MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium radiobacter K84 plasmid pAtK84c

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011987	CACTC	2	10	1526	1535	20 %	20 %	0 %	60 %	222101964
2	NC_011987	CAACG	2	10	2961	2970	40 %	0 %	20 %	40 %	222101965
3	NC_011987	CAAGA	2	10	4251	4260	60 %	0 %	20 %	20 %	222101967
4	NC_011987	CCCTG	2	10	7236	7245	0 %	20 %	20 %	60 %	222101970
5	NC_011987	GACGC	2	10	7522	7531	20 %	0 %	40 %	40 %	222101970
6	NC_011987	CCCTC	3	15	7729	7743	0 %	20 %	0 %	80 %	222101970
7	NC_011987	GCGTC	2	10	11481	11490	0 %	20 %	40 %	40 %	222101975
8	NC_011987	CGAAA	2	10	11826	11835	60 %	0 %	20 %	20 %	222101975
9	NC_011987	GCTGA	2	10	12064	12073	20 %	20 %	40 %	20 %	222101975
10	NC_011987	CTATC	2	10	14308	14317	20 %	40 %	0 %	40 %	222101979
11	NC_011987	CTGAT	2	10	15660	15669	20 %	40 %	20 %	20 %	222101980
12	NC_011987	TTTGC	2	10	15959	15968	0 %	60 %	20 %	20 %	222101980
13	NC_011987	AAGCC	2	10	16728	16737	40 %	0 %	20 %	40 %	222101981
14	NC_011987	GCATG	2	10	16867	16876	20 %	20 %	40 %	20 %	222101981
15	NC_011987	GAGGG	2	10	17994	18003	20 %	0 %	80 %	0 %	222101982
16	NC_011987	TGGGA	2	10	23465	23474	20 %	20 %	60 %	0 %	222101987
17	NC_011987	GCTTG	2	10	23782	23791	0 %	40 %	40 %	20 %	222101987
18	NC_011987	CGTCA	2	10	24110	24119	20 %	20 %	20 %	40 %	222101988
19	NC_011987	CACCG	2	10	25630	25639	20 %	0 %	20 %	60 %	222101992
20	NC_011987	ATCAG	2	10	29157	29166	40 %	20 %	20 %	20 %	222101996
21	NC_011987	ATGCA	2	10	31170	31179	40 %	20 %	20 %	20 %	222101997
22	NC_011987	TCCGG	2	10	32674	32683	0 %	20 %	40 %	40 %	222101998
23	NC_011987	GCGCC	2	10	34779	34788	0 %	0 %	40 %	60 %	222101999
24	NC_011987	CGGCG	2	10	40143	40152	0 %	0 %	60 %	40 %	222102004
25	NC_011987	GATAG	2	10	41941	41950	40 %	20 %	40 %	0 %	222102008
26	NC_011987	AACCA	2	10	43978	43987	60 %	0 %	0 %	40 %	222102010
27	NC_011987	CTTCG	2	10	44760	44769	0 %	40 %	20 %	40 %	222102013
28	NC_011987	GGATC	2	10	45626	45635	20 %	20 %	40 %	20 %	222102013
29	NC_011987	GCCGA	2	10	47044	47053	20 %	0 %	40 %	40 %	222102013
30	NC_011987	ATGGC	2	10	49075	49084	20 %	20 %	40 %	20 %	222102017
31	NC_011987	ACCGT	2	10	50714	50723	20 %	20 %	20 %	40 %	222102019
32	NC_011987	GATCG	2	10	52002	52011	20 %	20 %	40 %	20 %	222102020
33	NC_011987	ACGGA	2	10	52264	52273	40 %	0 %	40 %	20 %	222102020
34	NC_011987	AGGGC	2	10	53417	53426	20 %	0 %	60 %	20 %	222102021
35	NC_011987	TCAAT	2	10	55879	55888	40 %	40 %	0 %	20 %	222102022
36	NC_011987	CCAGC	2	10	56530	56539	20 %	0 %	20 %	60 %	222102023
37	NC_011987	ATCGA	2	10	60411	60420	40 %	20 %	20 %	20 %	222102026
38	NC_011987	GGCGC	2	10	60810	60819	0 %	0 %	60 %	40 %	222102027
39	NC_011987	GATCG	2	10	63182	63191	20 %	20 %	40 %	20 %	222102029
