MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	TTTAA	2	10	1666	1675	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011852	ATTTT	2	10	7234	7243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011852	CTAAT	2	10	17080	17089	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_011852	TTTCT	2	10	25293	25302	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011852	TAATT	2	10	53923	53932	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011852	AACTT	2	10	57754	57763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011852	TCGCT	2	10	66054	66063	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_011852	GGGGA	2	10	69742	69751	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011852	ATTTA	2	10	80334	80343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011852	TTAAA	2	10	88874	88883	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011852	TAAAT	2	10	99335	99344	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011852	TGTCA	2	10	99747	99756	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011852	CTTCT	2	10	99849	99858	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_011852	TATTG	2	10	102220	102229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011852	CTAAC	2	10	103591	103600	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_011852	AACCA	2	10	104677	104686	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_011852	AATGC	2	10	108980	108989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_011852	TCCTT	2	10	139051	139060	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_011852	ACAAT	2	10	139117	139126	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011852	TCTAT	2	10	140996	141005	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_011852	TTCTT	2	10	146410	146419	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011852	TTCTT	2	10	146470	146479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011852	TTCTT	2	10	146531	146540	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_011852	TTTAC	2	10	148888	148897	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011852	AAATA	2	10	149244	149253	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011852	TAATT	2	10	161094	161103	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011852	CCGAT	2	10	161130	161139	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_011852	CTAAT	2	10	166776	166785	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011852	GTTTT	2	10	167039	167048	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011852	CTGTT	2	10	168995	169004	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011852	AGCAT	2	10	179961	179970	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_011852	TGGGG	2	10	180782	180791	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011852	CTAAA	2	10	180970	180979	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011852	TCATC	2	10	190823	190832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011852	GTAGG	2	10	190886	190895	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011852	CTAAT	2	10	190971	190980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011852	TTATT	2	10	222736	222745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011852	AATCC	2	10	223795	223804	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_011852	AAAAT	2	10	224724	224733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011852	CAATT	2	10	228581	228590	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_011852	ATGTG	2	10	235019	235028	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011852	AAATT	2	10	260588	260597	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011852	CAAGA	2	10	266991	267000	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_011852	TTTTG	2	10	269673	269682	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011852	ATTTT	2	10	281713	281722	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011852	TGTGC	2	10	294088	294097	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011852	CTTAT	2	10	297480	297489	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_011852	GTGAT	2	10	307193	307202	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011852	ATTTT	2	10	308373	308382	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011852	TTCCC	2	10	320253	320262	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_011852	GTTTC	2	10	323811	323820	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011852	CAACT	2	10	325382	325391	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_011852	ATTAA	2	10	328407	328416	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011852	ACGAA	2	10	330901	330910	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_011852	TTTTA	2	10	337978	337987	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011852	TGGAA	2	10	353169	353178	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011852	ATTTT	2	10	362945	362954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011852	CAAAA	2	10	365750	365759	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011852	TTTAA	2	10	371220	371229	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011852	AGACT	2	10	372800	372809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_011852	TATTT	2	10	384217	384226	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011852	GTTTT	2	10	384685	384694	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011852	GCCTT	2	10	385100	385109	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011852	CTTTG	2	10	389289	389298	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_011852	AAATT	2	10	395460	395469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011852	AATTA	2	10	397322	397331	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011852	TTATT	2	10	403735	403744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011852	TTTAT	2	10	403746	403755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011852	AATCC	2	10	404568	404577	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_011852	AATGG	2	10	406556	406565	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011852	TAATT	2	10	408048	408057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011852	ATATT	2	10	412244	412253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011852	TATTC	2	10	443480	443489	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_011852	TGTGA	2	10	451995	452004	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011852	GATTG	2	10	452559	452568	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011852	TTCGT	2	10	452751	452760	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011852	TTAAT	2	10	457728	457737	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011852	ACGAA	2	10	459591	459600	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_011852	CAATC	2	10	459783	459792	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_011852	AAAAT	2	10	461351	461360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011852	CAAAA	2	10	465014	465023	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011852	CTCTC	2	10	466299	466308	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_011852	AAATT	2	10	478664	478673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011852	ATTTT	2	10	484654	484663	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011852	TTTAA	2	10	484675	484684	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011852	TTCCT	2	10	485739	485748	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_011852	AAATA	2	10	493364	493373	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011852	TGAAT	2	10	502588	502597	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011852	TAATT	2	10	505775	505784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011852	ACACC	2	10	512193	512202	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_011852	ATTGC	2	10	513351	513360	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_011852	GCACT	2	10	525162	525171	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_011852	TAAAT	2	10	525275	525284	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011852	CTTCC	2	10	525298	525307	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_011852	AATGG	2	10	553424	553433	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011852	CTCGC	2	10	564797	564806	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_011852	AATAA	2	10	566969	566978	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011852	CAAAA	2	10	572151	572160	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_011852	TGTTT	2	10	573463	573472	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011852	ACCTA	2	10	574221	574230	