MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4c

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011984	CTGCG	2	10	900	909	0 %	20 %	40 %	40 %	222083146
2	NC_011984	CCGCG	2	10	2166	2175	0 %	0 %	40 %	60 %	222083147
3	NC_011984	GGGGA	2	10	4054	4063	20 %	0 %	80 %	0 %	222083149
4	NC_011984	CTGCG	2	10	4265	4274	0 %	20 %	40 %	40 %	222083149
5	NC_011984	GCCTT	2	10	8942	8951	0 %	40 %	20 %	40 %	222083152
6	NC_011984	AGGGG	2	10	10051	10060	20 %	0 %	80 %	0 %	222083153
7	NC_011984	TCAGC	2	10	14943	14952	20 %	20 %	20 %	40 %	222083158
8	NC_011984	CGCAG	2	10	17129	17138	20 %	0 %	40 %	40 %	222083159
9	NC_011984	CAGTG	2	10	17465	17474	20 %	20 %	40 %	20 %	222083159
10	NC_011984	GCCCG	2	10	17663	17672	0 %	0 %	40 %	60 %	222083159
11	NC_011984	TCCTG	2	10	18795	18804	0 %	40 %	20 %	40 %	222083161
12	NC_011984	GAACG	2	10	21837	21846	40 %	0 %	40 %	20 %	222083162
13	NC_011984	CTGAT	2	10	24002	24011	20 %	40 %	20 %	20 %	222083164
14	NC_011984	GGAAG	2	10	24708	24717	40 %	0 %	60 %	0 %	222083164
15	NC_011984	GCCTG	2	10	27164	27173	0 %	20 %	40 %	40 %	222083167
16	NC_011984	ATCGC	2	10	29764	29773	20 %	20 %	20 %	40 %	222083169
17	NC_011984	TCTGC	2	10	32373	32382	0 %	40 %	20 %	40 %	222083172
18	NC_011984	AAAGC	2	10	37742	37751	60 %	0 %	20 %	20 %	222083178
19	NC_011984	CTGGC	2	10	38209	38218	0 %	20 %	40 %	40 %	222083178
20	NC_011984	GATCT	2	10	39986	39995	20 %	40 %	20 %	20 %	222083179
21	NC_011984	CGAAA	2	10	45925	45934	60 %	0 %	20 %	20 %	222083185
22	NC_011984	CTGGA	2	10	49807	49816	20 %	20 %	40 %	20 %	222083190
23	NC_011984	GTCCG	2	10	49863	49872	0 %	20 %	40 %	40 %	222083190
24	NC_011984	GGCTT	2	10	50097	50106	0 %	40 %	40 %	20 %	222083190
25	NC_011984	ACACG	2	10	50187	50196	40 %	0 %	20 %	40 %	222083190
26	NC_011984	GGCCG	2	10	56446	56455	0 %	0 %	60 %	40 %	222083194
27	NC_011984	TTCCA	2	10	57865	57874	20 %	40 %	0 %	40 %	222083194
28	NC_011984	CGGTA	2	10	60595	60604	20 %	20 %	40 %	20 %	222083196
29	NC_011984	CAGCG	2	10	61493	61502	20 %	0 %	40 %	40 %	222083196
30	NC_011984	CGCGC	2	10	62464	62473	0 %	0 %	40 %	60 %	222083196
31	NC_011984	CCTTG	2	10	68992	69001	0 %	40 %	20 %	40 %	222083200
32	NC_011984	AGCCC	2	10	69751	69760	20 %	0 %	20 %	60 %	222083202
33	NC_011984	GCTCT	2	10	71035	71044	0 %	40 %	20 %	40 %	222083203
34	NC_011984	AGCTC	2	10	71604	71613	20 %	20 %	20 %	40 %	222083203
35	NC_011984	TGCCG	2	10	74935	74944	0 %	20 %	40 %	40 %	222083205
36	NC_011984	CTTCG	2	10	76225	76234	0 %	40 %	20 %	40 %	222083208
37	NC_011984	GGTAG	2	10	80740	80749	20 %	20 %	60 %	0 %	222083211
38	NC_011984	GCGTG	2	10	83237	83246	0 %	20 %	60 %	20 %	222083214
39	NC_011984	GGCGA	2	10	83631	83640	20 %	0 %	60 %	20 %	222083214
40	NC_011984	GGTTG	2	10	83768	83777	0 %	40 %	60 %	0 %	222083214
41	NC_011984	TTGCC	2	10	84459	84468	0 %	40 %	20 %	40 %	222083215
