MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4b

Total Repeats: 301

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011991	TCGA	2	8	330	337	25 %	25 %	25 %	25 %	222109118
2	NC_011991	GCCT	2	8	599	606	0 %	25 %	25 %	50 %	222109118
3	NC_011991	ATGG	2	8	1437	1444	25 %	25 %	50 %	0 %	222109118
4	NC_011991	GGGC	2	8	1485	1492	0 %	0 %	75 %	25 %	222109118
5	NC_011991	TTCA	2	8	1721	1728	25 %	50 %	0 %	25 %	222109119
6	NC_011991	TGCG	2	8	1872	1879	0 %	25 %	50 %	25 %	222109119
7	NC_011991	CTGT	2	8	2057	2064	0 %	50 %	25 %	25 %	222109119
8	NC_011991	ACGA	2	8	2255	2262	50 %	0 %	25 %	25 %	222109119
9	NC_011991	GAAC	2	8	2366	2373	50 %	0 %	25 %	25 %	222109119
10	NC_011991	AAAC	2	8	2478	2485	75 %	0 %	0 %	25 %	222109119
11	NC_011991	AGCG	2	8	3442	3449	25 %	0 %	50 %	25 %	222109120
12	NC_011991	CGGC	2	8	3785	3792	0 %	0 %	50 %	50 %	222109120
13	NC_011991	CGTC	2	8	4197	4204	0 %	25 %	25 %	50 %	222109121
14	NC_011991	CTCA	2	8	4289	4296	25 %	25 %	0 %	50 %	222109121
15	NC_011991	TGCA	2	8	5539	5546	25 %	25 %	25 %	25 %	222109122
16	NC_011991	ACGA	2	8	5851	5858	50 %	0 %	25 %	25 %	222109123
17	NC_011991	GCCC	2	8	6260	6267	0 %	0 %	25 %	75 %	222109124
18	NC_011991	GCGG	2	8	6658	6665	0 %	0 %	75 %	25 %	222109124
19	NC_011991	GGCC	2	8	6897	6904	0 %	0 %	50 %	50 %	222109125
20	NC_011991	GCAG	2	8	7027	7034	25 %	0 %	50 %	25 %	222109125
21	NC_011991	TCTG	2	8	7822	7829	0 %	50 %	25 %	25 %	222109126
22	NC_011991	ACGG	2	8	7844	7851	25 %	0 %	50 %	25 %	222109126
23	NC_011991	GCAC	2	8	8134	8141	25 %	0 %	25 %	50 %	222109126
24	NC_011991	GACC	2	8	8660	8667	25 %	0 %	25 %	50 %	222109127
25	NC_011991	GCCG	2	8	9282	9289	0 %	0 %	50 %	50 %	222109128
26	NC_011991	TGAA	2	8	10681	10688	50 %	25 %	25 %	0 %	222109129
27	NC_011991	CGTG	2	8	10701	10708	0 %	25 %	50 %	25 %	222109129
28	NC_011991	GCGA	2	8	11244	11251	25 %	0 %	50 %	25 %	222109130
29	NC_011991	GCGA	2	8	12927	12934	25 %	0 %	50 %	25 %	222109131
30	NC_011991	TCGA	2	8	13476	13483	25 %	25 %	25 %	25 %	222109131
31	NC_011991	CGAG	2	8	14440	14447	25 %	0 %	50 %	25 %	222109131
32	NC_011991	CTGG	2	8	14990	14997	0 %	25 %	50 %	25 %	222109131
33	NC_011991	TCAA	2	8	15205	15212	50 %	25 %	0 %	25 %	222109131
34	NC_011991	GCGA	2	8	15899	15906	25 %	0 %	50 %	25 %	222109131
35	NC_011991	TGAA	2	8	17441	17448	50 %	25 %	25 %	0 %	222109134
36	NC_011991	GCTG	2	8	18483	18490	0 %	25 %	50 %	25 %	222109134
37	NC_011991	GACC	2	8	18990	18997	25 %	0 %	25 %	50 %	222109135
