MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Agrobacterium radiobacter K84 plasmid pAtK84b

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011990	TCGTC	2	10	256	265	0 %	40 %	20 %	40 %	222108941
2	NC_011990	GACGG	2	10	3303	3312	20 %	0 %	60 %	20 %	222108944
3	NC_011990	ACGCG	2	10	7731	7740	20 %	0 %	40 %	40 %	222108948
4	NC_011990	GCGCG	2	10	7944	7953	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_011990	TCGGG	2	10	11448	11457	0 %	20 %	60 %	20 %	222108953
6	NC_011990	TGTGA	2	10	12635	12644	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011990	GCCGG	2	10	13203	13212	0 %	0 %	60 %	40 %	222108957
8	NC_011990	ATGAC	2	10	17833	17842	40 %	20 %	20 %	20 %	222108962
9	NC_011990	CGCGC	2	10	19453	19462	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
10	NC_011990	CGCGT	2	10	19666	19675	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011990	GGGTC	2	10	20272	20281	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011990	AGGGG	2	10	24217	24226	20 %	0 %	80 %	0 %	222108967
13	NC_011990	GCGCC	2	10	29348	29357	0 %	0 %	40 %	60 %	222108970
14	NC_011990	CGAGC	2	10	30546	30555	20 %	0 %	40 %	40 %	222108972
15	NC_011990	CGGAC	2	10	32998	33007	20 %	0 %	40 %	40 %	222108974
16	NC_011990	ACCAC	2	10	33859	33868	40 %	0 %	0 %	60 %	222108974
17	NC_011990	TCATC	2	10	34855	34864	20 %	40 %	0 %	40 %	222108974
18	NC_011990	CATCG	2	10	36623	36632	20 %	20 %	20 %	40 %	222108974
19	NC_011990	AGGCG	2	10	36932	36941	20 %	0 %	60 %	20 %	222108974
20	NC_011990	TCCGC	2	10	37561	37570	0 %	20 %	20 %	60 %	222108975
21	NC_011990	TCCAC	2	10	40360	40369	20 %	20 %	0 %	60 %	222108977
22	NC_011990	GTCCA	2	10	44137	44146	20 %	20 %	20 %	40 %	222108984
23	NC_011990	TGCGG	2	10	44499	44508	0 %	20 %	60 %	20 %	222108984
24	NC_011990	CGTCA	2	10	45296	45305	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_011990	GGTCT	2	10	45807	45816	0 %	40 %	40 %	20 %	222108986
26	NC_011990	CGCGG	2	10	48010	48019	0 %	0 %	60 %	40 %	222108989
27	NC_011990	CATGG	2	10	48326	48335	20 %	20 %	40 %	20 %	222108989
28	NC_011990	CGCGG	2	10	49963	49972	0 %	0 %	60 %	40 %	222108991
29	NC_011990	TTGTC	2	10	52180	52189	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011990	CGATC	2	10	54370	54379	20 %	20 %	20 %	40 %	222108997
31	NC_011990	TGGTC	2	10	55890	55899	0 %	40 %	40 %	20 %	222109000
32	NC_011990	AGCAG	2	10	56940	56949	40 %	0 %	40 %	20 %	222109000
33	NC_011990	GACGC	2	10	58260	58269	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_011990	GGCAC	2	10	63678	63687	20 %	0 %	40 %	40 %	222109006
35	NC_011990	GCGCG	2	10	65334	65343	0 %	0 %	60 %	40 %	222109008
