MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 chromosome 2

Total Repeats: 382

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011988	GACT	2	8	67	74	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_011988	TCAG	2	8	195	202	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011988	GAAG	2	8	2796	2803	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011988	GTTG	2	8	3269	3276	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011988	TTGA	2	8	3515	3522	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011988	CTTT	2	8	4843	4850	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_011988	GCTC	2	8	4884	4891	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_011988	TGGG	2	8	8557	8564	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011988	CTGG	2	8	10349	10356	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_011988	TTTG	2	8	24462	24469	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011988	GGGT	2	8	30284	30291	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011988	TTTA	2	8	35262	35269	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011988	GCAT	2	8	35911	35918	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_011988	TCTG	2	8	36273	36280	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011988	GTGC	2	8	36414	36421	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_011988	CCTT	2	8	37677	37684	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011988	GCAT	2	8	44306	44313	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_011988	ATGC	2	8	44322	44329	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_011988	AGAA	2	8	47554	47561	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011988	GCTT	2	8	48546	48553	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011988	TTGG	2	8	55062	55069	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011988	AGCA	2	8	65827	65834	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_011988	CCTT	2	8	66689	66696	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_011988	GATT	2	8	72198	72205	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011988	CCGA	2	8	72442	72449	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_011988	TCAA	2	8	72941	72948	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_011988	GTCT	2	8	76406	76413	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_011988	TCTG	2	8	77334	77341	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_011988	GCAC	2	8	78153	78160	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_011988	TTTG	2	8	78202	78209	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011988	CAGA	2	8	87195	87202	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_011988	GAAC	2	8	90235	90242	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_011988	CCAT	2	8	91266	91273	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_011988	TTGT	2	8	96172	96179	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011988	GCTC	2	8	96272	96279	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_011988	GATT	2	8	98200	98207	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011988	TGCT	2	8	101987	101994	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_011988	CGTC	2	8	111899	111906	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011988	AGTT	2	8	114263	114270	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011988	CAGG	2	8	117056	117063	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_011988	GTCT	2	8	117074	117081	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011988	AGAC	2	8	125291	125298	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_011988	TGCA	2	8	125346	125353	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_011988	ACGG	2	8	127605	127612	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_011988	GACG	2	8	127641	127648	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_011988	GTTG	2	8	134895	134902	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011988	ATAA	2	8	136222	136229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011988	TAAA	2	8	136365	136372	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011988	TTTC	2	8	136379	136386	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_011988	TGAT	2	8	136406	136413	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011988	GTCT	2	8	136729	136736	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_011988	ATCC	2	8	139709	139716	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_011988	ATGT	2	8	144788	144795	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011988	ACAA	2	8	151677	151684	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_011988	CCTC	2	8	158048	158055	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
56	NC_011988	GCTG	2	8	159643	159650	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_011988	CAGG	2	8	164562	164569	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011988	TGTC	2	8	172937	172944	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_011988	TTTG	2	8	173010	173017	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011988	GAAA	2	8	174237	174244	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011988	GACG	2	8	180705	180712	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_011988	TTGC	2	8	181256	181263	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_011988	CATG	2	8	187569	187576	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_011988	GGGA	2	8	187830	187837	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011988	CCAC	2	8	190458	190465	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_011988	TTAA	2	8	190841	190848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011988	TTTG	2	8	195575	195582	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011988	ATAA	2	8	195925	195932	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011988	CTTT	2	8	200790	200797	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_011988	CCAT	2	8	211703	211710	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_011988	TGAT	2	8	220089	220096	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011988	ATTC	2	8	224966	224973	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_011988	CCAA	2	8	225250	225257	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_011988	ATCT	2	8	228154	228161	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_011988	TGCA	2	8	229553	229560	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_011988	TTAA	2	8	245954	245961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011988	GACC	2	8	252865	252872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_011988	CCTG	2	8	254585	254592	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_011988	GAAA	2	8	254643	254650	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011988	TCGG	2	8	254767	254774	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_011988	CGAT	2	8	254785	254792	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_011988	TGGC	2	8	260612	260619	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_011988	AGAC	2	8	260691	260698	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_011988	ATCA	2	8	270166	270173	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_011988	CGAG	2	8	270282	270289	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_011988	CTTC	2	8	270396	270403	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_011988	TTTG	2	8	286767	286774	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011988	CTGG	2	8	299107	299114	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_011988	ACAA	2	8	299880	299887	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_011988	GCCT	2	8	303289	303296	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_011988	TAAA	2	8	305288	305295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011988	ATGG	2	8	311631	311638	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011988	GCAG	2	8	316294	316301	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_011988	CTGG	3	12	318036	318047	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_011988	AGTG	2	8	324852	324859	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011988	GTGC	2	8	325542	325549	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_011988	GTGA	2	8	329933	329940	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011988	TATT	2	8	329951	329958	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011988	TGCG	2	8	334494	334501	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_011988	CATC	2	8	334854	334861	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_011988	TCAA	2	8	336937	336944	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_011988	GAAA	2	8	339420	339427	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011988	AGCA	2	8	343645	343652	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_011988	GTCG	2	8	345809	345816	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_011988	GATG	2	8	345820	345827	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011988	AACA	2	8	347940	347947	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_011988	GCCA	2	8	349679	349686	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_011988	TTCG	2	8	355186	355193	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_011988	TCAT	2	8	357591	357598	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_011988	CTGC	2	8	366259	366266	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_011988	ACCG	2	8	389155	389162	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_011988	TATT	2	8	403204	403211	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011988	CAGA	2	8	407346	407353	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_011988	GATC	2	8	408364	408371	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_011988	TCCC	2	8	412762	412769	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_011988	TTGG	2	8	421269	421276	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011988	CGAC	2	8	423061	423068	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011988	TTGA	2	8	428639	428646	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011988	GGCG	2	8	428647	428654	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
120	NC_011988	CACC	2	8	428742	428749	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
121	NC_011988	GCTG	2	8	428870	428877	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_011988	TCCA	2	8	428988	428995	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_011988	TGCC	2	8	429076	429083	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_011988	GGGC	2	8	429615	429622	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
125	NC_011988	CTTT	2	8	429874	429881	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_011988	GAAG	2	8	430096	430103	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011988	TTTC	2	8	437563	437570	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_011988	CCTG	2	8	454552	454559	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_011988	TCCC	2	8	457660	457667	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
130	NC_011988	CTGA	2	8	457684	457691	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_011988	AGTT	2	8	457806	457813	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011988	GCCT	2	8	458236	458243	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_011988	ATTT	2	8	459249	459256	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011988	ATTG	2	8	459328	459335	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011988	AACG	2	8	473177	473184	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_011988	GTCG	2	8	473195	473202	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_011988	GCCA	2	8	473214	473221	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_011988	TCCG	2	8	476148	476155	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_011988	TGAA	2	8	478280	478287	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011988	AACC	2	8	483966	483973	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_011988	TATT	2	8	484002	484009	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011988	TCAT	2	8	484023	484030	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_011988	CGCC	2	8	493229	493236	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
144	NC_011988	TGGA	2	8	496397	496404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011988	TCGT	2	8	511298	511305	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_011988	GCAA	2	8	513539	513546	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_011988	AAAT	2	8	520059	520066	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011988	TCCC	2	8	533749	533756	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
149	NC_011988	CGGA	2	8	533837	533844	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_011988	CGGG	2	8	538324	538331	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
151	NC_011988	CTGG	2	8	540275	540282	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.