38	NC_011991	CGGT	2	8	19091	19098	0 %	25 %	50 %	25 %	222109135
39	NC_011991	AAAC	2	8	19146	19153	75 %	0 %	0 %	25 %	222109135
40	NC_011991	GGAG	2	8	19326	19333	25 %	0 %	75 %	0 %	222109135
41	NC_011991	CCTG	2	8	19891	19898	0 %	25 %	25 %	50 %	222109136
42	NC_011991	GAGC	2	8	20377	20384	25 %	0 %	50 %	25 %	222109136
43	NC_011991	TCGA	2	8	20940	20947	25 %	25 %	25 %	25 %	222109137
44	NC_011991	CCTG	2	8	21095	21102	0 %	25 %	25 %	50 %	222109137
45	NC_011991	TTCT	2	8	21539	21546	0 %	75 %	0 %	25 %	222109137
46	NC_011991	ATGG	2	8	21990	21997	25 %	25 %	50 %	0 %	222109137
47	NC_011991	AGCA	2	8	23371	23378	50 %	0 %	25 %	25 %	222109138
48	NC_011991	CCTT	2	8	23528	23535	0 %	50 %	0 %	50 %	222109138
49	NC_011991	CAGT	2	8	24078	24085	25 %	25 %	25 %	25 %	222109138
50	NC_011991	GACG	2	8	24144	24151	25 %	0 %	50 %	25 %	222109138
51	NC_011991	AGGA	2	8	24292	24299	50 %	0 %	50 %	0 %	222109138
52	NC_011991	CGTC	2	8	24576	24583	0 %	25 %	25 %	50 %	222109139
53	NC_011991	ACGG	2	8	25033	25040	25 %	0 %	50 %	25 %	222109139
54	NC_011991	GCGT	2	8	25174	25181	0 %	25 %	50 %	25 %	222109139
55	NC_011991	TGGA	2	8	25904	25911	25 %	25 %	50 %	0 %	222109140
56	NC_011991	TTCT	2	8	26130	26137	0 %	75 %	0 %	25 %	222109140
57	NC_011991	CCAA	2	8	26191	26198	50 %	0 %	0 %	50 %	222109140
58	NC_011991	GTCG	2	8	26265	26272	0 %	25 %	50 %	25 %	222109140
59	NC_011991	TCGT	2	8	27271	27278	0 %	50 %	25 %	25 %	222109141
60	NC_011991	CGTT	2	8	27560	27567	0 %	50 %	25 %	25 %	222109141
61	NC_011991	ACCG	2	8	28636	28643	25 %	0 %	25 %	50 %	222109142
62	NC_011991	GCGA	2	8	28654	28661	25 %	0 %	50 %	25 %	222109142
63	NC_011991	TCGA	2	8	28720	28727	25 %	25 %	25 %	25 %	222109142
64	NC_011991	GATC	2	8	29288	29295	25 %	25 %	25 %	25 %	222109142
65	NC_011991	TCCT	2	8	29488	29495	0 %	50 %	0 %	50 %	222109142
66	NC_011991	GAAT	2	8	29585	29592	50 %	25 %	25 %	0 %	222109142
67	NC_011991	GTTG	2	8	30109	30116	0 %	50 %	50 %	0 %	222109143
68	NC_011991	TGCC	2	8	30243	30250	0 %	25 %	25 %	50 %	222109143
69	NC_011991	ACCC	2	8	30398	30405	25 %	0 %	0 %	75 %	222109143
70	NC_011991	AGGT	2	8	30767	30774	25 %	25 %	50 %	0 %	222109143
71	NC_011991	CGTT	2	8	31241	31248	0 %	50 %	25 %	25 %	222109143
72	NC_011991	AGGT	2	8	31395	31402	25 %	25 %	50 %	0 %	222109143
73	NC_011991	TGCC	2	8	31489	31496	0 %	25 %	25 %	50 %	222109143
74	NC_011991	GCTC	2	8	31626	31633	0 %	25 %	25 %	50 %	222109143
