MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4a

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011986	CCAT	2	8	708	715	25 %	25 %	0 %	50 %	222102330
2	NC_011986	TCGC	2	8	930	937	0 %	25 %	25 %	50 %	222102330
3	NC_011986	GCCC	2	8	993	1000	0 %	0 %	25 %	75 %	222102330
4	NC_011986	GATG	2	8	1375	1382	25 %	25 %	50 %	0 %	222102330
5	NC_011986	GGAA	2	8	1424	1431	50 %	0 %	50 %	0 %	222102330
6	NC_011986	AGCG	2	8	1971	1978	25 %	0 %	50 %	25 %	222102331
7	NC_011986	AAAG	2	8	2314	2321	75 %	0 %	25 %	0 %	222102331
8	NC_011986	CGTT	2	8	3650	3657	0 %	50 %	25 %	25 %	222102332
9	NC_011986	GCGA	2	8	4060	4067	25 %	0 %	50 %	25 %	222102333
10	NC_011986	GCGA	2	8	5198	5205	25 %	0 %	50 %	25 %	222102334
11	NC_011986	TGCT	2	8	5247	5254	0 %	50 %	25 %	25 %	222102334
12	NC_011986	GCTG	2	8	5904	5911	0 %	25 %	50 %	25 %	222102335
13	NC_011986	CTGG	2	8	6110	6117	0 %	25 %	50 %	25 %	222102335
14	NC_011986	CAGC	2	8	7678	7685	25 %	0 %	25 %	50 %	222102337
15	NC_011986	GCCT	2	8	8640	8647	0 %	25 %	25 %	50 %	222102337
16	NC_011986	AAAG	2	8	9039	9046	75 %	0 %	25 %	0 %	222102337
17	NC_011986	GCGG	2	8	9237	9244	0 %	0 %	75 %	25 %	222102337
18	NC_011986	ACGA	2	8	9974	9981	50 %	0 %	25 %	25 %	222102337
19	NC_011986	CGGA	2	8	10063	10070	25 %	0 %	50 %	25 %	222102337
20	NC_011986	CGGC	2	8	10686	10693	0 %	0 %	50 %	50 %	222102338
21	NC_011986	TTCT	2	8	10747	10754	0 %	75 %	0 %	25 %	222102338
22	NC_011986	TCGC	2	8	11047	11054	0 %	25 %	25 %	50 %	222102338
23	NC_011986	TTCG	2	8	11069	11076	0 %	50 %	25 %	25 %	222102338
24	NC_011986	CGTT	2	8	11552	11559	0 %	50 %	25 %	25 %	222102338
25	NC_011986	TTCT	2	8	11671	11678	0 %	75 %	0 %	25 %	222102338
26	NC_011986	GCCG	2	8	11998	12005	0 %	0 %	50 %	50 %	222102338
27	NC_011986	CATG	2	8	12054	12061	25 %	25 %	25 %	25 %	222102338
28	NC_011986	AGGC	2	8	12297	12304	25 %	0 %	50 %	25 %	222102338
29	NC_011986	AGGC	2	8	12964	12971	25 %	0 %	50 %	25 %	222102339
30	NC_011986	AACG	2	8	13477	13484	50 %	0 %	25 %	25 %	222102339
31	NC_011986	CGAG	2	8	13718	13725	25 %	0 %	50 %	25 %	222102340
32	NC_011986	GCCG	2	8	14037	14044	0 %	0 %	50 %	50 %	222102340
33	NC_011986	TCAC	2	8	14096	14103	25 %	25 %	0 %	50 %	222102340
34	NC_011986	GCTT	2	8	14747	14754	0 %	50 %	25 %	25 %	222102341
35	NC_011986	GCAA	2	8	16793	16800	50 %	0 %	25 %	25 %	222102343
36	NC_011986	TCGC	2	8	17201	17208	0 %	25 %	25 %	50 %	222102343
37	NC_011986	GATC	2	8	17671	17678	25 %	25 %	25 %	25 %	222102345
38	NC_011986	TGCT	2	8	17717	17724	0 %	50 %	25 %	25 %	222102345
39	NC_011986	GTCG	2	8	18098	18105	0 %	25 %	50 %	25 %	222102345
40	NC_011986	AGCA	2	8	19289	19296	50 %	0 %	25 %	25 %	222102346
41	NC_011986	CGGG	2	8	19515	19522	0 %	0 %	75 %	25 %	222102347
42	NC_011986	AATG	2	8	19605	19612	50 %	25 %	25 %	0 %	222102347
43	NC_011986	GGGC	2	8	19842	19849	0 %	0 %	75 %	25 %	222102347
44	NC_011986	CGAA	2	8	20261	20268	50 %	0 %	25 %	25 %	222102347
45	NC_011986	CGGT	2	8	20373	20380	0 %	25 %	50 %	25 %	222102347
46	NC_011986	GTCC	2	8	20916	20923	0 %	25 %	25 %	50 %	222102347
47	NC_011986	CGAG	2	8	21216	21223	25 %	0 %	50 %	25 %	222102347
48	NC_011986	TGAT	2	8	21469	21476	25 %	50 %	25 %	0 %	222102347
49	NC_011986	GCCC	2	8	22086	22093	0 %	0 %	25 %	75 %	222102348
50	NC_011986	GCTA	2	8	23284	23291	25 %	25 %	25 %	25 %	222102349
51	NC_011986	TCGC	2	8	23660	23667	0 %	25 %	25 %	50 %	222102350
