MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halothermothrix orenii H 168 chromosome

Total Repeats: 1121

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011899	ATAGAT	2	12	1622	1633	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930851
2	NC_011899	TAAATT	2	12	2001	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011899	TTCAAC	2	12	2766	2777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930852
4	NC_011899	TTTAAT	2	12	3007	3018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930852
5	NC_011899	CTTTAA	2	12	3371	3382	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	220930852
6	NC_011899	ATTACC	2	12	4103	4114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930854
7	NC_011899	GAATAA	2	12	5796	5807	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	220930856
8	NC_011899	AGACCA	2	12	6113	6124	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	220930856
9	NC_011899	CCGATG	2	12	6596	6607	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	220930856
10	NC_011899	GATGAA	2	12	9063	9074	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930857
11	NC_011899	GGTCGG	2	12	12758	12769	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	220930861
12	NC_011899	CTACAA	2	12	16953	16964	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011899	CGCAGG	2	12	24240	24251	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_011899	AAAGAA	2	12	27177	27188	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	220930868
15	NC_011899	AATACG	2	12	31020	31031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011899	CCGCTG	2	12	31824	31835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011899	AAATAA	2	12	32190	32201	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	220930875
18	NC_011899	AAAGTT	2	12	36001	36012	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930878
19	NC_011899	ATAAAA	2	12	38429	38440	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011899	GTGGAT	2	12	40712	40723	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011899	GTTAAA	2	12	49790	49801	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930890
22	NC_011899	TTGGTT	2	12	56586	56597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930897
23	NC_011899	GCCAGA	2	12	56782	56793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	220930898
24	NC_011899	AGGTTG	2	12	65820	65831	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	220930905
25	NC_011899	GATGTT	2	12	67109	67120	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	220930906
26	NC_011899	ATGAAA	2	12	67902	67913	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	220930906
27	NC_011899	TGGGGC	2	12	69928	69939	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	220930908
28	NC_011899	ATAGAT	2	12	71331	71342	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930908
29	NC_011899	CAGATG	2	12	72680	72691	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	220930910
30	NC_011899	CCCTGG	2	12	76477	76488	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	220930913
31	NC_011899	ATAAAA	2	12	80118	80129	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	220930916
32	NC_011899	ACGGGA	2	12	85816	85827	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	220930921
33	NC_011899	TTTAAT	2	12	85880	85891	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930921
34	NC_011899	AGCTGA	2	12	86625	86636	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	220930922
35	NC_011899	AGGAGA	2	12	89156	89167	50 %	0 %	50 %	0 %	220930925
36	NC_011899	TGGCTA	2	12	89878	89889	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	220930925
37	NC_011899	GATAAA	2	12	93625	93636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	220930929
38	NC_011899	CGCAGG	2	12	99767	99778	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_011899	CTGGAG	2	12	100929	100940	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	220930931
40	NC_011899	ATATAA	2	12	101477	101488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930931
41	NC_011899	AAAAGA	2	12	103943	103954	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	220930934
42	NC_011899	GAGAAG	2	12	104575	104586	50 %	0 %	50 %	0 %	220930935
43	NC_011899	AAAGAA	2	12	105567	105578	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	220930935
44	NC_011899	GAAAAA	2	12	105615	105626	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	220930935
45	NC_011899	TTAATA	2	12	107770	107781	50 %	50 %	0 %	0 %	220930936
46	NC_011899	GGCCAA	2	12	108531	108542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	220930937
47	NC_011899	GGATTG	2	12	111737	111748	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	220930941
48	NC_011899	GGCCCG	2	12	115294	115305	0 %	0 %	50 %	50 %	220930944
49	NC_011899	GAAGAT	2	12	115372	115383	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930944
50	NC_011899	ATGAGA	2	12	115770	115781	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930944
51	NC_011899	TATTTT	2	12	117110	117121	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	220930946
52	NC_011899	TCCCAT	2	12	117804	117815	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	220930947
53	NC_011899	ATGAAT	2	12	119655	119666	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930949
54	NC_011899	ATCCTG	2	12	119721	119732	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	220930949
55	NC_011899	AAGGTA	2	12	121520	121531	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930952
56	NC_011899	AGGTTA	2	12	122337	122348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930954
57	NC_011899	ACAGGA	2	12	133051	133062	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	220930962
58	NC_011899	GAAGAG	2	12	133772	133783	50 %	0 %	50 %	0 %	220930962
59	NC_011899	ATGAAT	2	12	135462	135473	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930963
60	NC_011899	ATCCTG	2	12	135528	135539	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	220930963
61	NC_011899	AAAGGT	2	12	137002	137013	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930965