75	NC_011991	GCCT	2	8	33012	33019	0 %	25 %	25 %	50 %	222109143
76	NC_011991	TAGT	3	12	33820	33831	25 %	50 %	25 %	0 %	222109144
77	NC_011991	CTTC	2	8	33899	33906	0 %	50 %	0 %	50 %	222109144
78	NC_011991	TTGA	2	8	34335	34342	25 %	50 %	25 %	0 %	222109144
79	NC_011991	AGGG	2	8	34725	34732	25 %	0 %	75 %	0 %	222109144
80	NC_011991	TGCT	2	8	35109	35116	0 %	50 %	25 %	25 %	222109144
81	NC_011991	GAAA	2	8	35560	35567	75 %	0 %	25 %	0 %	222109144
82	NC_011991	CGAC	2	8	36169	36176	25 %	0 %	25 %	50 %	222109145
83	NC_011991	CCTG	2	8	36737	36744	0 %	25 %	25 %	50 %	222109147
84	NC_011991	GGTC	2	8	37208	37215	0 %	25 %	50 %	25 %	222109148
85	NC_011991	TTCC	2	8	38775	38782	0 %	50 %	0 %	50 %	222109150
86	NC_011991	GGCT	2	8	38797	38804	0 %	25 %	50 %	25 %	222109150
87	NC_011991	CGCC	2	8	39206	39213	0 %	0 %	25 %	75 %	222109151
88	NC_011991	GGAA	2	8	39314	39321	50 %	0 %	50 %	0 %	222109151
89	NC_011991	GCTC	2	8	39509	39516	0 %	25 %	25 %	50 %	222109151
90	NC_011991	CCCT	2	8	39846	39853	0 %	25 %	0 %	75 %	222109151
91	NC_011991	TCGA	2	8	39931	39938	25 %	25 %	25 %	25 %	222109151
92	NC_011991	CGGC	2	8	40180	40187	0 %	0 %	50 %	50 %	222109151
93	NC_011991	CCTG	2	8	40295	40302	0 %	25 %	25 %	50 %	222109151
94	NC_011991	ATCA	2	8	40714	40721	50 %	25 %	0 %	25 %	222109151
95	NC_011991	GCCA	2	8	40778	40785	25 %	0 %	25 %	50 %	222109151
96	NC_011991	GCTG	2	8	40817	40824	0 %	25 %	50 %	25 %	222109151
97	NC_011991	CGAG	2	8	40887	40894	25 %	0 %	50 %	25 %	222109151
98	NC_011991	GCTG	2	8	40941	40948	0 %	25 %	50 %	25 %	222109151
99	NC_011991	ACCG	2	8	41383	41390	25 %	0 %	25 %	50 %	222109151
100	NC_011991	ACCG	2	8	41575	41582	25 %	0 %	25 %	50 %	222109151
101	NC_011991	GAAG	2	8	42129	42136	50 %	0 %	50 %	0 %	222109151
102	NC_011991	CCGG	2	8	42353	42360	0 %	0 %	50 %	50 %	222109151
103	NC_011991	CCGG	2	8	42662	42669	0 %	0 %	50 %	50 %	222109151
104	NC_011991	CGAT	2	8	42821	42828	25 %	25 %	25 %	25 %	222109151
105	NC_011991	CGTC	2	8	43287	43294	0 %	25 %	25 %	50 %	222109151
106	NC_011991	CGCC	2	8	43536	43543	0 %	0 %	25 %	75 %	222109151
107	NC_011991	GTCT	2	8	44468	44475	0 %	50 %	25 %	25 %	222109152
108	NC_011991	AGGT	2	8	44556	44563	25 %	25 %	50 %	0 %	222109152
109	NC_011991	GATC	2	8	44662	44669	25 %	25 %	25 %	25 %	222109152
110	NC_011991	GTGG	2	8	45380	45387	0 %	25 %	75 %	0 %	222109153
111	NC_011991	GCTT	2	8	45400	45407	0 %	50 %	25 %	25 %	222109153
112	NC_011991	CGCA	2	8	45869	45876	25 %	0 %	25 %	50 %	222109154
