MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Borrelia valaisiana VS116 plasmid VS116_lp28-3

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012185	TCTAG	2	10	1612	1621	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012185	AAGGT	2	10	1622	1631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012185	TCAAA	2	10	1808	1817	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012185	TGATT	2	10	2861	2870	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012185	CTTTC	2	10	3116	3125	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_012185	AATGG	2	10	4191	4200	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012185	TAAAT	2	10	4633	4642	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012185	AGCTA	2	10	4754	4763	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012185	TATTT	2	10	5059	5068	20 %	80 %	0 %	0 %	224984643
10	NC_012185	ATGGA	2	10	6184	6193	40 %	20 %	40 %	0 %	224984645
11	NC_012185	AATTA	2	10	6745	6754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012185	TTTTG	2	10	7699	7708	0 %	80 %	20 %	0 %	224984646
13	NC_012185	AATTT	2	10	8550	8559	40 %	60 %	0 %	0 %	224984647
14	NC_012185	AGCAA	2	10	11100	11109	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012185	TAATG	11	55	11878	11932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012185	TAATA	9	45	11933	11977	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012185	AATAA	2	10	14390	14399	80 %	20 %	0 %	0 %	224984656
18	NC_012185	TAAAT	2	10	15931	15940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012185	AAAAT	2	10	16599	16608	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012185	TCTGA	2	10	17003	17012	20 %	40 %	20 %	20 %	224984661
21	NC_012185	ATTAA	2	10	17222	17231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012185	TTATT	2	10	17741	17750	20 %	80 %	0 %	0 %	224984662
23	NC_012185	AAAAT	2	10	19329	19338	80 %	20 %	0 %	0 %	224984664
24	NC_012185	AGAAA	2	10	19371	19380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012185	TATTC	2	10	19804	19813	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012185	AAGTA	2	10	20223	20232	60 %	20 %	20 %	0 %	224984666
27	NC_012185	TTAAA	2	10	20494	20503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012185	GTAAT	2	10	20819	20828	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012185	TTTTA	2	10	21097	21106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012185	CATTA	2	10	21366	21375	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012185	AAATA	2	10	24010	24019	80 %	20 %	0 %	0 %	224984671
32	NC_012185	AAATT	2	10	25603	25612	60 %	40 %	0 %	0 %	224984674
33	NC_012185	ATATA	2	10	26109	26118	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012185	GTTAG	2	10	26129	26138	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012185	AGCAA	2	10	29153	29162	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012185	TTAAT	2	10	29564	29573	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012185	GTTTT	2	10	30628	30637	0 %	80 %	20 %	0 %	224984684
38	NC_012185	AAAAT	2	10	31827	31836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012185	TTTTA	2	10	32929	32938	20 %	80 %	0 %	0 %	224984687
40	NC_012185	AACTC	2	10	33372	33381	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_012185	ATTCT	2	10	35421	35430	20 %	60 %	0 %	20 %	224984693
42	NC_012185	TTAAT	2	10	38145	38154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012185	GTACA	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	224984705
44	NC_012185	AAAGA	2	10	39029	39038	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012185	TTTTG	2	10	39690	39699	0 %	80 %	20 %	0 %	224984708
46	NC_012185	GTTTT	2	10	40949	40958	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012185	TAGTC	2	10	42823	42832	20 %	40 %	20 %	20 %	224984717
48	NC_012185	TCTTT	2	10	45474	45483	0 %	80 %	0 %	20 %	224984723
49	NC_012185	CTAAA	2	10	49056	49065	60 %	20 %	0 %	20 %	224984731
