MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pTiS4

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011982	GTCGA	2	10	271	280	20 %	20 %	40 %	20 %	222080118
2	NC_011982	CGAAG	2	10	2238	2247	40 %	0 %	40 %	20 %	222080119
3	NC_011982	CGAGA	2	10	2621	2630	40 %	0 %	40 %	20 %	222080120
4	NC_011982	CTTGC	2	10	2937	2946	0 %	40 %	20 %	40 %	222080120
5	NC_011982	CGTCG	2	10	3717	3726	0 %	20 %	40 %	40 %	222080120
6	NC_011982	AAGCG	2	10	3973	3982	40 %	0 %	40 %	20 %	222080121
7	NC_011982	CGTCT	2	10	4027	4036	0 %	40 %	20 %	40 %	222080121
8	NC_011982	GTTCG	2	10	4671	4680	0 %	40 %	40 %	20 %	222080121
9	NC_011982	TCTCC	2	10	5418	5427	0 %	40 %	0 %	60 %	222080122
10	NC_011982	GGAGC	2	10	8208	8217	20 %	0 %	60 %	20 %	222080124
11	NC_011982	CGTGA	2	10	10015	10024	20 %	20 %	40 %	20 %	222080125
12	NC_011982	AAGGC	2	10	14506	14515	40 %	0 %	40 %	20 %	222080131
13	NC_011982	ACGCT	2	10	15207	15216	20 %	20 %	20 %	40 %	222080132
14	NC_011982	GCCTT	2	10	15943	15952	0 %	40 %	20 %	40 %	222080133
15	NC_011982	CAGCT	2	10	15958	15967	20 %	20 %	20 %	40 %	222080133
16	NC_011982	AGACG	2	10	16130	16139	40 %	0 %	40 %	20 %	222080133
17	NC_011982	GCCCG	2	10	16952	16961	0 %	0 %	40 %	60 %	222080133
18	NC_011982	CAGTC	2	10	17366	17375	20 %	20 %	20 %	40 %	222080133
19	NC_011982	GGGCA	2	10	20600	20609	20 %	0 %	60 %	20 %	222080135
20	NC_011982	TTGCA	2	10	20616	20625	20 %	40 %	20 %	20 %	222080135
21	NC_011982	GGAAA	2	10	25234	25243	60 %	0 %	40 %	0 %	222080138
22	NC_011982	AGCAG	2	10	28145	28154	40 %	0 %	40 %	20 %	222080140
23	NC_011982	AGCGC	2	10	28173	28182	20 %	0 %	40 %	40 %	222080140
24	NC_011982	TCCAG	2	10	31091	31100	20 %	20 %	20 %	40 %	222080142
25	NC_011982	CCACT	2	10	35138	35147	20 %	20 %	0 %	60 %	222080145
26	NC_011982	TGCGA	2	10	44516	44525	20 %	20 %	40 %	20 %	222080149
27	NC_011982	GGCAT	2	10	44877	44886	20 %	20 %	40 %	20 %	222080149
28	NC_011982	CGATG	2	10	45855	45864	20 %	20 %	40 %	20 %	222080151
29	NC_011982	GAAAA	2	10	53236	53245	80 %	0 %	20 %	0 %	222080158
30	NC_011982	CGGCG	2	10	53345	53354	0 %	0 %	60 %	40 %	222080158
31	NC_011982	TCTGG	2	10	55699	55708	0 %	40 %	40 %	20 %	222080160
32	NC_011982	CGGCT	2	10	55716	55725	0 %	20 %	40 %	40 %	222080160
33	NC_011982	ACCAC	2	10	57986	57995	40 %	0 %	0 %	60 %	222080162
34	NC_011982	ATGAA	2	10	59177	59186	60 %	20 %	20 %	0 %	222080162
35	NC_011982	GGCAA	2	10	60558	60567	40 %	0 %	40 %	20 %	222080162
36	NC_011982	GATCG	2	10	62119	62128	20 %	20 %	40 %	20 %	222080163
37	NC_011982	CGGGC	2	10	62268	62277	0 %	0 %	60 %	40 %	222080163
38	NC_011982	GCCGC	2	10	64968	64977	0 %	0 %	40 %	60 %	222080164
39	NC_011982	CAAAA	2	10	65966	65975	80 %	0 %	0 %	20 %	222080165
40	NC_011982	GGAGG	2	10	69047	69056	20 %	0 %	80 %	0 %	222080166
41	NC_011982	CACGA	2	10	75550	75559	40 %	0 %	20 %	40 %	222080173
