MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cyanothece sp. PCC 7425 plasmid pP742501

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011880	ATAGT	2	10	69	78	40 %	40 %	20 %	0 %	219883097
2	NC_011880	AGCTT	2	10	706	715	20 %	40 %	20 %	20 %	219883097
3	NC_011880	ATCCG	2	10	1705	1714	20 %	20 %	20 %	40 %	219883097
4	NC_011880	AAGAT	2	10	2083	2092	60 %	20 %	20 %	0 %	219883097
5	NC_011880	AGGAG	2	10	5419	5428	40 %	0 %	60 %	0 %	219883102
6	NC_011880	CGTTA	2	10	6407	6416	20 %	40 %	20 %	20 %	219883103
7	NC_011880	CTTGC	2	10	7471	7480	0 %	40 %	20 %	40 %	219883103
8	NC_011880	TGGGA	2	10	7616	7625	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011880	GGCTC	2	10	7644	7653	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_011880	TGACT	2	10	7762	7771	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_011880	GCACT	2	10	7817	7826	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011880	TTCTG	2	10	8513	8522	0 %	60 %	20 %	20 %	219883104
13	NC_011880	CTGGA	2	10	10552	10561	20 %	20 %	40 %	20 %	219883108
14	NC_011880	GAGAG	2	10	12086	12095	40 %	0 %	60 %	0 %	219883110
15	NC_011880	AAAGA	2	10	13712	13721	80 %	0 %	20 %	0 %	219883111
16	NC_011880	AGCAA	2	10	14629	14638	60 %	0 %	20 %	20 %	219883112
17	NC_011880	CAGAA	2	10	14702	14711	60 %	0 %	20 %	20 %	219883112
18	NC_011880	TCACT	2	10	17662	17671	20 %	40 %	0 %	40 %	219883113
19	NC_011880	TGCTT	2	10	17703	17712	0 %	60 %	20 %	20 %	219883113
20	NC_011880	AAAGA	2	10	17990	17999	80 %	0 %	20 %	0 %	219883113
21	NC_011880	TCAGG	2	10	18016	18025	20 %	20 %	40 %	20 %	219883113
22	NC_011880	GCCTG	2	10	20018	20027	0 %	20 %	40 %	40 %	219883114
23	NC_011880	CCATT	2	10	20937	20946	20 %	40 %	0 %	40 %	219883114
24	NC_011880	AGGAC	2	10	21035	21044	40 %	0 %	40 %	20 %	219883114
25	NC_011880	GATTG	2	10	22469	22478	20 %	40 %	40 %	0 %	219883115
26	NC_011880	TTCTA	2	10	22774	22783	20 %	60 %	0 %	20 %	219883116
27	NC_011880	ATCCC	2	10	23897	23906	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_011880	GATTT	2	10	25338	25347	20 %	60 %	20 %	0 %	219883117
29	NC_011880	TCAGC	2	10	29864	29873	20 %	20 %	20 %	40 %	219883122
30	NC_011880	ATTGC	2	10	33296	33305	20 %	40 %	20 %	20 %	219883124
31	NC_011880	AATGG	2	10	34696	34705	40 %	20 %	40 %	0 %	219883126
32	NC_011880	GATTG	2	10	34910	34919	20 %	40 %	40 %	0 %	219883126
33	NC_011880	GCATG	2	10	34970	34979	20 %	20 %	40 %	20 %	219883126
34	NC_011880	GGGCA	2	10	35571	35580	20 %	0 %	60 %	20 %	219883126
35	NC_011880	ATGAA	2	10	37741	37750	60 %	20 %	20 %	0 %	219883128
36	NC_011880	AACCC	2	10	39633	39642	40 %	0 %	0 %	60 %	219883130
37	NC_011880	GAAAC	2	10	39993	40002	60 %	0 %	20 %	20 %	219883130
38	NC_011880	TGGGG	2	10	40023	40032	0 %	20 %	80 %	0 %	219883130
39	NC_011880	AACAA	2	10	41068	41077	80 %	0 %	0 %	20 %	219883131
40	NC_011880	TTCAA	2	10	41203	41212	40 %	40 %	0 %	20 %	219883131
41	NC_011880	GGAAG	2	10	41271	41280	40 %	0 %	60 %	0 %	219883131
42	NC_011880	GAGTG	2	10	42534	42543	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011880	AGCAG	2	10	46314	46323	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_011880	CAGCT	2	10	46907	46916	20 %	20 %	20 %	40 %	219883136
45	NC_011880	TGGGT	2	10	48295	48304	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011880	CCTAA	2	10	50400	50409	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_011880	CAGTT	2	10	54780	54789	20 %	40 %	20 %	20 %	219883145
