MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Caulobacter crescentus NA1000 chromosome

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011916	CTCGAT	2	12	55675	55686	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011916	GGGGGA	2	12	118124	118135	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011916	CGGGGG	2	12	206840	206851	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011916	CGGACT	2	12	299444	299455	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011916	GCTTAC	2	12	362197	362208	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011916	TGGCGC	2	12	379309	379320	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_011916	CCCTGA	2	12	385799	385810	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_011916	CTAAAG	2	12	404092	404103	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_011916	TCGCGG	2	12	405030	405041	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011916	CCCTCT	2	12	436423	436434	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_011916	CCCTCT	2	12	436918	436929	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_011916	CTCGAC	3	18	475398	475415	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_011916	CGTCGC	2	12	495279	495290	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_011916	CCGGTC	2	12	547705	547716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_011916	CTTTAG	2	12	559802	559813	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011916	ATGCTG	2	12	562503	562514	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_011916	CTTTAG	2	12	565458	565469	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011916	CCAGCG	2	12	653133	653144	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_011916	AGCGAA	2	12	669176	669187	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_011916	CGGGGC	2	12	674207	674218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011916	CGAGGC	2	12	684417	684428	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_011916	AGCGCT	2	12	692333	692344	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_011916	GGGTCA	2	12	720453	720464	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011916	GGGGGA	2	12	738561	738572	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011916	TCCCCC	2	12	738698	738709	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
26	NC_011916	GGGGGA	2	12	738754	738765	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011916	TCCCCC	2	12	738890	738901	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
28	NC_011916	GTCATG	2	12	773726	773737	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011916	TCCCCC	2	12	798469	798480	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
30	NC_011916	CGTAAG	2	12	822982	822993	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011916	TCGCCG	2	12	848120	848131	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_011916	CGGGCG	2	12	945951	945962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_011916	CTAAAG	2	12	959166	959177	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011916	TAGGGA	2	12	970287	970298	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011916	CTAAAG	2	12	980748	980759	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_011916	GCTGTG	2	12	992988	992999	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_011916	GGGGCG	2	12	993830	993841	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_011916	CGTCCT	2	12	1088485	1088496	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011916	AAACTA	2	12	1111501	1111512	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011916	GTCGAT	2	12	1137063	1137074	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011916	CTTTAG	2	12	1144953	1144964	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011916	CCTGGC	2	12	1145080	1145091	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_011916	CGGGAA	2	12	1148279	1148290	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011916	GGGCGG	2	12	1186741	1186752	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_011916	GGAATA	2	12	1216943	1216954	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011916	TTCCGT	2	12	1220403	1220414	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_011916	TTCCGG	2	12	1244983	1244994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_011916	CGGCCT	2	12	1458682	1458693	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_011916	CTTTAG	2	12	1463122	1463133	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_011916	TGGGGC	2	12	1482285	1482296	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_011916	GCTCTC	2	12	1524511	1524522	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_011916	CACTGT	2	12	1622595	1622606	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_011916	CTAAAG	2	12	1645115	1645126	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_011916	AGGGAG	2	12	1714862	1714873	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011916	CGGCTG	2	12	1759545	1759556	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011916	CTTTAG	2	12	1776981	1776992	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011916	CTTTAG	2	12	1781113	1781124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011916	GGGTCT	2	12	1797461	1797472	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_011916	CTAAAG	2	12	1820798	1820809	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011916	TTGCGT	2	12	1917191	1917202	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011916	GCCAGC	2	12	1949847	1949858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_011916	GTTTCT	2	12	2073733	2073744	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_011916	GGCTGT	2	12	2077906	2077917	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011916	CCCTCT	2	12	2077932	2077943	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_011916	CGGGCG	2	12	2107314	2107325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011916	CCGGCG	2	12	2107395	2107406	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_011916	GGTAAG	2	12	2110974	2110985	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011916	GACCGG	2	12	2197493	2197504	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_011916	GGGGGA	2	12	2202560	2202571	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011916	TCCCCC	2	12	2202686	2202697	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
71	NC_011916	CTTTAG	2	12	2211672	2211683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_011916	TCCCCC	2	12	2217916	2217927	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
