MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methanosphaerula palustris E1-9c chromosome

Total Repeats: 2335

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011832	CTGTG	2	10	702	711	0 %	40 %	40 %	20 %	219850688
2	NC_011832	TCCTC	2	10	1055	1064	0 %	40 %	0 %	60 %	219850688
3	NC_011832	CTGAT	2	10	1505	1514	20 %	40 %	20 %	20 %	219850688
4	NC_011832	ACGAT	2	10	5773	5782	40 %	20 %	20 %	20 %	219850693
5	NC_011832	CGGGC	2	10	6415	6424	0 %	0 %	60 %	40 %	219850694
6	NC_011832	CATCC	2	10	7902	7911	20 %	20 %	0 %	60 %	219850696
7	NC_011832	CGGTT	2	10	9882	9891	0 %	40 %	40 %	20 %	219850698
8	NC_011832	TGGTG	2	10	11382	11391	0 %	40 %	60 %	0 %	219850699
9	NC_011832	TCGGT	2	10	11799	11808	0 %	40 %	40 %	20 %	219850700
10	NC_011832	GGGGA	2	10	13932	13941	20 %	0 %	80 %	0 %	219850702
11	NC_011832	CTGGA	2	10	16159	16168	20 %	20 %	40 %	20 %	219850704
12	NC_011832	TCAGG	2	10	16254	16263	20 %	20 %	40 %	20 %	219850704
13	NC_011832	TCTGG	2	10	16867	16876	0 %	40 %	40 %	20 %	219850705
14	NC_011832	GATCG	2	10	17054	17063	20 %	20 %	40 %	20 %	219850705
15	NC_011832	TGTTT	2	10	17099	17108	0 %	80 %	20 %	0 %	219850705
16	NC_011832	TGGAA	2	10	18140	18149	40 %	20 %	40 %	0 %	219850705
17	NC_011832	TCCCC	2	10	19444	19453	0 %	20 %	0 %	80 %	219850706
18	NC_011832	GATCA	2	10	20460	20469	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_011832	GGATC	2	10	21338	21347	20 %	20 %	40 %	20 %	219850708
20	NC_011832	CTCTT	2	10	23310	23319	0 %	60 %	0 %	40 %	219850710
21	NC_011832	CAGGT	2	10	23549	23558	20 %	20 %	40 %	20 %	219850711
22	NC_011832	TCCTT	2	10	24011	24020	0 %	60 %	0 %	40 %	219850711
23	NC_011832	GCTTC	2	10	24582	24591	0 %	40 %	20 %	40 %	219850711
24	NC_011832	CTTCT	2	10	25781	25790	0 %	60 %	0 %	40 %	219850713
25	NC_011832	TCCAT	2	10	26259	26268	20 %	40 %	0 %	40 %	219850714
26	NC_011832	GATCA	2	10	27002	27011	40 %	20 %	20 %	20 %	219850715
27	NC_011832	GGTCG	2	10	27158	27167	0 %	20 %	60 %	20 %	219850716
28	NC_011832	CAGGG	2	10	28018	28027	20 %	0 %	60 %	20 %	219850717
29	NC_011832	GGTGC	2	10	29745	29754	0 %	20 %	60 %	20 %	219850718
30	NC_011832	GTACG	2	10	30026	30035	20 %	20 %	40 %	20 %	219850718
31	NC_011832	GACGC	2	10	30339	30348	20 %	0 %	40 %	40 %	219850719
32	NC_011832	AAGGC	2	10	31716	31725	40 %	0 %	40 %	20 %	219850719
33	NC_011832	CATCG	2	10	31831	31840	20 %	20 %	20 %	40 %	219850719
34	NC_011832	TGGTC	2	10	33648	33657	0 %	40 %	40 %	20 %	219850722
35	NC_011832	CGATG	2	10	35249	35258	20 %	20 %	40 %	20 %	219850724
36	NC_011832	AGATC	2	10	35471	35480	40 %	20 %	20 %	20 %	219850724
37	NC_011832	GCCTC	2	10	36849	36858	0 %	20 %	20 %	60 %	219850725
38	NC_011832	TACAT	2	10	39090	39099	40 %	40 %	0 %	20 %	219850727
39	NC_011832	GTATC	2	10	40281	40290	20 %	40 %	20 %	20 %	219850728
40	NC_011832	CAGAT	2	10	40583	40592	40 %	20 %	20 %	20 %	219850728
41	NC_011832	ACCAT	2	10	41031	41040	40 %	20 %	0 %	40 %	219850729
42	NC_011832	GATCC	2	10	41422	41431	20 %	20 %	20 %	40 %	219850730
43	NC_011832	ATCTC	2	10	41948	41957	20 %	40 %	0 %	40 %	219850731
44	NC_011832	CCCTG	2	10	41997	42006	0 %	20 %	20 %	60 %	219850731
45	NC_011832	CCCTC	2	10	42338	42347	0 %	20 %	0 %	80 %	219850731
46	NC_011832	CTCTT	2	10	42648	42657	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_011832	GGGGA	2	10	43487	43496	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011832	CATCG	2	10	43894	43903	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_011832	GCAGA	2	10	43987	43996	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011832	TTCAA	2	10	46315	46324	40 %	40 %	0 %	20 %	219850733
