MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methylobacterium extorquens CM4 plasmid pMCHL01

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011758	CGCGGT	2	12	997	1008	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533257
2	NC_011758	GGCGCG	2	12	1100	1111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218533257
3	NC_011758	TGGCCT	2	12	1562	1573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533258
4	NC_011758	ACCGCC	2	12	2093	2104	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	218533259
5	NC_011758	CCGGCC	2	12	5939	5950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218533262
6	NC_011758	CGACGG	2	12	10021	10032	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533267
7	NC_011758	TCGCGG	2	12	10293	10304	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533267
8	NC_011758	CCGGAC	2	12	12559	12570	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533270
9	NC_011758	GGCCGC	2	12	20546	20557	0 %	0 %	50 %	50 %	218533275
10	NC_011758	GAGCGC	2	12	21079	21090	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533276
11	NC_011758	CTTCCG	2	12	22968	22979	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533277
12	NC_011758	GAACCA	2	12	28100	28111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	218533281
13	NC_011758	GTCGAT	2	12	30330	30341	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218533282
14	NC_011758	CAGGCA	2	12	34398	34409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218533283
15	NC_011758	GACCGC	2	12	35021	35032	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533283
16	NC_011758	GGCGTC	2	12	37426	37437	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533284
17	NC_011758	TCGACG	2	12	51378	51389	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533296
18	NC_011758	CCAGGG	2	12	53570	53581	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533297
19	NC_011758	GCAGGA	2	12	54690	54701	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533298
20	NC_011758	GCAGGG	2	12	59999	60010	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218533302
21	NC_011758	CCGCCA	2	12	60388	60399	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	218533302
22	NC_011758	CGCCCT	2	12	61708	61719	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	218533303
23	NC_011758	CATCGG	2	12	61993	62004	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533303
24	NC_011758	TGAAGG	2	12	63016	63027	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	218533304
25	NC_011758	CTGCTC	2	12	66336	66347	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533306
26	NC_011758	TCCAGG	2	12	72195	72206	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533309
27	NC_011758	CGATAT	2	12	74371	74382	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218533311
28	NC_011758	ATCGAG	2	12	85016	85027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533321
29	NC_011758	TCTCGT	2	12	88087	88098	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	218533324
30	NC_011758	CTGCGC	2	12	88286	88297	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533324
31	NC_011758	ACGCGT	2	12	93763	93774	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533328
32	NC_011758	CTGGCC	2	12	98239	98250	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533335
33	NC_011758	AAGGGC	2	12	100922	100933	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533336
34	NC_011758	GCGCAG	2	12	103628	103639	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533337
35	NC_011758	TGGTCG	2	12	106689	106700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	218533338
36	NC_011758	TTCGGC	2	12	110854	110865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533343
37	NC_011758	AACTTG	2	12	113070	113081	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	218533344
38	NC_011758	TGCCGG	2	12	113479	113490	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533344
39	NC_011758	AGGCCG	2	12	120535	120546	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533349
40	NC_011758	CGCCTC	2	12	120731	120742	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	218533349
41	NC_011758	ACGCCG	2	12	120823	120834	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533349
42	NC_011758	CGGCAT	2	12	122115	122126	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533350
43	NC_011758	TGTTCC	2	12	122318	122329	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	218533350
44	NC_011758	CGCCAT	2	12	123222	123233	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533350
45	NC_011758	TCGCCA	2	12	124202	124213	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533350
46	NC_011758	GCCGAG	2	12	130008	130019	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533353
47	NC_011758	CCGTCG	2	12	132297	132308	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533354
48	NC_011758	CAGAAC	2	12	132722	132733	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	218533354
49	NC_011758	TCGAGA	2	12	142953	142964	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533366
50	NC_011758	ACGCGA	2	12	148361	148372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218533372
51	NC_011758	AGCCGC	2	12	150574	150585	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533374
52	NC_011758	AGGCGA	2	12	150937	150948	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533374
53	NC_011758	ACGTTC	2	12	152118	152129	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	218533374
54	NC_011758	CTTCGG	2	12	152409	152420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533375