40	NC_011987	GCCTT	2	10	71975	71984	0 %	40 %	20 %	40 %	222102036
41	NC_011987	GTTTT	2	10	73002	73011	0 %	80 %	20 %	0 %	222102037
42	NC_011987	TGCTC	2	10	74523	74532	0 %	40 %	20 %	40 %	222102038
43	NC_011987	CCGAT	2	10	75721	75730	20 %	20 %	20 %	40 %	222102039
44	NC_011987	CGGCG	2	10	75950	75959	0 %	0 %	60 %	40 %	222102039
45	NC_011987	GGCCG	2	10	78547	78556	0 %	0 %	60 %	40 %	222102041
46	NC_011987	TCCTC	2	10	79204	79213	0 %	40 %	0 %	60 %	222102041
47	NC_011987	GATTT	2	10	82057	82066	20 %	60 %	20 %	0 %	222102044
48	NC_011987	CCAAA	2	10	83298	83307	60 %	0 %	0 %	40 %	222102045
49	NC_011987	CGGCA	2	10	84058	84067	20 %	0 %	40 %	40 %	222102046
50	NC_011987	TCGAA	2	10	86080	86089	40 %	20 %	20 %	20 %	222102048
51	NC_011987	CATGC	2	10	86603	86612	20 %	20 %	20 %	40 %	222102048
52	NC_011987	GACGT	2	10	87943	87952	20 %	20 %	40 %	20 %	222102049
53	NC_011987	GGTGC	2	10	89213	89222	0 %	20 %	60 %	20 %	222102051
54	NC_011987	GCCCT	2	10	90865	90874	0 %	20 %	20 %	60 %	222102052
55	NC_011987	AAAGA	2	10	91875	91884	80 %	0 %	20 %	0 %	222102053
56	NC_011987	GATCG	2	10	92132	92141	20 %	20 %	40 %	20 %	222102053
57	NC_011987	TCGGC	2	10	92710	92719	0 %	20 %	40 %	40 %	222102053
58	NC_011987	ATCCG	2	10	98895	98904	20 %	20 %	20 %	40 %	222102060
59	NC_011987	CACCT	2	10	98934	98943	20 %	20 %	0 %	60 %	222102060
60	NC_011987	ATGCC	2	10	99303	99312	20 %	20 %	20 %	40 %	222102061
61	NC_011987	CCAAG	2	10	99962	99971	40 %	0 %	20 %	40 %	222102062
62	NC_011987	AGCGC	2	10	100700	100709	20 %	0 %	40 %	40 %	222102062
63	NC_011987	GAACA	2	10	101367	101376	60 %	0 %	20 %	20 %	222102063
64	NC_011987	TGTCA	2	10	101805	101814	20 %	40 %	20 %	20 %	222102063
65	NC_011987	CACGG	2	10	102847	102856	20 %	0 %	40 %	40 %	222102064
66	NC_011987	CCCTT	2	10	107449	107458	0 %	40 %	0 %	60 %	222102069
67	NC_011987	GCCGC	2	10	108482	108491	0 %	0 %	40 %	60 %	222102070
68	NC_011987	ATCCG	2	10	110079	110088	20 %	20 %	20 %	40 %	222102072
69	NC_011987	CGCCT	2	10	110571	110580	0 %	20 %	20 %	60 %	222102072
70	NC_011987	CGATC	2	10	111301	111310	20 %	20 %	20 %	40 %	222102072
71	NC_011987	GCGCT	2	10	112478	112487	0 %	20 %	40 %	40 %	222102074
72	NC_011987	TGCCC	2	10	113623	113632	0 %	20 %	20 %	60 %	222102075
73	NC_011987	GCAGC	2	10	113880	113889	20 %	0 %	40 %	40 %	222102075
74	NC_011987	GCCGC	2	10	114618	114627	0 %	0 %	40 %	60 %	222102076
75	NC_011987	GTCTT	2	10	115393	115402	0 %	60 %	20 %	20 %	222102077
76	NC_011987	GCGTC	2	10	116836	116845	0 %	20 %	40 %	40 %	222102078
77	NC_011987	GCGCG	2	10	118359	118368	0 %	0 %	60 %	40 %	222102079
78	NC_011987	CATTC	2	10	118968	118977	20 %	40 %	0 %	40 %	222102080
79	NC_011987	AGCCC	2	10	121148	121157	20 %	0 %	20 %	60 %	222102082
