MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4a

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011986	CG	4	8	52	59	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_011986	GT	3	6	107	112	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011986	TC	3	6	418	423	0 %	50 %	0 %	50 %	222102330
4	NC_011986	AG	3	6	1666	1671	50 %	0 %	50 %	0 %	222102331
5	NC_011986	AG	3	6	1766	1771	50 %	0 %	50 %	0 %	222102331
6	NC_011986	GC	3	6	1996	2001	0 %	0 %	50 %	50 %	222102331
7	NC_011986	GC	3	6	2811	2816	0 %	0 %	50 %	50 %	222102332
8	NC_011986	CA	3	6	3423	3428	50 %	0 %	0 %	50 %	222102332
9	NC_011986	GC	3	6	3851	3856	0 %	0 %	50 %	50 %	222102332
10	NC_011986	TC	4	8	4031	4038	0 %	50 %	0 %	50 %	222102333
11	NC_011986	CG	3	6	4258	4263	0 %	0 %	50 %	50 %	222102333
12	NC_011986	GA	3	6	4289	4294	50 %	0 %	50 %	0 %	222102333
13	NC_011986	TC	3	6	5256	5261	0 %	50 %	0 %	50 %	222102334
14	NC_011986	TC	3	6	5711	5716	0 %	50 %	0 %	50 %	222102335
15	NC_011986	GT	3	6	6489	6494	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011986	CG	3	6	7250	7255	0 %	0 %	50 %	50 %	222102336
17	NC_011986	GC	3	6	7443	7448	0 %	0 %	50 %	50 %	222102337
18	NC_011986	GC	3	6	7989	7994	0 %	0 %	50 %	50 %	222102337
19	NC_011986	GC	3	6	8584	8589	0 %	0 %	50 %	50 %	222102337
20	NC_011986	CG	3	6	9125	9130	0 %	0 %	50 %	50 %	222102337
21	NC_011986	AG	3	6	9148	9153	50 %	0 %	50 %	0 %	222102337
22	NC_011986	CG	3	6	9372	9377	0 %	0 %	50 %	50 %	222102337
23	NC_011986	TC	3	6	9754	9759	0 %	50 %	0 %	50 %	222102337
24	NC_011986	GA	3	6	10042	10047	50 %	0 %	50 %	0 %	222102337
25	NC_011986	GT	3	6	10265	10270	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011986	AT	3	6	11239	11244	50 %	50 %	0 %	0 %	222102338
27	NC_011986	AT	3	6	11627	11632	50 %	50 %	0 %	0 %	222102338
28	NC_011986	GC	3	6	12745	12750	0 %	0 %	50 %	50 %	222102339
29	NC_011986	AG	3	6	13165	13170	50 %	0 %	50 %	0 %	222102339
30	NC_011986	AG	3	6	15328	15333	50 %	0 %	50 %	0 %	222102341
31	NC_011986	GT	3	6	15631	15636	0 %	50 %	50 %	0 %	222102342
32	NC_011986	GC	3	6	16396	16401	0 %	0 %	50 %	50 %	222102343
33	NC_011986	CA	3	6	16542	16547	50 %	0 %	0 %	50 %	222102343
34	NC_011986	CG	3	6	18867	18872	0 %	0 %	50 %	50 %	222102346
35	NC_011986	CT	3	6	18993	18998	0 %	50 %	0 %	50 %	222102346
36	NC_011986	CT	3	6	19577	19582	0 %	50 %	0 %	50 %	222102347
37	NC_011986	GA	3	6	19641	19646	50 %	0 %	50 %	0 %	222102347
38	NC_011986	GC	3	6	20084	20089	0 %	0 %	50 %	50 %	222102347
39	NC_011986	GC	3	6	21017	21022	0 %	0 %	50 %	50 %	222102347
40	NC_011986	AC	3	6	21093	21098	50 %	0 %	0 %	50 %	222102347
41	NC_011986	CG	3	6	21291	21296	0 %	0 %	50 %	50 %	222102347
42	NC_011986	GA	3	6	21343	21348	50 %	0 %	50 %	0 %	222102347
43	NC_011986	GC	3	6	21363	21368	0 %	0 %	50 %	50 %	222102347
44	NC_011986	GC	3	6	21552	21557	0 %	0 %	50 %	50 %	222102347
45	NC_011986	CT	3	6	22436	22441	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_011986	GC	3	6	22912	22917	0 %	0 %	50 %	50 %	222102349
47	NC_011986	TC	4	8	24043	24050	0 %	50 %	0 %	50 %	222102350
48	NC_011986	AC	3	6	24425	24430	50 %	0 %	0 %	50 %	222102351
49	NC_011986	GC	3	6	24690	24695	0 %	0 %	50 %	50 %	222102351
50	NC_011986	CT	3	6	24899	24904	0 %	50 %	0 %	50 %	222102352
51	NC_011986	GA	3	6	25803	25808	50 %	0 %	50 %	0 %	222102354
52	NC_011986	CG	3	6	26565	26570	0 %	0 %	50 %	50 %	222102355
53	NC_011986	TC	3	6	27091	27096	0 %	50 %	0 %	50 %	222102356
54	NC_011986	GA	3	6	27281	27286	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011986	GA	3	6	27416	27421	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011986	GC	3	6	27427	27432	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_011986	CA	3	6	27620	27625	50 %	0 %	0 %	50 %	222102357
58	NC_011986	GA	3	6	28882	28887	50 %	0 %	50 %	0 %	222102358
59	NC_011986	GA	3	6	30273	30278	50 %	0 %	50 %	0 %	222102359
60	NC_011986	GC	3	6	30398	30403	0 %	0 %	50 %	50 %	222102359
