MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosphaerula palustris E1-9c chromosome

Total Repeats: 433

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011832	GATCA	2	10	20460	20469	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011832	CTCTT	2	10	42648	42657	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_011832	GGGGA	2	10	43487	43496	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011832	CATCG	2	10	43894	43903	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_011832	GCAGA	2	10	43987	43996	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011832	GGTAT	2	10	51985	51994	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011832	GGAAT	2	10	54324	54333	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011832	TCTCT	2	10	64775	64784	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011832	TGAGA	2	10	66242	66251	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011832	CACTA	2	10	80614	80623	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011832	ATTGT	2	10	93898	93907	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011832	TCAAT	2	10	105773	105782	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011832	CTCCC	2	10	108947	108956	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
14	NC_011832	TGTAT	2	10	144011	144020	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011832	TATCG	2	10	146140	146149	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011832	TCAGA	2	10	146427	146436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011832	GGATA	2	10	146738	146747	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011832	TGCAC	2	10	155685	155694	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_011832	CATGA	2	10	172382	172391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011832	GTGAT	2	10	195199	195208	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011832	GTTCT	2	10	196992	197001	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011832	ATCGA	2	10	200304	200313	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011832	GCCTG	2	10	204642	204651	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_011832	AGTTG	2	10	207084	207093	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011832	CTCCC	2	10	209726	209735	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
26	NC_011832	AGTAC	2	10	215409	215418	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011832	AGCGT	2	10	219693	219702	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011832	ATCAG	3	15	220302	220316	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011832	TAACT	2	10	229086	229095	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011832	CTCAT	2	10	229217	229226	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_011832	CTGAT	2	10	254293	254302	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_011832	CCCTC	2	10	262824	262833	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
33	NC_011832	ATGGT	2	10	264093	264102	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011832	GCATC	2	10	264727	264736	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011832	AGAGG	2	10	271654	271663	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011832	ACCTG	2	10	298962	298971	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011832	CTCAA	2	10	327543	327552	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_011832	ATGCA	2	10	329633	329642	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011832	ACCTC	2	10	333051	333060	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_011832	CGATA	2	10	334412	334421	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_011832	GGTCT	2	10	339576	339585	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_011832	TGCAG	2	10	347732	347741	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_011832	CTCTA	2	10	347934	347943	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_011832	GATCA	2	10	356382	356391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011832	AGGGT	2	10	363042	363051	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011832	CTTTT	2	10	363111	363120	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011832	GTTAT	2	10	364616	364625	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011832	CGATC	2	10	365032	365041	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_011832	CCTGC	2	10	379704	379713	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_011832	TCATC	2	10	380146	380155	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_011832	CAAAG	2	10	380893	380902	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011832	GAAAA	2	10	386693	386702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011832	GGAAA	2	10	389236	389245	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011832	TTCGA	2	10	389286	389295	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_011832	CCTTC	2	10	400421	400430	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_011832	TCTGG	2	10	400658	400667	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011832	CGACC	3	15	411033	411047	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_011832	CAGAA	2	10	441244	441253	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011832	GTTGG	2	10	456714	456723	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011832	TCTCA	2	10	485982	485991	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_011832	ATCGA	2	10	488325	488334	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011832	CCTGA	2	10	488344	488353	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_011832	CCTTT	2	10	496115	496124	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011832	GGTAG	2	10	496214	496223	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011832	CTGTG	2	10	503081	503090	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011832	ATCGT	2	10	503757	503766	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_011832	CGGAA	2	10	509672	509681	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011832	AAGTG	2	10	534479	534488	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011832	ATGGG	2	10	546150	546159	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011832	TCACC	2	10	553800	553809	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_011832	CTGGT	2	10	554915	554924	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_011832	TCGAT	2	10	556855	556864	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011832	GTTCC	2	10	569257	569266	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_011832	TTAAA	2	10	569323	569332	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011832	GATCT	2	10	579261	579270	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_011832	ATGGT	2	10	581608	581617	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011832	CTACC	2	10	581908	581917	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