80	NC_011987	GACGA	2	10	121269	121278	40 %	0 %	40 %	20 %	222102082
81	NC_011987	CAACG	2	10	124646	124655	40 %	0 %	20 %	40 %	222102086
82	NC_011987	TGGCA	2	10	125178	125187	20 %	20 %	40 %	20 %	222102086
83	NC_011987	CGACG	2	10	126685	126694	20 %	0 %	40 %	40 %	222102087
84	NC_011987	GCGAT	2	10	128342	128351	20 %	20 %	40 %	20 %	222102089
85	NC_011987	AATTG	2	10	131952	131961	40 %	40 %	20 %	0 %	222102093
86	NC_011987	TCGCT	2	10	132501	132510	0 %	40 %	20 %	40 %	222102093
87	NC_011987	CGGGA	2	10	135109	135118	20 %	0 %	60 %	20 %	222102095
88	NC_011987	AAAGC	2	10	136246	136255	60 %	0 %	20 %	20 %	222102096
89	NC_011987	CATTC	2	10	138183	138192	20 %	40 %	0 %	40 %	222102098
90	NC_011987	ATCCG	2	10	142673	142682	20 %	20 %	20 %	40 %	222102101
91	NC_011987	TCTCG	2	10	143718	143727	0 %	40 %	20 %	40 %	222102102
92	NC_011987	CGCAT	2	10	143740	143749	20 %	20 %	20 %	40 %	222102102
93	NC_011987	CTCTT	2	10	143891	143900	0 %	60 %	0 %	40 %	222102102
94	NC_011987	CCATT	2	10	144003	144012	20 %	40 %	0 %	40 %	222102102
95	NC_011987	CGCAA	2	10	146247	146256	40 %	0 %	20 %	40 %	222102103
96	NC_011987	TGGGC	2	10	146270	146279	0 %	20 %	60 %	20 %	222102103
97	NC_011987	CTGCA	2	10	151001	151010	20 %	20 %	20 %	40 %	222102109
98	NC_011987	TTCCC	2	10	155650	155659	0 %	40 %	0 %	60 %	222102113
99	NC_011987	GCCAT	2	10	157722	157731	20 %	20 %	20 %	40 %	222102116
100	NC_011987	GGCAA	2	10	161693	161702	40 %	0 %	40 %	20 %	222102119
101	NC_011987	TCCAA	2	10	163410	163419	40 %	20 %	0 %	40 %	222102120
102	NC_011987	GATTG	2	10	163663	163672	20 %	40 %	40 %	0 %	222102120
103	NC_011987	AACAG	2	10	164066	164075	60 %	0 %	20 %	20 %	222102121
104	NC_011987	AGCGG	2	10	165659	165668	20 %	0 %	60 %	20 %	222102122
105	NC_011987	CGCGG	2	10	167063	167072	0 %	0 %	60 %	40 %	222102123
106	NC_011987	TCACT	2	10	168563	168572	20 %	40 %	0 %	40 %	222102124
107	NC_011987	AATTC	2	10	173703	173712	40 %	40 %	0 %	20 %	222102130
108	NC_011987	GAAAC	2	10	175285	175294	60 %	0 %	20 %	20 %	222102131
109	NC_011987	TTGCG	2	10	179064	179073	0 %	40 %	40 %	20 %	222102135
110	NC_011987	ACCGC	2	10	179421	179430	20 %	0 %	20 %	60 %	222102136
111	NC_011987	CGCGG	2	10	180513	180522	0 %	0 %	60 %	40 %	222102137
112	NC_011987	GCCGG	2	10	180841	180850	0 %	0 %	60 %	40 %	222102138
113	NC_011987	TCGCC	2	10	181810	181819	0 %	20 %	20 %	60 %	222102139
114	NC_011987	GGCGC	2	10	182265	182274	0 %	0 %	60 %	40 %	222102139
115	NC_011987	ATCCG	2	10	182577	182586	20 %	20 %	20 %	40 %	222102140
116	NC_011987	CGCGG	2	10	182771	182780	0 %	0 %	60 %	40 %	222102140
117	NC_011987	TTTGG	2	10	184340	184349	0 %	60 %	40 %	0 %	222102141
118	NC_011987	TTGCG	2	10	191964	191973	0 %	40 %	40 %	20 %	222102147
119	NC_011987	GTGCC	2	10	195906	195915	0 %	20 %	40 %	40 %	222102150