48	NC_011880	GTTCA	2	10	56915	56924	20 %	40 %	20 %	20 %	219883146
49	NC_011880	TCCAG	2	10	60418	60427	20 %	20 %	20 %	40 %	219883146
50	NC_011880	CAGGA	2	10	60556	60565	40 %	0 %	40 %	20 %	219883147
51	NC_011880	AGTTG	2	10	60837	60846	20 %	40 %	40 %	0 %	219883147
52	NC_011880	CGGCT	2	10	61332	61341	0 %	20 %	40 %	40 %	219883147
53	NC_011880	CGGTG	2	10	64924	64933	0 %	20 %	60 %	20 %	219883149
54	NC_011880	AGTTG	2	10	66223	66232	20 %	40 %	40 %	0 %	219883150
55	NC_011880	TCCAG	2	10	68148	68157	20 %	20 %	20 %	40 %	219883150
56	NC_011880	GTTTG	2	10	73786	73795	0 %	60 %	40 %	0 %	219883151
57	NC_011880	CTTTC	2	10	75421	75430	0 %	60 %	0 %	40 %	219883151
58	NC_011880	TCCAG	2	10	78229	78238	20 %	20 %	20 %	40 %	219883152
59	NC_011880	CCGTG	2	10	80436	80445	0 %	20 %	40 %	40 %	219883155
60	NC_011880	CGACC	2	10	81119	81128	20 %	0 %	20 %	60 %	219883155
61	NC_011880	GAGAA	2	10	81764	81773	60 %	0 %	40 %	0 %	219883155
62	NC_011880	CCGGG	2	10	81927	81936	0 %	0 %	60 %	40 %	219883155
63	NC_011880	TTATT	2	10	86260	86269	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011880	CCCAG	2	10	86695	86704	20 %	0 %	20 %	60 %	219883159
65	NC_011880	CCAAT	2	10	91999	92008	40 %	20 %	0 %	40 %	219883162
66	NC_011880	CTGAA	2	10	92722	92731	40 %	20 %	20 %	20 %	219883162
67	NC_011880	CTGTC	2	10	93543	93552	0 %	40 %	20 %	40 %	219883163
68	NC_011880	GAACT	2	10	94730	94739	40 %	20 %	20 %	20 %	219883164
69	NC_011880	CTGGT	2	10	96478	96487	0 %	40 %	40 %	20 %	219883165
70	NC_011880	TTGTT	2	10	96554	96563	0 %	80 %	20 %	0 %	219883165
71	NC_011880	CGGGG	2	10	98003	98012	0 %	0 %	80 %	20 %	219883167
72	NC_011880	AGCGC	2	10	103466	103475	20 %	0 %	40 %	40 %	219883173
73	NC_011880	ACTCA	2	10	103939	103948	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_011880	CGATC	2	10	109995	110004	20 %	20 %	20 %	40 %	219883185
75	NC_011880	AGATT	2	10	110649	110658	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011880	GAACG	2	10	111463	111472	40 %	0 %	40 %	20 %	219883186
77	NC_011880	GCAAA	2	10	111756	111765	60 %	0 %	20 %	20 %	219883186
78	NC_011880	ACTGC	2	10	112271	112280	20 %	20 %	20 %	40 %	219883186
79	NC_011880	CAGAA	2	10	113616	113625	60 %	0 %	20 %	20 %	219883186
80	NC_011880	CGGAT	2	10	117219	117228	20 %	20 %	40 %	20 %	219883188
81	NC_011880	GGACA	2	10	118595	118604	40 %	0 %	40 %	20 %	219883188
82	NC_011880	CTGCC	2	10	121993	122002	0 %	20 %	20 %	60 %	219883188
83	NC_011880	GACTG	2	10	122744	122753	20 %	20 %	40 %	20 %	219883189
84	NC_011880	GGAGA	2	10	125574	125583	40 %	0 %	60 %	0 %	219883191
85	NC_011880	CCTTC	2	10	125893	125902	0 %	40 %	0 %	60 %	219883191
86	NC_011880	CAGCA	2	10	128075	128084	40 %	0 %	20 %	40 %	219883193
87	NC_011880	GCTTC	2	10	130717	130726	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_011880	TGAGG	2	10	131315	131324	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011880	GCTTC	2	10	132909	132918	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_011880	AGTTA	2	10	133818	133827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011880	GTCTG	2	10	135200	135209	0 %	40 %	40 %	20 %	219883201
92	NC_011880	AGACG	2	10	135591	135600	40 %	0 %	40 %	20 %	219883201
93	NC_011880	TGTTT	2	10	135660	135669	0 %	80 %	20 %	0 %	219883201
94	NC_011880	GCAAG	2	10	136227	136236	40 %	0 %	40 %	20 %	219883201
95	NC_011880	TCCAC	2	10	138253	138262	20 %	20 %	0 %	60 %	219883204