51	NC_011832	TCAGA	2	10	46482	46491	40 %	20 %	20 %	20 %	219850733
52	NC_011832	GAAAC	2	10	51869	51878	60 %	0 %	20 %	20 %	219850735
53	NC_011832	GGTAT	2	10	51985	51994	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011832	GGATG	2	10	52342	52351	20 %	20 %	60 %	0 %	219850736
55	NC_011832	ATCTG	2	10	52384	52393	20 %	40 %	20 %	20 %	219850736
56	NC_011832	GGAAT	2	10	54324	54333	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011832	ATGTC	2	10	55219	55228	20 %	40 %	20 %	20 %	219850738
58	NC_011832	ACCGA	2	10	56668	56677	40 %	0 %	20 %	40 %	219850738
59	NC_011832	TCGCT	2	10	58046	58055	0 %	40 %	20 %	40 %	219850739
60	NC_011832	CCGAT	2	10	58259	58268	20 %	20 %	20 %	40 %	219850739
61	NC_011832	TCTCC	2	10	62230	62239	0 %	40 %	0 %	60 %	219850743
62	NC_011832	TTCTC	2	10	63131	63140	0 %	60 %	0 %	40 %	219850744
63	NC_011832	TCTCT	2	10	64775	64784	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011832	CAGTG	2	10	65181	65190	20 %	20 %	40 %	20 %	219850745
65	NC_011832	TGAGA	2	10	66242	66251	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011832	CGGCC	2	10	70094	70103	0 %	0 %	40 %	60 %	219850750
67	NC_011832	ACCGC	2	10	70210	70219	20 %	0 %	20 %	60 %	219850750
68	NC_011832	CCGTT	2	10	70582	70591	0 %	40 %	20 %	40 %	219850751
69	NC_011832	TCTCC	2	10	70660	70669	0 %	40 %	0 %	60 %	219850751
70	NC_011832	ATCGT	2	10	70938	70947	20 %	40 %	20 %	20 %	219850751
71	NC_011832	GAGGC	2	10	71987	71996	20 %	0 %	60 %	20 %	219850752
72	NC_011832	TCGAT	2	10	75276	75285	20 %	40 %	20 %	20 %	219850755
73	NC_011832	TCCCT	2	10	76003	76012	0 %	40 %	0 %	60 %	219850756
74	NC_011832	CAGTA	2	10	76216	76225	40 %	20 %	20 %	20 %	219850756
75	NC_011832	GAAGA	2	10	77390	77399	60 %	0 %	40 %	0 %	219850759
76	NC_011832	CACTA	2	10	80614	80623	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_011832	TCGCC	2	10	81295	81304	0 %	20 %	20 %	60 %	219850761
78	NC_011832	GGTCG	2	10	86491	86500	0 %	20 %	60 %	20 %	219850764
79	NC_011832	TCGTC	2	10	86619	86628	0 %	40 %	20 %	40 %	219850764
80	NC_011832	TCGCT	2	10	87198	87207	0 %	40 %	20 %	40 %	219850764
81	NC_011832	GACCT	2	10	88157	88166	20 %	20 %	20 %	40 %	219850764
82	NC_011832	GATGC	2	10	89922	89931	20 %	20 %	40 %	20 %	219850766
83	NC_011832	GACGA	2	10	91137	91146	40 %	0 %	40 %	20 %	219850766
84	NC_011832	CAGAC	2	10	91255	91264	40 %	0 %	20 %	40 %	219850766
85	NC_011832	GTCCA	2	10	92553	92562	20 %	20 %	20 %	40 %	219850768
86	NC_011832	CTGTT	2	10	92792	92801	0 %	60 %	20 %	20 %	219850768
87	NC_011832	ATTGT	2	10	93898	93907	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011832	TGCAC	2	10	94265	94274	20 %	20 %	20 %	40 %	219850769
89	NC_011832	GATCG	2	10	99216	99225	20 %	20 %	40 %	20 %	219850774
90	NC_011832	GCCGG	2	10	99692	99701	0 %	0 %	60 %	40 %	219850775
91	NC_011832	GTTCG	2	10	99892	99901	0 %	40 %	40 %	20 %	219850775
92	NC_011832	GATGA	2	10	101883	101892	40 %	20 %	40 %	0 %	219850777
93	NC_011832	ACGGA	2	10	102799	102808	40 %	0 %	40 %	20 %	219850778
94	NC_011832	TCAAT	2	10	105773	105782	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011832	CGCTC	2	10	106573	106582	0 %	20 %	20 %	60 %	219850780
96	NC_011832	ATATC	2	10	107361	107370	40 %	40 %	0 %	20 %	219850782
