MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pTiS4

Total Repeats: 417

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011982	CT	3	6	2374	2379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_011982	TC	3	6	2384	2389	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_011982	GA	3	6	2478	2483	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011982	TG	3	6	2615	2620	0 %	50 %	50 %	0 %	222080120
5	NC_011982	GA	3	6	3706	3711	50 %	0 %	50 %	0 %	222080120
6	NC_011982	CG	3	6	3922	3927	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_011982	CG	4	8	4119	4126	0 %	0 %	50 %	50 %	222080121
8	NC_011982	CG	4	8	4226	4233	0 %	0 %	50 %	50 %	222080121
9	NC_011982	GA	3	6	5249	5254	50 %	0 %	50 %	0 %	222080121
10	NC_011982	TG	3	6	5972	5977	0 %	50 %	50 %	0 %	222080122
11	NC_011982	AG	3	6	7925	7930	50 %	0 %	50 %	0 %	222080124
12	NC_011982	AG	3	6	8101	8106	50 %	0 %	50 %	0 %	222080124
13	NC_011982	GA	3	6	8365	8370	50 %	0 %	50 %	0 %	222080124
14	NC_011982	TC	4	8	9457	9464	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_011982	TG	3	6	10491	10496	0 %	50 %	50 %	0 %	222080126
16	NC_011982	CG	3	6	10545	10550	0 %	0 %	50 %	50 %	222080126
17	NC_011982	GC	3	6	11430	11435	0 %	0 %	50 %	50 %	222080127
18	NC_011982	TC	3	6	12050	12055	0 %	50 %	0 %	50 %	222080128
19	NC_011982	GC	3	6	12198	12203	0 %	0 %	50 %	50 %	222080128
20	NC_011982	GC	3	6	13792	13797	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_011982	AC	3	6	15924	15929	50 %	0 %	0 %	50 %	222080133
22	NC_011982	TC	3	6	17303	17308	0 %	50 %	0 %	50 %	222080133
23	NC_011982	GA	3	6	18259	18264	50 %	0 %	50 %	0 %	222080133
24	NC_011982	CT	3	6	18459	18464	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_011982	GC	3	6	18893	18898	0 %	0 %	50 %	50 %	222080134
26	NC_011982	CG	3	6	19239	19244	0 %	0 %	50 %	50 %	222080134
27	NC_011982	GC	3	6	20348	20353	0 %	0 %	50 %	50 %	222080135
28	NC_011982	TC	3	6	20877	20882	0 %	50 %	0 %	50 %	222080135
29	NC_011982	CT	3	6	23041	23046	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_011982	TC	3	6	24184	24189	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_011982	GC	3	6	24332	24337	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_011982	CG	3	6	25373	25378	0 %	0 %	50 %	50 %	222080138
33	NC_011982	CG	3	6	25517	25522	0 %	0 %	50 %	50 %	222080138
34	NC_011982	TA	3	6	25609	25614	50 %	50 %	0 %	0 %	222080138
35	NC_011982	CT	3	6	25870	25875	0 %	50 %	0 %	50 %	222080138
36	NC_011982	GC	4	8	26200	26207	0 %	0 %	50 %	50 %	222080138
37	NC_011982	AG	3	6	28239	28244	50 %	0 %	50 %	0 %	222080140
38	NC_011982	GC	3	6	28933	28938	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011982	GA	3	6	29081	29086	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011982	GC	4	8	29424	29431	0 %	0 %	50 %	50 %	222080141
41	NC_011982	CG	3	6	29597	29602	0 %	0 %	50 %	50 %	222080141
42	NC_011982	CG	3	6	29799	29804	0 %	0 %	50 %	50 %	222080141
43	NC_011982	TC	3	6	29867	29872	0 %	50 %	0 %	50 %	222080141
44	NC_011982	GA	3	6	31145	31150	50 %	0 %	50 %	0 %	222080142
45	NC_011982	GA	3	6	31691	31696	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011982	TC	3	6	33485	33490	0 %	50 %	0 %	50 %	222080144
47	NC_011982	GC	3	6	33633	33638	0 %	0 %	50 %	50 %	222080144
48	NC_011982	CG	3	6	35550	35555	0 %	0 %	50 %	50 %	222080146
