MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 chromosome 2

Total Repeats: 359

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012028	TCCAC	2	10	489	498	20 %	20 %	0 %	60 %	222475683
2	NC_012028	TCAAG	2	10	1418	1427	40 %	20 %	20 %	20 %	222475683
3	NC_012028	TGGTG	2	10	1614	1623	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012028	ACAGC	2	10	2252	2261	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_012028	GATGG	2	10	5156	5165	20 %	20 %	60 %	0 %	222475686
6	NC_012028	AAATC	2	10	5792	5801	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012028	TTCCG	2	10	6336	6345	0 %	40 %	20 %	40 %	222475687
8	NC_012028	GACGG	2	10	6620	6629	20 %	0 %	60 %	20 %	222475687
9	NC_012028	CATCG	2	10	10349	10358	20 %	20 %	20 %	40 %	222475692
10	NC_012028	GTCCG	2	10	11169	11178	0 %	20 %	40 %	40 %	222475692
11	NC_012028	CGTCG	2	10	17439	17448	0 %	20 %	40 %	40 %	222475697
12	NC_012028	TCAAC	2	10	23905	23914	40 %	20 %	0 %	40 %	222475702
13	NC_012028	CGAGA	2	10	24611	24620	40 %	0 %	40 %	20 %	222475702
14	NC_012028	CGCGT	2	10	29243	29252	0 %	20 %	40 %	40 %	222475704
15	NC_012028	TCTTT	2	10	30197	30206	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012028	GGAAT	2	10	30399	30408	40 %	20 %	40 %	0 %	222475705
17	NC_012028	CGTCG	2	10	30536	30545	0 %	20 %	40 %	40 %	222475705
18	NC_012028	TACAG	2	10	30684	30693	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012028	ATCGA	2	10	30922	30931	40 %	20 %	20 %	20 %	222475706
20	NC_012028	GACTT	2	10	31825	31834	20 %	40 %	20 %	20 %	222475708
21	NC_012028	TGTAT	2	10	32250	32259	20 %	60 %	20 %	0 %	222475709
22	NC_012028	CTATC	2	10	38736	38745	20 %	40 %	0 %	40 %	222475716
23	NC_012028	AGACG	2	10	40360	40369	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012028	CGAGA	2	10	40928	40937	40 %	0 %	40 %	20 %	222475719
25	NC_012028	AACGT	2	10	41365	41374	40 %	20 %	20 %	20 %	222475719
26	NC_012028	TGGTG	2	10	44855	44864	0 %	40 %	60 %	0 %	222475721
27	NC_012028	TGAGT	2	10	46327	46336	20 %	40 %	40 %	0 %	222475721
28	NC_012028	GAGTG	2	10	47918	47927	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012028	TCGCG	2	10	49116	49125	0 %	20 %	40 %	40 %	222475723
30	NC_012028	AGGAA	2	10	51716	51725	60 %	0 %	40 %	0 %	222475724
31	NC_012028	AATCG	2	10	54280	54289	40 %	20 %	20 %	20 %	222475725
32	NC_012028	CCGTG	2	10	54633	54642	0 %	20 %	40 %	40 %	222475725
33	NC_012028	GGGCG	2	10	55946	55955	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012028	ACAGT	2	10	57562	57571	40 %	20 %	20 %	20 %	222475728
35	NC_012028	CGCGT	2	10	57673	57682	0 %	20 %	40 %	40 %	222475728
36	NC_012028	ACGCT	2	10	57744	57753	20 %	20 %	20 %	40 %	222475728
37	NC_012028	GCTCC	2	10	58127	58136	0 %	20 %	20 %	60 %	222475728
38	NC_012028	ATTCG	2	10	59402	59411	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012028	GGCAT	2	10	59941	59950	20 %	20 %	40 %	20 %	222475731
40	NC_012028	TCCGT	2	10	60828	60837	0 %	40 %	20 %	40 %	222475732
41	NC_012028	CTCGA	2	10	61527	61536	20 %	20 %	20 %	40 %	222475733
42	NC_012028	TGTGG	2	10	62648	62657	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012028	CACTC	2	10	64265	64274	20 %	20 %	0 %	60 %	222475734
44	NC_012028	GACAG	2	10	64984	64993	40 %	0 %	40 %	20 %	222475735
45	NC_012028	GCGAG	2	10	65633	65642	20 %	0 %	60 %	20 %	222475736