120	NC_011987	CGTCT	2	10	197862	197871	0 %	40 %	20 %	40 %	222102153
121	NC_011987	CTTGC	2	10	198315	198324	0 %	40 %	20 %	40 %	222102153
122	NC_011987	CTGAA	2	10	199629	199638	40 %	20 %	20 %	20 %	222102154
123	NC_011987	AAGTA	2	10	200597	200606	60 %	20 %	20 %	0 %	222102155
124	NC_011987	CGTGT	2	10	202365	202374	0 %	40 %	40 %	20 %	222102156
125	NC_011987	GATGT	2	10	202746	202755	20 %	40 %	40 %	0 %	222102156
126	NC_011987	TTCGC	2	10	203532	203541	0 %	40 %	20 %	40 %	222102158
127	NC_011987	AGGCG	2	10	205813	205822	20 %	0 %	60 %	20 %	222102161
128	NC_011987	TCCGT	2	10	210065	210074	0 %	40 %	20 %	40 %	222102164
129	NC_011987	TTGCC	2	10	212353	212362	0 %	40 %	20 %	40 %	222102166
130	NC_011987	AGTGC	2	10	212586	212595	20 %	20 %	40 %	20 %	222102166
131	NC_011987	CATGC	2	10	220804	220813	20 %	20 %	20 %	40 %	222102174
132	NC_011987	ACCAG	2	10	222710	222719	40 %	0 %	20 %	40 %	222102177
133	NC_011987	CACAT	2	10	224947	224956	40 %	20 %	0 %	40 %	222102179
134	NC_011987	CGTCG	2	10	226641	226650	0 %	20 %	40 %	40 %	222102180
135	NC_011987	GCCGG	2	10	227333	227342	0 %	0 %	60 %	40 %	222102181
136	NC_011987	GCACC	2	10	227354	227363	20 %	0 %	20 %	60 %	222102181
137	NC_011987	CCGTG	2	10	227800	227809	0 %	20 %	40 %	40 %	222102182
138	NC_011987	GCTGT	2	10	229173	229182	0 %	40 %	40 %	20 %	222102183
139	NC_011987	ATCGC	2	10	229336	229345	20 %	20 %	20 %	40 %	222102183
140	NC_011987	CGAAC	2	10	230492	230501	40 %	0 %	20 %	40 %	222102184
141	NC_011987	GATCG	2	10	233175	233184	20 %	20 %	40 %	20 %	222102188
142	NC_011987	TCGAA	2	10	236467	236476	40 %	20 %	20 %	20 %	222102192
143	NC_011987	CTATT	2	10	240424	240433	20 %	60 %	0 %	20 %	222102196
144	NC_011987	TCCTC	2	10	244042	244051	0 %	40 %	0 %	60 %	222102199
145	NC_011987	GAGCG	2	10	246318	246327	20 %	0 %	60 %	20 %	222102200
146	NC_011987	CCGTA	2	10	247662	247671	20 %	20 %	20 %	40 %	222102201
147	NC_011987	TTTGG	2	10	249886	249895	0 %	60 %	40 %	0 %	222102205
148	NC_011987	CCTGC	2	10	250434	250443	0 %	20 %	20 %	60 %	222102205
149	NC_011987	TCGCA	2	10	256046	256055	20 %	20 %	20 %	40 %	222102211
150	NC_011987	GCAGA	2	10	256712	256721	40 %	0 %	40 %	20 %	222102212
151	NC_011987	TGCCG	2	10	258480	258489	0 %	20 %	40 %	40 %	222102213
152	NC_011987	CATCT	2	10	258658	258667	20 %	40 %	0 %	40 %	222102213
153	NC_011987	TTGGC	2	10	259300	259309	0 %	40 %	40 %	20 %	222102214
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155	NC_011987	CTCGC	2	10	262039	262048	0 %	20 %	20 %	60 %	222102216
156	NC_011987	GCATC	2	10	262785	262794	20 %	20 %	20 %	40 %	222102216
157	NC_011987	CCTCC	2	10	262992	263001	0 %	20 %	0 %	80 %	222102216
158	NC_011987	GCGCG	2	10	264972	264981	0 %	0 %	60 %	40 %	222102218