42	NC_011984	TTCCG	2	10	85009	85018	0 %	40 %	20 %	40 %	222083215
43	NC_011984	GTGAT	2	10	85220	85229	20 %	40 %	40 %	0 %	222083215
44	NC_011984	GAAGG	2	10	91923	91932	40 %	0 %	60 %	0 %	222083221
45	NC_011984	CTGCG	2	10	93380	93389	0 %	20 %	40 %	40 %	222083222
46	NC_011984	TATGA	2	10	94114	94123	40 %	40 %	20 %	0 %	222083223
47	NC_011984	GCCGT	2	10	94616	94625	0 %	20 %	40 %	40 %	222083223
48	NC_011984	GGCGA	2	10	96546	96555	20 %	0 %	60 %	20 %	222083224
49	NC_011984	TCGGC	2	10	99753	99762	0 %	20 %	40 %	40 %	222083226
50	NC_011984	AGCGT	2	10	102312	102321	20 %	20 %	40 %	20 %	222083228
51	NC_011984	TGGAA	2	10	107520	107529	40 %	20 %	40 %	0 %	222083232
52	NC_011984	GCGCA	2	10	108142	108151	20 %	0 %	40 %	40 %	222083233
53	NC_011984	CCCGT	2	10	109040	109049	0 %	20 %	20 %	60 %	222083233
54	NC_011984	TGGCC	2	10	110041	110050	0 %	20 %	40 %	40 %	222083234
55	NC_011984	GCATC	2	10	114663	114672	20 %	20 %	20 %	40 %	222083237
56	NC_011984	TCCAA	2	10	117023	117032	40 %	20 %	0 %	40 %	222083239
57	NC_011984	GCTCC	2	10	117163	117172	0 %	20 %	20 %	60 %	222083239
58	NC_011984	CCGAC	2	10	117207	117216	20 %	0 %	20 %	60 %	222083239
59	NC_011984	CGTGA	2	10	117314	117323	20 %	20 %	40 %	20 %	222083239
60	NC_011984	CGCGA	2	10	118102	118111	20 %	0 %	40 %	40 %	222083240
61	NC_011984	CAGAA	2	10	118603	118612	60 %	0 %	20 %	20 %	222083240
62	NC_011984	GACGA	2	10	122265	122274	40 %	0 %	40 %	20 %	222083244
63	NC_011984	GATCA	2	10	122565	122574	40 %	20 %	20 %	20 %	222083244
64	NC_011984	TCCGG	2	10	123252	123261	0 %	20 %	40 %	40 %	222083245
65	NC_011984	GTCGC	2	10	123818	123827	0 %	20 %	40 %	40 %	222083246
66	NC_011984	GCGAT	2	10	125008	125017	20 %	20 %	40 %	20 %	222083247
67	NC_011984	CTTTC	2	10	125294	125303	0 %	60 %	0 %	40 %	222083248
68	NC_011984	AGGTG	2	10	126197	126206	20 %	20 %	60 %	0 %	222083249
69	NC_011984	TCACA	2	10	126700	126709	40 %	20 %	0 %	40 %	222083249
70	NC_011984	CGACA	2	10	126728	126737	40 %	0 %	20 %	40 %	222083249
71	NC_011984	CCGCC	2	10	126908	126917	0 %	0 %	20 %	80 %	222083249
72	NC_011984	CGACC	2	10	127106	127115	20 %	0 %	20 %	60 %	222083249
73	NC_011984	CGCGC	2	10	128348	128357	0 %	0 %	40 %	60 %	222083249
74	NC_011984	CGGTC	2	10	131349	131358	0 %	20 %	40 %	40 %	222083250
75	NC_011984	GATCG	2	10	134391	134400	20 %	20 %	40 %	20 %	222083252
76	NC_011984	GAGGG	2	10	134551	134560	20 %	0 %	80 %	0 %	222083252
77	NC_011984	TCGGC	2	10	136965	136974	0 %	20 %	40 %	40 %	222083255
78	NC_011984	GTCCA	2	10	138603	138612	20 %	20 %	20 %	40 %	222083257
79	NC_011984	CGATC	2	10	141515	141524	20 %	20 %	20 %	40 %	222083261
80	NC_011984	CGGGC	2	10	142098	142107	0 %	0 %	60 %	40 %	222083262
81	NC_011984	GGAAC	2	10	142374	142383	40 %	0 %	40 %	20 %	222083263