36	NC_011990	GCTTG	2	10	65438	65447	0 %	40 %	40 %	20 %	222109008
37	NC_011990	GCCAT	2	10	66308	66317	20 %	20 %	20 %	40 %	222109009
38	NC_011990	TCGCC	2	10	67700	67709	0 %	20 %	20 %	60 %	222109011
39	NC_011990	GGAAT	2	10	71037	71046	40 %	20 %	40 %	0 %	222109013
40	NC_011990	TGCAA	2	10	72029	72038	40 %	20 %	20 %	20 %	222109014
41	NC_011990	TTGCC	2	10	72978	72987	0 %	40 %	20 %	40 %	222109016
42	NC_011990	TTGCG	2	10	73542	73551	0 %	40 %	40 %	20 %	222109016
43	NC_011990	CGAGG	2	10	74196	74205	20 %	0 %	60 %	20 %	222109016
44	NC_011990	AGGCA	2	10	74269	74278	40 %	0 %	40 %	20 %	222109016
45	NC_011990	AATCG	2	10	75296	75305	40 %	20 %	20 %	20 %	222109017
46	NC_011990	GTTGA	2	10	80682	80691	20 %	40 %	40 %	0 %	222109022
47	NC_011990	GATCG	2	10	80832	80841	20 %	20 %	40 %	20 %	222109022
48	NC_011990	CATCG	2	10	81334	81343	20 %	20 %	20 %	40 %	222109023
49	NC_011990	CTTTC	2	10	81913	81922	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_011990	TGCGC	2	10	82008	82017	0 %	20 %	40 %	40 %	222109024
51	NC_011990	CAAGC	2	10	83286	83295	40 %	0 %	20 %	40 %	222109025
52	NC_011990	CAGCA	2	10	84299	84308	40 %	0 %	20 %	40 %	222109026
53	NC_011990	CGGTC	2	10	84319	84328	0 %	20 %	40 %	40 %	222109026
54	NC_011990	TGGGG	2	10	84576	84585	0 %	20 %	80 %	0 %	222109026
55	NC_011990	TTCGG	2	10	85034	85043	0 %	40 %	40 %	20 %	222109027
56	NC_011990	CGTTT	2	10	85587	85596	0 %	60 %	20 %	20 %	222109028
57	NC_011990	AACGA	2	10	85846	85855	60 %	0 %	20 %	20 %	222109028
58	NC_011990	GTCGT	2	10	87737	87746	0 %	40 %	40 %	20 %	222109029
59	NC_011990	GAATT	2	10	89082	89091	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011990	ATGCG	3	15	94469	94483	20 %	20 %	40 %	20 %	222109035
61	NC_011990	GCAAG	2	10	94627	94636	40 %	0 %	40 %	20 %	222109035
62	NC_011990	TGCCT	2	10	95776	95785	0 %	40 %	20 %	40 %	222109036
63	NC_011990	CGGGC	2	10	102365	102374	0 %	0 %	60 %	40 %	222109042
64	NC_011990	AGCGC	2	10	102893	102902	20 %	0 %	40 %	40 %	222109043
65	NC_011990	CGCCC	2	10	105219	105228	0 %	0 %	20 %	80 %	222109045
66	NC_011990	GCCCA	2	10	105835	105844	20 %	0 %	20 %	60 %	222109045
67	NC_011990	CTCGC	2	10	107386	107395	0 %	20 %	20 %	60 %	222109046
68	NC_011990	CTGGG	2	10	107594	107603	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011990	CCGCT	2	10	108246	108255	0 %	20 %	20 %	60 %	222109047
70	NC_011990	CCTTG	2	10	108698	108707	0 %	40 %	20 %	40 %	222109047
71	NC_011990	ACCGC	2	10	111579	111588	20 %	0 %	20 %	60 %	222109049
72	NC_011990	CAGCG	2	10	112742	112751	20 %	0 %	40 %	40 %	222109049
73	NC_011990	CTGAA	2	10	118319	118328	40 %	20 %	20 %	20 %	222109055
74	NC_011990	TTCGT	2	10	118554	118563	0 %	60 %	20 %	20 %	222109055
