MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 plasmid pHLAC01

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012030	GCGCG	2	10	1064	1073	0 %	0 %	60 %	40 %	222481153
2	NC_012030	GAACG	2	10	2167	2176	40 %	0 %	40 %	20 %	222481154
3	NC_012030	GACGG	2	10	2983	2992	20 %	0 %	60 %	20 %	222481154
4	NC_012030	TCCCG	2	10	7214	7223	0 %	20 %	20 %	60 %	222481159
5	NC_012030	TATTT	2	10	8175	8184	20 %	80 %	0 %	0 %	222481160
6	NC_012030	ATCGC	2	10	10345	10354	20 %	20 %	20 %	40 %	222481161
7	NC_012030	GAACA	2	10	13301	13310	60 %	0 %	20 %	20 %	222481162
8	NC_012030	TCGAA	2	10	16403	16412	40 %	20 %	20 %	20 %	222481165
9	NC_012030	AGACG	2	10	19934	19943	40 %	0 %	40 %	20 %	222481169
10	NC_012030	CCGAC	2	10	21378	21387	20 %	0 %	20 %	60 %	222481172
11	NC_012030	ACAGT	2	10	22035	22044	40 %	20 %	20 %	20 %	222481172
12	NC_012030	GCAGA	2	10	29497	29506	40 %	0 %	40 %	20 %	222481175
13	NC_012030	TGCGA	2	10	31096	31105	20 %	20 %	40 %	20 %	222481176
14	NC_012030	TCGAT	2	10	31519	31528	20 %	40 %	20 %	20 %	222481177
15	NC_012030	ACGGG	2	10	34410	34419	20 %	0 %	60 %	20 %	222481180
16	NC_012030	CCGAA	2	10	38418	38427	40 %	0 %	20 %	40 %	222481185
17	NC_012030	ATTCA	2	10	38741	38750	40 %	40 %	0 %	20 %	222481185
18	NC_012030	GTGAC	2	10	43392	43401	20 %	20 %	40 %	20 %	222481187
19	NC_012030	GAGTC	2	10	48364	48373	20 %	20 %	40 %	20 %	222481190
20	NC_012030	CAACT	2	10	49119	49128	40 %	20 %	0 %	40 %	222481191
21	NC_012030	AAGCG	2	10	52898	52907	40 %	0 %	40 %	20 %	222481197
22	NC_012030	ATACC	2	10	52996	53005	40 %	20 %	0 %	40 %	222481197
23	NC_012030	AATCG	2	10	53458	53467	40 %	20 %	20 %	20 %	222481197
24	NC_012030	GCCGA	2	10	72523	72532	20 %	0 %	40 %	40 %	222481207
25	NC_012030	TCACC	2	10	77796	77805	20 %	20 %	0 %	60 %	222481210
26	NC_012030	CGCTG	2	10	77905	77914	0 %	20 %	40 %	40 %	222481210
27	NC_012030	CGAAC	2	10	78940	78949	40 %	0 %	20 %	40 %	222481211
28	NC_012030	GTCTG	2	10	80925	80934	0 %	40 %	40 %	20 %	222481211
29	NC_012030	CGATA	2	10	81410	81419	40 %	20 %	20 %	20 %	222481212
30	NC_012030	CGATC	2	10	81986	81995	20 %	20 %	20 %	40 %	222481213
31	NC_012030	TCGAG	2	10	83195	83204	20 %	20 %	40 %	20 %	222481214
32	NC_012030	CGATC	2	10	84693	84702	20 %	20 %	20 %	40 %	222481214
33	NC_012030	CGTAC	2	10	84894	84903	20 %	20 %	20 %	40 %	222481214
34	NC_012030	CGTCG	2	10	86773	86782	0 %	20 %	40 %	40 %	222481216
35	NC_012030	CGATC	2	10	92828	92837	20 %	20 %	20 %	40 %	222481222
36	NC_012030	TAGTC	2	10	95382	95391	20 %	40 %	20 %	20 %	222481224
37	NC_012030	CTCAT	2	10	108114	108123	20 %	40 %	0 %	40 %	222481233
38	NC_012030	GGTCC	2	10	109333	109342	0 %	20 %	40 %	40 %	222481233
39	NC_012030	CCCGG	2	10	109717	109726	0 %	0 %	40 %	60 %	222481233
40	NC_012030	GAGTT	2	10	111213	111222	20 %	40 %	40 %	0 %	222481235
41	NC_012030	AGGAG	2	10	113699	113708	40 %	0 %	60 %	0 %	222481237
