MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 7425 chromosome

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011884	TTTAAA	2	12	1708	1719	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011884	AAACTG	2	12	3964	3975	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_011884	AACAAA	2	12	26425	26436	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011884	GGCCGG	2	12	53789	53800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011884	AAGATT	2	12	56516	56527	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011884	GAGATG	2	12	88608	88619	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011884	ATACTT	2	12	89324	89335	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011884	TTAAAA	2	12	125602	125613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011884	AAAGAG	2	12	125823	125834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011884	GGTAGA	2	12	138212	138223	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011884	GCTCTT	2	12	188797	188808	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011884	TACTCA	2	12	239000	239011	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011884	GTTGGA	2	12	248259	248270	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011884	GGTGTG	2	12	253950	253961	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011884	CCAAAG	2	12	255340	255351	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_011884	TCCAAC	2	12	323576	323587	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011884	GCTCAG	2	12	326816	326827	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_011884	GAAGTG	2	12	368240	368251	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011884	GAAGTG	2	12	368257	368268	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011884	GAAGTG	2	12	368274	368285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011884	TTGATT	2	12	399508	399519	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011884	CGTTTA	2	12	399762	399773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011884	TGAGGT	2	12	455101	455112	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011884	CTAAGC	2	12	471009	471020	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011884	AAAGCG	2	12	535673	535684	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_011884	TACCCG	2	12	536567	536578	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_011884	AGATCA	2	12	538157	538168	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011884	TTTTAA	2	12	587111	587122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011884	TAAAAT	2	12	595700	595711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011884	GAGGTT	2	12	618878	618889	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011884	ACCTGA	2	12	655766	655777	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011884	CTCTGG	2	12	695176	695187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_011884	AACCTG	2	12	776202	776213	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_011884	TTATAG	2	12	819782	819793	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011884	CGATAT	2	12	821650	821661	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_011884	TGATCC	2	12	850367	850378	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_011884	AGATTT	2	12	895991	896002	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011884	TAAAAT	2	12	926370	926381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011884	CTGGTG	2	12	946952	946963	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011884	ATCTCT	2	12	947139	947150	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_011884	CTTAAC	2	12	948444	948455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_011884	AAAATT	2	12	955923	955934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011884	GCCGTC	2	12	983788	983799	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_011884	CTAAAG	2	12	1009854	1009865	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_011884	AAGATT	2	12	1037349	1037360	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011884	CCAATC	2	12	1045976	1045987	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_011884	GAAGAC	2	12	1074241	1074252	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011884	GGTGTC	2	12	1084345	1084356	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_011884	TTTTGA	2	12	1114053	1114064	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011884	CTAATC	2	12	1114253	1114264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_011884	AGACGA	2	12	1123108	1123119	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_011884	TCGAGG	2	12	1129257	1129268	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011884	GTTGTG	2	12	1161263	1161274	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011884	TGTGGT	2	12	1244793	1244804	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011884	GCAATT	2	12	1245108	1245119	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_011884	GTGTTT	2	12	1246935	1246946	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011884	AAAGAT	2	12	1284035	1284046	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011884	AAAGCC	2	12	1288415	1288426	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011884	CCTGCT	2	12	1290238	1290249	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_011884	CCCCCG	2	12	1298016	1298027	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
61	NC_011884	GGCTTG	2	12	1300152	1300163	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_011884	TAAATC	2	12	1311026	1311037	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_011884	GGTTGA	2	12	1327147	1327158	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011884	TAAAAA	2	12	1333163	1333174	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011884	CAGCAA	2	12	1358589	1358600	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011884	AATAGA	2	12	1367227	1367238	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011884	GGTAGG	2	12	1369375	1369386	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011884	GAAATA	2	12	1418280	1418291	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011884	AGATCG	2	12	1448514	1448525	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011884	GGTTCA	2	12	1480678	1480689	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_011884	TATTAA	2	12	1485225	1485236	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011884	ATTGAT	2	12	1604882	1604893	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011884	GAGGGA	2	12	1613088	1613099	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011884	CCCTTA	2	12	1620607	1620618	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_011884	ACTGTT	2	12	1633933	1633944	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011884	AAATCA	2	12	1660864	1660875	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_011884	TCGATG	2	12	1677910	1677921	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011884	GCTTTT	2	12	1690767	1690778	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011884	CTGAAG	2	12	1695408	1695419	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_011884	CTAAAT	2	12	1708757	1708768	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011884	AATAAA	2	12	1713649	1713660	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011884	