113	NC_011991	GGCG	2	8	46175	46182	0 %	0 %	75 %	25 %	222109155
114	NC_011991	CCGG	2	8	46580	46587	0 %	0 %	50 %	50 %	222109156
115	NC_011991	GATC	3	12	46992	47003	25 %	25 %	25 %	25 %	222109157
116	NC_011991	GACC	2	8	47116	47123	25 %	0 %	25 %	50 %	222109157
117	NC_011991	TGGA	2	8	47563	47570	25 %	25 %	50 %	0 %	222109158
118	NC_011991	CTCG	2	8	47719	47726	0 %	25 %	25 %	50 %	222109158
119	NC_011991	GAAG	2	8	47734	47741	50 %	0 %	50 %	0 %	222109158
120	NC_011991	ATCG	2	8	48089	48096	25 %	25 %	25 %	25 %	222109158
121	NC_011991	GGCG	2	8	48787	48794	0 %	0 %	75 %	25 %	222109158
122	NC_011991	GTCG	2	8	48967	48974	0 %	25 %	50 %	25 %	222109158
123	NC_011991	CGGG	2	8	49418	49425	0 %	0 %	75 %	25 %	222109159
124	NC_011991	GATC	2	8	49737	49744	25 %	25 %	25 %	25 %	222109160
125	NC_011991	AGCG	2	8	50086	50093	25 %	0 %	50 %	25 %	222109161
126	NC_011991	ACCG	2	8	50192	50199	25 %	0 %	25 %	50 %	222109161
127	NC_011991	GACG	2	8	50249	50256	25 %	0 %	50 %	25 %	222109161
128	NC_011991	CTGG	2	8	50396	50403	0 %	25 %	50 %	25 %	222109161
129	NC_011991	GCCT	2	8	50616	50623	0 %	25 %	25 %	50 %	222109162
130	NC_011991	CCCG	2	8	51094	51101	0 %	0 %	25 %	75 %	222109163
131	NC_011991	GTCG	2	8	51603	51610	0 %	25 %	50 %	25 %	222109163
132	NC_011991	CAAG	2	8	51791	51798	50 %	0 %	25 %	25 %	222109164
133	NC_011991	GGCA	2	8	51885	51892	25 %	0 %	50 %	25 %	222109164
134	NC_011991	CAGA	2	8	52165	52172	50 %	0 %	25 %	25 %	222109164
135	NC_011991	CCCG	2	8	54567	54574	0 %	0 %	25 %	75 %	222109166
136	NC_011991	CTGG	2	8	54808	54815	0 %	25 %	50 %	25 %	222109166
137	NC_011991	CGGC	2	8	55230	55237	0 %	0 %	50 %	50 %	222109167
138	NC_011991	ATCG	2	8	55260	55267	25 %	25 %	25 %	25 %	222109167
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276	NC_011991	CGCA	2	8	118792	118799	25 %	0 %	25 %	50 %	222109213
277	NC_011991	CCGA	2	8	119222	119229	25 %	0 %	25 %	50 %	222109213
278	NC_011991	CCGA	2	8	119915	119922	25 %	0 %	25 %	50 %	222109215
279	NC_011991	CGAT	2	8	119943	119950	25 %	25 %	25 %	25 %	222109215
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284	NC_011991	CGCA	2	8	120674	120681	25 %	0 %	25 %	50 %	222109215
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300	NC_011991	GAAA	2	8	128943	128950	75 %	0 %	25 %	0 %	222109223
301	NC_011991	CGTT	2	8	129816	129823	0 %	50 %	25 %	25 %	222109224

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.