75	NC_011990	GTCCG	2	10	120340	120349	0 %	20 %	40 %	40 %	222109056
76	NC_011990	CGCTG	2	10	123820	123829	0 %	20 %	40 %	40 %	222109061
77	NC_011990	GGCGA	2	10	124921	124930	20 %	0 %	60 %	20 %	222109063
78	NC_011990	CCCCT	2	10	125643	125652	0 %	20 %	0 %	80 %	222109063
79	NC_011990	CCCCT	2	10	127520	127529	0 %	20 %	0 %	80 %	222109065
80	NC_011990	GCGCC	2	10	128189	128198	0 %	0 %	40 %	60 %	222109066
81	NC_011990	CGAAG	2	10	129055	129064	40 %	0 %	40 %	20 %	222109067
82	NC_011990	CTCGA	2	10	130174	130183	20 %	20 %	20 %	40 %	222109068
83	NC_011990	AAACG	2	10	130405	130414	60 %	0 %	20 %	20 %	222109068
84	NC_011990	AAGGG	2	10	132922	132931	40 %	0 %	60 %	0 %	222109070
85	NC_011990	CGCTT	2	10	137744	137753	0 %	40 %	20 %	40 %	222109073
86	NC_011990	CGCGG	2	10	140229	140238	0 %	0 %	60 %	40 %	222109074
87	NC_011990	CCGGT	2	10	140922	140931	0 %	20 %	40 %	40 %	222109075
88	NC_011990	CCGGG	2	10	141816	141825	0 %	0 %	60 %	40 %	222109076
89	NC_011990	CCTTG	2	10	142628	142637	0 %	40 %	20 %	40 %	222109077
90	NC_011990	AGGGA	2	10	144504	144513	40 %	0 %	60 %	0 %	222109081
91	NC_011990	TCACT	2	10	149695	149704	20 %	40 %	0 %	40 %	222109087
92	NC_011990	AGCCG	2	10	152940	152949	20 %	0 %	40 %	40 %	222109089
93	NC_011990	CGAAG	2	10	153443	153452	40 %	0 %	40 %	20 %	222109089
94	NC_011990	CAGGT	2	10	153669	153678	20 %	20 %	40 %	20 %	222109090
95	NC_011990	GCGCC	2	10	156187	156196	0 %	0 %	40 %	60 %	222109093
96	NC_011990	CCATC	2	10	159284	159293	20 %	20 %	0 %	60 %	222109095
97	NC_011990	CGCCA	2	10	161257	161266	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_011990	GTCGC	2	10	161355	161364	0 %	20 %	40 %	40 %	222109098
99	NC_011990	GTGCC	2	10	163461	163470	0 %	20 %	40 %	40 %	222109100
100	NC_011990	AGCGG	2	10	167063	167072	20 %	0 %	60 %	20 %	222109102
101	NC_011990	TCGTG	2	10	167472	167481	0 %	40 %	40 %	20 %	222109103
102	NC_011990	AGGGC	2	10	173145	173154	20 %	0 %	60 %	20 %	222109107
103	NC_011990	TGCGG	2	10	174108	174117	0 %	20 %	60 %	20 %	222109108
104	NC_011990	TCATC	2	10	176278	176287	20 %	40 %	0 %	40 %	222109109
105	NC_011990	TGTGA	2	10	177072	177081	20 %	40 %	40 %	0 %	222109110
106	NC_011990	TGTGC	2	10	177545	177554	0 %	40 %	40 %	20 %	222109111
107	NC_011990	GATCT	2	10	179438	179447	20 %	40 %	20 %	20 %	222109112
108	NC_011990	ATTGC	2	10	180938	180947	20 %	40 %	20 %	20 %	222109115
109	NC_011990	TGACC	2	10	182896	182905	20 %	20 %	20 %	40 %	222109116
110	NC_011990	ACCGG	2	10	183046	183055	20 %	0 %	40 %	40 %	222109116
111	NC_011990	GCGCC	2	10	183161	183170	0 %	0 %	40 %	60 %	222109116

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.