46	NC_012028	TGCTC	2	10	65817	65826	0 %	40 %	20 %	40 %	222475736
47	NC_012028	GTATA	2	10	66929	66938	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012028	GTGAC	2	10	70258	70267	20 %	20 %	40 %	20 %	222475741
49	NC_012028	TTGCA	2	10	71062	71071	20 %	40 %	20 %	20 %	222475742
50	NC_012028	GCTGC	2	10	74064	74073	0 %	20 %	40 %	40 %	222475745
51	NC_012028	TTCTG	2	10	77515	77524	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012028	GAATG	2	10	81909	81918	40 %	20 %	40 %	0 %	222475754
53	NC_012028	CGCCC	2	10	83747	83756	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
54	NC_012028	GGCGT	2	10	84111	84120	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_012028	TCAAC	2	10	85613	85622	40 %	20 %	0 %	40 %	222475755
56	NC_012028	TTCGA	2	10	88958	88967	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012028	CCCGA	2	10	89508	89517	20 %	0 %	20 %	60 %	222475758
58	NC_012028	GTACA	2	10	89930	89939	40 %	20 %	20 %	20 %	222475758
59	NC_012028	CAATT	2	10	91469	91478	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012028	GTAGA	2	10	93765	93774	40 %	20 %	40 %	0 %	222475761
61	NC_012028	GGACC	2	10	94240	94249	20 %	0 %	40 %	40 %	222475761
62	NC_012028	CCCCA	2	10	95481	95490	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_012028	AGTCC	2	10	95539	95548	20 %	20 %	20 %	40 %	222475762
64	NC_012028	TGCTC	2	10	95921	95930	0 %	40 %	20 %	40 %	222475762
65	NC_012028	GGTGG	2	10	96997	97006	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012028	GTGGG	2	10	97430	97439	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012028	ATTTC	2	10	99252	99261	20 %	60 %	0 %	20 %	222475765
68	NC_012028	CGATA	2	10	104005	104014	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012028	CGCGC	2	10	105463	105472	0 %	0 %	40 %	60 %	222475774
70	NC_012028	GTCGT	2	10	108356	108365	0 %	40 %	40 %	20 %	222475776
71	NC_012028	GAACG	2	10	111330	111339	40 %	0 %	40 %	20 %	222475778
72	NC_012028	AGTCG	2	10	111910	111919	20 %	20 %	40 %	20 %	222475779
73	NC_012028	TCCGC	2	10	112614	112623	0 %	20 %	20 %	60 %	222475779
74	NC_012028	GGGCT	2	10	112639	112648	0 %	20 %	60 %	20 %	222475779
75	NC_012028	CGGTT	2	10	112691	112700	0 %	40 %	40 %	20 %	222475779
76	NC_012028	CCACG	2	10	113705	113714	20 %	0 %	20 %	60 %	222475780
77	NC_012028	TCGTT	2	10	116250	116259	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012028	ATTGT	2	10	116578	116587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012028	AAGCG	2	10	116932	116941	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012028	TGAAT	2	10	117210	117219	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012028	CCGAT	2	10	120412	120421	20 %	20 %	20 %	40 %	222475786
82	NC_012028	ATCCG	2	10	120545	120554	20 %	20 %	20 %	40 %	222475786
83	NC_012028	GCGAC	2	10	121924	121933	20 %	0 %	40 %	40 %	222475787
84	NC_012028	CTGGA	2	10	123944	123953	20 %	20 %	40 %	20 %	222475789
85	NC_012028	AACGA	2	10	126460	126469	60 %	0 %	20 %	20 %	222475791
86	NC_012028	CCGAC	2	10	126491	126500	20 %	0 %	20 %	60 %	222475791
87	NC_012028	GACGA	2	10	126899	126908	40 %	0 %	40 %	20 %	222475792
88	NC_012028	AAATT	2	10	127561	127570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012028	CGGGC	2	10	128185	128194	0 %	0 %	60 %	40 %	222475793