78	NC_011832	CGATG	2	10	587538	587547	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_011832	GGATC	2	10	605173	605182	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011832	AATTA	2	10	630398	630407	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011832	CCCGG	2	10	634704	634713	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_011832	CCCGG	2	10	634862	634871	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_011832	AGATC	2	10	637717	637726	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011832	GAATT	2	10	637904	637913	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011832	GCCGT	2	10	649250	649259	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_011832	GAAGG	2	10	649380	649389	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011832	TCTGA	2	10	670079	670088	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_011832	AATAA	2	10	691210	691219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011832	TCAGA	2	10	705440	705449	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011832	TCTCC	2	10	709800	709809	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_011832	TCATC	2	10	709957	709966	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_011832	AAAAT	2	10	720660	720669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011832	CCTGT	2	10	721010	721019	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_011832	GTTCG	2	10	724181	724190	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011832	CGGGA	2	10	725898	725907	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_011832	TTCTT	2	10	735394	735403	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011832	AAAAT	2	10	735405	735414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011832	GATCG	2	10	735558	735567	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_011832	TTATG	2	10	735585	735594	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011832	AAGTA	2	10	753691	753700	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011832	ATAGT	2	10	754027	754036	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011832	GAACA	2	10	755543	755552	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011832	ATTTT	2	10	759962	759971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011832	ATCAG	2	10	760833	760842	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011832	CCGGA	2	10	772764	772773	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_011832	ACCAA	2	10	776811	776820	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_011832	TCTGG	2	10	784858	784867	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_011832	GTAAT	2	10	785867	785876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011832	CGGCC	2	10	789450	789459	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
110	NC_011832	CCGGT	2	10	790086	790095	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_011832	CTAAT	2	10	812593	812602	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_011832	TGCAT	2	10	825092	825101	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011832	TTGTT	2	10	830269	830278	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011832	CCTCT	2	10	835165	835174	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_011832	CAATT	2	10	845665	845674	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011832	CTCCA	2	10	855612	855621	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
117	NC_011832	ATGAT	2	10	859457	859466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011832	ATGAA	2	10	863057	863066	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011832	TCTCT	2	10	867660	867669	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_011832	TAAAA	2	10	878078	878087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011832	CTCTT	2	10	878514	878523	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_011832	TGGTG	2	10	882490	882499	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011832	GCCCC	2	10	883319	883328	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
124	NC_011832	TGACC	2	10	891692	891701	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_011832	AATGA	2	10	892558	892567	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011832	CGGTG	2	10	893820	893829	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_011832	ACACT	2	10	894189	894198	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_011832	TATCT	2	10	897354	897363	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_011832	ATTCG	2	10	912032	912041	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011832	GGATC	2	10	918871	918880	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_011832	TCGAC	2	10	920597	920606	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_011832	CACTC	2	10	921180	921189	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_011832	TAAAA	2	10	922646	922655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011832	CTCAT	2	10	942326	942335	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_011832	ATGGG	2	10	947886	947895	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011832	CCGTG	2	10	956541	956550	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_011832	ATACC	2	10	974132	974141	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_011832	GGAGA	2	10	974353	974362	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011832	CGGAG	2	10	996599	996608	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_011832	GTCTG	2	10	1005953	1005962	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011832	TCTGC	2	10	1014071	1014080	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_011832	TCTTT	2	10	1014119	1014128	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_011832	CTGGT	2	10	1014455	1014464	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_011832	TTCTC	2	10	1024615	1024624	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_011832	TTCTC	2	10	1032483	1032492	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_011832	CCCCG	2	10	1032727	1032736	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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161	NC_011832	CTTCG	2	10	1151908	1151917	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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186	NC_011832	ATGAC	2	10	1296292	1296301	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
187	NC_011832	CCATG	2	10	1311238	1311247	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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282	NC_011832	GCGAT	2	10	1962910	1962919	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_011832	AGGAG	2	10	1981821	1981830	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_011832	CCTCA	2	10	2014909	2014918	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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294	NC_011832	TGGTC	2	10	2035214	2035223	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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422	NC_011832	CTTAA	2	10	2891927	2891936	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
423	NC_011832	ATGCT	2	10	2892486	2892495	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
424	NC_011832	AAACG	2	10	2896708	2896717	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
425	NC_011832	CAAAC	2	10	2901083	2901092	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
426	NC_011832	TATGA	2	10	2901251	2901260	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
427	NC_011832	CTTAA	2	10	2903644	2903653	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
428	NC_011832	ATGCT	2	10	2904292	2904301	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
429	NC_011832	ACAGA	2	10	2912883	2912892	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
430	NC_011832	AGGGA	2	10	2912989	2912998	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
431	NC_011832	GGAAG	2	10	2913024	2913033	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
432	NC_011832	CCACT	2	10	2914263	2914272	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
433	NC_011832	GATCA	2	10	2915808	2915817	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.