MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 28159

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	GCA	2	6	59	64	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870280
2	NC_011852	TGA	2	6	73	78	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
3	NC_011852	AGT	2	6	85	90	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
4	NC_011852	CTT	2	6	444	449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870280
5	NC_011852	ACA	2	6	452	457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870280
6	NC_011852	CAC	2	6	468	473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870280
7	NC_011852	AAG	2	6	507	512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870280
8	NC_011852	CAA	2	6	534	539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870280
9	NC_011852	GGT	2	6	587	592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870280
10	NC_011852	GTG	2	6	594	599	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870280
11	NC_011852	CAT	2	6	610	615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870280
12	NC_011852	TGT	2	6	718	723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870280
13	NC_011852	GCA	2	6	788	793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870280
14	NC_011852	AGT	2	6	850	855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
15	NC_011852	AGT	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011852	ATA	2	6	1105	1110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011852	ATT	2	6	1128	1133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011852	GTT	2	6	1145	1150	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011852	TAA	2	6	1215	1220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011852	ATT	3	9	1227	1235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011852	ACA	2	6	1285	1290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_011852	AAT	2	6	1378	1383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011852	TTC	2	6	1445	1450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_011852	TAA	2	6	1564	1569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011852	AAT	2	6	1589	1594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011852	TCC	2	6	1751	1756	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_011852	AAT	2	6	1764	1769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011852	AAT	2	6	1831	1836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011852	ATT	2	6	1857	1862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011852	CTT	2	6	1881	1886	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_011852	TAA	2	6	1906	1911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011852	AAT	2	6	1928	1933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011852	ATT	2	6	1988	1993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
34	NC_011852	TTG	2	6	2052	2057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
35	NC_011852	ATC	2	6	2140	2145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870281
36	NC_011852	ATA	2	6	2223	2228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
37	NC_011852	AGA	2	6	2349	2354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
38	NC_011852	ATG	2	6	2412	2417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
39	NC_011852	GAT	2	6	2425	2430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
40	NC_011852	TTC	2	6	2476	2481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
41	NC_011852	TCC	2	6	2512	2517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	219870281
42	NC_011852	CGG	2	6	2622	2627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	219870281
43	NC_011852	ATT	2	6	2630	2635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
44	NC_011852	AAC	2	6	2713	2718	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
45	NC_011852	GTC	2	6	2741	2746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
46	NC_011852	TAA	2	6	2767	2772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
47	NC_011852	AAT	2	6	2888	2893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
48	NC_011852	AAT	2	6	2915	2920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
49	NC_011852	TGG	2	6	2964	2969	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
50	NC_011852	ATT	2	6	3011	3016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
51	NC_011852	CGT	2	6	3035	3040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
52	NC_011852	AGC	2	6	3238	3243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
53	NC_011852	AGA	2	6	3265	3270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
54	NC_011852	ATT	2	6	3306	3311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
55	NC_011852	ATT	2	6	3403	3408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
56	NC_011852	TTA	2	6	3425	3430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
57	NC_011852	AGA	2	6	3553	3558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
58	NC_011852	AAG	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
59	NC_011852	CGT	2	6	3644	3649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
60	NC_011852	GGT	2	6	3650	3655	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
61	NC_011852	GAT	2	6	3686	3691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
62	NC_011852	ATT	2	6	3703	3708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
63	NC_011852	GTG	2	6	3798	3803	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
64	NC_011852	TTC	2	6	3828	3833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
65	NC_011852	TTC	2	6	3870	3875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
66	NC_011852	TGA	2	6	4012	4017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
67	NC_011852	TGT	2	6	4059	4064	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
68	NC_011852	CAA	2	6	4155	4160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
69	NC_011852	GAT	2	6	4175	4180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
70	NC_011852	GAA	2	6	4184	4189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
71	NC_011852	GAA	2	6	4214	4219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
72	NC_011852	GAA	2	6	4223	4228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
73	NC_011852	CAA	2	6	4365	4370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
74	NC_011852	GGT	2	6	4375	4380	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
75	NC_011852	GCA	2	6	4418	4423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
76	NC_011852	GAA	2	6	4433	4438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
77	NC_011852	TAT	2	6	4534	4539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
78	NC_011852	AGA	2	6	4549	4554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
79	NC_011852	TGT	2	6	4561	4566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
80	NC_011852	GAC	2	6	4595	4600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
81	NC_011852	GAA	2	6	4622	4627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
