MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4c

Total Repeats: 84

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011984	TCGATC	2	12	557	568	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222083146
2	NC_011984	TTGTCG	2	12	848	859	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222083146
3	NC_011984	AGGATA	2	12	4824	4835	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011984	GTTGCC	2	12	5296	5307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011984	GGCGAT	2	12	6134	6145	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222083150
6	NC_011984	TTAGGC	2	12	7189	7200	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222083150
7	NC_011984	CGACCT	2	12	7883	7894	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222083151
8	NC_011984	GGGTGA	2	12	12458	12469	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011984	GACCTT	2	12	13305	13316	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011984	GCCAAG	2	12	22246	22257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222083162
11	NC_011984	TCTCGA	2	12	26273	26284	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222083167
12	NC_011984	CGAGGC	2	12	32718	32729	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222083173
13	NC_011984	CATGCC	2	12	35401	35412	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_011984	CTTGGC	2	12	44406	44417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083184
15	NC_011984	GCCAAG	2	12	46932	46943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222083186
16	NC_011984	GGACCT	2	12	49338	49349	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083190
17	NC_011984	CAAGGT	2	12	55011	55022	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011984	TCGTCC	2	12	56288	56299	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222083194
19	NC_011984	CGCCTG	2	12	56596	56607	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222083194
20	NC_011984	GGTCGC	2	12	56976	56987	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222083194
21	NC_011984	GCGCGA	2	12	57279	57290	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222083194
22	NC_011984	CGCGCT	2	12	66341	66352	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_011984	AACCCG	2	12	67187	67198	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222083199
24	NC_011984	CTTCAC	2	12	67620	67631	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_011984	CTCGAT	2	12	67892	67903	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011984	AGCCTG	2	12	68662	68673	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083200
27	NC_011984	CTGGCG	2	12	68707	68718	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222083200
28	NC_011984	CAATTC	2	12	72015	72026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222083203
29	NC_011984	CGTGTC	2	12	74290	74301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083204
30	NC_011984	ATCCGC	2	12	74494	74505	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222083204
31	NC_011984	GAAGAC	2	12	85200	85211	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222083215
32	NC_011984	CGCGGC	2	12	85702	85713	0 %	0 %	50 %	50 %	222083216
33	NC_011984	CCTGCT	2	12	86127	86138	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222083216
34	NC_011984	CAGAAC	2	12	90547	90558	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222083220
35	NC_011984	GATCAA	2	12	96590	96601	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	222083224
36	NC_011984	GCTGGC	2	12	97443	97454	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222083224
37	NC_011984	ACTGGC	2	12	99538	99549	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083226
38	NC_011984	TGATGG	2	12	105085	105096	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	222083230
39	NC_011984	ATGTCA	2	12	108878	108889	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	222083233
40	NC_011984	GTCACC	2	12	109115	109126	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222083233
41	NC_011984	TGCGCT	2	12	118290	118301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083240
42	NC_011984	TGGATT	2	12	121098	121109	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	222083243
43	NC_011984	GACCGC	2	12	125130	125141	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222083247
44	NC_011984	CCTCGG	2	12	125849	125860	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222083249
45	NC_011984	CGCAAG	2	12	126849	126860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222083249
46	NC_011984	GACCAT	2	12	128492	128503	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222083249
47	NC_011984	ATTACC	2	12	130594	130605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222083249
48	NC_011984	GGTGGC	2	12	131164	131175	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	222083250
49	NC_011984	CGCTGT	2	12	132010	132021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011984	GCTTCG	2	12	135367	135378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083253
51	NC_011984	GGACGA	2	12	138878	138889	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222083257
52	NC_011984	CGTGAT	2	12	139266	139277	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222083257
53	NC_011984	CGGTTC	2	12	142721	142732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083264
54	NC_011984	CGATCG	2	12	142899	142910	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083264
55	NC_011984	CGTTGC	2	12	143219	143230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083264
56	NC_011984	CTTCCG	2	12	143585	143596	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222083264
57	NC_011984	GGCGAC	2	12	143712	143723	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222083264
58	NC_011984	TCGAGC	2	12	146063	146074	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083267
59	NC_011984	TAGGCG	2	12	146087	146098	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222083267
60	NC_011984	CAATGC	2	12	147066	147077	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222083267
61	NC_011984	AGACGA	2	12	147152	147163	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222083267
62	NC_011984	GCCTCG	2	12	147845	147856	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222083267
63	NC_011984	GGGATG	2	12	149697	149708	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	222083269
64	NC_011984	CCGGTC	2	12	150142	150153	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222083269
65	NC_011984	AGCCGG	2	12	150940	150951	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222083270
66	NC_011984	CGCTGG	2	12	154391	154402	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222083274
67	NC_011984	CATAGG	2	12	160134	160145	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222083279
68	NC_011984	TCGGTA	2	12	161435	161446	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222083280
69	NC_011984	GGTTCG	2	12	162535	162546	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222083281
70	NC_011984	CTTCGG	2	12	169892	169903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222083285
71	NC_011984	CCGCTA	2	12	170279	170290	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222083285
72	NC_011984	CCTGCT	2	12	170831	170842	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222083285
73	NC_011984	CCGGCG	2	12	172769	172780	0 %	0 %	50 %	50 %	222083287
74	NC_011984	GAAAGT	2	12	182176	182187	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	222083295
75	NC_011984	GTCACG	2	12	186729	186740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_011984	GCATCG	2	12	191413	191424	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083303
77	NC_011984	TGCAGA	2	12	191705	191716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222083303
78	NC_011984	CGACTA	2	12	200611	200622	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011984	CACGAC	2	12	202275	202286	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222083312
80	NC_011984	ATGTTC	2	12	203705	203716	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	222083314
81	NC_011984	CGACGG	2	12	203939	203950	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222083315
82	NC_011984	TTGGCG	2	12	204480	204491	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222083316
83	NC_011984	CCCTGC	2	12	206275	206286	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	222083318
84	NC_011984	CGTGAC	2	12	207388	207399	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222083319

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.