MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4a

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011986	AACGC	2	10	5083	5092	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_011986	AGGGG	2	10	8457	8466	20 %	0 %	80 %	0 %	222102337
3	NC_011986	GGATT	2	10	13274	13283	20 %	40 %	40 %	0 %	222102339
4	NC_011986	TGTCG	2	10	14416	14425	0 %	40 %	40 %	20 %	222102340
5	NC_011986	CGATC	2	10	17253	17262	20 %	20 %	20 %	40 %	222102343
6	NC_011986	GACTG	2	10	17595	17604	20 %	20 %	40 %	20 %	222102345
7	NC_011986	TCCAC	2	10	18307	18316	20 %	20 %	0 %	60 %	222102346
8	NC_011986	CGCTT	2	10	23263	23272	0 %	40 %	20 %	40 %	222102349
9	NC_011986	GGCGA	2	10	26137	26146	20 %	0 %	60 %	20 %	222102354
10	NC_011986	GCCGG	2	10	26714	26723	0 %	0 %	60 %	40 %	222102355
11	NC_011986	GTCTT	2	10	26728	26737	0 %	60 %	20 %	20 %	222102355
12	NC_011986	ACCGT	2	10	34164	34173	20 %	20 %	20 %	40 %	222102363
13	NC_011986	CATGC	2	10	40575	40584	20 %	20 %	20 %	40 %	222102371
14	NC_011986	GCGCC	2	10	40928	40937	0 %	0 %	40 %	60 %	222102371
15	NC_011986	TTGTC	2	10	40967	40976	0 %	60 %	20 %	20 %	222102371
16	NC_011986	GCCTT	2	10	41724	41733	0 %	40 %	20 %	40 %	222102372
17	NC_011986	GGCCT	2	10	41776	41785	0 %	20 %	40 %	40 %	222102372
18	NC_011986	ATGAA	2	10	44236	44245	60 %	20 %	20 %	0 %	222102377
19	NC_011986	GATCG	2	10	45197	45206	20 %	20 %	40 %	20 %	222102378
20	NC_011986	GCGGA	2	10	46323	46332	20 %	0 %	60 %	20 %	222102378
21	NC_011986	CGTGG	2	10	47406	47415	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011986	CCTCG	2	10	50092	50101	0 %	20 %	20 %	60 %	222102382
23	NC_011986	CGTGT	2	10	51215	51224	0 %	40 %	40 %	20 %	222102383
24	NC_011986	CATGT	2	10	51383	51392	20 %	40 %	20 %	20 %	222102383
25	NC_011986	CGCGA	2	10	52656	52665	20 %	0 %	40 %	40 %	222102386
26	NC_011986	CGCCA	2	10	52720	52729	20 %	0 %	20 %	60 %	222102386
27	NC_011986	GCGAT	2	10	53145	53154	20 %	20 %	40 %	20 %	222102386
28	NC_011986	TCGCA	2	10	53431	53440	20 %	20 %	20 %	40 %	222102386
29	NC_011986	CGGTA	2	10	56289	56298	20 %	20 %	40 %	20 %	222102387
30	NC_011986	TGCCG	2	10	56952	56961	0 %	20 %	40 %	40 %	222102387
31	NC_011986	GGTCA	2	10	57554	57563	20 %	20 %	40 %	20 %	222102388
32	NC_011986	GCCGC	2	10	58102	58111	0 %	0 %	40 %	60 %	222102389
33	NC_011986	GCCCT	2	10	58351	58360	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_011986	CAAGC	2	10	58774	58783	40 %	0 %	20 %	40 %	222102390
35	NC_011986	CGAAC	2	10	59428	59437	40 %	0 %	20 %	40 %	222102391
36	NC_011986	GCATC	2	10	60918	60927	20 %	20 %	20 %	40 %	222102393
37	NC_011986	CCCCT	2	10	62728	62737	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
38	NC_011986	CTCCC	2	10	62742	62751	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
39	NC_011986	ACGAA	3	15	64914	64928	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011986	CCTCG	2	10	66161	66170	0 %	20 %	20 %	60 %	222102399
41	NC_011986	GAACT	2	10	67441	67450	40 %	20 %	20 %	20 %	222102400
42	NC_011986	TCTCC	2	10	67905	67914	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_011986	CCGGT	2	10	68263	68272	0 %	20 %	40 %	40 %	222102401
44	NC_011986	TCATT	2	10	76511	76520	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011986	CGAAA	2	10	76835	76844	60 %	0 %	20 %	20 %	222102410
46	NC_011986	GCCCT	2	10	77190	77199	0 %	20 %	20 %	60 %	222102410

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.