90	NC_012028	GGGCC	2	10	133040	133049	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_012028	CGGGG	2	10	133463	133472	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012028	AGCCG	2	10	134983	134992	20 %	0 %	40 %	40 %	222475797
93	NC_012028	CCCGG	2	10	135862	135871	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
94	NC_012028	ACGAA	2	10	137583	137592	60 %	0 %	20 %	20 %	222475799
95	NC_012028	CGCTT	2	10	139337	139346	0 %	40 %	20 %	40 %	222475801
96	NC_012028	CTCCG	2	10	141670	141679	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_012028	CGGCA	2	10	142591	142600	20 %	0 %	40 %	40 %	222475803
98	NC_012028	CGCCT	2	10	143049	143058	0 %	20 %	20 %	60 %	222475803
99	NC_012028	TCACG	2	10	145325	145334	20 %	20 %	20 %	40 %	222475807
100	NC_012028	CGACG	2	10	145559	145568	20 %	0 %	40 %	40 %	222475807
101	NC_012028	CGCGT	2	10	146499	146508	0 %	20 %	40 %	40 %	222475808
102	NC_012028	CGAAC	2	10	147431	147440	40 %	0 %	20 %	40 %	222475810
103	NC_012028	TTCTG	2	10	148703	148712	0 %	60 %	20 %	20 %	222475812
104	NC_012028	AGCGA	2	10	157061	157070	40 %	0 %	40 %	20 %	222475823
105	NC_012028	CAAGA	2	10	157123	157132	60 %	0 %	20 %	20 %	222475823
106	NC_012028	CGGAC	2	10	158645	158654	20 %	0 %	40 %	40 %	222475826
107	NC_012028	GAAAT	2	10	158658	158667	60 %	20 %	20 %	0 %	222475826
108	NC_012028	TGACG	2	10	160893	160902	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_012028	GGCTC	2	10	163309	163318	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_012028	CGTGA	2	10	168414	168423	20 %	20 %	40 %	20 %	222475832
111	NC_012028	ACGTA	2	10	168442	168451	40 %	20 %	20 %	20 %	222475832
112	NC_012028	GATCG	2	10	171898	171907	20 %	20 %	40 %	20 %	222475835
113	NC_012028	CCGGG	2	10	172875	172884	0 %	0 %	60 %	40 %	222475835
114	NC_012028	GAGAC	2	10	173941	173950	40 %	0 %	40 %	20 %	222475836
115	NC_012028	ACGGT	2	10	174152	174161	20 %	20 %	40 %	20 %	222475837
116	NC_012028	CGAGC	2	10	174465	174474	20 %	0 %	40 %	40 %	222475837
117	NC_012028	CCGAA	2	10	175324	175333	40 %	0 %	20 %	40 %	222475838
118	NC_012028	TCCGG	2	10	175651	175660	0 %	20 %	40 %	40 %	222475839
119	NC_012028	AATCG	2	10	176755	176764	40 %	20 %	20 %	20 %	222475840
120	NC_012028	ACCAA	2	10	178055	178064	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_012028	GTATC	2	10	183193	183202	20 %	40 %	20 %	20 %	222475846
122	NC_012028	GGTCA	2	10	184335	184344	20 %	20 %	40 %	20 %	222475847
123	NC_012028	ACGCC	2	10	185991	186000	20 %	0 %	20 %	60 %	222475849
124	NC_012028	ATTGT	2	10	186714	186723	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012028	TCGGC	2	10	187162	187171	0 %	20 %	40 %	40 %	222475850
126	NC_012028	GATCG	2	10	189219	189228	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012028	TCGGC	2	10	192781	192790	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_012028	TGTCG	2	10	195572	195581	0 %	40 %	40 %	20 %	222475857
129	NC_012028	TGCGT	2	10	197331	197340	0 %	40 %	40 %	20 %	222475858
130	NC_012028	CGCTG	2	10	200302	200311	0 %	20 %	40 %	40 %	222475860
131	NC_012028	GTCCA	2	10	201543	201552	20 %	20 %	20 %	40 %	222475860
132	NC_012028	TCCTT	2	10	201671	201680	0 %	60 %	0 %	40 %	222475860
133	NC_012028	TTCTC	2	10	202137	202146	0 %	60 %	0 %	40 %	222475861
134	NC_012028	AGACG	2	10	203152	203161	40 %	0 %	40 %	20 %	222475862