52	NC_011986	ATGC	2	8	24940	24947	25 %	25 %	25 %	25 %	222102352
53	NC_011986	CCAA	2	8	25195	25202	50 %	0 %	0 %	50 %	222102352
54	NC_011986	ACGC	2	8	25381	25388	25 %	0 %	25 %	50 %	222102352
55	NC_011986	TCGC	2	8	25491	25498	0 %	25 %	25 %	50 %	222102353
56	NC_011986	CCGA	2	8	25735	25742	25 %	0 %	25 %	50 %	222102353
57	NC_011986	CGGG	2	8	26091	26098	0 %	0 %	75 %	25 %	222102354
58	NC_011986	GAAC	2	8	26208	26215	50 %	0 %	25 %	25 %	222102354
59	NC_011986	CTGC	2	8	26909	26916	0 %	25 %	25 %	50 %	222102356
60	NC_011986	TCGG	2	8	26967	26974	0 %	25 %	50 %	25 %	222102356
61	NC_011986	CGAT	2	8	26990	26997	25 %	25 %	25 %	25 %	222102356
62	NC_011986	CTTC	2	8	27014	27021	0 %	50 %	0 %	50 %	222102356
63	NC_011986	TCGC	2	8	27071	27078	0 %	25 %	25 %	50 %	222102356
64	NC_011986	AGGG	2	8	27233	27240	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011986	CACC	2	8	27316	27323	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_011986	ACTG	2	8	27548	27555	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_011986	TCGA	2	8	27781	27788	25 %	25 %	25 %	25 %	222102357
68	NC_011986	TGCT	2	8	27859	27866	0 %	50 %	25 %	25 %	222102357
69	NC_011986	CGGC	2	8	27902	27909	0 %	0 %	50 %	50 %	222102357
70	NC_011986	GGGT	2	8	29048	29055	0 %	25 %	75 %	0 %	222102358
71	NC_011986	AGTA	2	8	29347	29354	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011986	AAGC	2	8	29475	29482	50 %	0 %	25 %	25 %	222102359
73	NC_011986	CGAT	2	8	29508	29515	25 %	25 %	25 %	25 %	222102359
74	NC_011986	GCCC	2	8	30216	30223	0 %	0 %	25 %	75 %	222102359
75	NC_011986	CTGC	2	8	30441	30448	0 %	25 %	25 %	50 %	222102359
76	NC_011986	TCGA	2	8	31239	31246	25 %	25 %	25 %	25 %	222102360
77	NC_011986	TGCG	2	8	31376	31383	0 %	25 %	50 %	25 %	222102360
78	NC_011986	ATCA	2	8	31791	31798	50 %	25 %	0 %	25 %	222102360
79	NC_011986	CAAG	2	8	32047	32054	50 %	0 %	25 %	25 %	222102361
80	NC_011986	TCCC	2	8	32126	32133	0 %	25 %	0 %	75 %	222102361
81	NC_011986	CGCC	2	8	32839	32846	0 %	0 %	25 %	75 %	222102362
82	NC_011986	TGGC	2	8	32854	32861	0 %	25 %	50 %	25 %	222102362
83	NC_011986	CATC	2	8	33103	33110	25 %	25 %	0 %	50 %	222102362
84	NC_011986	GCCA	2	8	33256	33263	25 %	0 %	25 %	50 %	222102362
85	NC_011986	CAAA	2	8	33425	33432	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_011986	TTGA	2	8	33438	33445	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011986	TTCG	2	8	33728	33735	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_011986	GCCT	2	8	34590	34597	0 %	25 %	25 %	50 %	222102363
89	NC_011986	GAAT	2	8	34828	34835	50 %	25 %	25 %	0 %	222102363
90	NC_011986	CCTT	2	8	35320	35327	0 %	50 %	0 %	50 %	222102364
91	NC_011986	GAAC	2	8	35778	35785	50 %	0 %	25 %	25 %	222102365
92	NC_011986	GTAA	2	8	36026	36033	50 %	25 %	25 %	0 %	222102365
93	NC_011986	GTTT	2	8	36122	36129	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011986	TTTG	2	8	36439	36446	0 %	75 %	25 %	0 %	222102366
95	NC_011986	TTCT	2	8	37858	37865	0 %	75 %	0 %	25 %	222102368
96	NC_011986	TGCT	2	8	38365	38372	0 %	50 %	25 %	25 %	222102368
97	NC_011986	CTGT	2	8	38625	38632	0 %	50 %	25 %	25 %	222102368
98	NC_011986	TGGT	2	8	39598	39605	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011986	CGGG	2	8	39716	39723	0 %	0 %	75 %	25 %	222102371
100	NC_011986	ACCG	2	8	42094	42101	25 %	0 %	25 %	50 %	222102372