49	NC_011982	CG	3	6	35567	35572	0 %	0 %	50 %	50 %	222080146
50	NC_011982	GC	3	6	37083	37088	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_011982	GC	3	6	37791	37796	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_011982	CG	3	6	38600	38605	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_011982	GC	3	6	38760	38765	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_011982	GC	3	6	38940	38945	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_011982	GC	3	6	39248	39253	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_011982	GA	3	6	39582	39587	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011982	TG	3	6	39677	39682	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011982	CG	3	6	40630	40635	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_011982	CT	3	6	41299	41304	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_011982	GC	3	6	42515	42520	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_011982	TG	3	6	44229	44234	0 %	50 %	50 %	0 %	222080149
62	NC_011982	AG	3	6	44701	44706	50 %	0 %	50 %	0 %	222080149
63	NC_011982	CT	3	6	45366	45371	0 %	50 %	0 %	50 %	222080150
64	NC_011982	GC	3	6	45667	45672	0 %	0 %	50 %	50 %	222080151
65	NC_011982	TG	3	6	46208	46213	0 %	50 %	50 %	0 %	222080151
66	NC_011982	GT	3	6	46568	46573	0 %	50 %	50 %	0 %	222080151
67	NC_011982	AG	3	6	47430	47435	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011982	GC	3	6	47941	47946	0 %	0 %	50 %	50 %	222080152
69	NC_011982	GC	3	6	48845	48850	0 %	0 %	50 %	50 %	222080152
70	NC_011982	TG	3	6	48933	48938	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011982	GC	3	6	49684	49689	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_011982	GA	3	6	49832	49837	50 %	0 %	50 %	0 %	222080153
73	NC_011982	GC	3	6	50284	50289	0 %	0 %	50 %	50 %	222080154
74	NC_011982	AT	3	6	50295	50300	50 %	50 %	0 %	0 %	222080154
75	NC_011982	GC	3	6	51080	51085	0 %	0 %	50 %	50 %	222080154
76	NC_011982	CT	3	6	51310	51315	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_011982	GC	4	8	51567	51574	0 %	0 %	50 %	50 %	222080155
78	NC_011982	AT	3	6	52416	52421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011982	CG	3	6	53962	53967	0 %	0 %	50 %	50 %	222080158
80	NC_011982	GC	3	6	54111	54116	0 %	0 %	50 %	50 %	222080158
81	NC_011982	CT	3	6	55210	55215	0 %	50 %	0 %	50 %	222080160
82	NC_011982	GC	3	6	56103	56108	0 %	0 %	50 %	50 %	222080160
83	NC_011982	GC	3	6	56694	56699	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_011982	CG	3	6	57058	57063	0 %	0 %	50 %	50 %	222080161
85	NC_011982	GC	3	6	57404	57409	0 %	0 %	50 %	50 %	222080161
86	NC_011982	CG	3	6	59219	59224	0 %	0 %	50 %	50 %	222080162
87	NC_011982	GC	3	6	59571	59576	0 %	0 %	50 %	50 %	222080162
88	NC_011982	AG	3	6	61053	61058	50 %	0 %	50 %	0 %	222080162
89	NC_011982	AC	3	6	62510	62515	50 %	0 %	0 %	50 %	222080163
90	NC_011982	CG	3	6	62540	62545	0 %	0 %	50 %	50 %	222080163
91	NC_011982	GC	3	6	62596	62601	0 %	0 %	50 %	50 %	222080163
92	NC_011982	GC	3	6	62784	62789	0 %	0 %	50 %	50 %	222080163
93	NC_011982	CG	4	8	63056	63063	0 %	0 %	50 %	50 %	222080163
94	NC_011982	GA	3	6	63210	63215	50 %	0 %	50 %	0 %	222080163
95	NC_011982	TG	3	6	63325	63330	0 %	50 %	50 %	0 %	222080163
96	NC_011982	CG	4	8	63474	63481	0 %	0 %	50 %	50 %	222080163
