MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Desulfurococcus kamchatkensis 1221n chromosome

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011766	TAAAT	2	10	6830	6839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011766	ATTTT	2	10	16469	16478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011766	AGAGA	2	10	16749	16758	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011766	TATAA	2	10	40457	40466	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011766	CTATA	2	10	44006	44015	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011766	GGGAT	2	10	60531	60540	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011766	AGTAA	2	10	70567	70576	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011766	ACCTA	2	10	76384	76393	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011766	GGCTC	2	10	85657	85666	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_011766	TAAGA	2	10	98003	98012	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011766	AGATA	2	10	98669	98678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011766	TACCA	2	10	102994	103003	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_011766	GCCCC	2	10	104516	104525	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
14	NC_011766	TATAT	2	10	118724	118733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011766	TAGGG	2	10	144673	144682	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011766	CCAAC	2	10	144804	144813	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_011766	ATTAT	2	10	165803	165812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011766	CCTAT	2	10	192545	192554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_011766	CCCTA	2	10	193634	193643	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_011766	AATAA	2	10	209579	209588	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011766	ATTAT	2	10	238265	238274	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011766	AGCTT	2	10	250894	250903	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011766	TTATA	2	10	290463	290472	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011766	ACCAT	2	10	292201	292210	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_011766	GGAGG	2	10	299963	299972	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011766	GCAAG	2	10	334470	334479	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011766	CATAA	2	10	337122	337131	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011766	CATAC	2	10	337224	337233	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_011766	ATAAA	2	10	340546	340555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011766	ACTGG	2	10	354042	354051	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011766	TACAT	2	10	368359	368368	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_011766	ATTAT	2	10	368405	368414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011766	CATCC	2	10	378803	378812	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_011766	ATATT	2	10	383194	383203	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011766	TTACC	2	10	401196	401205	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_011766	AGGCA	2	10	409305	409314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011766	AACAT	2	10	425787	425796	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_011766	TATTC	2	10	436623	436632	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011766	TCCCT	2	10	474925	474934	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_011766	GATGT	2	10	483005	483014	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011766	GGAGA	2	10	504559	504568	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011766	TAAAG	2	10	517516	517525	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011766	TGTTT	2	10	517825	517834	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011766	GCTCA	2	10	530531	530540	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_011766	CTTAG	2	10	530772	530781	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_011766	TAAGG	2	10	584964	584973	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011766	TCTAG	2	10	593074	593083	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_011766	TTAGC	2	10	600775	600784	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_011766	AAAAC	2	10	616544	616553	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011766	ATTAT	2	10	641446	641455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011766	GGGGT	2	10	666209	666218	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011766	CTACT	2	10	667602	667611	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_011766	GTTAA	2	10	682983	682992	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011766	ATAGA	2	10	700810	700819	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011766	TACTC	2	10	703646	703655	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_011766	TGAGG	2	10	753048	753057	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011766	ACCTT	2	10	753391	753400	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_011766	GAATA	2	10	755393	755402	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011766	GGAGC	2	10	756880	756889	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011766	CGGGG	2	10	768435	768444	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
61	NC_011766	TTCCT	2	10	768699	768708	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_011766	GGTGT	2	10	768815	768824	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011766	ACTAT	2	10	784506	784515	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_011766	TAAGA	2	10	790417	790426	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011766	ATTGC	2	10	817421	817430	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011766	TGTTT	2	10	822640	822649	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011766	ATATG	2	10	822919	822928	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011766	CTATC	2	10	824684	824693	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011766	AAACT	2	10	825506	825515	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_011766	CACAA	2	10	837994	838003	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_011766	AAATA	2	10	852195	852204	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011766	CCAGG	2	10	875627	875636	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_011766	TATCC	2	10	880186	880195	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_011766	GAGCA	2	10	880654	880663	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_011766	GACCC	2	10	889324	889333	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_011766	GTTGG	2	10	889523	889532	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011766	CAAAG	2	10	894902	894911	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_011766	TGATT	2	10	904805	904814	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011766	ATCAC	2	10	906101	906110	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_011766	ATTTT	2	10	923122	923131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011766	ATATT	2	10	957147	957156	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011766	CTACG	2	10	959024	959033	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_011766	CCAGG	2	10	959141	959150	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_011766	CCTGG	2	10	959455	959464	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_011766	GGCTG	2	10	960323	960332	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_011766	GCCGT	2	10	960717	960726	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_011766	CACGG	2	10	960888	960897	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_011766	CGAGC	2	10	961285	961294	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_011766	CGACC	2	10	961599	961608	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_011766	CCGGG	2	10	973844	973853	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_011766	AATTA	2	10	976364	976373	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011766	CATCA	2	10	981525	981534	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_011766	TCCTA	2	10	981618	981627	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_011766	TATGG	2	10	991388	991397	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011766	TAGTG	2	10	1002679	1002688	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011766	TAACT	2	10	1020606	1020615	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011766	TATAA	2	10	1030220	1030229	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011766	AAAGG	2	10	1030552	1030561	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011766	TAATC	2	10	1071260	1071269	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011766	CTAGA	2	10	1082300	1082309	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_011766	TTCAT	2	10	1082341	1082350	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_011766	ACCCT	2	10	1098432	1098441	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_011766	TCCTT	2	10	1098470	1098479	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_011766	GTTGA	2	10	1100584	1100593	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011766	GAGTG	2	10	1100849	1100858	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011766	ATTAT	2	10	1103768	1103777	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011766	GGAGA	2	10	1129433	1129442	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011766	CGGCG	2	10	1130655	1130664	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_011766	CTATA	2	10	1145473	1145482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_011766	CCCTG	2	10	1172531	1172540	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_011766	TATAT	2	10	1185271	1185280	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011766	CCAGG	2	10	1193239	1193248	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_011766	GTAAT	2	10	1200332	1200341	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011766	TGCCC	2	10	1206380	1206389	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_011766	TAGGA	2	10	1207093	1207102	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011766	ACATC	2	10	1207220	1207229	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_011766	GAGTG	2	10	1219768	1219777	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011766	TTCAT	2	10	1225444	1225453	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_011766	CGGGG	2	10	1231075	1231084	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011766	GAGCT	2	10	1231157	1231166	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_011766	TGTAT	2	10	1239291	1239300	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011766	AGCTT	2	10	1267809	1267818	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_011766	ATTAT	2	10	1293664	1293673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011766	AATCT	2	10	1330571	1330580	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_011766	CCAGC	2	10	1331176	1331185	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_011766	TTCTT	2	10	1331214	1331223	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_011766	AATGT	2	10	1343164	1343173	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011766	CAGGG	2	10	1348443	1348452	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.