61	NC_011986	GC	3	6	30422	30427	0 %	0 %	50 %	50 %	222102359
62	NC_011986	CA	3	6	30708	30713	50 %	0 %	0 %	50 %	222102359
63	NC_011986	TC	3	6	30821	30826	0 %	50 %	0 %	50 %	222102359
64	NC_011986	GC	3	6	31060	31065	0 %	0 %	50 %	50 %	222102360
65	NC_011986	TC	3	6	32068	32073	0 %	50 %	0 %	50 %	222102361
66	NC_011986	CG	3	6	34615	34620	0 %	0 %	50 %	50 %	222102363
67	NC_011986	GC	3	6	37491	37496	0 %	0 %	50 %	50 %	222102368
68	NC_011986	GA	3	6	38490	38495	50 %	0 %	50 %	0 %	222102368
69	NC_011986	GT	3	6	44498	44503	0 %	50 %	50 %	0 %	222102377
70	NC_011986	GA	3	6	48011	48016	50 %	0 %	50 %	0 %	222102380
71	NC_011986	GC	3	6	49593	49598	0 %	0 %	50 %	50 %	222102382
72	NC_011986	GC	4	8	50169	50176	0 %	0 %	50 %	50 %	222102382
73	NC_011986	GC	3	6	50895	50900	0 %	0 %	50 %	50 %	222102382
74	NC_011986	GC	3	6	53913	53918	0 %	0 %	50 %	50 %	222102386
75	NC_011986	GC	3	6	55016	55021	0 %	0 %	50 %	50 %	222102387
76	NC_011986	GC	4	8	55737	55744	0 %	0 %	50 %	50 %	222102387
77	NC_011986	GC	3	6	57052	57057	0 %	0 %	50 %	50 %	222102387
78	NC_011986	AT	3	6	57597	57602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011986	AG	3	6	59456	59461	50 %	0 %	50 %	0 %	222102391
80	NC_011986	CA	3	6	59469	59474	50 %	0 %	0 %	50 %	222102391
81	NC_011986	CT	3	6	59722	59727	0 %	50 %	0 %	50 %	222102391
82	NC_011986	GC	3	6	59798	59803	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_011986	CT	3	6	59863	59868	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_011986	CG	3	6	59879	59884	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_011986	CG	3	6	60029	60034	0 %	0 %	50 %	50 %	222102392
86	NC_011986	GC	3	6	61163	61168	0 %	0 %	50 %	50 %	222102393
87	NC_011986	TG	3	6	61576	61581	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011986	CG	3	6	61706	61711	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011986	GC	3	6	62147	62152	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_011986	CG	3	6	62274	62279	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_011986	GC	3	6	62428	62433	0 %	0 %	50 %	50 %	222102395
92	NC_011986	TC	3	6	63647	63652	0 %	50 %	0 %	50 %	222102396
93	NC_011986	CG	3	6	64178	64183	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_011986	CG	3	6	64331	64336	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_011986	CA	3	6	66032	66037	50 %	0 %	0 %	50 %	222102399
96	NC_011986	GC	3	6	66497	66502	0 %	0 %	50 %	50 %	222102399
97	NC_011986	CG	3	6	66562	66567	0 %	0 %	50 %	50 %	222102400
98	NC_011986	GC	3	6	67215	67220	0 %	0 %	50 %	50 %	222102400
99	NC_011986	GC	4	8	67551	67558	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_011986	TG	3	6	67709	67714	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011986	TC	3	6	67826	67831	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_011986	GT	3	6	68306	68311	0 %	50 %	50 %	0 %	222102401
103	NC_011986	CG	3	6	68424	68429	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011986	CT	3	6	68784	68789	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_011986	GC	3	6	69305	69310	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_011986	TC	3	6	70084	70089	0 %	50 %	0 %	50 %	222102402
107	NC_011986	GA	3	6	73428	73433	50 %	0 %	50 %	0 %	222102405
108	NC_011986	GA	3	6	73714	73719	50 %	0 %	50 %	0 %	222102406
109	NC_011986	CG	3	6	73766	73771	0 %	0 %	50 %	50 %	222102406
110	NC_011986	GC	3	6	74161	74166	0 %	0 %	50 %	50 %	222102406
111	NC_011986	GC	3	6	74323	74328	0 %	0 %	50 %	50 %	222102406
112	NC_011986	TG	3	6	74622	74627	0 %	50 %	50 %	0 %	222102406
113	NC_011986	CG	3	6	74736	74741	0 %	0 %	50 %	50 %	222102406
114	NC_011986	GC	3	6	74847	74852	0 %	0 %	50 %	50 %	222102406
115	NC_011986	CT	3	6	74965	74970	0 %	50 %	0 %	50 %	222102407
116	NC_011986	GC	3	6	76917	76922	0 %	0 %	50 %	50 %	222102410
117	NC_011986	CG	3	6	78406	78411	0 %	0 %	50 %	50 %	222102411

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.