97	NC_011982	GA	3	6	63838	63843	50 %	0 %	50 %	0 %	222080163
98	NC_011982	GA	3	6	64590	64595	50 %	0 %	50 %	0 %	222080164
99	NC_011982	GC	3	6	64625	64630	0 %	0 %	50 %	50 %	222080164
100	NC_011982	TC	3	6	65671	65676	0 %	50 %	0 %	50 %	222080165
101	NC_011982	TC	3	6	66225	66230	0 %	50 %	0 %	50 %	222080165
102	NC_011982	GA	3	6	66254	66259	50 %	0 %	50 %	0 %	222080165
103	NC_011982	GC	3	6	66784	66789	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011982	GA	3	6	68208	68213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011982	CG	3	6	69154	69159	0 %	0 %	50 %	50 %	222080167
106	NC_011982	CG	5	10	72307	72316	0 %	0 %	50 %	50 %	222080170
107	NC_011982	CT	3	6	73245	73250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_011982	GC	3	6	73870	73875	0 %	0 %	50 %	50 %	222080172
109	NC_011982	CG	3	6	74216	74221	0 %	0 %	50 %	50 %	222080172
110	NC_011982	TG	3	6	75129	75134	0 %	50 %	50 %	0 %	222080173
111	NC_011982	CG	3	6	75444	75449	0 %	0 %	50 %	50 %	222080173
112	NC_011982	GC	4	8	75525	75532	0 %	0 %	50 %	50 %	222080173
113	NC_011982	GC	3	6	76990	76995	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_011982	GC	3	6	77656	77661	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_011982	GC	3	6	78065	78070	0 %	0 %	50 %	50 %	222080174
116	NC_011982	GC	3	6	79055	79060	0 %	0 %	50 %	50 %	222080175
117	NC_011982	CG	3	6	79229	79234	0 %	0 %	50 %	50 %	222080175
118	NC_011982	GC	3	6	79547	79552	0 %	0 %	50 %	50 %	222080175
119	NC_011982	CT	3	6	79965	79970	0 %	50 %	0 %	50 %	222080176
120	NC_011982	GC	3	6	80081	80086	0 %	0 %	50 %	50 %	222080176
121	NC_011982	GA	3	6	80667	80672	50 %	0 %	50 %	0 %	222080176
122	NC_011982	CG	3	6	81485	81490	0 %	0 %	50 %	50 %	222080177
123	NC_011982	GC	3	6	82095	82100	0 %	0 %	50 %	50 %	222080178
124	NC_011982	CG	3	6	83632	83637	0 %	0 %	50 %	50 %	222080182
125	NC_011982	GC	3	6	83655	83660	0 %	0 %	50 %	50 %	222080182
126	NC_011982	GC	3	6	84482	84487	0 %	0 %	50 %	50 %	222080184
127	NC_011982	CG	4	8	84783	84790	0 %	0 %	50 %	50 %	222080184
128	NC_011982	GC	3	6	84843	84848	0 %	0 %	50 %	50 %	222080184
129	NC_011982	GC	3	6	85162	85167	0 %	0 %	50 %	50 %	222080184
130	NC_011982	CG	3	6	86428	86433	0 %	0 %	50 %	50 %	222080185
131	NC_011982	CG	3	6	86445	86450	0 %	0 %	50 %	50 %	222080185
132	NC_011982	CG	3	6	87749	87754	0 %	0 %	50 %	50 %	222080187
133	NC_011982	GA	3	6	88027	88032	50 %	0 %	50 %	0 %	222080187
134	NC_011982	GC	3	6	88041	88046	0 %	0 %	50 %	50 %	222080187
135	NC_011982	CG	3	6	88242	88247	0 %	0 %	50 %	50 %	222080187
136	NC_011982	GC	3	6	88321	88326	0 %	0 %	50 %	50 %	222080187
137	NC_011982	GC	3	6	89640	89645	0 %	0 %	50 %	50 %	222080187
138	NC_011982	AC	3	6	91576	91581	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_011982	GC	3	6	91603	91608	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_011982	CG	3	6	92165	92170	0 %	0 %	50 %	50 %	222080189
141	NC_011982	CG	3	6	93394	93399	0 %	0 %	50 %	50 %	222080191
142	NC_011982	GC	3	6	95317	95322	0 %	0 %	50 %	50 %	222080193
143	NC_011982	GC	3	6	96042	96047	0 %	0 %	50 %	50 %	222080194
144	NC_011982	GC	3	6	96206	96211	0 %	0 %	50 %	50 %	222080194
145	NC_011982	GC	3	6	96378	96383	0 %	0 %	50 %	50 %	222080194
146	NC_011982	CG	3	6	99278	99283	0 %	0 %	50 %	50 %	222080197
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.