MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4c

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011984	GAAT	2	8	5219	5226	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011984	CATT	2	8	6072	6079	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011984	GTCA	2	8	7386	7393	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_011984	CGAG	2	8	7472	7479	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_011984	CGGA	2	8	12351	12358	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_011984	GACA	2	8	12590	12597	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_011984	CGAA	2	8	12699	12706	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_011984	GGCA	2	8	13838	13845	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_011984	AACG	2	8	16123	16130	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_011984	TTGC	2	8	16411	16418	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_011984	GATG	2	8	16635	16642	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011984	CCTG	2	8	18505	18512	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_011984	CCGA	2	8	19862	19869	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_011984	TGCT	2	8	20860	20867	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011984	CGCC	2	8	20961	20968	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16	NC_011984	CATA	2	8	21208	21215	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_011984	GCGA	2	8	21332	21339	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_011984	GTCC	2	8	22919	22926	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_011984	TCGC	2	8	41638	41645	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_011984	GAAC	2	8	41982	41989	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011984	TTCG	2	8	46432	46439	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_011984	AGCA	2	8	46612	46619	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_011984	TGCC	2	8	48831	48838	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_011984	CTTC	2	8	48909	48916	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_011984	CCCT	2	8	50636	50643	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_011984	GCCA	2	8	52726	52733	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_011984	CCTG	2	8	54481	54488	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_011984	TCTG	2	8	59456	59463	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_011984	TGGC	2	8	59937	59944	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_011984	TTAT	2	8	60339	60346	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011984	TTGC	2	8	63129	63136	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_011984	TTGA	2	8	63165	63172	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011984	GCGG	2	8	63212	63219	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
34	NC_011984	AGCG	2	8	63952	63959	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_011984	TGCC	2	8	64033	64040	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_011984	ATCA	2	8	64045	64052	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_011984	TGGT	2	8	64329	64336	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011984	CAGA	2	8	64703	64710	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_011984	ATCC	2	8	64800	64807	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_011984	GCAT	2	8	65454	65461	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_011984	GATC	2	8	66041	66048	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011984	ATGC	2	8	66090	66097	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_011984	CTGC	2	8	66428	66435	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_011984	TCGC	2	8	66451	66458	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_011984	ATCA	2	8	66495	66502	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_011984	TACG	2	8	67660	67667	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_011984	TTTC	2	8	76195	76202	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_011984	CAGC	2	8	78135	78142	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_011984	GCTT	2	8	78364	78371	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_011984	GCAC	2	8	78480	78487	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_011984	AGTC	2	8	79899	79906	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_011984	CAGG	2	8	80870	80877	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_011984	AAGC	2	8	80889	80896	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_011984	AAAC	2	8	81574	81581	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_011984	ACGC	2	8	81648	81655	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_011984	TTTG	2	8	88029	88036	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011984	GCGA	2	8	88124	88131	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011984	AGCC	2	8	92319	92326	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_011984	GATC	2	8	100371	100378	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_011984	GCCG	2	8	100887	100894	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_011984	ATCG	2	8	103885	103892	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_011984	CCAG	2	8	103992	103999	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_011984	GCCG	2	8	108037	108044	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_011984	CCCA	2	8	109836	109843	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
65	NC_011984	GGCC	2	8	109916	109923	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_011984	TCGA	2	8	111969	111976	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_011984	CGCA	2	8	112008	112015	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_011984	CGGC	2	8	113006	113013	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_011984	AAAC	2	8	116846	116853	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_011984	GGCA	2	8	116865	116872	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_011984	CAGC	2	8	116883	116890	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_011984	GATA	2	8	120091	120098	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011984	CGAT	2	8	121301	121308	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_011984	CCCG	2	8	121339	121346	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
75	NC_011984	GGAC	2	8	122906	122913	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_011984	CGGA	2	8	124566	124573	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_011984	GGAA	2	8	132151	132158	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011984	TCGC	2	8	136163	136170	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_011984	GGCC	2	8	136414	136421	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_011984	GCCG	2	8	137459	137466	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_011984	CAGT	2	8	139559	139566	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_011984	CGGT	2	8	139704	139711	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_011984	GGTC	2	8	139852	139859	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_011984	GTCG	2	8	141380	141387	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_011984	CCTT	2	8	153687	153694	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_011984	TATC	2	8	157880	157887	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_011984	TCGT	2	8	159190	159197	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_011984	AGGC	2	8	159404	159411	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_011984	CGAA	2	8	159419	159426	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_011984	TCTG	2	8	160885	160892	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_011984	ATCG	2	8	160929	160936	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_011984	ATCG	2	8	163313	163320	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_011984	GAAG	2	8	165353	165360	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011984	TCAG	2	8	166233	166240	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_011984	CTGC	2	8	166317	166324	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011984	CGCA	2	8	166413	166420	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_011984	GTTC	2	8	166515	166522	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_011984	CAAC	2	8	166871	166878	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_011984	TCGA	2	8	172506	172513	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_011984	GAAG	2	8	178357	178364	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011984	GATC	2	8	178565	178572	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_011984	GATG	2	8	181641	181648	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011984	CGAG	2	8	181713	181720	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_011984	CAGC	2	8	182467	182474	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_011984	CTTA	2	8	186014	186021	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_011984	AGCA	2	8	186111	186118	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_011984	AATC	2	8	186401	186408	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_011984	CCAT	2	8	186622	186629	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011984	TGGC	2	8	186939	186946	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_011984	ATCG	2	8	187279	187286	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_011984	GCTG	2	8	187601	187608	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_011984	CGGG	2	8	187937	187944	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
113	NC_011984	TCTA	2	8	191284	191291	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_011984	TTGT	2	8	196569	196576	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011984	GCCG	2	8	196782	196789	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_011984	CGTT	2	8	197027	197034	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_011984	GCTC	2	8	200110	200117	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011984	GTTG	2	8	200174	200181	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011984	GCAG	2	8	200603	200610	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_011984	CTAA	2	8	211562	211569	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.