97	NC_011832	CTCCC	2	10	108947	108956	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
98	NC_011832	CTGAA	2	10	111989	111998	40 %	20 %	20 %	20 %	219850784
99	NC_011832	ACCGT	2	10	113307	113316	20 %	20 %	20 %	40 %	219850784
100	NC_011832	GGGTT	2	10	113875	113884	0 %	40 %	60 %	0 %	219850784
101	NC_011832	GGGTT	2	10	114124	114133	0 %	40 %	60 %	0 %	219850784
102	NC_011832	AGGAG	2	10	115165	115174	40 %	0 %	60 %	0 %	219850784
103	NC_011832	CCGGT	2	10	115219	115228	0 %	20 %	40 %	40 %	219850784
104	NC_011832	CTGGC	2	10	117798	117807	0 %	20 %	40 %	40 %	219850785
105	NC_011832	CGTCC	2	10	124588	124597	0 %	20 %	20 %	60 %	219850788
106	NC_011832	GCAGT	2	10	125640	125649	20 %	20 %	40 %	20 %	219850789
107	NC_011832	TCGGG	2	10	127981	127990	0 %	20 %	60 %	20 %	219850790
108	NC_011832	GCTCT	2	10	131967	131976	0 %	40 %	20 %	40 %	219850795
109	NC_011832	TCCTC	2	10	133851	133860	0 %	40 %	0 %	60 %	219850796
110	NC_011832	GACGA	2	10	134340	134349	40 %	0 %	40 %	20 %	219850797
111	NC_011832	GCTCT	2	10	138067	138076	0 %	40 %	20 %	40 %	219850801
112	NC_011832	CTCGG	2	10	138332	138341	0 %	20 %	40 %	40 %	219850801
113	NC_011832	CTGGT	2	10	141380	141389	0 %	40 %	40 %	20 %	219850803
114	NC_011832	AACTC	2	10	141693	141702	40 %	20 %	0 %	40 %	219850803
115	NC_011832	CCGCC	2	10	141993	142002	0 %	0 %	20 %	80 %	219850803
116	NC_011832	TGCAT	2	10	142887	142896	20 %	40 %	20 %	20 %	219850804
117	NC_011832	CTGAC	2	10	143257	143266	20 %	20 %	20 %	40 %	219850804
118	NC_011832	TGTAT	2	10	144011	144020	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011832	TATCG	2	10	146140	146149	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011832	TCAGA	2	10	146427	146436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_011832	GGATA	2	10	146738	146747	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011832	ACGCC	2	10	147598	147607	20 %	0 %	20 %	60 %	219850808
123	NC_011832	CGAAT	2	10	148276	148285	40 %	20 %	20 %	20 %	219850809
124	NC_011832	GGCCA	2	10	149758	149767	20 %	0 %	40 %	40 %	219850810
125	NC_011832	GAGCC	2	10	150575	150584	20 %	0 %	40 %	40 %	219850810
126	NC_011832	TGCAC	2	10	155685	155694	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_011832	CCCGG	2	10	158552	158561	0 %	0 %	40 %	60 %	219850816
128	NC_011832	CCGAT	2	10	159327	159336	20 %	20 %	20 %	40 %	219850817
129	NC_011832	CTCCA	2	10	164198	164207	20 %	20 %	0 %	60 %	219850823
130	NC_011832	GAACT	2	10	167300	167309	40 %	20 %	20 %	20 %	219850825
131	NC_011832	GATCG	2	10	169137	169146	20 %	20 %	40 %	20 %	219850827
132	NC_011832	CATGA	2	10	172382	172391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_011832	GATCC	2	10	173982	173991	20 %	20 %	20 %	40 %	219850830
134	NC_011832	CTCGC	2	10	174130	174139	0 %	20 %	20 %	60 %	219850831
135	NC_011832	CTGCC	2	10	176136	176145	0 %	20 %	20 %	60 %	219850832
136	NC_011832	TCGGG	2	10	177107	177116	0 %	20 %	60 %	20 %	219850833
137	NC_011832	TGAAG	2	10	177398	177407	40 %	20 %	40 %	0 %	219850833
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176	NC_011832	AGCGT	2	10	219693	219702	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
177	NC_011832	ATCAG	3	15	220302	220316	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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253	NC_011832	AAGGG	2	10	315255	315264	40 %	0 %	60 %	0 %	219850954
