MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 179

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	ATAGCA	2	12	8488	8499	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011852	TACCAA	2	12	8522	8533	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011852	AATTTA	2	12	8659	8670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011852	TTACGA	2	12	30611	30622	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_011852	ACGTTG	2	12	72659	72670	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_011852	CAGAGG	2	12	72757	72768	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_011852	TAACTG	2	12	104179	104190	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011852	AGGATT	2	12	117164	117175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011852	ACCAAT	2	12	118653	118664	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011852	AAATGA	2	12	156952	156963	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011852	GACCCT	2	12	173325	173336	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_011852	ATAAAA	2	12	176141	176152	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011852	TTTGAA	2	12	176284	176295	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011852	AAATTA	2	12	178229	178240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011852	GAAAAG	2	12	178810	178821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011852	ATATAG	2	12	179971	179982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011852	GGTAAT	2	12	180149	180160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011852	AAAAAC	2	12	212143	212154	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011852	TAAATT	2	12	223231	223242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011852	TATTGG	2	12	223378	223389	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011852	TGCTAT	2	12	223414	223425	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_011852	CAAGGC	2	12	223781	223792	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_011852	CTATTG	2	12	223854	223865	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011852	AAAGAT	2	12	234386	234397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011852	AGGTAG	2	12	235034	235045	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011852	AAACAC	2	12	327142	327153	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011852	CAATAT	2	12	371107	371118	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011852	AATATC	2	12	371129	371140	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011852	TAAATT	2	12	404004	404015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011852	TATTGG	2	12	404151	404162	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011852	TGCTAT	2	12	404187	404198	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_011852	CAAGGC	2	12	404554	404565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_011852	CTATTG	2	12	404627	404638	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011852	CCTGTT	2	12	413944	413955	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011852	TTAGTT	2	12	417279	417290	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011852	GATAGA	2	12	482799	482810	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011852	TACCAA	2	12	485933	485944	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_011852	AATTTA	2	12	486070	486081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011852	GGTTAA	2	12	505731	505742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011852	GTTTCA	2	12	512455	512466	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011852	AATAAA	2	12	522791	522802	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011852	GCAAAG	2	12	525388	525399	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011852	TTGCTT	2	12	542164	542175	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011852	CCATAA	2	12	542181	542192	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_011852	ACGGCT	2	12	542229	542240	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_011852	ACCAAT	2	12	542348	542359	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_011852	AATTTA	2	12	542466	542477	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011852	TTAGAT	2	12	552101	552112	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011852	AAAGCC	2	12	552362	552373	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011852	TTTTTA	2	12	559097	559108	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011852	ATAAAA	2	12	562329	562340	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011852	ATAGCA	2	12	566499	566510	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011852	TACCAA	2	12	566533	566544	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_011852	AATTTA	2	12	566676	566687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011852	GTTAAG	2	12	576952	576963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011852	AAAAAC	2	12	577842	577853	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011852	TAACTG	2	12	650705	650716	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011852	TGGTTG	2	12	701106	701117	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011852	CAATAG	2	12	702005	702016	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011852	ACCAAT	2	12	702297	702308	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011852	GAACTA	2	12	702337	702348	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_011852	AATTTA	2	12	702418	702429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011852	CCACGC	2	12	772970	772981	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_011852	CTAATC	2	12	796629	796640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_011852	ATTCAA	2	12	821925	821936	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_011852	TTTCTA	2	12	828447	828458	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011852	TTAAAT	2	12	830268	830279	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011852	GGTAAA	2	12	839461	839472	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011852	TTTTTC	2	12	897280	897291	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011852	TAAATT	2	12	938393	938404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011852	TATTGG	2	12	938516	938527	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011852	TGCTAT	2	12	938552	938563	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011852	CGGTTG	2	12	939322	939333	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_011852	CAACTT	2	12	946369	946380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_011852	TTAATT	2	12	949991	950002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011852	AAAGAA	2	12	956977	956988	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011852	TTTTAT	2	12	966484	966495	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011852	AATGCA	2	12	971963	971974	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011852	CGAAGG	2	12	973643	973654	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_011852	AGCGAA	2	12	975146	975157	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011852	TGAAAT	2	12	977024	977035	