42	NC_011982	CGGCT	2	10	79329	79338	0 %	20 %	40 %	40 %	222080175
43	NC_011982	AGCCC	2	10	80121	80130	20 %	0 %	20 %	60 %	222080176
44	NC_011982	GTCGC	2	10	80455	80464	0 %	20 %	40 %	40 %	222080176
45	NC_011982	CGCTC	2	10	80688	80697	0 %	20 %	20 %	60 %	222080177
46	NC_011982	CCGTG	2	10	81063	81072	0 %	20 %	40 %	40 %	222080177
47	NC_011982	ATGTC	2	10	84304	84313	20 %	40 %	20 %	20 %	222080183
48	NC_011982	CCACT	2	10	86016	86025	20 %	20 %	0 %	60 %	222080184
49	NC_011982	CAGGG	2	10	88508	88517	20 %	0 %	60 %	20 %	222080187
50	NC_011982	GCGCT	2	10	89346	89355	0 %	20 %	40 %	40 %	222080187
51	NC_011982	AGCCG	2	10	89750	89759	20 %	0 %	40 %	40 %	222080187
52	NC_011982	CGTCT	2	10	92654	92663	0 %	40 %	20 %	40 %	222080189
53	NC_011982	GCCGG	2	10	96078	96087	0 %	0 %	60 %	40 %	222080194
54	NC_011982	AGGGC	2	10	96508	96517	20 %	0 %	60 %	20 %	222080194
55	NC_011982	GACAA	2	10	100900	100909	60 %	0 %	20 %	20 %	222080198
56	NC_011982	TGTGG	2	10	102187	102196	0 %	40 %	60 %	0 %	222080200
57	NC_011982	CCGCG	2	10	102955	102964	0 %	0 %	40 %	60 %	222080201
58	NC_011982	GAACG	2	10	107992	108001	40 %	0 %	40 %	20 %	222080205
59	NC_011982	CGCAT	2	10	108088	108097	20 %	20 %	20 %	40 %	222080205
60	NC_011982	ATCGC	2	10	108272	108281	20 %	20 %	20 %	40 %	222080205
61	NC_011982	CGGGC	2	10	109484	109493	0 %	0 %	60 %	40 %	222080206
62	NC_011982	TCGCG	2	10	110176	110185	0 %	20 %	40 %	40 %	222080206
63	NC_011982	GTGCG	2	10	113198	113207	0 %	20 %	60 %	20 %	222080208
64	NC_011982	GTCGA	2	10	113870	113879	20 %	20 %	40 %	20 %	222080209
65	NC_011982	ACAGG	2	10	115801	115810	40 %	0 %	40 %	20 %	222080210
66	NC_011982	AACGG	2	10	116619	116628	40 %	0 %	40 %	20 %	222080211
67	NC_011982	CAGCG	2	10	117577	117586	20 %	0 %	40 %	40 %	222080212
68	NC_011982	ATGAG	2	10	117687	117696	40 %	20 %	40 %	0 %	222080212
69	NC_011982	ACCGT	2	10	120629	120638	20 %	20 %	20 %	40 %	222080215
70	NC_011982	GCGAA	2	10	126596	126605	40 %	0 %	40 %	20 %	222080219
71	NC_011982	GCTTG	2	10	126991	127000	0 %	40 %	40 %	20 %	222080219
72	NC_011982	GGGGC	2	10	128765	128774	0 %	0 %	80 %	20 %	222080221
73	NC_011982	CCAAT	2	10	131361	131370	40 %	20 %	0 %	40 %	222080222
74	NC_011982	TGGCT	2	10	132113	132122	0 %	40 %	40 %	20 %	222080223
75	NC_011982	CCTCG	2	10	132244	132253	0 %	20 %	20 %	60 %	222080223
76	NC_011982	AGAGA	2	10	137579	137588	60 %	0 %	40 %	0 %	222080225
77	NC_011982	GAGTG	2	10	138773	138782	20 %	20 %	60 %	0 %	222080226
78	NC_011982	GAAAA	2	10	142815	142824	80 %	0 %	20 %	0 %	222080227
79	NC_011982	GTCAA	2	10	143072	143081	40 %	20 %	20 %	20 %	222080228
80	NC_011982	GCGCC	2	10	143545	143554	0 %	0 %	40 %	60 %	222080228
81	NC_011982	GGTGA	2	10	144600	144609	20 %	20 %	60 %	0 %	222080229
82	NC_011982	CGTTC	2	10	144896	144905	0 %	40 %	20 %	40 %	222080229
