MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4c

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011984	CTGCG	2	10	900	909	0 %	20 %	40 %	40 %	222083146
2	NC_011984	CCGCG	2	10	2166	2175	0 %	0 %	40 %	60 %	222083147
3	NC_011984	TTTGC	2	10	2485	2494	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_011984	GGGGA	2	10	4054	4063	20 %	0 %	80 %	0 %	222083149
5	NC_011984	CTGCG	2	10	4265	4274	0 %	20 %	40 %	40 %	222083149
6	NC_011984	AGTGG	2	10	7222	7231	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011984	GCCTT	2	10	8942	8951	0 %	40 %	20 %	40 %	222083152
8	NC_011984	GCCGA	2	10	9861	9870	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011984	AGGGG	2	10	10051	10060	20 %	0 %	80 %	0 %	222083153
10	NC_011984	TCAGC	2	10	14943	14952	20 %	20 %	20 %	40 %	222083158
11	NC_011984	GCCAG	2	10	15314	15323	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011984	CGCAG	2	10	17129	17138	20 %	0 %	40 %	40 %	222083159
13	NC_011984	CAGTG	2	10	17465	17474	20 %	20 %	40 %	20 %	222083159
14	NC_011984	GCCCG	2	10	17663	17672	0 %	0 %	40 %	60 %	222083159
15	NC_011984	TTCGA	2	10	18658	18667	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011984	TCCTG	2	10	18795	18804	0 %	40 %	20 %	40 %	222083161
17	NC_011984	GAACG	2	10	21837	21846	40 %	0 %	40 %	20 %	222083162
18	NC_011984	CTGAT	2	10	24002	24011	20 %	40 %	20 %	20 %	222083164
19	NC_011984	GGAAG	2	10	24708	24717	40 %	0 %	60 %	0 %	222083164
20	NC_011984	GCCTG	2	10	27164	27173	0 %	20 %	40 %	40 %	222083167
21	NC_011984	AACAG	2	10	28378	28387	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011984	AGCGG	2	10	29457	29466	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011984	ATCGC	2	10	29764	29773	20 %	20 %	20 %	40 %	222083169
24	NC_011984	TCTGC	2	10	32373	32382	0 %	40 %	20 %	40 %	222083172
25	NC_011984	GCGCC	2	10	32602	32611	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_011984	GCAGC	2	10	33027	33036	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_011984	AAAGC	2	10	37742	37751	60 %	0 %	20 %	20 %	222083178
28	NC_011984	CTGGC	2	10	38209	38218	0 %	20 %	40 %	40 %	222083178
29	NC_011984	GATCT	2	10	39986	39995	20 %	40 %	20 %	20 %	222083179
30	NC_011984	TGAGG	2	10	44856	44865	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011984	CGAAA	2	10	45925	45934	60 %	0 %	20 %	20 %	222083185
32	NC_011984	GAGTT	2	10	48197	48206	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011984	CTGGA	2	10	49807	49816	20 %	20 %	40 %	20 %	222083190
34	NC_011984	GTCCG	2	10	49863	49872	0 %	20 %	40 %	40 %	222083190
35	NC_011984	GGCTT	2	10	50097	50106	0 %	40 %	40 %	20 %	222083190
36	NC_011984	ACACG	2	10	50187	50196	40 %	0 %	20 %	40 %	222083190
37	NC_011984	GGCCG	2	10	56446	56455	0 %	0 %	60 %	40 %	222083194
38	NC_011984	TTCCA	2	10	57865	57874	20 %	40 %	0 %	40 %	222083194
39	NC_011984	CGGTA	2	10	60595	60604	20 %	20 %	40 %	20 %	222083196
40	NC_011984	CAGCG	2	10	61493	61502	20 %	0 %	40 %	40 %	222083196
41	NC_011984	CGCGC	2	10	62464	62473	0 %	0 %	40 %	60 %	222083196
42	NC_011984	GTGAA	2	10	63193	63202	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011984	CAAAC	2	10	63636	63645	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_011984	AAAAT	2	10	64077	64086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011984	CCTTG	2	10	68992	69001	0 %	40 %	20 %	40 %	222083200
46	NC_011984	AGCCC	2	10	69751	69760	20 %	0 %	20 %	60 %	222083202
47	NC_011984	GCTCT	2	10	71035	71044	0 %	40 %	20 %	40 %	222083203
48	NC_011984	AGCTC	2	10	71604	71613	20 %	20 %	20 %	40 %	222083203
49	NC_011984	TGCCG	2	10	74935	74944	0 %	20 %	40 %	40 %	222083205
50	NC_011984	CTTCG	2	10	76225	76234	0 %	40 %	20 %	40 %	222083208
51	NC_011984	GCGGA	2	10	77780	77789	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011984	GGTAG	2	10	80740	80749	20 %	20 %	60 %	0 %	222083211
53	NC_011984	GCGTG	2	10	83237	83246	0 %	20 %	60 %	20 %	222083214