GTTTTT	2	12	1715399	1715410	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011884	TCTCTA	2	12	1747301	1747312	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_011884	GCGCCT	2	12	1759740	1759751	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_011884	CCCAGC	2	12	1759895	1759906	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_011884	CATCTT	2	12	1759920	1759931	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_011884	AATGAT	2	12	1800805	1800816	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011884	ATCTCA	2	12	1817731	1817742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_011884	TAGTGA	2	12	1883499	1883510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011884	GGTTGA	2	12	1887195	1887206	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011884	TGGGTT	2	12	1911228	1911239	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011884	TCAAAA	2	12	1931227	1931238	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_011884	TCCCCT	2	12	1953193	1953204	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_011884	CCCTTC	2	12	1961738	1961749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_011884	AGCCCA	2	12	1993893	1993904	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011884	GACATT	2	12	2035732	2035743	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_011884	TGCAAT	2	12	2059471	2059482	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_011884	AATGTT	2	12	2059741	2059752	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011884	AACCCC	2	12	2104613	2104624	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_011884	CCCCTC	2	12	2141540	2141551	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
101	NC_011884	ATTGAT	2	12	2153849	2153860	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011884	GAAGCA	2	12	2215432	2215443	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011884	TTGGCT	2	12	2224668	2224679	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_011884	CAATTG	2	12	2228547	2228558	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011884	CCCATA	2	12	2304771	2304782	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_011884	TCAGAT	6	36	2308742	2308777	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011884	CCCCAT	2	12	2309975	2309986	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_011884	TTTTAA	2	12	2315818	2315829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011884	TGCCCA	2	12	2326443	2326454	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_011884	ATCACA	2	12	2327250	2327261	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011884	TAACCC	2	12	2396832	2396843	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_011884	TTCCAT	2	12	2427648	2427659	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_011884	TCACTC	2	12	2476217	2476228	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_011884	CAGGGA	2	12	2488810	2488821	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_011884	GGATAG	2	12	2521751	2521762	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011884	AAAGAT	2	12	2553584	2553595	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011884	CTTTTG	2	12	2554575	2554586	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_011884	CTGGCT	2	12	2556897	2556908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011884	AAAGGG	2	12	2564016	2564027	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011884	GCCCGT	2	12	2592298	2592309	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_011884	GAGCCA	2	12	2604867	2604878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_011884	CCAAAA	2	12	2640222	2640233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011884	TCAATT	2	12	2652527	2652538	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011884	TCCCAA	2	12	2664579	2664590	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_011884	GTGAGT	2	12	2683340	2683351	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011884	AAGATA	2	12	2688307	2688318	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011884	GCGATC	2	12	2729276	2729287	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_011884	ACGTGG	2	12	2729408	2729419	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_011884	ATACTT	2	12	2742987	2742998	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_011884	TAGGGA	2	12	2765952	2765963	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011884	CAAACC	2	12	2772594	2772605	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_011884	CCAACC	2	12	2785181	2785192	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_011884	AATCTA	2	12	2851785	2851796	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_011884	GGCTTG	2	12	2951196	2951207	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_011884	TTTTAA	2	12	2972825	2972836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011884	CTTAAG	2	12	2978586	2978597	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_011884	AATGCT	2	12	2984502	2984513	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011884	GCGTAG	2	12	3090064	3090075	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_011884	CTGCTC	2	12	3113587	3113598	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
140	NC_011884	TCAAGC	2	12	3128727	3128738	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_011884	TCCCTC	2	12	3145183	3145194	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_011884	GTGATC	2	12	3180653	3180664	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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145	NC_011884	TCAAGC	2	12	3187744	3187755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_011884	CCTTCC	2	12	3221483	3221494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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148	NC_011884	TCAATT	2	12	3250488	3250499	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_011884	TATATT	2	12	3276889	3276900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011884	ATCGGA	2	12	3278657	3278668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_011884	ATTAGC	2	12	3374515	3374526	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_011884	GCTGCC	2	12	3386447	3386458	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
153	NC_011884	TGGAGT	2	12	3393410	3393421	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011884	GTATAG	2	12	3407355	3407366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_011884	GTTTGA	2	12	3415808	3415819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011884	GTTTGA	2	12	3429405	3429416	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011884	TGCAGA	2	12	3466003	3466014	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_011884	TTGAGC	2	12	3471480	3471491	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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163	NC_011884	TGAGCA	2	12	3525792	3525803	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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165	NC_011884	GAGGAA	2	12	3590351	3590362	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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233	NC_011884	GGGATT	2	12	5335991	5336002	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.