MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halothermothrix orenii H 168 chromosome

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011899	TAAATT	2	12	2001	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011899	CTACAA	2	12	16953	16964	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011899	CGCAGG	2	12	24240	24251	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011899	AATACG	2	12	31020	31031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_011899	CCGCTG	2	12	31824	31835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_011899	ATAAAA	2	12	38429	38440	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011899	GTGGAT	2	12	40712	40723	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011899	CGCAGG	2	12	99767	99778	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_011899	ATATTT	2	12	154058	154069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011899	ACTGTA	2	12	154074	154085	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_011899	AAAGGA	2	12	161577	161588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011899	TAAATA	2	12	168814	168825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011899	TTTTAT	2	12	189667	189678	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011899	TTATTT	2	12	201501	201512	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011899	ATTACA	2	12	211251	211262	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011899	TTTTTA	2	12	224106	224117	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011899	GAATAT	2	12	233396	233407	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011899	TATAGT	2	12	249593	249604	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011899	ATATTT	2	12	252242	252253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011899	ACTGTA	2	12	252258	252269	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011899	ACAATA	2	12	280254	280265	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_011899	ATACTT	2	12	284832	284843	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011899	TTTGTT	2	12	314705	314716	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011899	TTAATT	2	12	356915	356926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011899	ATTTTT	2	12	359383	359394	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011899	CAAAAT	2	12	370560	370571	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_011899	AAAAAT	2	12	394813	394824	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011899	TTAGAT	2	12	422184	422195	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011899	TAATTT	2	12	425051	425062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011899	CGATTA	2	12	443633	443644	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011899	TTATTT	2	12	450169	450180	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011899	TATTAA	2	12	464574	464585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011899	GGAGGT	2	12	464893	464904	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011899	AATTAT	2	12	474261	474272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011899	TATAAA	2	12	530881	530892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011899	GGGCCC	2	12	561172	561183	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_011899	TAAATA	2	12	574876	574887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011899	ATTAAT	2	12	580220	580231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011899	CATTGG	2	12	582928	582939	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011899	ATTTAT	2	12	586849	586860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011899	ACAATA	2	12	586934	586945	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011899	TAAAAA	2	12	603264	603275	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011899	TTCTTT	2	12	628348	628359	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011899	TATTTT	2	12	680051	680062	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011899	ATACAG	2	12	691752	691763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011899	GCCCCG	2	12	723051	723062	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_011899	ATTTAA	2	12	749678	749689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011899	TAATAT	2	12	793115	793126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011899	AATAAA	2	12	795527	795538	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011899	TTTAAA	2	12	796957	796968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011899	AATATT	2	12	888593	888604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011899	TACAAA	2	12	891905	891916	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011899	TTTAAA	2	12	901680	901691	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011899	CGCAGG	2	12	963595	963606	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_011899	TTTAAT	2	12	990025	990036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011899	TAAATT	2	12	990115	990126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011899	ATCAGA	2	12	1031361	1031372	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011899	TAAAAA	2	12	1067467	1067478	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011899	GTTTAT	2	12	1119686	1119697	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011899	ATAAAC	2	12	1119698	1119709	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011899	TAAAAA	2	12	1211516	1211527	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011899	GTTAAT	2	12	1213236	1213247	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011899	AAAAAG	2	12	1213892	1213903	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011899	AAAAAT	2	12	1237209	1237220	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011899	TATTTT	2	12	1238545	1238556	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011899	TTATTT	2	12	1242200	1242211	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011899	AAAGAC	2	12	1282881	1282892	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011899	TAAATT	2	12	1367721	1367732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011899	TTAAAA	2	12	1382946	1382957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011899	GGAAGG	2	12	1389343	1389354	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011899	TATTTA	2	12	1406056	1406067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011899	TATTTA	2	12	1415395	1415406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011899	CGTGCC	2	12	1463497	1463508	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_011899	CTCACT	2	12	1463550	1463561	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_011899	TATTTA	2	12	1465867	1465878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011899	AACGGA	2	12	1468303	1468314	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_011899	ATTATA	2	12	1469370	1469381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011899	GCAAAC	2	12	1470733	1470744	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011899	ATTTTT	2	12	1472764	1472775	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011899	TAATAT	2	12	1481301	1481312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011899	TACGGT	2	12	1481330	1481341	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011899	AAATAC	2	12	1483591	1483602	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_011899	CTTTTT	2	12	1492334	1492345	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011899	TTTAAA	2	12	1535210	1535221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011899	TTTTAA	2	12	1566647	1566658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011899	ATTTAA	2	12	1566673	1566684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011899	ATATAA	2	12	1580929	1580940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011899	AATTTA	2	12	1581035	1581046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011899	TTTTAA	2	12	1597183	1597194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011899	TTAATG	2	12	1603460	1603471	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011899	CTTTAA	2	12	1621169	1621180	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011899	TACGTT	2	12	1679157	1679168	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_011899	TTAAAT	2	12	1681806	1681817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011899	TAATTG	2	12	1728671	1728682	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011899	TATATT	2	12	1751763	1751774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011899	TTCAGG	2	12	1758866	1758877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_011899	TATAAA	2	12	1770987	1770998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011899	CCATTA	2	12	1773828	1773839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011899	TTAATA	2	12	1832916	1832927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011899	TAGTTT	2	12	1838796	1838807	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011899	ATTAAA	2	12	1849528	1849539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011899	CCTGTT	2	12	1855173	1855184	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011899	ATTTTT	2	12	1858026	1858037	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011899	AGTATT	2	12	1862009	1862020	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011899	TATATT	2	12	1866029	1866040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011899	ATCTAT	2	12	1866156	1866167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011899	ACCTGA	2	12	1886328	1886339	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011899	AATATA	2	12	1932207	1932218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011899	TTAAAT	2	12	1935488	1935499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011899	CTATAT	2	12	1937034	1937045	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_011899	AAAGTC	2	12	1953712	1953723	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011899	ACTTAT	2	12	1955211	1955222	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_011899	ATATTT	2	12	1955257	1955268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011899	ATTTAA	2	12	1970389	1970400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011899	TGCCTG	2	12	1971243	1971254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_011899	ATTTAA	2	12	1977074	1977085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011899	CCTGCA	2	12	2030055	2030066	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011899	ATTTTG	2	12	2036634	2036645	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011899	TAAAAA	2	12	2053045	2053056	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011899	GTCAAA	2	12	2057916	2057927	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011899	GTCAAA	2	12	2057932	2057943	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011899	AATTAA	2	12	2067747	2067758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011899	ATCTTC	2	12	2106679	2106690	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_011899	CCTGTC	2	12	2112104	2112115	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_011899	TGCAAC	2	12	2128154	2128165	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_011899	AAATAG	2	12	2138366	2138377	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011899	AAAATA	2	12	2152405	2152416	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011899	GTTAGA	2	12	2152434	2152445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011899	ATAATT	2	12	2157057	2157068	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011899	TCAATT	2	12	2162877	2162888	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_011899	GCTCCC	2	12	2164712	2164723	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_011899	AAAAAT	2	12	2217060	2217071	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011899	TATTTT	2	12	2232663	2232674	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011899	TCAATG	2	12	2239817	2239828	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_011899	TATAAT	2	12	2266956	2266967	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011899	ACTTTA	2	12	2267008	2267019	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_011899	AATGAA	2	12	2270089	2270100	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011899	CCTGCG	2	12	2297168	2297179	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
139	NC_011899	TTAATT	2	12	2325819	2325830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011899	TAAATA	2	12	2352580	2352591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011899	ATTTTA	2	12	2365545	2365556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.