55	NC_011758	ACCGTC	2	12	153154	153165	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533375
56	NC_011758	GCCGGC	2	12	153264	153275	0 %	0 %	50 %	50 %	218533375
57	NC_011758	GGCAGG	2	12	155411	155422	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218533376
58	NC_011758	ATCGAC	2	12	158886	158897	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	218533379
59	NC_011758	GGCGCC	2	12	159337	159348	0 %	0 %	50 %	50 %	218533380
60	NC_011758	AGATCG	2	12	164459	164470	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533388
61	NC_011758	AAGGGC	2	12	170283	170294	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533394
62	NC_011758	ATGTCG	2	12	173197	173208	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218533400
63	NC_011758	TCCCGG	2	12	174114	174125	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533403
64	NC_011758	AGATCG	2	12	174921	174932	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533404
65	NC_011758	CCTCGG	2	12	178158	178169	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533406
66	NC_011758	ACCAGA	2	12	181507	181518	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	218533410
67	NC_011758	CGGGCC	2	12	181685	181696	0 %	0 %	50 %	50 %	218533411
68	NC_011758	CGTTCG	2	12	181800	181811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533411
69	NC_011758	GCCGCG	2	12	186275	186286	0 %	0 %	50 %	50 %	218533415
70	NC_011758	CCGACG	2	12	187176	187187	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533416
71	NC_011758	CCGACG	2	12	189624	189635	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533416
72	NC_011758	TCACGG	2	12	190548	190559	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533416
73	NC_011758	CTCGAC	2	12	190643	190654	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533416
74	NC_011758	CGGCGC	2	12	191074	191085	0 %	0 %	50 %	50 %	218533416
75	NC_011758	CCGAGA	2	12	193346	193357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218533418
76	NC_011758	CCTTTG	2	12	197646	197657	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	218533423
77	NC_011758	TCGGCC	2	12	197783	197794	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533423
78	NC_011758	GCTGGT	2	12	199843	199854	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	218533424
79	NC_011758	GGCCGG	2	12	199885	199896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218533424
80	NC_011758	CGCCAT	2	12	200555	200566	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533424
81	NC_011758	CGAGGC	2	12	200821	200832	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533424
82	NC_011758	CCAGGC	2	12	201139	201150	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533424
83	NC_011758	CAGATG	2	12	202255	202266	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533425
84	NC_011758	GAGCCG	2	12	204587	204598	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533428
85	NC_011758	CCTTCG	2	12	205253	205264	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533429
86	NC_011758	CGCAGC	2	12	206638	206649	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533430
87	NC_011758	CGCAGC	2	12	215205	215216	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533435
88	NC_011758	CCGAGC	2	12	217163	217174	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533437
89	NC_011758	TCGATC	2	12	218735	218746	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	218533437
90	NC_011758	CGGCCT	2	12	220617	220628	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533440
91	NC_011758	GCATCG	2	12	221923	221934	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533441
92	NC_011758	ATACGG	2	12	225850	225861	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533447
93	NC_011758	CATCTC	2	12	230357	230368	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	218533453
94	NC_011758	ACCGGC	2	12	231157	231168	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533454
95	NC_011758	CGGCGC	2	12	231712	231723	0 %	0 %	50 %	50 %	218533455
96	NC_011758	TCATCG	2	12	235331	235342	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	218533457
97	NC_011758	GCTACC	2	12	236036	236047	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533458
98	NC_011758	GATCGA	2	12	239419	239430	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533461
99	NC_011758	AAGGGC	2	12	244225	244236	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533463
100	NC_011758	TTCGAG	2	12	250950	250961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218533470
101	NC_011758	CGACAG	2	12	254304	254315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218533472
102	NC_011758	TGCGCA	2	12	264847	264858	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533480
103	NC_011758	GTTCGA	2	12	264880	264891	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	218533480
104	NC_011758	GGTCGC	2	12	266125	266136	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533482
105	NC_011758	AGGGGG	2	12	266250	266261	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	218533482
106	NC_011758	CGGAAG	2	12	268660	268671	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533484
107	NC_011758	TCGAGG	2	12	271349	271360	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	218533486
108	NC_011758	ACGGCT	2	12	278003	278014	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533490
109	NC_011758	GGTCGC	2	12	283878	283889	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533493
110	NC_011758	TCGCGA	2	12	285552	285563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533495