50	NC_012185	TAAAG	2	10	49706	49715	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012185	CATTA	2	10	50152	50161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012185	AAATT	2	10	50259	50268	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012185	TTTCA	2	10	50897	50906	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012185	ATTTT	2	10	51945	51954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012185	ATTTT	2	10	52293	52302	20 %	80 %	0 %	0 %	224984736
56	NC_012185	ATTTT	2	10	52555	52564	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012185	TTTAG	2	10	52948	52957	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012185	ACTTG	2	10	53774	53783	20 %	40 %	20 %	20 %	224984739
59	NC_012185	TTGTT	2	10	54652	54661	0 %	80 %	20 %	0 %	224984739
60	NC_012185	TTAAT	2	10	55565	55574	40 %	60 %	0 %	0 %	224984740
61	NC_012185	GTGGA	2	10	56930	56939	20 %	20 %	60 %	0 %	224984742
62	NC_012185	ATTTT	2	10	56996	57005	20 %	80 %	0 %	0 %	224984742
63	NC_012185	TTGGA	2	10	57623	57632	20 %	40 %	40 %	0 %	224984742
64	NC_012185	TCAAC	2	10	58139	58148	40 %	20 %	0 %	40 %	224984743
65	NC_012185	TAGAA	2	10	58584	58593	60 %	20 %	20 %	0 %	224984743
66	NC_012185	AGCAA	2	10	59807	59816	60 %	0 %	20 %	20 %	224984744
67	NC_012185	ATTTT	2	10	60900	60909	20 %	80 %	0 %	0 %	224984746
68	NC_012185	AAGAC	2	10	61249	61258	60 %	0 %	20 %	20 %	224984746
69	NC_012185	ATATT	2	10	61321	61330	40 %	60 %	0 %	0 %	224984746
70	NC_012185	ATTTT	2	10	62634	62643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012185	TTACA	2	10	62746	62755	40 %	40 %	0 %	20 %	224984749
72	NC_012185	TAAAT	2	10	63379	63388	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012185	TAAAA	2	10	63432	63441	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012185	CATAA	2	10	63962	63971	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012185	ATGAA	2	10	64973	64982	60 %	20 %	20 %	0 %	224984752
76	NC_012185	AAAGA	2	10	65561	65570	80 %	0 %	20 %	0 %	224984753
77	NC_012185	TAAAT	2	10	65912	65921	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012185	AAGAA	2	10	66659	66668	80 %	0 %	20 %	0 %	224984755
79	NC_012185	ATAAA	2	10	66875	66884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012185	AAAAT	2	10	67243	67252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012185	ATTTA	2	10	67406	67415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012185	GAATT	2	10	67720	67729	40 %	40 %	20 %	0 %	224984756
83	NC_012185	TTTAA	2	10	67800	67809	40 %	60 %	0 %	0 %	224984756
84	NC_012185	TTTAC	2	10	68414	68423	20 %	60 %	0 %	20 %	224984757
85	NC_012185	AGTGA	2	10	68778	68787	40 %	20 %	40 %	0 %	224984758
86	NC_012185	AATAA	2	10	68832	68841	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012185	ATTAT	2	10	70564	70573	40 %	60 %	0 %	0 %	224984760
88	NC_012185	TAATA	2	10	70644	70653	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012185	TTATG	2	10	71801	71810	20 %	60 %	20 %	0 %	224984764
90	NC_012185	ATATT	2	10	73407	73416	40 %	60 %	0 %	0 %	224984767
91	NC_012185	AGCTA	2	10	73527	73536	40 %	20 %	20 %	20 %	224984767
92	NC_012185	AACTA	2	10	73955	73964	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012185	ATTAA	2	10	74311	74320	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012185	TAAAA	2	10	74351	74360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012185	TTTTA	2	10	75690	75699	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012185	TAAAA	2	10	76278	76287	80 %	20 %	0 %	0 %	224984770
97	NC_012185	TAAAA	2	10	76305	76314	80 %	20 %	0 %	0 %	224984770
98	NC_012185	TAAAA	2	10	79118	79127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012185	CCAAA	2	10	79438	79447	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_012185	AAATT	2	10	79460	79469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012185	TAAAT	2	10	79591	79600	60 %	40 %	0 %	0 %	224984777
102	NC_012185	TCAAA	2	10	79799	79808	60 %	20 %	0 %	20 %	224984777
103	NC_012185	ACAAA	2	10	80213	80222	80 %	0 %	0 %	20 %	224984777
104	NC_012185	TTTCT	2	10	80824	80833	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.