MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 1623

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	TCGTA	2	10	43	52	20 %	40 %	20 %	20 %	219870280
2	NC_011852	TTTAA	2	10	1666	1675	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011852	GTGAT	2	10	2178	2187	20 %	40 %	40 %	0 %	219870281
4	NC_011852	GCTTA	2	10	2547	2556	20 %	40 %	20 %	20 %	219870281
5	NC_011852	TTAAC	2	10	4239	4248	40 %	40 %	0 %	20 %	219870281
6	NC_011852	ATTTT	2	10	7234	7243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011852	TTATG	2	10	11915	11924	20 %	60 %	20 %	0 %	219870284
8	NC_011852	GTGAA	2	10	12243	12252	40 %	20 %	40 %	0 %	219870285
9	NC_011852	TGTGG	2	10	12820	12829	0 %	40 %	60 %	0 %	219870286
10	NC_011852	TTCTT	2	10	14149	14158	0 %	80 %	0 %	20 %	219870288
11	NC_011852	CTAAT	2	10	17080	17089	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011852	TAAAT	2	10	21977	21986	60 %	40 %	0 %	0 %	219870295
13	NC_011852	TTTGG	2	10	23262	23271	0 %	60 %	40 %	0 %	219870296
14	NC_011852	TTTCT	2	10	25293	25302	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011852	GGGTT	2	10	29707	29716	0 %	40 %	60 %	0 %	219870300
16	NC_011852	TTGGC	2	10	31317	31326	0 %	40 %	40 %	20 %	219870303
17	NC_011852	TGCAA	2	10	32376	32385	40 %	20 %	20 %	20 %	219870304
18	NC_011852	ATCAC	2	10	35351	35360	40 %	20 %	0 %	40 %	219870307
19	NC_011852	TGCAT	2	10	35651	35660	20 %	40 %	20 %	20 %	219870307
20	NC_011852	TGGAA	2	10	36178	36187	40 %	20 %	40 %	0 %	219870307
21	NC_011852	TAAAT	2	10	36880	36889	60 %	40 %	0 %	0 %	219870308
22	NC_011852	TGAAG	2	10	37423	37432	40 %	20 %	40 %	0 %	219870308
23	NC_011852	TTGCT	2	10	37499	37508	0 %	60 %	20 %	20 %	219870308
24	NC_011852	GCAAT	2	10	39964	39973	40 %	20 %	20 %	20 %	219870309
25	NC_011852	AGGTA	2	10	41827	41836	40 %	20 %	40 %	0 %	219870310
26	NC_011852	AAATA	2	10	42623	42632	80 %	20 %	0 %	0 %	219870311
27	NC_011852	TCCAA	2	10	43454	43463	40 %	20 %	0 %	40 %	219870312
28	NC_011852	CACAA	2	10	43711	43720	60 %	0 %	0 %	40 %	219870312
29	NC_011852	CCAAA	2	10	43777	43786	60 %	0 %	0 %	40 %	219870312
30	NC_011852	AGTTG	2	10	46279	46288	20 %	40 %	40 %	0 %	219870313
31	NC_011852	TGTTT	2	10	46796	46805	0 %	80 %	20 %	0 %	219870314
32	NC_011852	TGAAG	2	10	50629	50638	40 %	20 %	40 %	0 %	219870318
33	NC_011852	CTTTT	2	10	50779	50788	0 %	80 %	0 %	20 %	219870319
34	NC_011852	AAAAC	2	10	51750	51759	80 %	0 %	0 %	20 %	219870319
35	NC_011852	GATTA	2	10	52211	52220	40 %	40 %	20 %	0 %	219870320
36	NC_011852	GAAAT	2	10	52810	52819	60 %	20 %	20 %	0 %	219870320
37	NC_011852	TAATT	2	10	53923	53932	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011852	AAATA	2	10	54566	54575	80 %	20 %	0 %	0 %	219870322
39	NC_011852	GTATG	2	10	55876	55885	20 %	40 %	40 %	0 %	219870323
40	NC_011852	AAAAC	2	10	56079	56088	80 %	0 %	0 %	20 %	219870324
41	NC_011852	CAAAA	2	10	56342	56351	80 %	0 %	0 %	20 %	219870324
42	NC_011852	TTTTC	2	10	57167	57176	0 %	80 %	0 %	20 %	219870325
43	NC_011852	ATATT	2	10	57651	57660	40 %	60 %	0 %	0 %	219870325
44	NC_011852	AACTT	2	10	57754	57763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011852	TTATT	2	10	58159	58168	20 %	80 %	0 %	0 %	219870326
46	NC_011852	GTGGA	2	10	61644	61653	20 %	20 %	60 %	0 %	219870328
