MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia valaisiana VS116 plasmid VS116_lp28-3

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012185	TCTAG	2	10	1612	1621	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012185	AAGGT	2	10	1622	1631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012185	TCAAA	2	10	1808	1817	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012185	TGATT	2	10	2861	2870	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012185	CTTTC	2	10	3116	3125	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_012185	AATGG	2	10	4191	4200	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012185	TAAAT	2	10	4633	4642	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012185	AGCTA	2	10	4754	4763	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012185	AATTA	2	10	6745	6754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012185	AGCAA	2	10	11100	11109	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_012185	TAATG	11	55	11878	11932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012185	TAATA	9	45	11933	11977	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012185	TAAAT	2	10	15931	15940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012185	AAAAT	2	10	16599	16608	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012185	ATTAA	2	10	17222	17231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012185	AGAAA	2	10	19371	19380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012185	TATTC	2	10	19804	19813	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012185	TTAAA	2	10	20494	20503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012185	GTAAT	2	10	20819	20828	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012185	TTTTA	2	10	21097	21106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012185	CATTA	2	10	21366	21375	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012185	ATATA	2	10	26109	26118	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012185	GTTAG	2	10	26129	26138	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012185	AGCAA	2	10	29153	29162	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012185	TTAAT	2	10	29564	29573	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012185	AAAAT	2	10	31827	31836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012185	AACTC	2	10	33372	33381	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_012185	TTAAT	2	10	38145	38154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012185	AAAGA	2	10	39029	39038	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012185	GTTTT	2	10	40949	40958	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012185	TAAAG	2	10	49706	49715	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012185	CATTA	2	10	50152	50161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012185	AAATT	2	10	50259	50268	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012185	TTTCA	2	10	50897	50906	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012185	ATTTT	2	10	51945	51954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012185	ATTTT	2	10	52555	52564	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012185	TTTAG	2	10	52948	52957	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012185	ATTTT	2	10	62634	62643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012185	TAAAT	2	10	63379	63388	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012185	TAAAA	2	10	63432	63441	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012185	CATAA	2	10	63962	63971	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012185	TAAAT	2	10	65912	65921	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012185	ATAAA	2	10	66875	66884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012185	AAAAT	2	10	67243	67252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012185	ATTTA	2	10	67406	67415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012185	AATAA	2	10	68832	68841	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012185	TAATA	2	10	70644	70653	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012185	AACTA	2	10	73955	73964	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012185	ATTAA	2	10	74311	74320	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012185	TAAAA	2	10	74351	74360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012185	TTTTA	2	10	75690	75699	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012185	TAAAA	2	10	79118	79127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012185	CCAAA	2	10	79438	79447	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_012185	AAATT	2	10	79460	79469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012185	TTTCT	2	10	80824	80833	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.