MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 plasmid pHLAC01

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012030	TCGAC	2	10	11155	11164	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012030	CAGCG	2	10	17346	17355	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012030	CTATG	2	10	18636	18645	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012030	AGCCA	2	10	19020	19029	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_012030	TGCGC	2	10	20213	20222	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_012030	TTTAA	2	10	35911	35920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012030	TTTCG	2	10	45484	45493	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_012030	ATCAA	2	10	48837	48846	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012030	ACCGC	2	10	53981	53990	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_012030	AATCG	2	10	55023	55032	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_012030	GAGAC	2	10	56138	56147	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012030	CCGAG	2	10	63719	63728	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012030	ATCAA	2	10	65601	65610	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012030	CGCTC	2	10	68134	68143	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_012030	GACGG	2	10	70409	70418	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012030	TTGGG	2	10	70598	70607	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012030	CGCAC	2	10	75294	75303	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_012030	GATGT	2	10	85911	85920	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012030	GTTTT	2	10	87606	87615	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012030	CAAGT	2	10	89200	89209	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012030	CTATA	2	10	91155	91164	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012030	AAAGA	2	10	95840	95849	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012030	TCTCA	2	10	110177	110186	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012030	CGTGA	2	10	125084	125093	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012030	AAGGC	2	10	132466	132475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012030	TAGAC	2	10	134322	134331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012030	GAACG	2	10	134551	134560	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012030	GTAGG	2	10	143029	143038	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012030	CGATC	2	10	143206	143215	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_012030	GTTGT	2	10	149559	149568	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012030	TGTTT	2	10	149791	149800	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012030	TTCGT	2	10	149869	149878	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012030	CGCTC	2	10	167756	167765	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_012030	TGGGA	2	10	170426	170435	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012030	ACCCG	2	10	178309	178318	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_012030	TTCTT	2	10	180929	180938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012030	TGAAT	2	10	189173	189182	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012030	ACCGC	2	10	194994	195003	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_012030	CACTC	2	10	215666	215675	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_012030	CCCCG	2	10	226575	226584	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_012030	GGGGC	2	10	229679	229688	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012030	TTGAT	2	10	231359	231368	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012030	TCCGA	2	10	232661	232670	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_012030	CCCGA	2	10	235323	235332	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_012030	GTCGA	2	10	235379	235388	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012030	ATCCA	2	10	238013	238022	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012030	TGCGG	2	10	245352	245361	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012030	ACACA	2	10	247922	247931	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_012030	TCACG	2	10	250962	250971	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_012030	GTGGG	2	10	254472	254481	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012030	CTATC	2	10	258089	258098	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_012030	TATAA	2	10	264100	264109	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012030	GTATT	2	10	274995	275004	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012030	CCAGA	2	10	280202	280211	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012030	AACGA	2	10	290650	290659	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012030	TCTGT	2	10	294634	294643	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012030	GTAGG	2	10	296767	296776	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012030	CATAT	2	10	307988	307997	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012030	CGTGA	2	10	312947	312956	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012030	TGTGC	2	10	333699	333708	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012030	GTAGT	2	10	351568	351577	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012030	TAGGG	2	10	354217	354226	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012030	TTTCG	2	10	362904	362913	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_012030	TGTAC	2	10	366464	366473	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012030	TCAGA	2	10	371602	371611	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012030	TTGGT	2	10	376090	376099	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012030	CTATC	2	10	394870	394879	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012030	GAGTG	2	10	395222	395231	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012030	TGCAT	2	10	395286	395295	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012030	TCCCC	2	10	402219	402228	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_012030	TGGGG	2	10	403737	403746	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012030	GGGGT	2	10	403824	403833	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012030	TGAGA	2	10	405035	405044	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012030	GGTGT	2	10	406253	406262	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012030	TTTGG	2	10	408425	408434	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012030	GACTC	2	10	408831	408840	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_012030	TATTT	2	10	418823	418832	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012030	CGCGA	2	10	419616	419625	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012030	TCCGT	2	10	428180	428189	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.