62	NC_011899	AATCTG	2	12	137760	137771	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	220930966
63	NC_011899	CCGGGC	2	12	139716	139727	0 %	0 %	50 %	50 %	220930970
64	NC_011899	TGAAAT	2	12	142559	142570	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930977
65	NC_011899	GATAAG	2	12	143515	143526	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930980
66	NC_011899	TAAAGG	2	12	143820	143831	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930980
67	NC_011899	TAGAAT	2	12	147034	147045	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220930985
68	NC_011899	AGGACC	2	12	148988	148999	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	220930990
69	NC_011899	CCCGTA	2	12	149004	149015	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	220930990
70	NC_011899	CCTGGC	2	12	153822	153833	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	220930997
71	NC_011899	ATATTT	2	12	154058	154069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011899	ACTGTA	2	12	154074	154085	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011899	GATAGA	2	12	154791	154802	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220930998
74	NC_011899	GTTAAT	2	12	155652	155663	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	220931000
75	NC_011899	AAAGGA	2	12	161577	161588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011899	TAAATA	2	12	168814	168825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011899	ATTTAA	2	12	169105	169116	50 %	50 %	0 %	0 %	220931011
78	NC_011899	TATTTT	2	12	169157	169168	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	220931011
79	NC_011899	AAATAG	2	12	170226	170237	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	220931012
80	NC_011899	GAATTG	2	12	171780	171791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220931015
81	NC_011899	TTTAAT	2	12	173774	173785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220931017
82	NC_011899	ATAAAA	2	12	174834	174845	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	220931017
83	NC_011899	TGAGAT	2	12	176089	176100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220931020
84	NC_011899	AAAAAT	2	12	182587	182598	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	220931026
85	NC_011899	AAACTT	2	12	184433	184444	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	220931027
86	NC_011899	CCGTGG	2	12	186196	186207	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	220931029
87	NC_011899	AAGGTA	2	12	187134	187145	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220931029
88	NC_011899	TTTTAT	2	12	189667	189678	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011899	GTTATA	2	12	191297	191308	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	220931033
90	NC_011899	TCCCAA	2	12	192033	192044	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	220931034
91	NC_011899	ACCATG	2	12	194621	194632	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	220931037
92	NC_011899	GGTCAG	2	12	200625	200636	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	220931042
93	NC_011899	AGTGGT	2	12	201162	201173	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	220931043
94	NC_011899	TTATTT	2	12	201501	201512	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011899	CTGCAG	2	12	203261	203272	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	220931047
96	NC_011899	AGTAAC	2	12	207072	207083	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	220931050
97	NC_011899	CTGATT	2	12	207173	207184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	220931050
98	NC_011899	ACTGAA	2	12	207259	207270	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	220931050
99	NC_011899	GTAATG	2	12	207692	207703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220931050
100	NC_011899	TAATTT	2	12	210054	210065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220931053
101	NC_011899	AGGAAG	2	12	210131	210142	50 %	0 %	50 %	0 %	220931053
102	NC_011899	ATTACA	2	12	211251	211262	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011899	TAAACT	2	12	213618	213629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	220931055
104	NC_011899	CTGGGG	2	12	213694	213705	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	220931055
105	NC_011899	AGATAA	2	12	214328	214339	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	220931055
106	NC_011899	GGTTAC	2	12	220110	220121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	220931060
107	NC_011899	CCCTGG	2	12	220409	220420	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	220931060
108	NC_011899	TTATTG	2	12	221501	221512	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	220931061
109	NC_011899	TTTTTA	2	12	224106	224117	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011899	AGTGGT	2	12	228094	228105	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	220931068
111	NC_011899	CCTGGT	2	12	229356	229367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220931069
112	NC_011899	GAATAT	2	12	233396	233407	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011899	CCAGGG	2	12	235791	235802	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	220931077
114	NC_011899	TTCATT	2	12	242543	242554	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	220931084
115	NC_011899	AAAATA	2	12	243209	243220	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	220931084
116	NC_011899	GTCAGG	2	12	245768	245779	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	220931088
117	NC_011899	TATAGT	2	12	249593	249604	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011899	CCTGGC	2	12	252006	252017	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	220931092
119	NC_011899	ATATTT	2	12	252242	252253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011899	ACTGTA	2	12	252258	252269	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011899	GATAGA	2	12	252975	252986	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	220931093
122	NC_011899	GTTAAT	2	12	253836	253847	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	220931095
123	NC_011899	ATATGT	2	12	260896	260907	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	220931102
