MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Agrobacterium radiobacter K84 plasmid pAtK84c

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011987	CCTCCC	2	12	5696	5707	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	222101969
2	NC_011987	CAAACG	2	12	10526	10537	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222101974
3	NC_011987	TCGATG	2	12	10925	10936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222101975
4	NC_011987	CGCCGG	2	12	10974	10985	0 %	0 %	50 %	50 %	222101975
5	NC_011987	AGCAGG	2	12	11185	11196	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222101975
6	NC_011987	CAGAAC	2	12	13230	13241	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222101977
7	NC_011987	TCACCG	2	12	13255	13266	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222101977
8	NC_011987	ATGTCA	2	12	15076	15087	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	222101979
9	NC_011987	TGGCGA	2	12	24432	24443	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222101989
10	NC_011987	TGGTGT	2	12	26108	26119	0 %	50 %	50 %	0 %	222101993
11	NC_011987	CGAGAT	2	12	27045	27056	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222101995
12	NC_011987	CGACCG	2	12	30046	30057	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222101996
13	NC_011987	TCCGAA	2	12	46862	46873	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222102013
14	NC_011987	CGCCAT	2	12	47079	47090	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222102013
15	NC_011987	ACGGCG	2	12	48276	48287	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222102015
16	NC_011987	CAGACC	2	12	48414	48425	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222102015
17	NC_011987	CTCGAT	2	12	49583	49594	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222102017
18	NC_011987	GAAGAG	2	12	56240	56251	50 %	0 %	50 %	0 %	222102023
19	NC_011987	TGCTTC	2	12	66976	66987	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222102032
20	NC_011987	TGTTGA	2	12	67851	67862	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	222102033
21	NC_011987	AGAAAA	2	12	71424	71435	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	222102035
22	NC_011987	CTCTGC	2	12	74341	74352	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222102038
23	NC_011987	GTTTTG	2	12	74363	74374	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222102038
24	NC_011987	GGTCTT	2	12	75321	75332	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222102039
25	NC_011987	ACAGCA	2	12	77435	77446	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011987	CTTTTG	2	12	87491	87502	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	222102049
27	NC_011987	TCGCCG	2	12	94437	94448	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222102055
28	NC_011987	AAACCC	2	12	96678	96689	50 %	0 %	0 %	50 %	222102057
29	NC_011987	GATCTT	2	12	98922	98933	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	222102060
30	NC_011987	TCGCCG	2	12	100207	100218	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222102062
31	NC_011987	CGCGGA	2	12	102492	102503	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222102064
32	NC_011987	CCTTCG	2	12	120445	120456	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222102081
33	NC_011987	GTAAGG	2	12	121231	121242	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	222102082
34	NC_011987	TTGTCG	2	12	124287	124298	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222102086
35	NC_011987	TCGCGA	2	12	124811	124822	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102086
36	NC_011987	GACGGC	2	12	126490	126501	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222102087
37	NC_011987	CGGCGC	2	12	127925	127936	0 %	0 %	50 %	50 %	222102088
38	NC_011987	TGCTGA	2	12	128672	128683	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222102089
39	NC_011987	GATCCT	2	12	128997	129008	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222102089
40	NC_011987	CCAGCG	2	12	129488	129499	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222102090
41	NC_011987	TCAATG	2	12	130602	130613	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	222102091
42	NC_011987	AGCCTG	2	12	136308	136319	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102096
43	NC_011987	CGGCGA	2	12	148758	148769	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222102106
44	NC_011987	CTGCCC	2	12	150173	150184	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	222102108
45	NC_011987	CCATGG	2	12	151588	151599	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102109
46	NC_011987	GTTCTG	2	12	166521	166532	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222102123
47	NC_011987	CACCCG	2	12	168044	168055	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	222102124
48	NC_011987	AGCATC	2	12	168936	168947	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011987	AAGCCG	2	12	180869	180880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102138
50	NC_011987	TCTCCG	2	12	180968	180979	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222102138
51	NC_011987	TGCCTT	2	12	187359	187370	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222102143
52	NC_011987	GACGCG	2	12	194376	194387	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222102148
53	NC_011987	GTTGCA	2	12	194849	194860	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222102148
54	NC_011987	GAAATT	2	12	204586	204597	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011987	GCGAGA	2	12	205509	205520	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222102161