82	NC_011984	TTCCT	2	10	142678	142687	0 %	60 %	0 %	40 %	222083264
83	NC_011984	TGGTC	2	10	142940	142949	0 %	40 %	40 %	20 %	222083264
84	NC_011984	AGCAG	2	10	143990	143999	40 %	0 %	40 %	20 %	222083264
85	NC_011984	AGGGC	2	10	144485	144494	20 %	0 %	60 %	20 %	222083264
86	NC_011984	TGGCC	2	10	145339	145348	0 %	20 %	40 %	40 %	222083267
87	NC_011984	CAGGG	2	10	146868	146877	20 %	0 %	60 %	20 %	222083267
88	NC_011984	TCCGG	2	10	148915	148924	0 %	20 %	40 %	40 %	222083268
89	NC_011984	AGGGC	2	10	149059	149068	20 %	0 %	60 %	20 %	222083268
90	NC_011984	TGATC	2	10	149907	149916	20 %	40 %	20 %	20 %	222083269
91	NC_011984	ATCCG	2	10	151031	151040	20 %	20 %	20 %	40 %	222083270
92	NC_011984	ACAGG	2	10	151577	151586	40 %	0 %	40 %	20 %	222083271
93	NC_011984	TTCAT	2	10	153231	153240	20 %	60 %	0 %	20 %	222083273
94	NC_011984	GGACA	2	10	155397	155406	40 %	0 %	40 %	20 %	222083275
95	NC_011984	CCAGA	2	10	156212	156221	40 %	0 %	20 %	40 %	222083276
96	NC_011984	ATCCC	2	10	157348	157357	20 %	20 %	0 %	60 %	222083277
97	NC_011984	CGGCC	2	10	161763	161772	0 %	0 %	40 %	60 %	222083280
98	NC_011984	TCGCG	2	10	164504	164513	0 %	20 %	40 %	40 %	222083282
99	NC_011984	TTGGA	2	10	165479	165488	20 %	40 %	40 %	0 %	222083283
100	NC_011984	GACCC	2	10	168088	168097	20 %	0 %	20 %	60 %	222083284
101	NC_011984	CGATC	2	10	168138	168147	20 %	20 %	20 %	40 %	222083284
102	NC_011984	CGCCT	2	10	169848	169857	0 %	20 %	20 %	60 %	222083285
103	NC_011984	ACGCC	2	10	170422	170431	20 %	0 %	20 %	60 %	222083285
104	NC_011984	TTTAT	2	10	172660	172669	20 %	80 %	0 %	0 %	222083287
105	NC_011984	TCCTG	2	10	175686	175695	0 %	40 %	20 %	40 %	222083290
106	NC_011984	CGGCT	2	10	183643	183652	0 %	20 %	40 %	40 %	222083296
107	NC_011984	ACCGC	2	10	184527	184536	20 %	0 %	20 %	60 %	222083297
108	NC_011984	AGATG	2	10	189343	189352	40 %	20 %	40 %	0 %	222083300
109	NC_011984	CGGCC	2	10	194003	194012	0 %	0 %	40 %	60 %	222083305
110	NC_011984	CGCAC	2	10	194031	194040	20 %	0 %	20 %	60 %	222083305
111	NC_011984	GCCGA	2	10	201301	201310	20 %	0 %	40 %	40 %	222083312
112	NC_011984	TGATC	2	10	202154	202163	20 %	40 %	20 %	20 %	222083312
113	NC_011984	GTCCG	2	10	202197	202206	0 %	20 %	40 %	40 %	222083312
114	NC_011984	CGAAA	2	10	204099	204108	60 %	0 %	20 %	20 %	222083315
115	NC_011984	ACGCC	2	10	204294	204303	20 %	0 %	20 %	60 %	222083315
116	NC_011984	CCGCG	2	10	205430	205439	0 %	0 %	40 %	60 %	222083316
117	NC_011984	TCTGC	2	10	206399	206408	0 %	40 %	20 %	40 %	222083318
118	NC_011984	CCCCT	2	10	207502	207511	0 %	20 %	0 %	80 %	222083319
119	NC_011984	CCCCT	2	10	209379	209388	0 %	20 %	0 %	80 %	222083321
120	NC_011984	GCGCC	2	10	210045	210054	0 %	0 %	40 %	60 %	222083322
121	NC_011984	CGAGA	2	10	210302	210311	40 %	0 %	40 %	20 %	222083322

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.