96	NC_011880	ATTCG	2	10	138853	138862	20 %	40 %	20 %	20 %	219883204
97	NC_011880	CCCAG	2	10	138867	138876	20 %	0 %	20 %	60 %	219883204
98	NC_011880	GGGGA	2	10	139965	139974	20 %	0 %	80 %	0 %	219883205
99	NC_011880	GCCCA	2	10	140627	140636	20 %	0 %	20 %	60 %	219883205
100	NC_011880	GCATC	2	10	142298	142307	20 %	20 %	20 %	40 %	219883207
101	NC_011880	ACCAG	2	10	142334	142343	40 %	0 %	20 %	40 %	219883207
102	NC_011880	GGTGA	2	10	143735	143744	20 %	20 %	60 %	0 %	219883208
103	NC_011880	CAGGG	2	10	147480	147489	20 %	0 %	60 %	20 %	219883211
104	NC_011880	AACCC	2	10	147615	147624	40 %	0 %	0 %	60 %	219883211
105	NC_011880	TCGGA	2	10	148041	148050	20 %	20 %	40 %	20 %	219883211
106	NC_011880	AATCC	2	10	148283	148292	40 %	20 %	0 %	40 %	219883211
107	NC_011880	CCTGG	2	10	152105	152114	0 %	20 %	40 %	40 %	219883215
108	NC_011880	AAACC	2	10	154655	154664	60 %	0 %	0 %	40 %	219883216
109	NC_011880	ACTAC	2	10	156540	156549	40 %	20 %	0 %	40 %	219883216
110	NC_011880	TCAAT	2	10	156758	156767	40 %	40 %	0 %	20 %	219883216
111	NC_011880	TAAAT	2	10	160175	160184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011880	ACTCT	2	10	163614	163623	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_011880	ATCGC	2	10	165174	165183	20 %	20 %	20 %	40 %	219883223
114	NC_011880	CATGA	2	10	166163	166172	40 %	20 %	20 %	20 %	219883225
115	NC_011880	GCAGA	2	10	166877	166886	40 %	0 %	40 %	20 %	219883226
116	NC_011880	CCGTG	2	10	169306	169315	0 %	20 %	40 %	40 %	219883226
117	NC_011880	TTGGG	2	10	169499	169508	0 %	40 %	60 %	0 %	219883226
118	NC_011880	CAAGC	3	15	170941	170955	40 %	0 %	20 %	40 %	219883228
119	NC_011880	ATTGC	2	10	171196	171205	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011880	AGGGA	2	10	172441	172450	40 %	0 %	60 %	0 %	219883230
121	NC_011880	TGCAG	2	10	172607	172616	20 %	20 %	40 %	20 %	219883230
122	NC_011880	CCTCA	2	10	174836	174845	20 %	20 %	0 %	60 %	219883233
123	NC_011880	TTCCA	2	10	175039	175048	20 %	40 %	0 %	40 %	219883233
124	NC_011880	GGATG	2	10	177983	177992	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011880	AATGA	2	10	178323	178332	60 %	20 %	20 %	0 %	219883237
126	NC_011880	GGTTC	2	10	178374	178383	0 %	40 %	40 %	20 %	219883237
127	NC_011880	TCCAA	2	10	178928	178937	40 %	20 %	0 %	40 %	219883238
128	NC_011880	ATGGG	2	10	180612	180621	20 %	20 %	60 %	0 %	219883239
129	NC_011880	GGCAT	2	10	181810	181819	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011880	GTCCA	2	10	182839	182848	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_011880	CTGAA	2	10	186373	186382	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011880	TAAAA	2	10	186946	186955	80 %	20 %	0 %	0 %	219883241
133	NC_011880	GAATA	2	10	188259	188268	60 %	20 %	20 %	0 %	219883241
134	NC_011880	CTCAT	2	10	189092	189101	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_011880	CCATT	2	10	189250	189259	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_011880	TTGAT	2	10	189661	189670	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011880	ATGAG	2	10	191643	191652	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011880	CTCAT	2	10	192582	192591	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_011880	TCAAG	2	10	194785	194794	40 %	20 %	20 %	20 %	219883252
140	NC_011880	GTAAA	2	10	194884	194893	60 %	20 %	20 %	0 %	219883252

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.