159	NC_011987	CTTCC	2	10	266613	266622	0 %	40 %	0 %	60 %	222102219
160	NC_011987	CCTGA	2	10	268268	268277	20 %	20 %	20 %	40 %	222102221
161	NC_011987	TCCGA	2	10	269439	269448	20 %	20 %	20 %	40 %	222102222
162	NC_011987	CTGAG	2	10	270989	270998	20 %	20 %	40 %	20 %	222102223
163	NC_011987	CGATC	2	10	271196	271205	20 %	20 %	20 %	40 %	222102223
164	NC_011987	GAAAA	2	10	272586	272595	80 %	0 %	20 %	0 %	222102224
165	NC_011987	GCGCA	2	10	272678	272687	20 %	0 %	40 %	40 %	222102225
166	NC_011987	TTCCA	2	10	274036	274045	20 %	40 %	0 %	40 %	222102226
167	NC_011987	GGATT	2	10	275665	275674	20 %	40 %	40 %	0 %	222102227
168	NC_011987	CTTCG	2	10	277123	277132	0 %	40 %	20 %	40 %	222102227
169	NC_011987	CTTCT	2	10	278521	278530	0 %	60 %	0 %	40 %	222102229
170	NC_011987	CGATG	2	10	282220	282229	20 %	20 %	40 %	20 %	222102232
171	NC_011987	GATCA	2	10	283864	283873	40 %	20 %	20 %	20 %	222102234
172	NC_011987	CACGG	2	10	284590	284599	20 %	0 %	40 %	40 %	222102235
173	NC_011987	GCGTG	2	10	285317	285326	0 %	20 %	60 %	20 %	222102235
174	NC_011987	AACGT	2	10	286014	286023	40 %	20 %	20 %	20 %	222102236
175	NC_011987	TGATC	2	10	289092	289101	20 %	40 %	20 %	20 %	222102239
176	NC_011987	CGCCT	2	10	292039	292048	0 %	20 %	20 %	60 %	222102242
177	NC_011987	ATTAT	2	10	294694	294703	40 %	60 %	0 %	0 %	222102244
178	NC_011987	ATTAT	2	10	294712	294721	40 %	60 %	0 %	0 %	222102244
179	NC_011987	GATCG	2	10	295556	295565	20 %	20 %	40 %	20 %	222102245
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181	NC_011987	GTCCG	2	10	299003	299012	0 %	20 %	40 %	40 %	222102249
182	NC_011987	CCGGC	2	10	304628	304637	0 %	0 %	40 %	60 %	222102253
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184	NC_011987	ATCGG	2	10	305482	305491	20 %	20 %	40 %	20 %	222102254
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186	NC_011987	GCCCA	2	10	306840	306849	20 %	0 %	20 %	60 %	222102255
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198	NC_011987	GCTTG	2	10	331765	331774	0 %	40 %	40 %	20 %	222102275
199	NC_011987	GGCGA	2	10	333941	333950	20 %	0 %	60 %	20 %	222102277
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220	NC_011987	CCGAT	2	10	367457	367466	20 %	20 %	20 %	40 %	222102307
221	NC_011987	CGGCG	2	10	367686	367695	0 %	0 %	60 %	40 %	222102307
222	NC_011987	TCCAG	2	10	367943	367952	20 %	20 %	20 %	40 %	222102308
223	NC_011987	GATGT	2	10	373386	373395	20 %	40 %	40 %	0 %	222102313
224	NC_011987	GCTGT	2	10	376678	376687	0 %	40 %	40 %	20 %	222102316
225	NC_011987	ATGAT	2	10	380425	380434	40 %	40 %	20 %	0 %	222102320
226	NC_011987	CCATG	2	10	386269	386278	20 %	20 %	20 %	40 %	222102327

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.