82	NC_011852	TTA	2	6	4635	4640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011852	TAG	2	6	4709	4714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011852	AAT	2	6	4840	4845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011852	TCA	2	6	4968	4973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011852	TAT	2	6	4991	4996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011852	ATG	2	6	5052	5057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011852	TAA	2	6	5102	5107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011852	AAT	2	6	5116	5121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011852	CTA	2	6	5140	5145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_011852	CTC	2	6	5234	5239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_011852	CAG	2	6	5417	5422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011852	AGA	2	6	5496	5501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011852	TTG	2	6	5509	5514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011852	GCT	2	6	5764	5769	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011852	CAG	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_011852	CAC	2	6	5877	5882	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_011852	GCT	2	6	5971	5976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011852	GCC	2	6	6028	6033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_011852	CAT	2	6	6050	6055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011852	TGG	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011852	CGT	2	6	6122	6127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011852	CTG	2	6	6521	6526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011852	CAG	2	6	6566	6571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_011852	CTG	2	6	6575	6580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_011852	CTG	2	6	6620	6625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011852	CTG	2	6	6701	6706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011852	CTG	2	6	6737	6742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_011852	CTG	2	6	6773	6778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011852	CAG	2	6	6818	6823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011852	CTG	2	6	6827	6832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_011852	CTA	2	6	6881	6886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_011852	CAG	2	6	6890	6895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_011852	CTG	2	6	6899	6904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011852	CTG	2	6	6988	6993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_011852	ATT	2	6	7101	7106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011852	ATC	2	6	7275	7280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_011852	ACT	2	6	7315	7320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011852	ATT	2	6	7362	7367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011852	GCC	2	6	7441	7446	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_011852	TGA	2	6	7466	7471	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011852	ATT	2	6	7512	7517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011852	GTT	2	6	7583	7588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011852	TAT	2	6	7667	7672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011852	AGC	2	6	7692	7697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_011852	CTT	2	6	7715	7720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_011852	ACC	2	6	7743	7748	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_011852	CAA	2	6	7850	7855	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011852	TGT	2	6	7869	7874	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011852	CAC	2	6	7910	7915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_011852	CAG	2	6	7952	7957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011852	CAC	3	9	7961	7969	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_011852	GTT	3	9	8125	8133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011852	GTT	2	6	8167	8172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011852	ATC	2	6	8178	8183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_011852	CCA	2	6	8185	8190	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_011852	ACA	2	6	8323	8328	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_011852	TTG	2	6	8392	8397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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266	NC_011852	TGT	2	6	18798	18803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870290
267	NC_011852	ACC	2	6	19043	19048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870291
268	NC_011852	CTT	2	6	19081	19086	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870291
269	NC_011852	ATC	3	9	19109	19117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870291
270	NC_011852	TTC	2	6	19172	19177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870291
271	NC_011852	TGA	2	6	19218	19223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870291
272	NC_011852	TAC	2	6	19337	19342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870292
273	NC_011852	CGA	2	6	19394	19399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870292
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275	NC_011852	TCA	3	9	19477	19485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870292
276	NC_011852	AAG	2	6	19593	19598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870292
277	NC_011852	CTG	2	6	19679	19684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870292
278	NC_011852	TCA	2	6	19714	19719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870292
279	NC_011852	TTC	2	6	19812	19817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870292
280	NC_011852	TGG	2	6	19869	19874	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870292
281	NC_011852	AAT	2	6	20021	20026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_011852	GAA	2	6	20047	20052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
283	NC_011852	GAT	2	6	20111	20116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
284	NC_011852	ATA	2	6	20227	20232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870293
285	NC_011852	ATT	2	6	20290	20295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870293
286	NC_011852	TTC	2	6	20305	20310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870293
287	NC_011852	AAC	2	6	20371	20376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870293
288	NC_011852	CTT	2	6	20412	20417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870293
289	NC_011852	GTT	2	6	20498	20503	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870293
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291	NC_011852	ATA	2	6	20584	20589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870293
292	NC_011852	TTC	2	6	20695	20700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870293
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294	NC_011852	TGC	2	6	20848	20853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870293
295	NC_011852	ATA	2	6	20899	20904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870293
296	NC_011852	TGA	2	6	21020	21025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870293
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323	NC_011852	TTA	2	6	22808	22813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870296
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352	NC_011852	CAA	2	6	26095	26100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870298
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