42	NC_012030	TTGGG	2	10	120271	120280	0 %	40 %	60 %	0 %	222481245
43	NC_012030	TGACC	2	10	120913	120922	20 %	20 %	20 %	40 %	222481246
44	NC_012030	GATAC	2	10	122055	122064	40 %	20 %	20 %	20 %	222481247
45	NC_012030	GATGA	2	10	122703	122712	40 %	20 %	40 %	0 %	222481248
46	NC_012030	TCGGT	2	10	123091	123100	0 %	40 %	40 %	20 %	222481248
47	NC_012030	GGAAC	2	10	127021	127030	40 %	0 %	40 %	20 %	222481252
48	NC_012030	CTTCA	2	10	128860	128869	20 %	40 %	0 %	40 %	222481253
49	NC_012030	GCGTG	2	10	129456	129465	0 %	20 %	60 %	20 %	222481253
50	NC_012030	CGTGA	2	10	129509	129518	20 %	20 %	40 %	20 %	222481253
51	NC_012030	CCTCG	2	10	133832	133841	0 %	20 %	20 %	60 %	222481259
52	NC_012030	TCGGA	2	10	133983	133992	20 %	20 %	40 %	20 %	222481259
53	NC_012030	CGAAC	2	10	135533	135542	40 %	0 %	20 %	40 %	222481261
54	NC_012030	ATAGC	2	10	137073	137082	40 %	20 %	20 %	20 %	222481264
55	NC_012030	CGAAC	2	10	141813	141822	40 %	0 %	20 %	40 %	222481268
56	NC_012030	CGGCG	2	10	145297	145306	0 %	0 %	60 %	40 %	222481271
57	NC_012030	TTGAA	2	10	153935	153944	40 %	40 %	20 %	0 %	222481277
58	NC_012030	TCAAC	2	10	155189	155198	40 %	20 %	0 %	40 %	222481278
59	NC_012030	AGACG	2	10	156511	156520	40 %	0 %	40 %	20 %	222481279
60	NC_012030	TCGGG	2	10	157149	157158	0 %	20 %	60 %	20 %	222481280
61	NC_012030	CGATC	2	10	160039	160048	20 %	20 %	20 %	40 %	222481283
62	NC_012030	GACTG	2	10	162888	162897	20 %	20 %	40 %	20 %	222481285
63	NC_012030	ACTCC	2	10	166631	166640	20 %	20 %	0 %	60 %	222481290
64	NC_012030	CGTCT	2	10	166651	166660	0 %	40 %	20 %	40 %	222481290
65	NC_012030	TGGGT	2	10	169270	169279	0 %	40 %	60 %	0 %	222481293
66	NC_012030	CTCTT	2	10	170896	170905	0 %	60 %	0 %	40 %	222481296
67	NC_012030	ATTCG	2	10	170988	170997	20 %	40 %	20 %	20 %	222481296
68	NC_012030	ATTGG	2	10	177805	177814	20 %	40 %	40 %	0 %	222481306
69	NC_012030	ATTCG	2	10	181598	181607	20 %	40 %	20 %	20 %	222481309
70	NC_012030	GTGAT	2	10	181772	181781	20 %	40 %	40 %	0 %	222481309
71	NC_012030	TTGGG	2	10	183047	183056	0 %	40 %	60 %	0 %	222481309
72	NC_012030	AGAGA	2	10	184032	184041	60 %	0 %	40 %	0 %	222481309
73	NC_012030	GTCCA	2	10	186038	186047	20 %	20 %	20 %	40 %	222481310
74	NC_012030	GTTCA	2	10	194580	194589	20 %	40 %	20 %	20 %	222481314
75	NC_012030	TCGGC	2	10	196295	196304	0 %	20 %	40 %	40 %	222481316
76	NC_012030	CGGAC	2	10	201063	201072	20 %	0 %	40 %	40 %	222481323
77	NC_012030	GCGGG	2	10	207179	207188	0 %	0 %	80 %	20 %	222481331
78	NC_012030	CCCCG	2	10	208449	208458	0 %	0 %	20 %	80 %	222481332
79	NC_012030	GCCGC	2	10	208490	208499	0 %	0 %	40 %	60 %	222481332
80	NC_012030	CCGCC	2	10	212985	212994	0 %	0 %	20 %	80 %	222481333
81	NC_012030	GCGCG	2	10	213899	213908	0 %	0 %	60 %	40 %	222481333
82	NC_012030	CGCGC	2	10	215740	215749	0 %	0 %	40 %	60 %	222481339
83	NC_012030	GCGCC	2	10	216523	216532	0 %	0 %	40 %	60 %	222481339
84	NC_012030	CGCGA	2	10	218559	218568	20 %	0 %	40 %	40 %	222481341
