MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus uberis 0140J chromosome

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012004	TAAGGA	2	12	19555	19566	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012004	GAAGTG	2	12	22734	22745	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012004	ACTAAT	2	12	22764	22775	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012004	AGATAT	2	12	22838	22849	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012004	TATTTT	2	12	60316	60327	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012004	CTTTTG	2	12	60590	60601	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012004	TAAGGA	2	12	89793	89804	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012004	GAAGTG	2	12	92972	92983	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012004	ACTAAT	2	12	93002	93013	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_012004	AGATAT	2	12	93076	93087	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012004	TTCGGG	2	12	94049	94060	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_012004	TCTTTT	2	12	96178	96189	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012004	AAAAAG	2	12	114993	115004	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012004	TTGTCA	2	12	138110	138121	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012004	AAAAAG	2	12	211682	211693	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012004	TTAATC	2	12	213632	213643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_012004	AAATGG	2	12	249557	249568	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012004	AATAAA	2	12	271451	271462	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012004	AAAGAA	2	12	275891	275902	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012004	AAATTG	2	12	276897	276908	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012004	TAAGGA	2	12	310657	310668	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012004	GAAGTG	2	12	313836	313847	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012004	ACTAAT	2	12	313866	313877	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012004	AGATAT	2	12	313940	313951	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012004	TTCTTT	2	12	314467	314478	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012004	TAAGGA	2	12	351237	351248	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012004	GAAGTG	2	12	354416	354427	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012004	ACTAAT	2	12	354446	354457	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012004	AGATAT	2	12	354520	354531	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012004	TTCTTT	2	12	355047	355058	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_012004	ACCCTA	2	12	361422	361433	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_012004	TTTAAT	2	12	374035	374046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012004	ACTGTG	2	12	378815	378826	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012004	CCGAAA	2	12	440410	440421	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_012004	TATCAT	2	12	468565	468576	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012004	TTGAAA	2	12	498373	498384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012004	AAAGGA	2	12	524494	524505	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012004	TATATC	2	12	579252	579263	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_012004	AATGAA	2	12	589563	589574	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012004	TCCTTT	2	12	593551	593562	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012004	GAAGGA	2	12	596315	596326	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012004	AATTCA	2	12	605111	605122	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_012004	CTTTTT	2	12	612691	612702	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_012004	GTTAAA	2	12	623823	623834	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012004	ATCACG	2	12	741926	741937	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012004	TGCAAC	2	12	742700	742711	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_012004	AAATTA	2	12	743733	743744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012004	ATAACG	2	12	815847	815858	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012004	CAAAAG	2	12	900824	900835	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_012004	AAAAAG	2	12	955608	955619	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012004	AGCCTT	2	12	981616	981627	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012004	CCCGAA	2	12	987149	987160	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_012004	AGAATG	2	12	998777	998788	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012004	ATCATG	2	12	1013315	1013326	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_012004	AAAACA	2	12	1029697	1029708	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_012004	GAAACA	2	12	1036823	1036834	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012004	AGAAAA	2	12	1044744	1044755	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012004	AAAAAG	2	12	1085263	1085274	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012004	TTTTCA	2	12	1149508	1149519	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_012004	TGAAAT	2	12	1150983	1150994	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012004	CATCTT	2	12	1160658	1160669	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012004	TTCTGG	2	12	1315231	1315242	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012004	CCAGAA	2	12	1315252	1315263	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_012004	TTTTCC	2	12	1327805	1327816	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012004	TATTTT	2	12	1339952	1339963	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012004	ATATCT	2	12	1366737	1366748	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_012004	TATTAG	2	12	1366810	1366821	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012004	TCCTTA	2	12	1370020	1370031	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012004	TAAAGC	2	12	1441392	1441403	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012004	CATAAA	2	12	1448228	1448239	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_012004	GAATAA	2	12	1448910	1448921	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012004	GCAAAA	2	12	1465705	1465716	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_012004	GTAAAA	2	12	1474625	1474636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012004	GCAACA	2	12	1477435	1477446	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_012004	TCTTTT	2	12	1579085	1579096	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012004	CATTTA	2	12	1590905	1590916	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_012004	ATTGCT	2	12	1640159	1640170	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_012004	CAAAAG	2	12	1643158	1643169	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_012004	ATCAAA	2	12	1651331	1651342	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_012004	TCCTAT	2	12	1659406	1659417	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_012004	CCTGAA	2	12	1673971	1673982	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_012004	CCAATT	2	12	1727131	1727142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_012004	AAAAGA	2	12	1730240	1730251	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012004	CTTTCA	2	12	1743264	1743275	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012004	AATTAA	2	12	1752825	1752836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012004	CTATTT	2	12	1785825	1785836	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012004	TGTATT	2	12	1817057	1817068	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012004	TTTCCT	2	12	1826600	1826611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.