MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chloroflexus aggregans DSM 9485 chromosome

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011831	GCGTCA	2	12	141780	141791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011831	ACCTTT	2	12	237648	237659	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011831	CGAGTT	2	12	246158	246169	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011831	CTAGAA	2	12	246384	246395	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_011831	AACGTT	2	12	392665	392676	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_011831	CGCCCC	2	12	403784	403795	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
7	NC_011831	GCCCCC	2	12	403823	403834	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
8	NC_011831	GTTACG	2	12	421836	421847	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_011831	GTTACA	2	12	475629	475640	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_011831	AATGCT	2	12	520061	520072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_011831	CCTACC	2	12	534607	534618	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_011831	GGATCG	2	12	544112	544123	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_011831	GGATTG	2	12	559562	559573	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011831	TCCTCT	2	12	559973	559984	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_011831	CTTTGC	2	12	589795	589806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_011831	CTTTGC	2	12	589892	589903	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_011831	CTTTGC	2	12	589989	590000	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_011831	CTTTGC	2	12	590086	590097	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_011831	CTTTGC	2	12	590183	590194	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_011831	CTTTGC	2	12	590280	590291	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011831	GCCGGC	2	12	607804	607815	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_011831	CTCGCA	2	12	668590	668601	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_011831	ACAATG	2	12	695583	695594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011831	CGTCGG	2	12	698912	698923	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011831	TCAACA	2	12	796269	796280	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011831	CTCCGG	2	12	805123	805134	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_011831	ATATTC	2	12	813484	813495	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011831	CGGTCG	2	12	837360	837371	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_011831	CGAATG	2	12	842375	842386	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_011831	ATGAAA	2	12	844716	844727	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011831	CGCTTG	2	12	871148	871159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011831	TACCAT	2	12	880334	880345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_011831	AGTACA	2	12	908823	908834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011831	TACCAA	2	12	956491	956502	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011831	CCGCTC	2	12	1069903	1069914	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_011831	GCCTTT	2	12	1085373	1085384	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_011831	GCCTTT	2	12	1085528	1085539	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_011831	GAACGA	2	12	1198392	1198403	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_011831	GCAGGC	2	12	1204113	1204124	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_011831	CCGGCA	2	12	1206722	1206733	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_011831	GAGGTA	2	12	1224887	1224898	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011831	GCACCG	2	12	1234468	1234479	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_011831	CGCTTG	2	12	1245897	1245908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_011831	GGTTGG	2	12	1252679	1252690	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011831	AACGTA	2	12	1353187	1353198	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011831	AGAAGC	2	12	1356160	1356171	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_011831	CACAAC	2	12	1386058	1386069	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_011831	CCAATT	2	12	1411034	1411045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011831	TATCCT	2	12	1418788	1418799	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011831	CATCCC	2	12	1423372	1423383	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_011831	CACGAG	2	12	1438817	1438828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_011831	GTACTC	2	12	1516887	1516898	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_011831	GGTACG	2	12	1532082	1532093	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_011831	CCGCAA	2	12	1567497	1567508	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_011831	GAACGT	2	12	1596492	1596503	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_011831	GGCAAA	2	12	1629184	1629195	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011831	GTGTCC	2	12	1657568	1657579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_011831	TACCAC	2	12	1713371	1713382	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_011831	ATGACC	2	12	1875124	1875135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_011831	TTCATC	2	12	1875792	1875803	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011831	CGATCT	2	12	1875905	1875916	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011831	TGGGAT	2	12	1876788	1876799	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011831	ACGCGG	2	12	1877699	1877710	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_011831	CGCAGA	2	12	1922582	1922593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_011831	CGCAGA	2	12	1923462	1923473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011831	GGAAGG	2	12	1923744	1923755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011831	TTGTCA	2	12	2055784	2055795	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011831	GCGCTT	2	12	2089320	2089331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_011831	CACGAA	2	12	2119916	2119927	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011831	CGTGAG	2	12	2171922	2171933	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_011831	GCGGTA	2	12	2180017	2180028	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_011831	AGCGAC	2	12	2184317	2184328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_011831	GTATTG	2	12	2192607	2192618	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011831	AGCAAA	2	12	2194011	2194022	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011831	AATGCG	2	12	2205863	2205874	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011831	CCGCAC	2	12	2207730	2207741	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_011831	CCGCAC	2	12	2208321	2208332	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_011831	GAGCCG	2	12	2210999	2211010	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011831	GTTCCA	2	12	2247560	2247571	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_011831	GACGAT	2	12	2278315	2278326	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011831	AAACGG	