85	NC_012030	TCGAA	2	10	219097	219106	40 %	20 %	20 %	20 %	222481342
86	NC_012030	CGCGA	2	10	219249	219258	20 %	0 %	40 %	40 %	222481342
87	NC_012030	TTCGA	2	10	220071	220080	20 %	40 %	20 %	20 %	222481344
88	NC_012030	AGTCC	2	10	221725	221734	20 %	20 %	20 %	40 %	222481346
89	NC_012030	GTTCG	2	10	223392	223401	0 %	40 %	40 %	20 %	222481348
90	NC_012030	GACGG	2	10	227369	227378	20 %	0 %	60 %	20 %	222481353
91	NC_012030	GCGGA	2	10	229550	229559	20 %	0 %	60 %	20 %	222481353
92	NC_012030	CGTTC	2	10	230076	230085	0 %	40 %	20 %	40 %	222481354
93	NC_012030	TGGTA	2	10	230532	230541	20 %	40 %	40 %	0 %	222481355
94	NC_012030	TCGTT	2	10	231774	231783	0 %	60 %	20 %	20 %	222481358
95	NC_012030	GTCCG	2	10	233209	233218	0 %	20 %	40 %	40 %	222481360
96	NC_012030	GACAT	2	10	242246	242255	40 %	20 %	20 %	20 %	222481367
97	NC_012030	ACGGC	2	10	244296	244305	20 %	0 %	40 %	40 %	222481368
98	NC_012030	GTTCT	2	10	257477	257486	0 %	60 %	20 %	20 %	222481382
99	NC_012030	ACTCC	2	10	257885	257894	20 %	20 %	0 %	60 %	222481382
100	NC_012030	CACTT	2	10	257898	257907	20 %	40 %	0 %	40 %	222481382
101	NC_012030	GTCGG	2	10	264737	264746	0 %	20 %	60 %	20 %	222481388
102	NC_012030	AGCCG	2	10	266423	266432	20 %	0 %	40 %	40 %	222481388
103	NC_012030	AAGTC	2	10	269805	269814	40 %	20 %	20 %	20 %	222481391
104	NC_012030	GCGCT	2	10	270052	270061	0 %	20 %	40 %	40 %	222481391
105	NC_012030	CTGGT	2	10	270447	270456	0 %	40 %	40 %	20 %	222481391
106	NC_012030	GACCG	2	10	274282	274291	20 %	0 %	40 %	40 %	222481395
107	NC_012030	GCGTC	2	10	276605	276614	0 %	20 %	40 %	40 %	222481397
108	NC_012030	GCGTC	2	10	277336	277345	0 %	20 %	40 %	40 %	222481398
109	NC_012030	CCTTC	2	10	277708	277717	0 %	40 %	0 %	60 %	222481398
110	NC_012030	GAAAA	2	10	283726	283735	80 %	0 %	20 %	0 %	222481404
111	NC_012030	GACGC	2	10	284358	284367	20 %	0 %	40 %	40 %	222481404
112	NC_012030	TCAAC	2	10	285666	285675	40 %	20 %	0 %	40 %	222481405
113	NC_012030	CCGTC	2	10	287308	287317	0 %	20 %	20 %	60 %	222481407
114	NC_012030	TCCAT	2	10	293601	293610	20 %	40 %	0 %	40 %	222481413
115	NC_012030	CTGCA	2	10	293633	293642	20 %	20 %	20 %	40 %	222481413
116	NC_012030	CCCGC	2	10	293945	293954	0 %	0 %	20 %	80 %	222481413
117	NC_012030	CCCAG	2	10	300658	300667	20 %	0 %	20 %	60 %	222481421
118	NC_012030	CGATC	2	10	302659	302668	20 %	20 %	20 %	40 %	222481422
119	NC_012030	CGGTC	2	10	303862	303871	0 %	20 %	40 %	40 %	222481424
120	NC_012030	CGCGA	2	10	304011	304020	20 %	0 %	40 %	40 %	222481424
121	NC_012030	ATCTC	2	10	309055	309064	20 %	40 %	0 %	40 %	222481428
122	NC_012030	GGAGA	2	10	310509	310518	40 %	0 %	60 %	0 %	222481429
123	NC_012030	CAACT	2	10	314752	314761	40 %	20 %	0 %	40 %	222481435
124	NC_012030	CAACT	2	10	317328	317337	40 %	20 %	0 %	40 %	222481437
125	NC_012030	GTCCA	2	10	318785	318794	20 %	20 %	20 %	40 %	222481438