124	NC_011899	CTGGCC	2	12	263105	263116	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	220931105
125	NC_011899	AACTGA	2	12	266784	266795	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	220931108
126	NC_011899	TATGAA	2	12	269460	269471	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	220931112
127	NC_011899	ATTAAC	2	12	271301	271312	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	220931114
128	NC_011899	CCCGGG	2	12	276283	276294	0 %	0 %	50 %	50 %	220931119
129	NC_011899	TGAATT	2	12	278313	278324	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	220931123
130	NC_011899	TCCTGT	2	12	278370	278381	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	220931123
131	NC_011899	ACAATA	2	12	280254	280265	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_011899	TGTATT	2	12	283212	283223	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	220931128
133	NC_011899	ATACTT	2	12	284832	284843	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_011899	TAATGC	2	12	286227	286238	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	220931131
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137	NC_011899	TACTGA	2	12	298973	298984	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	220931139
138	NC_011899	CAGGGG	2	12	299203	299214	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	220931139
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141	NC_011899	GAAAAG	2	12	304206	304217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220931143
142	NC_011899	AGAGGA	2	12	306289	306300	50 %	0 %	50 %	0 %	220931145
143	NC_011899	GTAGCA	2	12	308786	308797	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	220931146
144	NC_011899	GTACAG	2	12	311470	311481	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	220931149
145	NC_011899	TTTGTT	2	12	314705	314716	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011899	TAAAGA	2	12	315159	315170	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	220931153
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148	NC_011899	TTGATT	2	12	322219	322230	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	220931162
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151	NC_011899	GGAGAA	2	12	334021	334032	50 %	0 %	50 %	0 %	220931172
152	NC_011899	TGGTGA	2	12	336212	336223	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	220931174
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160	NC_011899	TTAATT	2	12	356915	356926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_011899	ATTTTT	2	12	359383	359394	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_011899	AAGTGG	2	12	361430	361441	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	220931195
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169	NC_011899	AGTATC	2	12	379132	379143	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	220931215
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179	NC_011899	TCTGGC	2	12	392079	392090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220931226
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183	NC_011899	CCTATC	2	12	396409	396420	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	220931231
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212	NC_011899	GGAGGT	2	12	464893	464904	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
213	NC_011899	ATTAAT	2	12	467358	467369	50 %	50 %	0 %	0 %	220931278
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217	NC_011899	AAAACA	2	12	475024	475035	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	220931287
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220	NC_011899	TATTTT	2	12	483564	483575	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	220931293
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226	NC_011899	GATACC	2	12	513528	513539	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	220931324
227	NC_011899	ATACAT	2	12	514812	514823	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	220931325
228	NC_011899	AAAAAT	2	12	520185	520196	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	220931328
229	NC_011899	TCCCTG	2	12	520260	520271	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	220931328
230	NC_011899	GCCAGG	2	12	520681	520692	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	220931328
231	NC_011899	GCTATT	2	12	524666	524677	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	220931330
232	NC_011899	AGTATT	2	12	526536	526547	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	220931331
233	NC_011899	TGAAGT	2	12	527377	527388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220931331
234	NC_011899	TTTAAA	2	12	529519	529530	50 %	50 %	0 %	0 %	220931333
235	NC_011899	CTGGCT	2	12	529628	529639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220931333
236	NC_011899	TATAAA	2	12	530881	530892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_011899	ATGGTA	2	12	532577	532588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220931335
238	NC_011899	AAAGAA	2	12	540855	540866	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	220931342
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240	NC_011899	GGTTGA	2	12	547778	547789	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	220931348
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244	NC_011899	TAACAT	2	12	561934	561945	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	220931359
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247	NC_011899	ATTAAT	2	12	580220	580231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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342	NC_011899	CTTTTG	2	12	799374	799385	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	220931586
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472	NC_011899	TTTTTA	2	12	1109788	1109799	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	220931862
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474	NC_011899	CCCGGG	2	12	1110281	1110292	0 %	0 %	50 %	50 %	220931862
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