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265	NC_011832	CGGCC	2	10	324199	324208	0 %	0 %	40 %	60 %	219850964
266	NC_011832	ATGCG	2	10	324438	324447	20 %	20 %	40 %	20 %	219850964
267	NC_011832	CGCAT	2	10	324702	324711	20 %	20 %	20 %	40 %	219850965
268	NC_011832	ATCCG	2	10	325207	325216	20 %	20 %	20 %	40 %	219850965
269	NC_011832	AGAGA	2	10	326585	326594	60 %	0 %	40 %	0 %	219850967
270	NC_011832	CAGTC	2	10	326758	326767	20 %	20 %	20 %	40 %	219850967
271	NC_011832	CTCAA	2	10	327543	327552	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
272	NC_011832	GAACT	2	10	328790	328799	40 %	20 %	20 %	20 %	219850969
273	NC_011832	TCCGA	2	10	329019	329028	20 %	20 %	20 %	40 %	219850969
274	NC_011832	ATGCA	2	10	329633	329642	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
275	NC_011832	CCCGT	2	10	329992	330001	0 %	20 %	20 %	60 %	219850971
276	NC_011832	GATGA	2	10	331146	331155	40 %	20 %	40 %	0 %	219850972
277	NC_011832	CAGGG	2	10	332024	332033	20 %	0 %	60 %	20 %	219850973
278	NC_011832	ACCTC	2	10	333051	333060	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
279	NC_011832	CGATA	2	10	334412	334421	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
280	NC_011832	TTCTG	2	10	334588	334597	0 %	60 %	20 %	20 %	219850975
281	NC_011832	GAAGA	2	10	336345	336354	60 %	0 %	40 %	0 %	219850979
282	NC_011832	TGGAA	2	10	336674	336683	40 %	20 %	40 %	0 %	219850980
283	NC_011832	GGTCT	2	10	339576	339585	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
284	NC_011832	TTCCC	2	10	341780	341789	0 %	40 %	0 %	60 %	219850986
285	NC_011832	CCTGA	2	10	342291	342300	20 %	20 %	20 %	40 %	219850986
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287	NC_011832	TGATC	2	10	344524	344533	20 %	40 %	20 %	20 %	219850988
288	NC_011832	TCCCC	2	10	345763	345772	0 %	20 %	0 %	80 %	219850990
289	NC_011832	ATCTC	2	10	345987	345996	20 %	40 %	0 %	40 %	219850990
290	NC_011832	TGCAG	2	10	347732	347741	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_011832	CTCTA	2	10	347934	347943	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
292	NC_011832	CTGAT	2	10	348239	348248	20 %	40 %	20 %	20 %	219850995
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298	NC_011832	GGGGA	2	10	359472	359481	20 %	0 %	80 %	0 %	219851008
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300	NC_011832	GACCT	2	10	361959	361968	20 %	20 %	20 %	40 %	219851012
301	NC_011832	AGGGT	2	10	363042	363051	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
302	NC_011832	CTTTT	2	10	363111	363120	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_011832	TCAAA	2	10	364299	364308	60 %	20 %	0 %	20 %	219851013
304	NC_011832	GTTAT	2	10	364616	364625	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
305	NC_011832	CGATC	2	10	365032	365041	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
306	NC_011832	GATCC	2	10	365211	365220	20 %	20 %	20 %	40 %	219851014
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320	NC_011832	CAAAA	2	10	381638	381647	80 %	0 %	0 %	20 %	219851028
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322	NC_011832	GGAAA	2	10	389236	389245	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
323	NC_011832	TTCGA	2	10	389286	389295	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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342	NC_011832	CGATG	2	10	419761	419770	20 %	20 %	40 %	20 %	219851068