73	NC_011916	CAAGAC	2	12	2282701	2282712	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011916	CTTTAG	2	12	2315480	2315491	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011916	GCTGCG	2	12	2348458	2348469	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_011916	AGAGGG	2	12	2410794	2410805	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011916	CTTTAG	2	12	2422983	2422994	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011916	GGTCGG	2	12	2424938	2424949	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011916	GGCGCC	2	12	2469362	2469373	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_011916	CCAGAG	2	12	2538624	2538635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_011916	TCCGCG	2	12	2559982	2559993	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_011916	CGCCCC	2	12	2565949	2565960	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
83	NC_011916	GTCAGG	2	12	2635144	2635155	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011916	GGTTAA	2	12	2672289	2672300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011916	GGGGGA	2	12	2720338	2720349	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011916	TCCCCC	2	12	2720474	2720485	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
87	NC_011916	GGGGAG	2	12	2800306	2800317	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011916	GATCGC	2	12	2802070	2802081	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_011916	TCTTGT	2	12	2825276	2825287	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_011916	CTAAAG	2	12	2828391	2828402	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_011916	CCCCTT	2	12	2841724	2841735	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_011916	AGGATG	2	12	2852504	2852515	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011916	AGGGGT	2	12	2854885	2854896	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011916	CTCCCT	2	12	2854957	2854968	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_011916	CCCGGA	2	12	2863319	2863330	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011916	TCCCCC	2	12	2903843	2903854	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
97	NC_011916	GGGGGA	2	12	2917731	2917742	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011916	CGCCCT	2	12	2920851	2920862	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_011916	TGGGCG	2	12	2991130	2991141	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_011916	AAGGGC	2	12	2991235	2991246	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_011916	TCGCCT	2	12	3016936	3016947	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_011916	GGGGGA	2	12	3019571	3019582	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011916	GGGGGA	2	12	3026372	3026383	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011916	TCCCCC	2	12	3026509	3026520	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
105	NC_011916	TCCCCC	2	12	3026741	3026752	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
106	NC_011916	TCCCCC	2	12	3026974	3026985	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
107	NC_011916	GGGGGA	2	12	3030488	3030499	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011916	TCCCCC	2	12	3030625	3030636	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
109	NC_011916	GGGGGA	2	12	3037272	3037283	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011916	TCCCCC	2	12	3037415	3037426	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
111	NC_011916	TGGCTT	2	12	3058910	3058921	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011916	GTTTTT	2	12	3088631	3088642	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011916	CTAAAG	2	12	3094942	3094953	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011916	CAAGCT	2	12	3101424	3101435	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011916	AGGGAG	2	12	3113355	3113366	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011916	CTAAAG	2	12	3117565	3117576	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011916	CTTTAG	2	12	3142803	3142814	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_011916	TCCCCC	2	12	3146754	3146765	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
119	NC_011916	CTCCCT	2	12	3150486	3150497	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_011916	TCCCCT	2	12	3165927	3165938	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_011916	GGGGGA	2	12	3181520	3181531	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011916	CTCCCT	2	12	3208349	3208360	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_011916	CGGACG	2	12	3221294	3221305	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_011916	AGGGGT	2	12	3228907	3228918	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011916	GGGGGA	2	12	3242689	3242700	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011916	TCCCCC	2	12	3242826	3242837	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
127	NC_011916	CCCTCT	2	12	3344031	3344042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_011916	CTCCCT	2	12	3370693	3370704	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_011916	GCCGCG	2	12	3413734	3413745	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_011916	AGGGTG	2	12	3447483	3447494	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011916	GGCGCG	2	12	3453838	3453849	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011916	AGCGCT	2	12	3479637	3479648	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_011916	GCCACG	2	12	3532978	3532989	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_011916	AGGAAC	2	12	3643325	3643336	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_011916	GACCGC	2	12	3644200	3644211	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_011916	AGGGAG	2	12	3652579	3652590	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011916	TCCCCC	2	12	3789004	3789015	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
138	NC_011916	AGGGGT	2	12	3789577	3789588	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011916	CCCGGA	2	12	3793352	3793363	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
140	NC_011916	TTCCAG	2	12	3797671	3797682	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_011916	CGTCAG	2	12	3797797	3797808	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_011916	CTTTAG	2	12	3883985	3883996	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_011916	AGGACG	2	12	3886745	3886756	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_011916	CGACCG	2	12	3904343	3904354	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
145	NC_011916	GAAACA	2	12	3906217	3906228	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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147	NC_011916	GTTCTT	2	12	4031485	4031496	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_011916	CCTCGC	2	12	4039740	4039751	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.