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011852	AGAGAA	2	12	1070206	1070217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011852	TAACAG	2	12	1084766	1084777	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011852	ATCCAT	2	12	1085357	1085368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_011852	CTTTAT	2	12	1091447	1091458	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_011852	TTGGTA	2	12	1096166	1096177	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011852	TCAATA	2	12	1142031	1142042	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011852	GGGTTT	2	12	1180791	1180802	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011852	TAACTC	2	12	1202205	1202216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011852	TCGCAT	2	12	1223000	1223011	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_011852	AGAAAG	2	12	1223220	1223231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011852	AAATTA	2	12	1225405	1225416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011852	TGCAAA	2	12	1257588	1257599	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011852	AATTTT	2	12	1277127	1277138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011852	TTTTTC	2	12	1286867	1286878	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_011852	CGAAGG	2	12	1313131	1313142	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_011852	AGCGAA	2	12	1314634	1314645	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_011852	TGAAAT	2	12	1316512	1316523	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011852	TTTTTA	2	12	1333354	1333365	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011852	ATAGAA	2	12	1333800	1333811	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011852	AATGTT	2	12	1343569	1343580	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011852	CGAAGG	2	12	1379999	1380010	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011852	AGCGAA	2	12	1381653	1381664	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_011852	TGAAAT	2	12	1383531	1383542	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011852	TGGCAA	2	12	1421453	1421464	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_011852	TCTAGA	2	12	1435359	1435370	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011852	ATCCAT	2	12	1466357	1466368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011852	TAAATT	2	12	1487952	1487963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011852	TATTGG	2	12	1488075	1488086	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011852	TAAATG	2	12	1489703	1489714	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011852	TTCTAT	2	12	1563437	1563448	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011852	TTTTAT	2	12	1563796	1563807	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011852	TATAAC	2	12	1582494	1582505	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011852	GTTTTT	2	12	1594151	1594162	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011852	TAGCAT	2	12	1594479	1594490	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011852	TTTCTT	2	12	1612869	1612880	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011852	TAAATA	2	12	1639420	1639431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011852	TTTCTC	2	12	1662777	1662788	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011852	CTTTAT	2	12	1664621	1664632	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_011852	CAAAAA	2	12	1666178	1666189	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011852	GTAATC	2	12	1676083	1676094	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011852	ATTGAA	2	12	1678626	1678637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011852	GGTAAA	2	12	1678974	1678985	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011852	TTTCTG	2	12	1690171	1690182	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_011852	TCCAAT	2	12	1690254	1690265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_011852	CAACGG	2	12	1699137	1699148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_011852	GCGTAA	2	12	1699715	1699726	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_011852	CTTTGC	2	12	1718086	1718097	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011852	CGGTTG	2	12	1726184	1726195	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_011852	GTTAAT	2	12	1727919	1727930	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011852	GAGAAA	2	12	1733076	1733087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011852	TGAGAT	2	12	1749215	1749226	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011852	TATTGA	2	12	1749327	1749338	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011852	GCTATT	2	12	1770079	1770090	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_011852	AAAACT	2	12	1781039	1781050	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_011852	TTTTTA	2	12	1781079	1781090	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011852	GTTTTT	2	12	1800603	1800614	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011852	CATTTT	2	12	1804640	1804651	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_011852	GTCACG	2	12	1822484	1822495	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_011852	GAAAGA	2	12	1830556	1830567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011852	ATTTCA	2	12	1840010	1840021	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_011852	CTTTCG	2	12	1841884	1841895	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_011852	GCCTTC	2	12	1843388	1843399	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
144	NC_011852	TCGCTT	2	12	1855238	1855249	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_011852	CAAATT	2	12	1855537	1855548	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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147	NC_011852	TGTGAT	2	12	1877710	1877721	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011852	TATTTA	2	12	1885858	1885869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011852	ATAAAA	2	12	1932529	1932540	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011852	AATTTA	2	12	1938986	1938997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011852	AAAATT	2	12	1939061	1939072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011852	GGCTTG	2	12	1952669	1952680	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_011852	TATTTC	2	12	1954382	1954393	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_011852	GCAGCT	2	12	1982395	1982406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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158	NC_011852	TGAAAT	2	12	1990240	1990251	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_011852	AGCTTA	2	12	2010025	2010036	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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162	NC_011852	AATTTA	2	12	2022811	2022822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_011852	ACAGTC	2	12	2035348	2035359	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_011852	ATTAAA	2	12	2252335	2252346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.