83	NC_011982	GGGCT	2	10	145277	145286	0 %	20 %	60 %	20 %	222080229
84	NC_011982	GTGAA	2	10	145725	145734	40 %	20 %	40 %	0 %	222080230
85	NC_011982	CAAAC	2	10	146171	146180	60 %	0 %	0 %	40 %	222080230
86	NC_011982	GTCCG	2	10	148789	148798	0 %	20 %	40 %	40 %	222080231
87	NC_011982	CCCGT	2	10	149058	149067	0 %	20 %	20 %	60 %	222080231
88	NC_011982	GGCTG	2	10	149487	149496	0 %	20 %	60 %	20 %	222080231
89	NC_011982	GATTC	2	10	149590	149599	20 %	40 %	20 %	20 %	222080231
90	NC_011982	GGGAA	2	10	151126	151135	40 %	0 %	60 %	0 %	222080232
91	NC_011982	GAAGA	2	10	151657	151666	60 %	0 %	40 %	0 %	222080232
92	NC_011982	TTTGT	2	10	151891	151900	0 %	80 %	20 %	0 %	222080232
93	NC_011982	CCTTT	2	10	152055	152064	0 %	60 %	0 %	40 %	222080232
94	NC_011982	CGTGA	2	10	152419	152428	20 %	20 %	40 %	20 %	222080232
95	NC_011982	GGCTC	2	10	154041	154050	0 %	20 %	40 %	40 %	222080233
96	NC_011982	GGCTC	2	10	154266	154275	0 %	20 %	40 %	40 %	222080233
97	NC_011982	GAACT	2	10	154503	154512	40 %	20 %	20 %	20 %	222080233
98	NC_011982	TTGAG	2	10	154837	154846	20 %	40 %	40 %	0 %	222080233
99	NC_011982	AGCGG	2	10	155461	155470	20 %	0 %	60 %	20 %	222080233
100	NC_011982	GCTCG	2	10	155573	155582	0 %	20 %	40 %	40 %	222080234
101	NC_011982	TCGTT	2	10	155976	155985	0 %	60 %	20 %	20 %	222080234
102	NC_011982	ACGAA	2	10	156209	156218	60 %	0 %	20 %	20 %	222080234
103	NC_011982	AAGAA	2	10	158745	158754	80 %	0 %	20 %	0 %	222080237
104	NC_011982	ACTTC	2	10	166045	166054	20 %	40 %	0 %	40 %	222080245
105	NC_011982	TGCTC	2	10	166453	166462	0 %	40 %	20 %	40 %	222080245
106	NC_011982	ACCGC	2	10	166596	166605	20 %	0 %	20 %	60 %	222080245
107	NC_011982	ACGTG	2	10	166667	166676	20 %	20 %	40 %	20 %	222080245
108	NC_011982	GAAGG	2	10	167678	167687	40 %	0 %	60 %	0 %	222080245
109	NC_011982	CGCCC	2	10	167866	167875	0 %	0 %	20 %	80 %	222080246
110	NC_011982	GGTGT	2	10	171881	171890	0 %	40 %	60 %	0 %	222080250
111	NC_011982	TTTCA	2	10	172919	172928	20 %	60 %	0 %	20 %	222080251
112	NC_011982	TATTG	2	10	175506	175515	20 %	60 %	20 %	0 %	222080254
113	NC_011982	GCTGC	2	10	177491	177500	0 %	20 %	40 %	40 %	222080255
114	NC_011982	GGTGT	2	10	183290	183299	0 %	40 %	60 %	0 %	222080258
115	NC_011982	CAACC	2	10	185148	185157	40 %	0 %	0 %	60 %	222080259
116	NC_011982	ACATT	2	10	186413	186422	40 %	40 %	0 %	20 %	222080259
117	NC_011982	ACTCC	2	10	192684	192693	20 %	20 %	0 %	60 %	222080265
118	NC_011982	GGTCA	2	10	194320	194329	20 %	20 %	40 %	20 %	222080267
119	NC_011982	TCAGC	2	10	196680	196689	20 %	20 %	20 %	40 %	222080269
120	NC_011982	CGTTC	2	10	197436	197445	0 %	40 %	20 %	40 %	222080270
121	NC_011982	TGGCC	2	10	201821	201830	0 %	20 %	40 %	40 %	222080274
122	NC_011982	ACTGG	2	10	204396	204405	20 %	20 %	40 %	20 %	222080276
