MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4e

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011981	AAAAG	2	10	2321	2330	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011981	TGCAA	2	10	7826	7835	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_011981	ATGGC	2	10	9547	9556	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_011981	AAACG	2	10	23975	23984	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011981	TGCCG	2	10	24610	24619	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_011981	AAGGC	2	10	30214	30223	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011981	CAAGG	2	10	36495	36504	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_011981	GTGTG	2	10	36525	36534	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011981	AGCCG	2	10	53228	53237	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_011981	GCGAC	2	10	61980	61989	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011981	TTCTT	2	10	64803	64812	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011981	AGTGC	2	10	68863	68872	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011981	GGTTC	2	10	69167	69176	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_011981	CGAAA	2	10	76125	76134	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011981	AAGCC	2	10	85330	85339	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_011981	GAAGC	2	10	86787	86796	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011981	TGATA	2	10	88718	88727	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011981	CGATG	2	10	96186	96195	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_011981	GATTG	2	10	108347	108356	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011981	CCTGA	2	10	114229	114238	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_011981	TATAA	2	10	115720	115729	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011981	ACGCC	2	10	123706	123715	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
23	NC_011981	ACTTT	2	10	137864	137873	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_011981	GAAGG	2	10	180488	180497	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011981	ATATA	2	10	187536	187545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011981	GAAAA	2	10	187987	187996	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011981	CGCGG	2	10	199560	199569	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_011981	CTCAA	2	10	200125	200134	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_011981	CCGAA	2	10	206263	206272	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_011981	GGGCC	2	10	212135	212144	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_011981	GTATT	2	10	217666	217675	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011981	GATTG	2	10	276155	276164	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011981	CGGTT	2	10	293502	293511	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011981	CAAGG	2	10	293561	293570	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_011981	TTTTG	2	10	316409	316418	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011981	GCATA	2	10	327424	327433	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011981	TAAGT	2	10	337215	337224	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011981	TGGCA	2	10	355802	355811	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011981	TCGTG	2	10	359424	359433	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011981	TGGAT	2	10	383331	383340	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011981	TTGGA	2	10	389727	389736	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011981	GATCC	2	10	394957	394966	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_011981	TGGCT	2	10	398067	398076	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_011981	CCTTC	2	10	400476	400485	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_011981	ATATA	2	10	409970	409979	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011981	TCCGC	2	10	412568	412577	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_011981	ATGCC	2	10	431353	431362	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_011981	AGGTC	2	10	452541	452550	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_011981	TCTGT	2	10	460305	460314	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011981	CGCAG	2	10	460346	460355	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_011981	AAAAT	2	10	460959	460968	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011981	ACTAC	2	10	461829	461838	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_011981	GGTTC	2	10	475947	475956	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011981	CGGCG	2	10	486440	486449	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_011981	TAAGA	2	10	501609	501618	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011981	GGTGC	2	10	512437	512446	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011981	AGCAC	2	10	521181	521190	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_011981	GGCCG	2	10	539798	539807	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
59	NC_011981	ATGAA	2	10	565373	565382	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011981	CTCTT	2	10	584872	584881	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_011981	GAAAT	2	10	587968	587977	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011981	TCACA	2	10	600338	600347	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_011981	GACCT	2	10	609891	609900	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011981	CGGCG	2	10	620157	620166	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.