MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 chromosome 1

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011989	TGCACT	2	12	36764	36775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011989	ATCCGG	2	12	66750	66761	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011989	CTTGCG	2	12	67542	67553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011989	AAAACG	2	12	90079	90090	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_011989	TTGAAT	2	12	107827	107838	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011989	GGAACG	2	12	157569	157580	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_011989	AGCGCC	2	12	246703	246714	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_011989	ACAGGA	2	12	268317	268328	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_011989	CAAAGC	2	12	296360	296371	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011989	GTTTTT	2	12	321871	321882	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011989	CAATGT	2	12	346241	346252	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_011989	TTTCGA	2	12	351595	351606	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_011989	TAAGGT	2	12	462381	462392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011989	TCGGCG	2	12	464151	464162	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011989	TCGTGA	2	12	471896	471907	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011989	GTTTTT	2	12	473153	473164	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011989	TGAAGA	2	12	493136	493147	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011989	CGAAAC	2	12	541620	541631	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_011989	AACCTG	2	12	543999	544010	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_011989	GGAAAC	2	12	590521	590532	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011989	GTGAAG	2	12	590819	590830	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011989	CAAAGG	2	12	603103	603114	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011989	ACGCTC	2	12	616569	616580	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_011989	ATCGAG	2	12	616680	616691	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_011989	GTGCCG	2	12	616996	617007	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011989	AATCGA	2	12	617108	617119	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_011989	TGAAAA	2	12	644486	644497	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011989	CCTTCA	2	12	644835	644846	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_011989	GTGTTT	2	12	646099	646110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011989	GGGTTA	2	12	689814	689825	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011989	AGCGCT	2	12	713340	713351	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011989	ACAAGA	2	12	758256	758267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_011989	AGGGCA	2	12	799760	799771	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011989	AGGGCA	2	12	852158	852169	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_011989	CAACCT	2	12	873238	873249	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_011989	ATTCTG	2	12	894390	894401	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_011989	CTCAAC	2	12	907142	907153	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_011989	CTTAAC	2	12	961189	961200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_011989	AAATCG	2	12	963816	963827	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011989	ACCGCT	2	12	989810	989821	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_011989	AACAGG	2	12	1029315	1029326	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011989	CACGCG	2	12	1056697	1056708	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_011989	TGACTT	2	12	1091932	1091943	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011989	GGATGA	2	12	1159914	1159925	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011989	AATGAT	2	12	1179845	1179856	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011989	GATCTT	2	12	1179857	1179868	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_011989	ACGTAA	2	12	1197166	1197177	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011989	GCATCT	2	12	1201785	1201796	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011989	TAGTCT	2	12	1203258	1203269	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_011989	TTGCCG	2	12	1218665	1218676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_011989	GTTCGA	2	12	1334969	1334980	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_011989	CGATGA	2	12	1346187	1346198	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011989	CTTCGC	2	12	1348799	1348810	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_011989	ACATAG	2	12	1359680	1359691	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_011989	GGCCTC	2	12	1401080	1401091	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
56	NC_011989	CAAATT	2	12	1403374	1403385	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011989	TGGAGG	2	12	1405199	1405210	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011989	CATCGG	2	12	1407289	1407300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011989	GGGCAT	2	12	1418820	1418831	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011989	TTGAAA	2	12	1437847	1437858	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011989	GCGCGG	2	12	1480024	1480035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011989	GCGGCT	2	12	1507581	1507592	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_011989	AGGCAA	2	12	1516366	1516377	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011989	ATGGTG	2	12	1574567	1574578	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011989	TGAAAA	2	12	1615295	1615306	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011989	AAATCG	2	12	1615523	1615534	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011989	TTGCCG	2	12	1626645	1626656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_011989	CCATGT	2	12	1629666	1629677	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_011989	CGTCAA	2	12	1657261	1657272	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011989	CAAACT	2	12	1668145	1668156	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_011989	CGATGC	2	12	1674209	1674220	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011989	TGTTTT	2	12	1692972	1692983	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011989	GACCTT	2	12	1705501	1705512	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011989	