54	NC_011984	GGCGA	2	10	83631	83640	20 %	0 %	60 %	20 %	222083214
55	NC_011984	GGTTG	2	10	83768	83777	0 %	40 %	60 %	0 %	222083214
56	NC_011984	TTGCC	2	10	84459	84468	0 %	40 %	20 %	40 %	222083215
57	NC_011984	TTCCG	2	10	85009	85018	0 %	40 %	20 %	40 %	222083215
58	NC_011984	GTGAT	2	10	85220	85229	20 %	40 %	40 %	0 %	222083215
59	NC_011984	CTAGC	2	10	88012	88021	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_011984	GAAGG	2	10	91923	91932	40 %	0 %	60 %	0 %	222083221
61	NC_011984	CTGCG	2	10	93380	93389	0 %	20 %	40 %	40 %	222083222
62	NC_011984	TATGA	2	10	94114	94123	40 %	40 %	20 %	0 %	222083223
63	NC_011984	GCCGT	2	10	94616	94625	0 %	20 %	40 %	40 %	222083223
64	NC_011984	GGCGA	2	10	96546	96555	20 %	0 %	60 %	20 %	222083224
65	NC_011984	TCGGC	2	10	99753	99762	0 %	20 %	40 %	40 %	222083226
66	NC_011984	CGTGG	2	10	100737	100746	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_011984	AGCGT	2	10	102312	102321	20 %	20 %	40 %	20 %	222083228
68	NC_011984	TGGAA	2	10	107520	107529	40 %	20 %	40 %	0 %	222083232
69	NC_011984	GCGCA	2	10	108142	108151	20 %	0 %	40 %	40 %	222083233
70	NC_011984	CCCGT	2	10	109040	109049	0 %	20 %	20 %	60 %	222083233
71	NC_011984	TGGCC	2	10	110041	110050	0 %	20 %	40 %	40 %	222083234
72	NC_011984	GCATC	2	10	114663	114672	20 %	20 %	20 %	40 %	222083237
73	NC_011984	TCCAA	2	10	117023	117032	40 %	20 %	0 %	40 %	222083239
74	NC_011984	GCTCC	2	10	117163	117172	0 %	20 %	20 %	60 %	222083239
75	NC_011984	CCGAC	2	10	117207	117216	20 %	0 %	20 %	60 %	222083239
76	NC_011984	CGTGA	2	10	117314	117323	20 %	20 %	40 %	20 %	222083239
77	NC_011984	CGCGA	2	10	118102	118111	20 %	0 %	40 %	40 %	222083240
78	NC_011984	CAGAA	2	10	118603	118612	60 %	0 %	20 %	20 %	222083240
79	NC_011984	GACGA	2	10	122265	122274	40 %	0 %	40 %	20 %	222083244
80	NC_011984	GATCA	2	10	122565	122574	40 %	20 %	20 %	20 %	222083244
81	NC_011984	GTGTG	2	10	122921	122930	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011984	TCCGG	2	10	123252	123261	0 %	20 %	40 %	40 %	222083245
83	NC_011984	TTGCC	2	10	123366	123375	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_011984	GTCGC	2	10	123818	123827	0 %	20 %	40 %	40 %	222083246
85	NC_011984	GAGGG	2	10	124584	124593	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011984	GAAGA	2	10	124607	124616	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011984	GCGAT	2	10	125008	125017	20 %	20 %	40 %	20 %	222083247
88	NC_011984	CTTTC	2	10	125294	125303	0 %	60 %	0 %	40 %	222083248
89	NC_011984	AGGTG	2	10	126197	126206	20 %	20 %	60 %	0 %	222083249
90	NC_011984	TCACA	2	10	126700	126709	40 %	20 %	0 %	40 %	222083249
91	NC_011984	CGACA	2	10	126728	126737	40 %	0 %	20 %	40 %	222083249
92	NC_011984	CCGCC	2	10	126908	126917	0 %	0 %	20 %	80 %	222083249
93	NC_011984	CGACC	2	10	127106	127115	20 %	0 %	20 %	60 %	222083249
94	NC_011984	CGCGC	2	10	128348	128357	0 %	0 %	40 %	60 %	222083249
95	NC_011984	CGGTC	2	10	131349	131358	0 %	20 %	40 %	40 %	222083250
96	NC_011984	AGAAA	2	10	131958	131967	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011984	TCCGC	2	10	132123	132132	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_011984	GATCG	2	10	134391	134400	20 %	20 %	40 %	20 %	222083252
99	NC_011984	GAGGG	2	10	134551	134560	20 %	0 %	80 %	0 %	222083252
100	NC_011984	TCGGC	2	10	136965	136974	0 %	20 %	40 %	40 %	222083255
101	NC_011984	AGAAA	2	10	137392	137401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011984	GTCCA	2	10	138603	138612	20 %	20 %	20 %	40 %	222083257
103	NC_011984	CGGTG	2	10	139600	139609	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_011984	AAGGC	2	10	139620	139629	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011984	CGATC	2	10	141515	141524	20 %	20 %	20 %	40 %	222083261
106	NC_011984	CGGGC	2	10	142098	142107	0 %	0 %	60 %	40 %	222083262
107	NC_011984	GGAAC	2	10	142374	142383	40 %	0 %	40 %	20 %	222083263