47	NC_011852	TTCAA	2	10	62080	62089	40 %	40 %	0 %	20 %	219870329
48	NC_011852	GTGAT	2	10	63624	63633	20 %	40 %	40 %	0 %	219870329
49	NC_011852	AAATC	2	10	64591	64600	60 %	20 %	0 %	20 %	219870330
50	NC_011852	ACCAA	2	10	64996	65005	60 %	0 %	0 %	40 %	219870331
51	NC_011852	TCGCT	2	10	66054	66063	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_011852	ACGTA	2	10	66155	66164	40 %	20 %	20 %	20 %	219870332
53	NC_011852	GGAAA	2	10	68662	68671	60 %	0 %	40 %	0 %	219870335
54	NC_011852	ACAAA	2	10	69523	69532	80 %	0 %	0 %	20 %	219870336
55	NC_011852	GGGGA	2	10	69742	69751	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011852	CTTGT	2	10	71978	71987	0 %	60 %	20 %	20 %	219870338
57	NC_011852	TATGA	2	10	72107	72116	40 %	40 %	20 %	0 %	219870339
58	NC_011852	TTACT	2	10	75245	75254	20 %	60 %	0 %	20 %	219870341
59	NC_011852	AATTA	2	10	75988	75997	60 %	40 %	0 %	0 %	219870342
60	NC_011852	TGAAA	2	10	77999	78008	60 %	20 %	20 %	0 %	219870344
61	NC_011852	ATTTA	2	10	80334	80343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011852	AATTT	2	10	80883	80892	40 %	60 %	0 %	0 %	219870348
63	NC_011852	AGCAG	2	10	82669	82678	40 %	0 %	40 %	20 %	219870350
64	NC_011852	ATGTG	2	10	83185	83194	20 %	40 %	40 %	0 %	219870350
65	NC_011852	CTTTA	2	10	85620	85629	20 %	60 %	0 %	20 %	219870353
66	NC_011852	CTGGG	2	10	87243	87252	0 %	20 %	60 %	20 %	219870355
67	NC_011852	TTAAA	2	10	88874	88883	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011852	GTTAT	2	10	89410	89419	20 %	60 %	20 %	0 %	219870357
69	NC_011852	TATAT	2	10	89619	89628	40 %	60 %	0 %	0 %	219870357
70	NC_011852	ACATT	2	10	90306	90315	40 %	40 %	0 %	20 %	219870358
71	NC_011852	CTTTA	2	10	90561	90570	20 %	60 %	0 %	20 %	219870358
72	NC_011852	AATGT	2	10	95159	95168	40 %	40 %	20 %	0 %	219870363
73	NC_011852	ATTAT	2	10	95558	95567	40 %	60 %	0 %	0 %	219870364
74	NC_011852	CTATT	2	10	96957	96966	20 %	60 %	0 %	20 %	219870365
75	NC_011852	GCAAC	2	10	98241	98250	40 %	0 %	20 %	40 %	219870367
76	NC_011852	GAAGA	2	10	98691	98700	60 %	0 %	40 %	0 %	219870367
77	NC_011852	TAAAT	2	10	99335	99344	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011852	TGTCA	2	10	99747	99756	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_011852	CTTCT	2	10	99849	99858	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_011852	TATTG	2	10	102220	102229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011852	CTAAC	2	10	103591	103600	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_011852	AACCA	2	10	104677	104686	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_011852	AATGC	2	10	108980	108989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011852	CATTT	2	10	114909	114918	20 %	60 %	0 %	20 %	219870379
85	NC_011852	GGAAA	2	10	118247	118256	60 %	0 %	40 %	0 %	219870381
86	NC_011852	GATGT	2	10	121769	121778	20 %	40 %	40 %	0 %	219870385
87	NC_011852	CACAA	2	10	123485	123494	60 %	0 %	0 %	40 %	219870386
88	NC_011852	ACCGC	2	10	123833	123842	20 %	0 %	20 %	60 %	219870386
89	NC_011852	TGGAT	2	10	125994	126003	20 %	40 %	40 %	0 %	219870388
90	NC_011852	ATTGG	2	10	126933	126942	20 %	40 %	40 %	0 %	219870388
91	NC_011852	AAATC	2	10	130737	130746	60 %	20 %	0 %	20 %	219870392
92	NC_011852	ACCGC	2	10	131805	131814	20 %	0 %	20 %	60 %	219870392