ATGGTC	2	12	1709097	1709108	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011989	CGTTGT	2	12	1709892	1709903	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011989	AAACCG	2	12	1723907	1723918	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_011989	GTCTTT	2	12	1759178	1759189	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011989	GTTTCT	2	12	1790162	1790173	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011989	TAAAAT	2	12	1806313	1806324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011989	GCTAAA	2	12	1807544	1807555	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011989	GGCAAG	2	12	1849583	1849594	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011989	GGTGTG	2	12	1869462	1869473	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011989	TTGGGT	2	12	1880469	1880480	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011989	GGTGAT	2	12	1895615	1895626	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011989	TTGCAG	2	12	1904210	1904221	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_011989	GTCTTG	2	12	1916970	1916981	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_011989	CAGATG	2	12	1918741	1918752	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011989	CAACGG	2	12	1992107	1992118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_011989	CAGCAA	2	12	1995617	1995628	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011989	CCTTTA	2	12	2034754	2034765	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_011989	CCATGA	2	12	2048142	2048153	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_011989	CTGACG	2	12	2084265	2084276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011989	GTTTTT	2	12	2089307	2089318	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011989	TGCCAG	2	12	2106399	2106410	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011989	TTGTCG	2	12	2127154	2127165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_011989	CATGGA	2	12	2135238	2135249	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_011989	AAAAAC	2	12	2160219	2160230	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_011989	ATTGAT	2	12	2174429	2174440	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011989	CTGCCA	2	12	2229751	2229762	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_011989	CGCCAT	2	12	2231909	2231920	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_011989	AGCAAA	2	12	2265694	2265705	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_011989	TACAAA	2	12	2271652	2271663	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011989	AAAACT	2	12	2271742	2271753	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_011989	CGGTTC	2	12	2330978	2330989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_011989	AAACCG	2	12	2342911	2342922	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_011989	AAACCT	2	12	2346445	2346456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011989	CATTCA	2	12	2402436	2402447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011989	GCACAG	2	12	2463704	2463715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_011989	TCGATT	2	12	2482184	2482195	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_011989	GGTCAG	2	12	2517770	2517781	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_011989	ATCGAT	2	12	2540463	2540474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011989	CATCGG	2	12	2558490	2558501	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_011989	TAAATA	2	12	2569142	2569153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011989	GACATC	2	12	2585306	2585317	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011989	TTCGGC	2	12	2620485	2620496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_011989	ATTTCT	2	12	2767865	2767876	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011989	GAAATT	2	12	2773333	2773344	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011989	TACCGA	2	12	2790332	2790343	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011989	AAGGTC	2	12	2812222	2812233	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_011989	CTTCAC	2	12	2823423	2823434	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_011989	CCCCCT	2	12	2832057	2832068	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
122	NC_011989	GTCTCT	2	12	2832141	2832152	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011989	GGAATC	2	12	2837562	2837573	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011989	TAAATT	2	12	2853550	2853561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011989	TCGCTT	2	12	2872619	2872630	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_011989	TTATAT	2	12	2905100	2905111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011989	GACAAT	2	12	2923643	2923654	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_011989	CCTGCC	2	12	2935186	2935197	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_011989	TTATAT	2	12	2962556	2962567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011989	CGACAG	2	12	2990042	2990053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_011989	TGTTTT	2	12	2997225	2997236	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011989	AGGATT	2	12	2997269	2997280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011989	TATTTA	2	12	3056933	3056944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011989	AAAACC	2	12	3102254	3102265	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_011989	AAACAG	2	12	3212851	3212862	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_011989	CCCTTC	2	12	3248924	3248935	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_011989	CGCAAG	2	12	3317004	3317015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_011989	CCGGAT	2	12	3317796	3317807	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_011989	GAAAAG	2	12	3328635	3328646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011989	AATTGG	2	12	3341231	3341242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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143	NC_011989	CTGATA	2	12	3528605	3528616	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_011989	GTTTTT	2	12	3580680	3580691	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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147	NC_011989	GCTTTG	2	12	3669668	3669679	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_011989	GTTTTT	2	12	3673978	3673989	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011989	AATGTT	2	12	3703449	3703460	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.