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_011852	TAAAA	2	10	588848	588857	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011852	TTCGT	2	10	589178	589187	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011852	GGAAA	2	10	598760	598769	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011852	GGTCG	2	10	601575	601584	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011852	AAATT	2	10	615059	615068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011852	GTATT	2	10	615137	615146	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011852	GTTTT	2	10	615586	615595	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011852	TTTAT	2	10	640107	640116	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011852	ATAAA	2	10	645590	645599	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011852	TTTAA	2	10	648252	648261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011852	TTTTA	2	10	649224	649233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011852	AAAAC	2	10	649775	649784	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011852	CCATT	2	10	691217	691226	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_011852	TCTTT	2	10	696640	696649	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_011852	AATAA	2	10	702711	702720	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011852	AAAAG	2	10	703747	703756	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011852	ACTGA	2	10	710547	710556	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_011852	TATTT	2	10	719563	719572	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011852	TAAAA	2	10	732078	732087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011852	CTTTA	2	10	750650	750659	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_011852	TTCGT	2	10	767396	767405	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_011852	TTCGT	2	10	771196	771205	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_011852	TTACT	2	10	772295	772304	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_011852	TAGTC	2	10	773550	773559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_011852	ATTTA	2	10	773612	773621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011852	ATTTT	2	10	775865	775874	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011852	CATTT	2	10	776041	776050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_011852	TTATT	2	10	776587	776596	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011852	TTATT	2	10	782576	782585	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011852	TATAA	2	10	782596	782605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011852	TGTCG	2	10	785627	785636	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011852	ATCAT	2	10	800020	800029	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_011852	TAAAT	2	10	802282	802291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011852	TCAAT	2	10	809971	809980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011852	ATTAG	2	10	809999	810008	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011852	GCTTG	2	10	810133	810142	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_011852	CTAAT	2	10	810677	810686	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_011852	TTGAT	2	10	820497	820506	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011852	TTATT	2	10	820890	820899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011852	TAAAT	2	10	821209	821218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011852	TTAGG	2	10	821330	821339	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011852	AACAT	2	10	826266	826275	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_011852	CTAAT	2	10	827221	827230	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_011852	CTAAT	2	10	857217	857226	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_011852	GGGAA	2	10	857583	857592	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011852	CATTG	2	10	862617	862626	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_011852	TATTT	2	10	875093	875102	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011852	GCAAA	2	10	900500	900509	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_011852	GAAAA	2	10	905379	905388	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011852	TGTCA	2	10	906840	906849	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_011852	ATTGA	2	10	910868	910877	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011852	TTTGG	2	10	913480	913489	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011852	ATTTT	2	10	917424	917433	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011852	TAGTT	2	10	920715	920724	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_011852	CTTAT	2	10	927604	927613	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
156	NC_011852	TTTTG	2	10	935371	935380	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011852	TTATT	2	10	937878	937887	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011852	TTACT	2	10	946167	946176	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_011852	CACAT	2	10	947803	947812	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_011852	TTTAC	2	10	949608	949617	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_011852	TTTTA	2	10	949758	949767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_011852	TAAGA	2	10	969699	969708	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
164	NC_011852	AAAGT	2	10	969728	969737	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_011852	TATTC	2	10	972236	972245	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_011852	CACAC	2	10	972703	972712	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
167	NC_011852	ACATT	2	10	973394	973403	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
168	NC_011852	AGTCG	2	10	975998	976007	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
169	NC_011852	AGGTT	2	10	976448	976457	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
170	NC_011852	TAAAT	2	10	978064	978073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_011852	GCAAT	2	10	978545	978554	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_011852	TGATT	2	10	979558	979567	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_011852	TTTTA	2	10	1007953	1007962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_011852	TATCA	2	10	1036481	1036490	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
178	NC_011852	ATTCC	2	10	1037162	1037171	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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183	NC_011852	ATTTA	2	10	1092190	1092199	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_011852	GAGTT	2	10	1092590	1092599	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_011852	TGAAT	2	10	1093660	1093669	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_011852	TTCCC	2	10	1112178	1112187	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
190	NC_011852	TTATT	2	10	1112250	1112259	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_011852	TAAAT	2	10	1121974	1121983	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_011852	AATAT	2	10	1123547	1123556	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_011852	CAGGG	2	10	1127507	1127516	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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196	NC_011852	TTTGA	2	10	1139278	1139287	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_011852	ACGAA	2	10	1146291	1146300	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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234	NC_011852	TTTCA	2	10	1417736	1417745	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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247	NC_011852	CTGTG	2	10	1464525	1464534	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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251	NC_011852	CAGTA	2	10	1465648	1465657	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
252	NC_011852	TAATT	2	10	1484659	1484668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_011852	GGGAA	2	10	1486353	1486362	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_011852	AAGCT	2	10	1633491	1633500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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288	NC_011852	ATCTG	2	10	1672833	1672842	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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422	NC_011852	CTTAT	2	10	2252350	2252359	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
423	NC_011852	TTTTA	2	10	2263812	2263821	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.