135	NC_012028	CCCAA	2	10	203859	203868	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
136	NC_012028	GGTTG	2	10	206244	206253	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012028	CACCC	2	10	208527	208536	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
138	NC_012028	GAACG	2	10	209312	209321	40 %	0 %	40 %	20 %	222475873
139	NC_012028	CGACA	2	10	209522	209531	40 %	0 %	20 %	40 %	222475873
140	NC_012028	TCTGT	2	10	210597	210606	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_012028	AGACG	2	10	211026	211035	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_012028	ACCGA	2	10	212528	212537	40 %	0 %	20 %	40 %	222475874
143	NC_012028	CCGTG	2	10	212538	212547	0 %	20 %	40 %	40 %	222475874
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152	NC_012028	GATCG	2	10	222192	222201	20 %	20 %	40 %	20 %	222475879
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155	NC_012028	AGGTC	2	10	224082	224091	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
156	NC_012028	CCGAG	2	10	226779	226788	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
157	NC_012028	CGATG	2	10	228079	228088	20 %	20 %	40 %	20 %	222475883
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160	NC_012028	TCGCT	2	10	229819	229828	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
161	NC_012028	TCGCT	2	10	229867	229876	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
162	NC_012028	GGCGC	2	10	230713	230722	0 %	0 %	60 %	40 %	222475885
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250	NC_012028	GCACC	2	10	360503	360512	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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267	NC_012028	CCGAG	2	10	385199	385208	20 %	0 %	40 %	40 %	222476049
268	NC_012028	CCAAA	2	10	385280	385289	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
269	NC_012028	ATTCG	2	10	385383	385392	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
270	NC_012028	AGCGA	2	10	387802	387811	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
271	NC_012028	CGGAG	2	10	387815	387824	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
272	NC_012028	GTTCG	2	10	389921	389930	0 %	40 %	40 %	20 %	222476054
273	NC_012028	GACAC	2	10	392074	392083	40 %	0 %	20 %	40 %	222476057
274	NC_012028	ATCCA	2	10	393952	393961	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
275	NC_012028	GATCG	2	10	394911	394920	20 %	20 %	40 %	20 %	222476059
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277	NC_012028	GCGTC	2	10	395751	395760	0 %	20 %	40 %	40 %	222476060
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281	NC_012028	CGCTG	2	10	398770	398779	0 %	20 %	40 %	40 %	222476064
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283	NC_012028	AGCGA	2	10	399561	399570	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
284	NC_012028	GTACC	2	10	401497	401506	20 %	20 %	20 %	40 %	222476070
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291	NC_012028	CCATC	2	10	413459	413468	20 %	20 %	0 %	60 %	222476078
292	NC_012028	TGTCG	2	10	414340	414349	0 %	40 %	40 %	20 %	222476079
293	NC_012028	CGTGA	2	10	415380	415389	20 %	20 %	40 %	20 %	222476080
294	NC_012028	CGTTC	2	10	415641	415650	0 %	40 %	20 %	40 %	222476080
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298	NC_012028	ATCGT	2	10	421549	421558	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