93	NC_011852	ATAAA	2	10	133702	133711	80 %	20 %	0 %	0 %	219870394
94	NC_011852	GATAT	2	10	134193	134202	40 %	40 %	20 %	0 %	219870395
95	NC_011852	TCCTT	2	10	139051	139060	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_011852	ACAAT	2	10	139117	139126	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011852	CGATG	2	10	139609	139618	20 %	20 %	40 %	20 %	219870399
98	NC_011852	TCTAT	2	10	140996	141005	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_011852	GGAAA	2	10	141918	141927	60 %	0 %	40 %	0 %	219870400
100	NC_011852	TTCTT	2	10	146410	146419	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_011852	TTCTT	2	10	146470	146479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_011852	TTCTT	2	10	146531	146540	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011852	ACAGC	2	10	147525	147534	40 %	0 %	20 %	40 %	219870406
104	NC_011852	TTTAC	2	10	148888	148897	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011852	AAATA	2	10	149244	149253	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011852	TGTAC	2	10	154832	154841	20 %	40 %	20 %	20 %	219870412
107	NC_011852	GCTAA	2	10	155204	155213	40 %	20 %	20 %	20 %	219870413
108	NC_011852	CGCAC	2	10	157998	158007	20 %	0 %	20 %	60 %	219870415
109	NC_011852	CGCAA	2	10	158237	158246	40 %	0 %	20 %	40 %	219870415
110	NC_011852	TAATT	2	10	161094	161103	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011852	CCGAT	2	10	161130	161139	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_011852	CTAAT	2	10	166776	166785	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011852	GTTTT	2	10	167039	167048	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011852	GATTT	2	10	168433	168442	20 %	60 %	20 %	0 %	219870421
115	NC_011852	CTGTT	2	10	168995	169004	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011852	TTTCA	2	10	169248	169257	20 %	60 %	0 %	20 %	219870423
117	NC_011852	AAAAC	2	10	170282	170291	80 %	0 %	0 %	20 %	219870424
118	NC_011852	AGCAT	2	10	179961	179970	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_011852	TGGGG	2	10	180782	180791	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011852	CTAAA	2	10	180970	180979	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_011852	AGCCA	2	10	182408	182417	40 %	0 %	20 %	40 %	219870434
122	NC_011852	GGAAG	2	10	184004	184013	40 %	0 %	60 %	0 %	219870435
123	NC_011852	TAAGG	2	10	189492	189501	40 %	20 %	40 %	0 %	219870443
124	NC_011852	CATTA	2	10	190393	190402	40 %	40 %	0 %	20 %	219870444
125	NC_011852	TCATC	2	10	190823	190832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_011852	GTAGG	2	10	190886	190895	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011852	CTAAT	2	10	190971	190980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_011852	AAAAG	2	10	192320	192329	80 %	0 %	20 %	0 %	219870448
129	NC_011852	GAAGC	2	10	192384	192393	40 %	0 %	40 %	20 %	219870448
130	NC_011852	AGCCA	2	10	193092	193101	40 %	0 %	20 %	40 %	219870449
131	NC_011852	ATGCA	2	10	194031	194040	40 %	20 %	20 %	20 %	219870449
132	NC_011852	TTGGC	2	10	195324	195333	0 %	40 %	40 %	20 %	219870449
133	NC_011852	TTTCA	2	10	197004	197013	20 %	60 %	0 %	20 %	219870451
134	NC_011852	CGGTT	2	10	199042	199051	0 %	40 %	40 %	20 %	219870451
