225618967
67	NC_012225	AAAG	2	8	17428	17435	75 %	0 %	25 %	0 %	225618967
68	NC_012225	AATG	2	8	17467	17474	50 %	25 %	25 %	0 %	225618967
69	NC_012225	ATTT	2	8	18105	18112	25 %	75 %	0 %	0 %	225618968
70	NC_012225	ATTT	2	8	18142	18149	25 %	75 %	0 %	0 %	225618968
71	NC_012225	TTTA	2	8	18429	18436	25 %	75 %	0 %	0 %	225618968
72	NC_012225	ATCA	2	8	18803	18810	50 %	25 %	0 %	25 %	225618968
73	NC_012225	TAAT	2	8	18997	19004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012225	ATTT	2	8	19062	19069	25 %	75 %	0 %	0 %	225618969
75	NC_012225	TGAT	2	8	19265	19272	25 %	50 %	25 %	0 %	225618969
76	NC_012225	TTCC	2	8	19640	19647	0 %	50 %	0 %	50 %	225618970
77	NC_012225	CTAT	2	8	20083	20090	25 %	50 %	0 %	25 %	225618971
78	NC_012225	TAAA	2	8	20148	20155	75 %	25 %	0 %	0 %	225618971
79	NC_012225	AAAT	2	8	21221	21228	75 %	25 %	0 %	0 %	225618972
80	NC_012225	AAAT	2	8	21300	21307	75 %	25 %	0 %	0 %	225618972
81	NC_012225	AAAT	3	12	21372	21383	75 %	25 %	0 %	0 %	225618972
82	NC_012225	CATA	2	8	21475	21482	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_012225	TTAA	2	8	21537	21544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012225	GTAA	2	8	22252	22259	50 %	25 %	25 %	0 %	225618974
85	NC_012225	CTGT	2	8	22382	22389	0 %	50 %	25 %	25 %	225618975
86	NC_012225	TATG	2	8	22468	22475	25 %	50 %	25 %	0 %	225618975
87	NC_012225	ATAA	2	8	22536	22543	75 %	25 %	0 %	0 %	225618975
88	NC_012225	ATTC	2	8	22597	22604	25 %	50 %	0 %	25 %	225618975
89	NC_012225	TCTA	2	8	22738	22745	25 %	50 %	0 %	25 %	225618975
90	NC_012225	TTTA	2	8	22975	22982	25 %	75 %	0 %	0 %	225618975
91	NC_012225	TAAT	2	8	23131	23138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012225	AATT	2	8	23365	23372	50 %	50 %	0 %	0 %	225618976
93	NC_012225	TAAA	2	8	23507	23514	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012225	TTAA	2	8	24266	24273	50 %	50 %	0 %	0 %	225618977
95	NC_012225	ATTA	2	8	24308	24315	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012225	TATT	2	8	24471	24478	25 %	75 %	0 %	0 %	225618978
97	NC_012225	ATTA	2	8	25225	25232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012225	TAAT	2	8	25273	25280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012225	ACTT	2	8	25969	25976	25 %	50 %	0 %	25 %	225618979
100	NC_012225	AATA	2	8	26143	26150	75 %	25 %	0 %	0 %	225618979
101	NC_012225	AGTT	2	8	26200	26207	25 %	50 %	25 %	0 %	225618979
102	NC_012225	AATT	2	8	26488	26495	50 %	50 %	0 %	0 %	225618980
103	NC_012225	ATTT	2	8	26679	26686	25 %	75 %	0 %	0 %	225618980
104	NC_012225	ATTT	2	8	26978	26985	25 %	75 %	0 %	0 %	225618981
105	NC_012225	ATAG	2	8	27085	27092	50 %	25 %	25 %	0 %	225618981
106	NC_012225	ATTT	2	8	27818	27825	25 %	75 %	0 %	0 %	225618981
107	NC_012225	TTTA	2	8	27833	27840	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012225	ATAA	2	8	27847	27854	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012225	AATA	2	8	28390	28397	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012225	GCAC	2	8	28818	28825	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_012225	CTTT	2	8	29065	29072	0 %	75 %	0 %	25 %	225618982
112	NC_012225	AAGT	2	8	29091	29098	50 %	25 %	25 %	0 %	225618982
113	NC_012225	ATTT	2	8	29371	29378	25 %	75 %	0 %	0 %	225618982
114	NC_012225	AAGT	2	8	29539	29546	50 %	25 %	25 %	0 %	225618982
115	NC_012225	ATTT	2	8	29602	29609	25 %	75 %	0 %	0 %	225618982
116	NC_012225	GTTT	2	8	29814	29821	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012225	ATTT	2	8	29912	29919	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012225	TAAA	2	8	30099	30106	75 %	25 %	0 %	0 %	225618983
119	NC_012225	AAAT	2	8	30463	30470	75 %	25 %	0 %	0 %	225618983
120	NC_012225	TGAT	2	8	31238	31245	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012225	GAAT	2	8	31330	31337	50 %	25 %	25 %	0 %	225618984
122	NC_012225	TAAT	2	8	31450	31457	50 %	50 %	0 %	0 %	225618984
123	NC_012225	TAAA	2	8	32360	32367	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012225	ATTA	2	8	32570	32577	50 %	50 %	0 %	0 %	225618985
125	NC_012225	GGTA	2	8	33541	33548	25 %	25 %	50 %	0 %	225618986
126	NC_012225	AGGA	2	8	33714	33721	50 %	0 %	50 %	0 %	225618986
127	NC_012225	GTAA	2	8	34549	34556	50 %	25 %	25 %	0 %	225618987
128	NC_012225	TCCT	2	8	34657	34664	0 %	50 %	0 %	50 %	225618987
129	NC_012225	TAAC	2	8	34765	34772	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012225	TATT	2	8	35137	35144	25 %	75 %	0 %	0 %	225618988
131	NC_012225	ATTT	2	8	35476	35483	25 %	75 %	0 %	0 %	225618988
132	NC_012225	TTAT	2	8	35791	35798	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012225	AAAG	2	8	36145	36152	75 %	0 %	25 %	0 %	225618989
134	NC_012225	TCTT	2	8	36333	36340	0 %	75 %	0 %	25 %	225618989
135	NC_012225	AGTA	2	8	36660	36667	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012225	TTTA	2	8	36758	36765	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012225	ATTC	3	12	37071	37082	25 %	50 %	0 %	25 %	225618990
138	NC_012225	TATT	2	8	37126	37133	25 %	75 %	0 %	0 %	225618990
139	NC_012225	AACA	2	8	37744	37751	75 %	0 %	0 %	25 %	225618990
140	NC_012225	TTCA	2	8	37771	37778	25 %	50 %	0 %	25 %	225618990
141	NC_012225	TAAA	2	8	38478	38485	75 %	25 %	0 %	0 %	225618991
142	NC_012225	TCTT	2	8	38730	38737	0 %	75 %	0 %	25 %	225618992
143	NC_012225	AATA	2	8	38907	38914	75 %	25 %	0 %	0 %	225618992
144	NC_012225	ATGT	2	8	38918	38925	25 %	50 %	25 %	0 %	225618992
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146	NC_012225	GCAT	2	8	39310	39317	25 %	25 %	25 %	25 %	225618992
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