101	NC_011986	TTTG	2	8	42322	42329	0 %	75 %	25 %	0 %	222102372
102	NC_011986	ATGG	2	8	42821	42828	25 %	25 %	50 %	0 %	222102374
103	NC_011986	GCCC	2	8	43023	43030	0 %	0 %	25 %	75 %	222102374
104	NC_011986	TTGC	2	8	43109	43116	0 %	50 %	25 %	25 %	222102374
105	NC_011986	CGAA	2	8	43280	43287	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_011986	CAGA	2	8	43636	43643	50 %	0 %	25 %	25 %	222102375
107	NC_011986	TCGC	2	8	43797	43804	0 %	25 %	25 %	50 %	222102376
108	NC_011986	TGAC	2	8	44173	44180	25 %	25 %	25 %	25 %	222102376
109	NC_011986	AGGA	2	8	44203	44210	50 %	0 %	50 %	0 %	222102376
110	NC_011986	TGCG	2	8	45094	45101	0 %	25 %	50 %	25 %	222102378
111	NC_011986	CTGG	2	8	45287	45294	0 %	25 %	50 %	25 %	222102378
112	NC_011986	CGTC	2	8	45357	45364	0 %	25 %	25 %	50 %	222102378
113	NC_011986	GCTC	3	12	45472	45483	0 %	25 %	25 %	50 %	222102378
114	NC_011986	GCTC	2	8	46452	46459	0 %	25 %	25 %	50 %	222102378
115	NC_011986	GGCA	2	8	46961	46968	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_011986	AGGG	2	8	47017	47024	25 %	0 %	75 %	0 %	222102379
117	NC_011986	ACCG	2	8	47847	47854	25 %	0 %	25 %	50 %	222102380
118	NC_011986	CTGT	2	8	47904	47911	0 %	50 %	25 %	25 %	222102380
119	NC_011986	TGGC	2	8	48231	48238	0 %	25 %	50 %	25 %	222102381
120	NC_011986	TTCC	2	8	48569	48576	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_011986	GCCG	2	8	48698	48705	0 %	0 %	50 %	50 %	222102382
122	NC_011986	GGCG	2	8	49024	49031	0 %	0 %	75 %	25 %	222102382
123	NC_011986	TCGG	2	8	49262	49269	0 %	25 %	50 %	25 %	222102382
124	NC_011986	CAGG	2	8	50263	50270	25 %	0 %	50 %	25 %	222102382
125	NC_011986	GGAT	2	8	51519	51526	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011986	TGGC	2	8	51749	51756	0 %	25 %	50 %	25 %	222102384
127	NC_011986	GCTT	2	8	51945	51952	0 %	50 %	25 %	25 %	222102384
128	NC_011986	GTCC	2	8	51973	51980	0 %	25 %	25 %	50 %	222102384
129	NC_011986	CGAG	2	8	53319	53326	25 %	0 %	50 %	25 %	222102386
130	NC_011986	CCGC	2	8	53966	53973	0 %	0 %	25 %	75 %	222102387
131	NC_011986	TCGT	2	8	54211	54218	0 %	50 %	25 %	25 %	222102387
132	NC_011986	TGCG	2	8	55073	55080	0 %	25 %	50 %	25 %	222102387
133	NC_011986	CGCT	2	8	56705	56712	0 %	25 %	25 %	50 %	222102387
134	NC_011986	ATCT	2	8	56746	56753	25 %	50 %	0 %	25 %	222102387
135	NC_011986	TCGG	2	8	57757	57764	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_011986	CGTC	2	8	57910	57917	0 %	25 %	25 %	50 %	222102389
137	NC_011986	GATC	2	8	58149	58156	25 %	25 %	25 %	25 %	222102389
138	NC_011986	TGCA	2	8	58343	58350	25 %	25 %	25 %	25 %	222102389
139	NC_011986	CAAT	2	8	59543	59550	50 %	25 %	0 %	25 %	222102391
140	NC_011986	TGCT	2	8	59689	59696	0 %	50 %	25 %	25 %	222102391
141	NC_011986	TCCT	2	8	59757	59764	0 %	50 %	0 %	50 %	222102391
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178	NC_011986	CGAG	2	8	75928	75935	25 %	0 %	50 %	25 %	222102408
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182	NC_011986	GCCC	2	8	77312	77319	0 %	0 %	25 %	75 %	222102410
183	NC_011986	CAAC	2	8	77850	77857	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
184	NC_011986	CCAG	2	8	78045	78052	25 %	0 %	25 %	50 %	222102411
185	NC_011986	CCGG	2	8	78507	78514	0 %	0 %	50 %	50 %	222102411
186	NC_011986	GCTG	2	8	78633	78640	0 %	25 %	50 %	25 %	222102411

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.