111	NC_011758	GCCTTC	2	12	290235	290246	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533496
112	NC_011758	CGGACC	2	12	291596	291607	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533498
113	NC_011758	TTCGCC	2	12	293838	293849	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533499
114	NC_011758	GCGTTC	2	12	293947	293958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533500
115	NC_011758	AGCGGC	2	12	294442	294453	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533500
116	NC_011758	GGAACG	2	12	296051	296062	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533500
117	NC_011758	AGCCCA	2	12	297214	297225	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	218533500
118	NC_011758	CAGCGC	2	12	301465	301476	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533504
119	NC_011758	TCCAGC	2	12	305186	305197	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533507
120	NC_011758	TCACCG	2	12	311004	311015	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533509
121	NC_011758	CTGCCG	2	12	311382	311393	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533509
122	NC_011758	CCAATC	2	12	314925	314936	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	218533510
123	NC_011758	GGCGAG	2	12	315945	315956	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218533511
124	NC_011758	CGCCGA	2	12	316175	316186	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533511
125	NC_011758	GCGCTC	2	12	316898	316909	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533512
126	NC_011758	GCGCCC	2	12	317043	317054	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218533512
127	NC_011758	TCGGCC	2	12	318582	318593	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533514
128	NC_011758	CCCGAT	2	12	318862	318873	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533514
129	NC_011758	ACGCCC	2	12	320158	320169	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	218533516
130	NC_011758	GGTGCT	2	12	323786	323797	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	218533517
131	NC_011758	AGGCGC	2	12	324346	324357	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533517
132	NC_011758	AGGGGC	2	12	324358	324369	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218533517
133	NC_011758	TGGCGC	2	12	325572	325583	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533518
134	NC_011758	GGGCGC	2	12	325797	325808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218533518
135	NC_011758	TCGAGG	2	12	325826	325837	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	218533518
136	NC_011758	GCCTCG	2	12	326502	326513	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533520
137	NC_011758	CATCCT	2	12	327641	327652	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	218533521
138	NC_011758	CGAGAG	2	12	328784	328795	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533522
139	NC_011758	GGCGAG	3	18	330736	330753	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218533525
140	NC_011758	GCGTGC	2	12	331114	331125	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533525
141	NC_011758	CAGCGC	2	12	333982	333993	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218533527
142	NC_011758	GCCTTC	2	12	336830	336841	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533528
143	NC_011758	CGTTGT	2	12	340528	340539	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	218533531
144	NC_011758	GGCCGC	2	12	345292	345303	0 %	0 %	50 %	50 %	218533534
145	NC_011758	ACGTCG	2	12	348132	348143	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	218533536
146	NC_011758	GGTCGC	2	12	350890	350901	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533539
147	NC_011758	GAGCGC	2	12	351536	351547	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533539
148	NC_011758	TCGCGG	2	12	351742	351753	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533539
149	NC_011758	AGGTCG	2	12	352147	352158	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	218533540
150	NC_011758	GCGCTC	2	12	352918	352929	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533541
151	NC_011758	CTCGCG	2	12	355610	355621	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533542
152	NC_011758	TCTCGG	2	12	356874	356885	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533542
153	NC_011758	GCGCCG	2	12	357084	357095	0 %	0 %	50 %	50 %	218533542
154	NC_011758	GCCTCA	2	12	362885	362896	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218533547
155	NC_011758	CGGCTG	2	12	363351	363362	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	218533547
156	NC_011758	GGCCGA	2	12	363954	363965	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533548
157	NC_011758	GGCAAG	2	12	364302	364313	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	218533549
158	NC_011758	GCGCAG	2	12	364524	364535	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218533549
159	NC_011758	TGCTCG	2	12	364564	364575	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218533549
160	NC_011758	GCCTCG	2	12	365480	365491	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533550
161	NC_011758	AGGGCG	2	12	367218	367229	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218533551
162	NC_011758	CCTTGC	2	12	373956	373967	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218533557
163	NC_011758	CTCGCG	2	12	379526	379537	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	218533561
164	NC_011758	GAGATC	2	12	380115	380126	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218533562

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.