56	NC_011987	GGATCG	2	12	207810	207821	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011987	CGATCT	2	12	212368	212379	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222102166
58	NC_011987	CGATGA	2	12	213078	213089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222102167
59	NC_011987	AACCGC	2	12	221197	221208	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222102174
60	NC_011987	GCCGGC	2	12	223348	223359	0 %	0 %	50 %	50 %	222102178
61	NC_011987	CTGCCA	2	12	226435	226446	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222102180
62	NC_011987	CGGCCT	2	12	227671	227682	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222102182
63	NC_011987	CCTTCG	2	12	229993	230004	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222102184
64	NC_011987	TCGGCT	2	12	230356	230367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102184
65	NC_011987	TCCTTC	2	12	230514	230525	0 %	50 %	0 %	50 %	222102184
66	NC_011987	CCCGCA	2	12	230548	230559	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	222102184
67	NC_011987	GCCGGC	2	12	241456	241467	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_011987	GGCGCG	2	12	242273	242284	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_011987	GGCTTT	2	12	243857	243868	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222102198
70	NC_011987	CGGCGA	2	12	246036	246047	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222102200
71	NC_011987	CGGCTG	2	12	254814	254825	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222102210
72	NC_011987	TCGCCA	2	12	260471	260482	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222102215
73	NC_011987	TCCGGC	2	12	267881	267892	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222102221
74	NC_011987	TCGACG	2	12	268626	268637	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102221
75	NC_011987	CGACCG	2	12	268948	268959	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222102221
76	NC_011987	TGATAG	2	12	271790	271801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102223
77	NC_011987	GCGATC	2	12	274213	274224	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102226
78	NC_011987	TCCCTA	2	12	275331	275342	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	222102227
79	NC_011987	CAGAAA	2	12	277046	277057	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	222102227
80	NC_011987	CCTCTT	2	12	290033	290044	0 %	50 %	0 %	50 %	222102240
81	NC_011987	GACTAC	2	12	292831	292842	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222102242
82	NC_011987	GGCTTT	2	12	295152	295163	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222102245
83	NC_011987	ACTGGC	2	12	298416	298427	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102248
84	NC_011987	ACGCCA	2	12	301986	301997	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_011987	CCCGAT	2	12	305686	305697	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222102254
86	NC_011987	CGACCC	2	12	312168	312179	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	222102259
87	NC_011987	TGCAGA	2	12	313561	313572	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222102260
88	NC_011987	GGTGCT	2	12	314125	314136	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222102261
89	NC_011987	GCGATG	2	12	326820	326831	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222102272
90	NC_011987	CTTTTG	2	12	327857	327868	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	222102273
91	NC_011987	TCGAAA	2	12	332922	332933	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	222102277
92	NC_011987	CAGCGC	2	12	334187	334198	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222102277
93	NC_011987	AATCCG	2	12	335664	335675	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222102278
94	NC_011987	GATCTC	2	12	336604	336615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222102279
95	NC_011987	GATGCC	2	12	336706	336717	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222102279
96	NC_011987	ATCGCC	2	12	339206	339217	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222102282
97	NC_011987	TTCACC	2	12	345724	345735	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	222102290
98	NC_011987	CACACG	2	12	356319	356330	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222102297
99	NC_011987	GTTCTT	2	12	363243	363254	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	222102304
100	NC_011987	AGCTTG	2	12	363484	363495	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222102304
101	NC_011987	CTCTGC	2	12	366077	366088	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222102306
102	NC_011987	GTTTTG	2	12	366099	366110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222102306
103	NC_011987	GGTCTT	2	12	367057	367068	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222102307
104	NC_011987	TCATCT	2	12	369282	369293	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	222102310
105	NC_011987	ACGAGC	2	12	371923	371934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102311
106	NC_011987	TGACGG	2	12	383059	383070	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011987	GGAAAC	2	12	384059	384070	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222102324
108	NC_011987	TGTCGC	2	12	385474	385485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102326
109	NC_011987	AAATCG	2	12	387143	387154	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	222102327

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.