135	NC_011852	GTACC	2	10	200152	200161	20 %	20 %	20 %	40 %	219870452
136	NC_011852	GCATT	2	10	203246	203255	20 %	40 %	20 %	20 %	219870455
137	NC_011852	TAAGA	2	10	208071	208080	60 %	20 %	20 %	0 %	219870460
138	NC_011852	TTTTG	2	10	208796	208805	0 %	80 %	20 %	0 %	219870461
139	NC_011852	CTACG	2	10	208827	208836	20 %	20 %	20 %	40 %	219870461
140	NC_011852	CAAGC	2	10	209964	209973	40 %	0 %	20 %	40 %	219870462
141	NC_011852	ACAGC	2	10	211006	211015	40 %	0 %	20 %	40 %	219870463
142	NC_011852	TTGGC	2	10	211405	211414	0 %	40 %	40 %	20 %	219870464
143	NC_011852	CAAGT	2	10	214080	214089	40 %	20 %	20 %	20 %	219870466
144	NC_011852	CAACG	2	10	215852	215861	40 %	0 %	20 %	40 %	219870467
145	NC_011852	TTGTC	2	10	216455	216464	0 %	60 %	20 %	20 %	219870467
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147	NC_011852	TTATT	2	10	222736	222745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011852	AATCC	2	10	223795	223804	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_011852	AAAAT	2	10	224724	224733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011852	AATTT	2	10	227894	227903	40 %	60 %	0 %	0 %	219870473
151	NC_011852	CAATT	2	10	228581	228590	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_011852	TGATG	2	10	229793	229802	20 %	40 %	40 %	0 %	219870474
153	NC_011852	CCGCA	2	10	230504	230513	20 %	0 %	20 %	60 %	219870474
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155	NC_011852	ATGTG	2	10	235019	235028	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011852	ATTAC	2	10	237159	237168	40 %	40 %	0 %	20 %	219870479
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159	NC_011852	TGCGT	2	10	239911	239920	0 %	40 %	40 %	20 %	219870482
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162	NC_011852	TAATT	2	10	249896	249905	40 %	60 %	0 %	0 %	219870487
163	NC_011852	TCTTA	2	10	251135	251144	20 %	60 %	0 %	20 %	219870488
164	NC_011852	TTGGG	2	10	255053	255062	0 %	40 %	60 %	0 %	219870491
165	NC_011852	AAGGT	2	10	256300	256309	40 %	20 %	40 %	0 %	219870491
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167	NC_011852	AAATT	2	10	260588	260597	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_011852	TTTAA	2	10	260707	260716	40 %	60 %	0 %	0 %	219870498
169	NC_011852	ACGGC	2	10	260988	260997	20 %	0 %	40 %	40 %	219870498
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173	NC_011852	CAAGA	2	10	266991	267000	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_011852	TTTTG	2	10	269673	269682	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
177	NC_011852	TATTT	2	10	272805	272814	20 %	80 %	0 %	0 %	219870506
178	NC_011852	GCTTT	2	10	276004	276013	0 %	60 %	20 %	20 %	219870512
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182	NC_011852	ATTTT	2	10	281713	281722	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_011852	CCTAA	2	10	281832	281841	40 %	20 %	0 %	40 %	219870519
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186	NC_011852	GTGTT	2	10	284978	284987	0 %	60 %	40 %	0 %	219870522
187	NC_011852	CAATA	2	10	285451	285460	60 %	20 %	0 %	20 %	219870523
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191	NC_011852	CTTAT	2	10	297480	297489	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_011852	GTTAA	2	10	297527	297536	40 %	40 %	20 %	0 %	219870533