126	NC_012030	TGCCG	2	10	323864	323873	0 %	20 %	40 %	40 %	222481440
127	NC_012030	TGATT	2	10	325051	325060	20 %	60 %	20 %	0 %	222481441
128	NC_012030	ATGGC	2	10	325329	325338	20 %	20 %	40 %	20 %	222481441
129	NC_012030	ACGAA	2	10	328357	328366	60 %	0 %	20 %	20 %	222481442
130	NC_012030	GTTTC	2	10	329513	329522	0 %	60 %	20 %	20 %	222481444
131	NC_012030	GATCG	2	10	331598	331607	20 %	20 %	40 %	20 %	222481444
132	NC_012030	TTGAT	2	10	331874	331883	20 %	60 %	20 %	0 %	222481445
133	NC_012030	TGTGC	2	10	335496	335505	0 %	40 %	40 %	20 %	222481448
134	NC_012030	CTGGT	2	10	337220	337229	0 %	40 %	40 %	20 %	222481450
135	NC_012030	CGTTG	2	10	345365	345374	0 %	40 %	40 %	20 %	222481460
136	NC_012030	TTCCC	2	10	353925	353934	0 %	40 %	0 %	60 %	222481468
137	NC_012030	TGAAC	2	10	353980	353989	40 %	20 %	20 %	20 %	222481468
138	NC_012030	TCGTT	2	10	356652	356661	0 %	60 %	20 %	20 %	222481471
139	NC_012030	AAATC	2	10	356785	356794	60 %	20 %	0 %	20 %	222481471
140	NC_012030	GTGAC	2	10	360812	360821	20 %	20 %	40 %	20 %	222481473
141	NC_012030	CAACG	2	10	369235	369244	40 %	0 %	20 %	40 %	222481480
142	NC_012030	CACAA	2	10	372690	372699	60 %	0 %	0 %	40 %	222481481
143	NC_012030	CATTC	2	10	372944	372953	20 %	40 %	0 %	40 %	222481481
144	NC_012030	TGAGT	2	10	372956	372965	20 %	40 %	40 %	0 %	222481481
145	NC_012030	CCAAG	2	10	373163	373172	40 %	0 %	20 %	40 %	222481481
146	NC_012030	GCGAT	2	10	373349	373358	20 %	20 %	40 %	20 %	222481481
147	NC_012030	ACCGT	2	10	373989	373998	20 %	20 %	20 %	40 %	222481482
148	NC_012030	ACAGC	2	10	380285	380294	40 %	0 %	20 %	40 %	222481489
149	NC_012030	CCAAA	2	10	380844	380853	60 %	0 %	0 %	40 %	222481490
150	NC_012030	CAGCT	2	10	383206	383215	20 %	20 %	20 %	40 %	222481491
151	NC_012030	AGATG	2	10	383735	383744	40 %	20 %	40 %	0 %	222481492
152	NC_012030	TTGTC	2	10	390273	390282	0 %	60 %	20 %	20 %	222481494
153	NC_012030	TCTGC	2	10	390682	390691	0 %	40 %	20 %	40 %	222481494
154	NC_012030	GACGA	2	10	390792	390801	40 %	0 %	40 %	20 %	222481494
155	NC_012030	GTTGC	2	10	394334	394343	0 %	40 %	40 %	20 %	222481497
156	NC_012030	TCGCG	2	10	398571	398580	0 %	20 %	40 %	40 %	222481499
157	NC_012030	GCATC	2	10	402518	402527	20 %	20 %	20 %	40 %	222481504
158	NC_012030	GGACT	2	10	403679	403688	20 %	20 %	40 %	20 %	222481504
159	NC_012030	CTCAA	2	10	409299	409308	40 %	20 %	0 %	40 %	222481513
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161	NC_012030	GTTTC	2	10	412231	412240	0 %	60 %	20 %	20 %	222481517
162	NC_012030	CGAAA	2	10	414040	414049	60 %	0 %	20 %	20 %	222481518
163	NC_012030	CGATT	2	10	414249	414258	20 %	40 %	20 %	20 %	222481518
164	NC_012030	CAAAT	2	10	415824	415833	60 %	20 %	0 %	20 %	222481518
165	NC_012030	CGACG	2	10	421183	421192	20 %	0 %	40 %	40 %	222481522
166	NC_012030	GGTGA	2	10	422303	422312	20 %	20 %	60 %	0 %	222481522

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.