MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides KD131 plasmid pRSKD131A

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011962	GCCCTG	2	12	2218	2229	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218195
2	NC_011962	CGGGCC	2	12	2808	2819	0 %	0 %	50 %	50 %	221218196
3	NC_011962	TCGGCC	2	12	6738	6749	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218200
4	NC_011962	GACGCG	2	12	8302	8313	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218201
5	NC_011962	GCCAGC	2	12	9035	9046	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218201
6	NC_011962	GCCGAA	2	12	9735	9746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	221218202
7	NC_011962	GAGCCC	2	12	9864	9875	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218202
8	NC_011962	CGAGGC	2	12	10405	10416	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218203
9	NC_011962	GCCTCG	2	12	12130	12141	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218205
10	NC_011962	GCCCGA	2	12	12357	12368	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218205
11	NC_011962	TGGCCG	2	12	14097	14108	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218207
12	NC_011962	CGCTGC	2	12	15151	15162	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218208
13	NC_011962	TCTCGA	2	12	15687	15698	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	221218209
14	NC_011962	TGCGGA	2	12	15705	15716	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218209
15	NC_011962	AGCGCC	2	12	16721	16732	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218209
16	NC_011962	GAAGCC	2	12	18655	18666	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	221218211
17	NC_011962	CATGAC	2	12	19772	19783	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	221218213
18	NC_011962	CGGTCA	2	12	19807	19818	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218213
19	NC_011962	CGAGCG	2	12	20853	20864	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218214
20	NC_011962	GTCTTG	2	12	21605	21616	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	221218214
21	NC_011962	CGGCCG	2	12	22033	22044	0 %	0 %	50 %	50 %	221218215
22	NC_011962	TAGCCG	2	12	23922	23933	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218216
23	NC_011962	AGCGCC	2	12	25056	25067	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218217
24	NC_011962	CCCCGA	2	12	26128	26139	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	221218218
25	NC_011962	CGAGAC	2	12	26227	26238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	221218218
26	NC_011962	CTCGGC	2	12	27483	27494	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218219
27	NC_011962	AGCCGT	2	12	29336	29347	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218221
28	NC_011962	CGCGGC	2	12	30185	30196	0 %	0 %	50 %	50 %	221218221
29	NC_011962	ATGCCG	2	12	30795	30806	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218222
30	NC_011962	GCGATG	2	12	30933	30944	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218222
31	NC_011962	GCCCCG	2	12	31747	31758	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	221218222
32	NC_011962	TTCGGC	2	12	31996	32007	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	221218223
33	NC_011962	CGGGGT	2	12	32661	32672	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	221218223
34	NC_011962	CGAGGG	2	12	33647	33658	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	221218224
35	NC_011962	TCGAAC	2	12	34336	34347	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	221218225
36	NC_011962	CATCGG	2	12	36136	36147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218226
37	NC_011962	GCGGTC	2	12	36656	36667	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218227
38	NC_011962	CCCCGG	2	12	37197	37208	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	221218228
39	NC_011962	GTCGCG	2	12	41133	41144	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218230
40	NC_011962	CTGCGC	2	12	42973	42984	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218232
41	NC_011962	CCCTCG	2	12	44506	44517	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	221218234
42	NC_011962	CGCGCT	2	12	46842	46853	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218236
43	NC_011962	CCCGCT	2	12	47464	47475	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	221218237
44	NC_011962	GCCAGC	2	12	48705	48716	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218238
45	NC_011962	CCGGCT	2	12	50278	50289	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218239
46	NC_011962	GCTTCG	2	12	52420	52431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	221218241
47	NC_011962	ATCCGC	2	12	56750	56761	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	221218245
48	NC_011962	CGGCAT	2	12	57823	57834	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218245
49	NC_011962	CCCGAG	2	12	58507	58518	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218246
50	NC_011962	CGTCAC	2	12	61316	61327	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	221218248
51	NC_011962	TCAGCG	2	12	61888	61899	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218249
52	NC_011962	AGGAAC	2	12	61995	62006	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	221218249
53	NC_011962	CCGATC	2	12	62448	62459	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	221218249
54	NC_011962	GCCCTC	2	12	63791	63802	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	221218251
55	NC_011962	TCGATC	2	12	64556	64567	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	221218252
56	NC_011962	GTTTCC	2	12	65835	65846	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	221218253
57	NC_011962	CGAGGC	2	12	66890	66901	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218254
58	NC_011962	TCGGGG	2	12	70702	70713	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	221218256
59	NC_011962	GCTGGC	2	12	71274	71285	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218256
60	NC_011962	CTGCGC	2	12	71394	71405	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218256
61	NC_011962	GGGATG	2	12	71533	71544	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	221218256
62	NC_011962	GCCCGC	2	12	72022	72033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	221218256
63	NC_011962	CGGCCG	2	12	73270	73281	0 %	0 %	50 %	50 %	221218258
64	NC_011962	GCAGAA	2	12	73937	73948	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	221218258
65	NC_011962	TGGCGC	2	12	74215	74226	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218258