108	NC_011984	TTCCT	2	10	142678	142687	0 %	60 %	0 %	40 %	222083264
109	NC_011984	TGGTC	2	10	142940	142949	0 %	40 %	40 %	20 %	222083264
110	NC_011984	AGCAG	2	10	143990	143999	40 %	0 %	40 %	20 %	222083264
111	NC_011984	AGGGC	2	10	144485	144494	20 %	0 %	60 %	20 %	222083264
112	NC_011984	TGGCC	2	10	145339	145348	0 %	20 %	40 %	40 %	222083267
113	NC_011984	CAGGG	2	10	146868	146877	20 %	0 %	60 %	20 %	222083267
114	NC_011984	TCCGG	2	10	148915	148924	0 %	20 %	40 %	40 %	222083268
115	NC_011984	AGGGC	2	10	149059	149068	20 %	0 %	60 %	20 %	222083268
116	NC_011984	TGATC	2	10	149907	149916	20 %	40 %	20 %	20 %	222083269
117	NC_011984	ATCCG	2	10	151031	151040	20 %	20 %	20 %	40 %	222083270
118	NC_011984	ACAGG	2	10	151577	151586	40 %	0 %	40 %	20 %	222083271
119	NC_011984	AAGCG	2	10	152804	152813	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011984	TTCAT	2	10	153231	153240	20 %	60 %	0 %	20 %	222083273
121	NC_011984	TTGCT	2	10	153706	153715	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_011984	GGACA	2	10	155397	155406	40 %	0 %	40 %	20 %	222083275
123	NC_011984	CCAGA	2	10	156212	156221	40 %	0 %	20 %	40 %	222083276
124	NC_011984	ATCCC	2	10	157348	157357	20 %	20 %	0 %	60 %	222083277
125	NC_011984	GCGCC	2	10	159443	159452	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
126	NC_011984	GAGAG	2	10	160825	160834	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011984	CGGCC	2	10	161763	161772	0 %	0 %	40 %	60 %	222083280
128	NC_011984	TCGCG	2	10	164504	164513	0 %	20 %	40 %	40 %	222083282
129	NC_011984	TTGGA	2	10	165479	165488	20 %	40 %	40 %	0 %	222083283
130	NC_011984	GCCGA	2	10	166472	166481	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_011984	GACCG	2	10	166555	166564	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_011984	TGCCG	2	10	166987	166996	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_011984	GACCC	2	10	168088	168097	20 %	0 %	20 %	60 %	222083284
134	NC_011984	CGATC	2	10	168138	168147	20 %	20 %	20 %	40 %	222083284
135	NC_011984	CGCCT	2	10	169848	169857	0 %	20 %	20 %	60 %	222083285
136	NC_011984	ACGCC	2	10	170422	170431	20 %	0 %	20 %	60 %	222083285
137	NC_011984	AACGC	2	10	172097	172106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_011984	TTTAT	2	10	172660	172669	20 %	80 %	0 %	0 %	222083287
139	NC_011984	TCCTG	2	10	175686	175695	0 %	40 %	20 %	40 %	222083290
140	NC_011984	CGGCT	2	10	183643	183652	0 %	20 %	40 %	40 %	222083296
141	NC_011984	ACCGC	2	10	184527	184536	20 %	0 %	20 %	60 %	222083297
142	NC_011984	AGATG	2	10	189343	189352	40 %	20 %	40 %	0 %	222083300
143	NC_011984	CGGCC	2	10	194003	194012	0 %	0 %	40 %	60 %	222083305
144	NC_011984	CGCAC	2	10	194031	194040	20 %	0 %	20 %	60 %	222083305
145	NC_011984	AGGAA	2	10	194569	194578	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011984	CGTCA	2	10	196508	196517	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_011984	TAGTG	2	10	199563	199572	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011984	TTCGG	2	10	199999	200008	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_011984	GCCGA	2	10	201301	201310	20 %	0 %	40 %	40 %	222083312
150	NC_011984	TGATC	2	10	202154	202163	20 %	40 %	20 %	20 %	222083312
151	NC_011984	GTCCG	2	10	202197	202206	0 %	20 %	40 %	40 %	222083312
152	NC_011984	CGAAA	2	10	204099	204108	60 %	0 %	20 %	20 %	222083315
153	NC_011984	ACGCC	2	10	204294	204303	20 %	0 %	20 %	60 %	222083315
154	NC_011984	CCGCG	2	10	205430	205439	0 %	0 %	40 %	60 %	222083316
155	NC_011984	TCTGC	2	10	206399	206408	0 %	40 %	20 %	40 %	222083318
156	NC_011984	CCCCT	2	10	207502	207511	0 %	20 %	0 %	80 %	222083319
157	NC_011984	CCCCT	2	10	209379	209388	0 %	20 %	0 %	80 %	222083321
158	NC_011984	GCGCC	2	10	210045	210054	0 %	0 %	40 %	60 %	222083322
159	NC_011984	CGAGA	2	10	210302	210311	40 %	0 %	40 %	20 %	222083322

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.