MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pTiS4

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011982	GTGGAA	2	12	428	439	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	222080118
2	NC_011982	TCGATC	2	12	503	514	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222080118
3	NC_011982	GAGTAT	2	12	682	693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222080118
4	NC_011982	TGGATC	2	12	1502	1513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222080119
5	NC_011982	AAAGGC	2	12	14492	14503	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222080131
6	NC_011982	CCGAAG	2	12	14520	14531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222080131
7	NC_011982	CTTCGT	2	12	17577	17588	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222080133
8	NC_011982	TCGACC	2	12	18040	18051	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222080133
9	NC_011982	GAAGCG	2	12	29463	29474	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222080141
10	NC_011982	GCGCTC	2	12	29907	29918	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222080141
11	NC_011982	CTCAAT	2	12	30210	30221	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011982	CCTCCC	2	12	30266	30277	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
13	NC_011982	GTGCGC	2	12	31207	31218	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222080142
14	NC_011982	TGGCGG	2	12	32362	32373	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_011982	GCGCTG	2	12	33106	33117	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222080143
16	NC_011982	CTCGAT	2	12	35762	35773	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222080147
17	NC_011982	CAATGC	2	12	37826	37837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_011982	AGACGA	2	12	37912	37923	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011982	TCCTTC	2	12	38370	38381	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_011982	GCGAGC	2	12	39475	39486	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011982	GACCTT	2	12	40290	40301	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_011982	GATCTT	2	12	45642	45653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	222080151
23	NC_011982	AAGGGC	2	12	46509	46520	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222080151
24	NC_011982	GCCATT	2	12	50534	50545	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222080154
25	NC_011982	GCTCCG	2	12	52743	52754	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222080157
26	NC_011982	TCGGCA	2	12	53084	53095	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080158
27	NC_011982	GAAAAG	2	12	54119	54130	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222080158
28	NC_011982	CGCAAG	2	12	56214	56225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222080160
29	NC_011982	TCGATC	2	12	58241	58252	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222080162
30	NC_011982	CCGATC	2	12	58829	58840	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222080162
31	NC_011982	GGAGCG	2	12	61228	61239	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	222080162
32	NC_011982	CCGCGG	2	12	64064	64075	0 %	0 %	50 %	50 %	222080163
33	NC_011982	GCCCGC	2	12	64850	64861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222080164
34	NC_011982	CGACAC	2	12	67981	67992	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_011982	ACGCCG	2	12	74960	74971	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222080173
36	NC_011982	TTCGCT	2	12	77451	77462	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_011982	CGAGGA	2	12	82588	82599	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222080179
38	NC_011982	CTCGAT	2	12	86640	86651	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222080186
39	NC_011982	TCGAGC	2	12	87703	87714	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080187
40	NC_011982	TAGGCG	2	12	87727	87738	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222080187
41	NC_011982	AGACGA	2	12	88792	88803	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222080187
42	NC_011982	TCGCTG	2	12	89169	89180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222080187
43	NC_011982	CGATGG	2	12	90863	90874	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011982	GGATGG	2	12	91323	91334	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011982	CGAGGC	2	12	92591	92602	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222080189
46	NC_011982	ACATCG	2	12	95162	95173	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222080193
47	NC_011982	TACGGC	2	12	98917	98928	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080197
48	NC_011982	CTTCGT	2	12	105446	105457	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222080202
49	NC_011982	CGTCTT	2	12	115547	115558	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222080210
50	NC_011982	TTATGG	2	12	128147	128158	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	222080220
51	NC_011982	CCAGCG	2	12	129719	129730	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222080221
52	NC_011982	CTCGAT	2	12	130460	130471	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222080222
53	NC_011982	GTAGCC	2	12	132174	132185	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080223
54	NC_011982	TCCTCG	2	12	132429	132440	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222080223
55	NC_011982	ATGGCT	2	12	132794	132805	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222080223
56	NC_011982	CGCTGA	2	12	133810	133821	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080224
57	NC_011982	CTGATG	2	12	137646	137657	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222080225
58	NC_011982	ATAAAA	2	12	138619	138630	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	222080226
59	NC_011982	ATTCCA	2	12	138654	138665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222080226
60	NC_011982	GCGATC	2	12	142794	142805	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080227
61	NC_011982	CTTGGC	2	12	147214	147225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011982	TCCTCA	2	12	155793	155804	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	222080234
63	NC_011982	ACGACA	2	12	159459	159470	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222080238
64	NC_011982	AAATCC	2	12	160970	160981	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	222080240
65	NC_011982	GGCTGC	2	12	162619	162630	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222080241
66	NC_011982	CGTCTC	2	12	165308	165319	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222080244
67	NC_011982	TTCCTC	2	12	167820	167831	0 %	50 %	0 %	50 %	222080246
68	NC_011982	AAGACG	2	12	171812	171823	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222080250
69	NC_011982	GCCAAG	2	12	180053	180064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011982	AAGACG	2	12	183221	183232	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222080258
71	NC_011982	GCAAAA	2	12	186003	186014	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	222080259
72	NC_011982	TACCAA	2	12	186747	186758	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	222080259
73	NC_011982	TCGGCT	2	12	191177	191188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011982	TCACGA	2	12	192342	192353	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222080264
75	NC_011982	GGAAGA	6	36	200880	200915	50 %	0 %	50 %	0 %	222080273
76	NC_011982	TTTGAT	2	12	207359	207370	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	222080279
77	NC_011982	AATTTC	2	12	208366	208377	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	222080280
78	NC_011982	AAGTGT	2	12	221108	221119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011982	CAGTAG	2	12	222330	222341	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222080287
80	NC_011982	ACATCG	2	12	225581	225592	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222080291
81	NC_011982	ACGGCG	2	12	231626	231637	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222080296
82	NC_011982	GACGTG	2	12	242632	242643	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222080306
83	NC_011982	GCGTCA	2	12	250964	250975	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222080313
84	NC_011982	TTGGCG	2	12	251625	251636	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222080314
85	NC_011982	CCGGCT	2	12	252870	252881	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222080315
86	NC_011982	CTGTGA	2	12	256877	256888	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222080319
87	NC_011982	CGGCGA	2	12	257975	257986	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222080321

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.