299	NC_012028	CCCGT	2	10	422368	422377	0 %	20 %	20 %	60 %	222476088
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302	NC_012028	CGTCG	2	10	425961	425970	0 %	20 %	40 %	40 %	222476089
303	NC_012028	CTGGG	2	10	426757	426766	0 %	20 %	60 %	20 %	222476089
304	NC_012028	TGAGA	2	10	428615	428624	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
305	NC_012028	AGACG	2	10	431228	431237	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
306	NC_012028	TCTTT	2	10	431494	431503	0 %	80 %	0 %	20 %	222476090
307	NC_012028	ACAGC	2	10	432445	432454	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
308	NC_012028	CACTC	2	10	433296	433305	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
309	NC_012028	CCGAA	2	10	434487	434496	40 %	0 %	20 %	40 %	222476093
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311	NC_012028	AGCGG	2	10	435310	435319	20 %	0 %	60 %	20 %	222476093
312	NC_012028	GTCGG	2	10	437086	437095	0 %	20 %	60 %	20 %	222476093
313	NC_012028	CTCGA	2	10	439734	439743	20 %	20 %	20 %	40 %	222476095
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315	NC_012028	GATCG	2	10	443459	443468	20 %	20 %	40 %	20 %	222476099
316	NC_012028	CCCCG	2	10	445421	445430	0 %	0 %	20 %	80 %	222476099
317	NC_012028	GATGA	2	10	445684	445693	40 %	20 %	40 %	0 %	222476100
318	NC_012028	TCGAG	2	10	446727	446736	20 %	20 %	40 %	20 %	222476100
319	NC_012028	CGAGG	2	10	447175	447184	20 %	0 %	60 %	20 %	222476100
320	NC_012028	CAGTC	2	10	448127	448136	20 %	20 %	20 %	40 %	222476101
321	NC_012028	CCAGA	2	10	448352	448361	40 %	0 %	20 %	40 %	222476101
322	NC_012028	CCGGG	2	10	452149	452158	0 %	0 %	60 %	40 %	222476107
323	NC_012028	CGTCG	2	10	455286	455295	0 %	20 %	40 %	40 %	222476111
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330	NC_012028	TAAAA	2	10	465955	465964	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_012028	CTCGC	2	10	468491	468500	0 %	20 %	20 %	60 %	222476119
332	NC_012028	GTTCG	2	10	470082	470091	0 %	40 %	40 %	20 %	222476120
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339	NC_012028	ATCAA	2	10	485749	485758	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
340	NC_012028	CTGCT	2	10	488962	488971	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
341	NC_012028	GCAAT	2	10	490000	490009	40 %	20 %	20 %	20 %	222476126
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349	NC_012028	GCGCC	2	10	500840	500849	0 %	0 %	40 %	60 %	222476133
350	NC_012028	CACGC	2	10	507644	507653	20 %	0 %	20 %	60 %	222476138
351	NC_012028	ATTCT	2	10	508479	508488	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
352	NC_012028	GCGAT	2	10	510194	510203	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
353	NC_012028	CCCGG	2	10	513768	513777	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
354	NC_012028	TTCGA	2	10	517223	517232	20 %	40 %	20 %	20 %	222476147
355	NC_012028	TTCCA	2	10	520299	520308	20 %	40 %	0 %	40 %	222476151
356	NC_012028	GTCAA	2	10	522931	522940	40 %	20 %	20 %	20 %	222476154
357	NC_012028	GCCTT	2	10	523075	523084	0 %	40 %	20 %	40 %	222476154
358	NC_012028	GATCA	2	10	523420	523429	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
359	NC_012028	TTCAA	2	10	525895	525904	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.