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200	NC_011852	ATTTT	2	10	308373	308382	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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208	NC_011852	TCCAT	2	10	327989	327998	20 %	40 %	0 %	40 %	219870556
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210	NC_011852	TTGAA	2	10	328796	328805	40 %	40 %	20 %	0 %	219870557
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232	NC_011852	CAAAA	2	10	365750	365759	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
233	NC_011852	TTATT	2	10	367141	367150	20 %	80 %	0 %	0 %	219870595
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237	NC_011852	AGACT	2	10	372800	372809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
238	NC_011852	TTTAG	2	10	373211	373220	20 %	60 %	20 %	0 %	219870602
239	NC_011852	TTTCC	2	10	375022	375031	0 %	60 %	0 %	40 %	219870604
240	NC_011852	GCACA	9	45	375989	376033	40 %	0 %	20 %	40 %	219870605
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242	NC_011852	GCCAA	2	10	377246	377255	40 %	0 %	20 %	40 %	219870605
243	NC_011852	AAAAT	2	10	378164	378173	80 %	20 %	0 %	0 %	219870606
244	NC_011852	TTGGG	2	10	379916	379925	0 %	40 %	60 %	0 %	219870607
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247	NC_011852	GTGCG	2	10	382788	382797	0 %	20 %	60 %	20 %	219870607
248	NC_011852	TATTT	2	10	384217	384226	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_011852	GTTTT	2	10	384685	384694	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
250	NC_011852	GCCTT	2	10	385100	385109	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
251	NC_011852	ACCGT	2	10	385241	385250	20 %	20 %	20 %	40 %	219870610
252	NC_011852	CAACC	2	10	386217	386226	40 %	0 %	0 %	60 %	219870610
253	NC_011852	CTTTG	2	10	389289	389298	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
254	NC_011852	TTGGC	2	10	391531	391540	0 %	40 %	40 %	20 %	219870613
255	NC_011852	ACTTA	2	10	393492	393501	40 %	40 %	0 %	20 %	219870613
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257	NC_011852	AGCAG	2	10	394606	394615	40 %	0 %	40 %	20 %	219870614
258	NC_011852	AAATT	2	10	395460	395469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_011852	AATTA	2	10	397322	397331	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_011852	ACTAA	2	10	397694	397703	60 %	20 %	0 %	20 %	219870619
261	NC_011852	AACAC	2	10	398435	398444	60 %	0 %	0 %	40 %	219870619
262	NC_011852	CTTTG	2	10	398884	398893	0 %	60 %	20 %	20 %	219870619
263	NC_011852	TAAAT	2	10	401184	401193	60 %	40 %	0 %	0 %	219870622
264	NC_011852	GCAAT	2	10	401665	401674	40 %	20 %	20 %	20 %	219870622
265	NC_011852	TTATT	2	10	403735	403744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_011852	TTTAT	2	10	403746	403755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_011852	AATCC	2	10	404568	404577	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
268	NC_011852	AATGG	2	10	406556	406565	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
269	NC_011852	TAATT	2	10	408048	408057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_011852	GCAAC	2	10	412154	412163	40 %	0 %	20 %	40 %	219870626
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