2	12	2309729	2309740	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011831	CAGCAT	2	12	2406041	2406052	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_011831	TCCGTT	2	12	2408057	2408068	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_011831	TACCTT	2	12	2408308	2408319	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_011831	GGCTTC	2	12	2412473	2412484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011831	GTAATT	2	12	2424117	2424128	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011831	CGATAA	2	12	2435582	2435593	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011831	ACTGAG	2	12	2466613	2466624	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_011831	GAGGGA	2	12	2490487	2490498	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011831	TTCCTC	2	12	2509534	2509545	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_011831	TTATCA	2	12	2577388	2577399	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011831	AAAACC	2	12	2578766	2578777	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011831	GTGTAG	2	12	2689005	2689016	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011831	GCCGGT	2	12	2695219	2695230	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011831	ACGGGT	2	12	2707663	2707674	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_011831	CGTTCT	2	12	2736255	2736266	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_011831	ATCTTG	2	12	2802193	2802204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_011831	TGAAGT	2	12	2805728	2805739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011831	CAAGGG	2	12	2839671	2839682	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_011831	GATGTT	2	12	2852571	2852582	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011831	CGGCAT	2	12	2858882	2858893	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_011831	AGCCGG	2	12	2892341	2892352	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011831	CCTACT	2	12	2914959	2914970	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011831	GCTTTA	2	12	2929475	2929486	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011831	AAGGGG	2	12	2950310	2950321	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011831	TCTGCC	2	12	2955854	2955865	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011831	AGAATG	2	12	2982051	2982062	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011831	CCGCTG	2	12	2982098	2982109	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011831	CGCTGA	2	12	2982978	2982989	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011831	CGGTCG	2	12	3009124	3009135	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011831	GCGCAT	2	12	3069752	3069763	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_011831	AGATGA	2	12	3106203	3106214	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011831	CACCCG	2	12	3177701	3177712	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_011831	GATACC	2	12	3229316	3229327	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011831	GTGGTA	4	24	3245955	3245978	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011831	CGTTCT	2	12	3274190	3274201	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_011831	TTGCAA	2	12	3275670	3275681	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_011831	TCCTAT	2	12	3292828	3292839	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011831	ATGGGG	2	12	3328398	3328409	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011831	AACGTA	2	12	3328446	3328457	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011831	TACGTT	2	12	3328480	3328491	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011831	AACGGA	2	12	3456268	3456279	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_011831	ATGGTG	2	12	3498208	3498219	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011831	CCACGC	2	12	3559385	3559396	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_011831	CCAATC	2	12	3561071	3561082	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_011831	CTACAT	2	12	3581558	3581569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_011831	CATAGG	2	12	3664309	3664320	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_011831	AGACCG	2	12	3685935	3685946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011831	AGCCGA	2	12	3689368	3689379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_011831	TGGAGA	2	12	3950182	3950193	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011831	TGGAGA	2	12	3950212	3950223	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011831	TGGAGA	2	12	3950255	3950266	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011831	TGGAGA	2	12	3950285	3950296	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011831	TGTTTG	2	12	3959083	3959094	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011831	TCCTCT	2	12	3965711	3965722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_011831	CTGCGC	2	12	3966904	3966915	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_011831	GCATGG	2	12	3999071	3999082	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011831	AATATC	2	12	4046757	4046768	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_011831	CCCCCG	2	12	4060767	4060778	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
140	NC_011831	TTTGCG	2	12	4072229	4072240	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_011831	TTTCTC	2	12	4083443	4083454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_011831	ATCGAC	2	12	4088333	4088344	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_011831	TTTTGC	2	12	4106999	4107010	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_011831	GAGGCG	2	12	4113196	4113207	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_011831	AGCCGG	2	12	4139185	4139196	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_011831	ATACGT	2	12	4159212	4159223	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_011831	ACCGAT	2	12	4199418	4199429	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_011831	CATGCT	2	12	4202736	4202747	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_011831	CATGCT	2	12	4203001	4203012	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_011831	ATAGTT	2	12	4216436	4216447	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011831	CTGGAA	2	12	4231594	4231605	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_011831	TGTCCT	2	12	4279924	4279935	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_011831	GTCCTT	2	12	4280082	4280093	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_011831	GGCTAT	2	12	4298821	4298832	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_011831	TGGCCT	2	12	4332235	4332246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_011831	GAACCC	2	12	4348833	4348844	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
157	NC_011831	CACTGC	2	12	4372023	4372034	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
158	NC_011831	GTTGCC	2	12	4396675	4396686	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_011831	CTTCCC	2	12	4398326	4398337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_011831	GGTTGA	2	12	4505528	4505539	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
161	NC_011831	TATCCT	2	12	4629491	4629502	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.