66	NC_011962	TGAACG	2	12	74739	74750	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	221218259
67	NC_011962	CGGTGC	2	12	75003	75014	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218259
68	NC_011962	AAGATC	2	12	76392	76403	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	221218260
69	NC_011962	GCGTGG	2	12	77358	77369	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	221218261
70	NC_011962	GCGCCA	2	12	79176	79187	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218262
71	NC_011962	CGCCAC	2	12	81817	81828	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	221218264
72	NC_011962	GCTGAT	2	12	82432	82443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	221218264
73	NC_011962	TCGGGC	2	12	82662	82673	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218265
74	NC_011962	TGGCGG	2	12	85234	85245	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	221218267
75	NC_011962	GGTCGA	2	12	85970	85981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218268
76	NC_011962	CTGGGA	2	12	87278	87289	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218268
77	NC_011962	AGGATG	2	12	90155	90166	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	221218269
78	NC_011962	CTGGAT	2	12	91405	91416	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	221218270
79	NC_011962	TGGCGG	2	12	91854	91865	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	221218270
80	NC_011962	GCGCCC	2	12	92509	92520	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	221218271
81	NC_011962	CCGCGA	2	12	93328	93339	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218271
82	NC_011962	GCCCTG	2	12	93720	93731	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218272
83	NC_011962	ACGCTG	2	12	93987	93998	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218272
84	NC_011962	TCTCGA	2	12	95852	95863	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	221218273
85	NC_011962	TGGATG	2	12	97219	97230	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	221218275
86	NC_011962	CATCGC	2	12	101404	101415	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	221218277
87	NC_011962	GGCCGG	2	12	103528	103539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	221218280
88	NC_011962	GCCGAA	3	18	105028	105045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	221218282
89	NC_011962	GCTGGC	2	12	111271	111282	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218288
90	NC_011962	AGGCCG	2	12	111908	111919	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218289
91	NC_011962	GGTGCC	2	12	115248	115259	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218292
92	NC_011962	TCGCGG	2	12	115724	115735	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218292
93	NC_011962	TGCGGC	2	12	119433	119444	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218295
94	NC_011962	CGAGGC	2	12	120882	120893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218296
95	NC_011962	TGCTGA	2	12	123368	123379	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	221218297
96	NC_011962	GGGCGC	2	12	123632	123643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	221218297
97	NC_011962	AGAGCG	2	12	123704	123715	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	221218297
98	NC_011962	GCCGAT	2	12	123736	123747	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218297
99	NC_011962	GAGGTC	2	12	123915	123926	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218298
100	NC_011962	CCCAGG	2	12	127165	127176	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218302
101	NC_011962	TGACCG	2	12	127348	127359	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218302
102	NC_011962	GGTCTC	2	12	127508	127519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	221218302
103	NC_011962	ACGGTG	2	12	129291	129302	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218304
104	NC_011962	AAGCTG	2	12	129378	129389	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	221218304
105	NC_011962	TCGCGC	2	12	136500	136511	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218312
106	NC_011962	ACGGTG	2	12	137384	137395	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218312
107	NC_011962	AGGCCG	2	12	137913	137924	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	221218312
108	NC_011962	TCACCG	2	12	138506	138517	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	221218313
109	NC_011962	CGGCTC	2	12	138552	138563	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218313
110	NC_011962	TGACGG	2	12	138971	138982	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	221218313
111	NC_011962	GCGACC	2	12	138998	139009	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218313
112	NC_011962	CGGCAT	2	12	139140	139151	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	221218313
113	NC_011962	CCTGCG	2	12	139852	139863	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218314
114	NC_011962	TGGCCG	2	12	141233	141244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218315
115	NC_011962	TCCGGC	2	12	141785	141796	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218316
116	NC_011962	ACCTCG	2	12	142929	142940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	221218318
117	NC_011962	CGCCAG	2	12	144006	144017	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	221218320
118	NC_011962	CGCTGG	2	12	144422	144433	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	221218320
119	NC_011962	GGCCTC	2	12	145141	145152	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218320
120	NC_011962	GAAGCC	2	12	148080	148091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	221218323
121	NC_011962	GCGCCT	2	12	148944	148955	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218324
122	NC_011962	GCAGAG	2	12	148981	148992	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	221218324
123	NC_011962	CTGCAT	2	12	151094	151105	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	221218328
124	NC_011962	TTCGAG	2	12	151454	151465	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	221218328
125	NC_011962	GCCACC	2	12	152578	152589	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	221218329
126	NC_011962	GACCGA	2	12	152961	152972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	221218329
127	NC_011962	TGGCGG	2	12	154380	154391	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	221218331
128	NC_011962	CTCGCG	2	12	155581	155592	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	221218332

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.