MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4c

Total Repeats: 38

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011984	TTTGC	2	10	2485	2494	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011984	AGTGG	2	10	7222	7231	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011984	GCCGA	2	10	9861	9870	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_011984	GCCAG	2	10	15314	15323	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_011984	TTCGA	2	10	18658	18667	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011984	AACAG	2	10	28378	28387	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011984	AGCGG	2	10	29457	29466	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_011984	GCGCC	2	10	32602	32611	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_011984	GCAGC	2	10	33027	33036	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_011984	TGAGG	2	10	44856	44865	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011984	GAGTT	2	10	48197	48206	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011984	GTGAA	2	10	63193	63202	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011984	CAAAC	2	10	63636	63645	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_011984	AAAAT	2	10	64077	64086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011984	GCGGA	2	10	77780	77789	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011984	CTAGC	2	10	88012	88021	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_011984	CGTGG	2	10	100737	100746	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_011984	GTGTG	2	10	122921	122930	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011984	TTGCC	2	10	123366	123375	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_011984	GAGGG	2	10	124584	124593	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011984	GAAGA	2	10	124607	124616	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011984	AGAAA	2	10	131958	131967	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011984	TCCGC	2	10	132123	132132	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_011984	AGAAA	2	10	137392	137401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011984	CGGTG	2	10	139600	139609	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_011984	AAGGC	2	10	139620	139629	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011984	AAGCG	2	10	152804	152813	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011984	TTGCT	2	10	153706	153715	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011984	GCGCC	2	10	159443	159452	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_011984	GAGAG	2	10	160825	160834	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011984	GCCGA	2	10	166472	166481	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011984	GACCG	2	10	166555	166564	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_011984	TGCCG	2	10	166987	166996	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_011984	AACGC	2	10	172097	172106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011984	AGGAA	2	10	194569	194578	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011984	CGTCA	2	10	196508	196517	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011984	TAGTG	2	10	199563	199572	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011984	TTCGG	2	10	199999	200008	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.