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380	NC_011832	ATCCT	2	10	479506	479515	20 %	40 %	0 %	40 %	219851143
381	NC_011832	CCGAT	2	10	479885	479894	20 %	20 %	20 %	40 %	219851143
382	NC_011832	GGCAG	2	10	483967	483976	20 %	0 %	60 %	20 %	219851146
383	NC_011832	TCTCA	2	10	485982	485991	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
384	NC_011832	ATCGA	2	10	488325	488334	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
385	NC_011832	CCTGA	2	10	488344	488353	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
386	NC_011832	AGCCG	2	10	489159	489168	20 %	0 %	40 %	40 %	219851151
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388	NC_011832	GTACT	2	10	490590	490599	20 %	40 %	20 %	20 %	219851153
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390	NC_011832	CTGAT	2	10	494272	494281	20 %	40 %	20 %	20 %	219851153
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392	NC_011832	CCTTT	2	10	496115	496124	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
393	NC_011832	GGTAG	2	10	496214	496223	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
394	NC_011832	TTCTT	2	10	496353	496362	0 %	80 %	0 %	20 %	219851154
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398	NC_011832	AGATC	2	10	501941	501950	40 %	20 %	20 %	20 %	219851157
399	NC_011832	CTGTG	2	10	503081	503090	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
400	NC_011832	ATCGT	2	10	503757	503766	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
401	NC_011832	CTGTC	2	10	508390	508399	0 %	40 %	20 %	40 %	219851166
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404	NC_011832	ATTGC	2	10	509123	509132	20 %	40 %	20 %	20 %	219851168
405	NC_011832	CGGAA	2	10	509672	509681	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
406	NC_011832	GCAGA	2	10	512303	512312	40 %	0 %	40 %	20 %	219851171
407	NC_011832	CGACG	2	10	515282	515291	20 %	0 %	40 %	40 %	219851174
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425	NC_011832	AAGTG	2	10	534479	534488	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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435	NC_011832	ATGGG	2	10	546150	546159	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
436	NC_011832	CCATC	2	10	547714	547723	20 %	20 %	0 %	60 %	219851219
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439	NC_011832	CTGGT	2	10	554915	554924	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
440	NC_011832	TCGAT	2	10	556855	556864	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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455	NC_011832	ATGGT	2	10	581608	581617	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
456	NC_011832	CTACC	2	10	581908	581917	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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483	NC_011832	GGATC	2	10	605173	605182	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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488	NC_011832	TCCGC	2	10	610263	610272	0 %	20 %	20 %	60 %	219851284
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497	NC_011832	GTCCG	2	10	633235	633244	0 %	20 %	40 %	40 %	219851298
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500	NC_011832	CCCGG	2	10	634704	634713	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

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