MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 chromosome 2

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012028	TGGTG	2	10	1614	1623	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012028	ACAGC	2	10	2252	2261	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012028	AAATC	2	10	5792	5801	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012028	TCTTT	2	10	30197	30206	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012028	TACAG	2	10	30684	30693	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012028	AGACG	2	10	40360	40369	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012028	GAGTG	2	10	47918	47927	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012028	GGGCG	2	10	55946	55955	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012028	ATTCG	2	10	59402	59411	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012028	TGTGG	2	10	62648	62657	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012028	GTATA	2	10	66929	66938	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012028	TTCTG	2	10	77515	77524	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_012028	CGCCC	2	10	83747	83756	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
14	NC_012028	GGCGT	2	10	84111	84120	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012028	TTCGA	2	10	88958	88967	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012028	CAATT	2	10	91469	91478	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_012028	CCCCA	2	10	95481	95490	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_012028	GGTGG	2	10	96997	97006	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012028	GTGGG	2	10	97430	97439	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012028	CGATA	2	10	104005	104014	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012028	TCGTT	2	10	116250	116259	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012028	ATTGT	2	10	116578	116587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012028	AAGCG	2	10	116932	116941	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012028	TGAAT	2	10	117210	117219	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012028	AAATT	2	10	127561	127570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012028	GGGCC	2	10	133040	133049	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
27	NC_012028	CGGGG	2	10	133463	133472	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012028	CCCGG	2	10	135862	135871	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_012028	CTCCG	2	10	141670	141679	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_012028	TGACG	2	10	160893	160902	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012028	GGCTC	2	10	163309	163318	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_012028	ACCAA	2	10	178055	178064	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012028	ATTGT	2	10	186714	186723	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012028	GATCG	2	10	189219	189228	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012028	TCGGC	2	10	192781	192790	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012028	CCCAA	2	10	203859	203868	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_012028	GGTTG	2	10	206244	206253	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012028	CACCC	2	10	208527	208536	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
39	NC_012028	TCTGT	2	10	210597	210606	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012028	AGACG	2	10	211026	211035	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012028	TACAC	2	10	224000	224009	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012028	AGGTC	2	10	224082	224091	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012028	CCGAG	2	10	226779	226788	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_012028	ATCGA	2	10	228475	228484	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_012028	ACGAC	2	10	229500	229509	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_012028	TCGCT	2	10	229819	229828	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012028	TCGCT	2	10	229867	229876	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_012028	CTCCG	2	10	231209	231218	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_012028	GAACG	2	10	277388	277397	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012028	TCGCT	2	10	288212	288221	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_012028	TTCGA	2	10	289034	289043	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012028	AGAAT	2	10	290311	290320	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012028	ATATA	2	10	295135	295144	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012028	CCATC	2	10	300550	300559	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_012028	ACGAG	2	10	301908	301917	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012028	GAACC	2	10	302088	302097	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_012028	GAATA	2	10	314675	314684	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012028	ATGTG	2	10	320338	320347	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012028	AGTAT	2	10	345145	345154	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012028	TTGTT	2	10	348015	348024	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012028	ACGTG	2	10	351828	351837	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_012028	TCGAA	2	10	360210	360219	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012028	TCAAC	2	10	360300	360309	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_012028	GATGG	2	10	360328	360337	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012028	GACCC	2	10	360487	360496	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_012028	GCACC	2	10	360503	360512	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_012028	GGCCA	2	10	369485	369494	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012028	TCTAT	2	10	379428	379437	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012028	CCAAA	2	10	385280	385289	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_012028	ATTCG	2	10	385383	385392	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012028	AGCGA	2	10	387802	387811	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012028	CGGAG	2	10	387815	387824	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012028	ATCCA	2	10	393952	393961	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_012028	GCGGG	2	10	399406	399415	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012028	AGCGA	2	10	399561	399570	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012028	ATCGT	2	10	421549	421558	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012028	TGAGA	2	10	428615	428624	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012028	AGACG	2	10	431228	431237	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012028	ACAGC	2	10	432445	432454	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_012028	CACTC	2	10	433296	433305	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_012028	GGGAG	2	10	442230	442239	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012028	GGGCA	2	10	465054	465063	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012028	TAAAA	2	10	465955	465964	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012028	ACTTG	2	10	481490	481499	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_012028	ATCAA	2	10	485749	485758	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012028	CTGCT	2	10	488962	488971	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012028	GTTCT	2	10	492252	492261	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_012028	ATTCT	2	10	508479	508488	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012028	GCGAT	2	10	510194	510203	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_012028	CCCGG	2	10	513768	513777	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
91	NC_012028	GATCA	2	10	523420	523429	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012028	TTCAA	2	10	525895	525904	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.