123	NC_011982	AAGGC	2	10	205849	205858	40 %	0 %	40 %	20 %	222080277
124	NC_011982	GATCC	2	10	214344	214353	20 %	20 %	20 %	40 %	222080283
125	NC_011982	CAATG	2	10	216194	216203	40 %	20 %	20 %	20 %	222080284
126	NC_011982	AATGT	2	10	216645	216654	40 %	40 %	20 %	0 %	222080284
127	NC_011982	GGCGG	2	10	220134	220143	0 %	0 %	80 %	20 %	222080286
128	NC_011982	GGGTG	2	10	221894	221903	0 %	20 %	80 %	0 %	222080287
129	NC_011982	CAGGA	2	10	231966	231975	40 %	0 %	40 %	20 %	222080297
130	NC_011982	TCGGC	2	10	234588	234597	0 %	20 %	40 %	40 %	222080299
131	NC_011982	TCAAG	2	10	234696	234705	40 %	20 %	20 %	20 %	222080299
132	NC_011982	ATTGC	2	10	234960	234969	20 %	40 %	20 %	20 %	222080299
133	NC_011982	CGAGC	2	10	235045	235054	20 %	0 %	40 %	40 %	222080299
134	NC_011982	TCGGA	2	10	236609	236618	20 %	20 %	40 %	20 %	222080300
135	NC_011982	CTGCG	2	10	238490	238499	0 %	20 %	40 %	40 %	222080302
136	NC_011982	CAACG	2	10	238680	238689	40 %	0 %	20 %	40 %	222080302
137	NC_011982	CGTTT	2	10	238899	238908	0 %	60 %	20 %	20 %	222080302
138	NC_011982	TGATC	2	10	239009	239018	20 %	40 %	20 %	20 %	222080302
139	NC_011982	CTTTT	2	10	240023	240032	0 %	80 %	0 %	20 %	222080303
140	NC_011982	GCGAG	2	10	241546	241555	20 %	0 %	60 %	20 %	222080304
141	NC_011982	GATCA	2	10	242578	242587	40 %	20 %	20 %	20 %	222080306
142	NC_011982	CGCGC	2	10	243019	243028	0 %	0 %	40 %	60 %	222080306
143	NC_011982	ACCGC	2	10	244135	244144	20 %	0 %	20 %	60 %	222080307
144	NC_011982	CGCAG	2	10	246238	246247	20 %	0 %	40 %	40 %	222080308
145	NC_011982	GACCA	2	10	247000	247009	40 %	0 %	20 %	40 %	222080308
146	NC_011982	CCGTG	2	10	247295	247304	0 %	20 %	40 %	40 %	222080309
147	NC_011982	CACAG	2	10	247997	248006	40 %	0 %	20 %	40 %	222080309
148	NC_011982	TGTTT	2	10	249226	249235	0 %	80 %	20 %	0 %	222080310
149	NC_011982	TGATC	2	10	249305	249314	20 %	40 %	20 %	20 %	222080310
150	NC_011982	ATGAT	2	10	249656	249665	40 %	40 %	20 %	0 %	222080311
151	NC_011982	GATAT	2	10	250424	250433	40 %	40 %	20 %	0 %	222080312
152	NC_011982	CAGTC	2	10	250895	250904	20 %	20 %	20 %	40 %	222080313
153	NC_011982	CGGAT	2	10	251169	251178	20 %	20 %	40 %	20 %	222080313
154	NC_011982	CCGGC	2	10	251598	251607	0 %	0 %	40 %	60 %	222080314
155	NC_011982	CGAGA	2	10	253101	253110	40 %	0 %	40 %	20 %	222080316
156	NC_011982	TGCCC	2	10	253421	253430	0 %	20 %	20 %	60 %	222080316
157	NC_011982	TCCCC	3	15	254643	254657	0 %	20 %	0 %	80 %	222080317
158	NC_011982	CGACA	2	10	255676	255685	40 %	0 %	20 %	40 %	222080317
159	NC_011982	GAGCC	2	10	255995	256004	20 %	0 %	40 %	40 %	222080317
160	NC_011982	TCCCC	2	10	256520	256529	0 %	20 %	0 %	80 %	222080319
161	NC_011982	CGAAG	2	10	258056	258065	40 %	0 %	40 %	20 %	222080321

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.