MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methylobacterium extorquens CM4 plasmid pMCHL01

Total Repeats: 357

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011758	GCGCT	2	10	1472	1481	0 %	20 %	40 %	40 %	218533257
2	NC_011758	CGGCG	2	10	1785	1794	0 %	0 %	60 %	40 %	218533258
3	NC_011758	TCGGC	2	10	3572	3581	0 %	20 %	40 %	40 %	218533260
4	NC_011758	CGAGG	2	10	4854	4863	20 %	0 %	60 %	20 %	218533262
5	NC_011758	GCCGT	2	10	5179	5188	0 %	20 %	40 %	40 %	218533262
6	NC_011758	GCGCG	2	10	5270	5279	0 %	0 %	60 %	40 %	218533262
7	NC_011758	GCCCG	2	10	8058	8067	0 %	0 %	40 %	60 %	218533264
8	NC_011758	CGGCG	2	10	8299	8308	0 %	0 %	60 %	40 %	218533265
9	NC_011758	GGGCC	2	10	8309	8318	0 %	0 %	60 %	40 %	218533265
10	NC_011758	AGCTC	2	10	11541	11550	20 %	20 %	20 %	40 %	218533268
11	NC_011758	GAGGC	2	10	16663	16672	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011758	GATGG	2	10	17389	17398	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011758	GGCTG	2	10	17554	17563	0 %	20 %	60 %	20 %	218533274
14	NC_011758	CGGCT	2	10	18480	18489	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_011758	TCGGC	2	10	18907	18916	0 %	20 %	40 %	40 %	218533275
16	NC_011758	CTCCA	2	10	19124	19133	20 %	20 %	0 %	60 %	218533275
17	NC_011758	GACGG	2	10	19451	19460	20 %	0 %	60 %	20 %	218533275
18	NC_011758	TCCGT	2	10	20236	20245	0 %	40 %	20 %	40 %	218533275
19	NC_011758	GCGAG	2	10	20882	20891	20 %	0 %	60 %	20 %	218533276
20	NC_011758	CATGG	2	10	20989	20998	20 %	20 %	40 %	20 %	218533276
21	NC_011758	CGTGC	2	10	21283	21292	0 %	20 %	40 %	40 %	218533276
22	NC_011758	GCCGC	2	10	21674	21683	0 %	0 %	40 %	60 %	218533276
23	NC_011758	GCTCC	2	10	23375	23384	0 %	20 %	20 %	60 %	218533277
24	NC_011758	AGCCG	2	10	29017	29026	20 %	0 %	40 %	40 %	218533281
25	NC_011758	CAGAA	2	10	29257	29266	60 %	0 %	20 %	20 %	218533281
26	NC_011758	ATGAA	2	10	29492	29501	60 %	20 %	20 %	0 %	218533281
27	NC_011758	CGCCA	2	10	29823	29832	20 %	0 %	20 %	60 %	218533282
28	NC_011758	CCGCG	2	10	31646	31655	0 %	0 %	40 %	60 %	218533282
29	NC_011758	CCGTC	2	10	32745	32754	0 %	20 %	20 %	60 %	218533282
30	NC_011758	CCTGG	2	10	34004	34013	0 %	20 %	40 %	40 %	218533283
31	NC_011758	CCGCG	2	10	34161	34170	0 %	0 %	40 %	60 %	218533283
32	NC_011758	CGCGG	2	10	34356	34365	0 %	0 %	60 %	40 %	218533283
33	NC_011758	GAGCG	2	10	34872	34881	20 %	0 %	60 %	20 %	218533283
34	NC_011758	TGAAC	2	10	35545	35554	40 %	20 %	20 %	20 %	218533283
35	NC_011758	CGGAC	2	10	38449	38458	20 %	0 %	40 %	40 %	218533285
36	NC_011758	TCGCG	2	10	39439	39448	0 %	20 %	40 %	40 %	218533285
37	NC_011758	CGGTC	2	10	39973	39982	0 %	20 %	40 %	40 %	218533286
38	NC_011758	GGCGC	2	10	41795	41804	0 %	0 %	60 %	40 %	218533287
39	NC_011758	GGCAG	2	10	44597	44606	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011758	GCCAT	2	10	45902	45911	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011758	CGAGG	2	10	46673	46682	20 %	0 %	60 %	20 %	218533291
42	NC_011758	TCGTC	2	10	48690	48699	0 %	40 %	20 %	40 %	218533293
43	NC_011758	GCGTG	2	10	50224	50233	0 %	20 %	60 %	20 %	218533295
44	NC_011758	TCGAA	2	10	52050	52059	40 %	20 %	20 %	20 %	218533296
45	NC_011758	GGCAA	2	10	53018	53027	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_011758	CAGCT	2	10	54398	54407	20 %	20 %	20 %	40 %	218533298
47	NC_011758	GACCG	2	10	54748	54757	20 %	0 %	40 %	40 %	218533298
48	NC_011758	GCGCC	2	10	54814	54823	0 %	0 %	40 %	60 %	218533298
49	NC_011758	CGGAC	2	10	58271	58280	20 %	0 %	40 %	40 %	218533300
50	NC_011758	CCCGT	2	10	58288	58297	0 %	20 %	20 %	60 %	218533300
51	NC_011758	ACCGC	2	10	61384	61393	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_011758	GGGGC	2	10	63123	63132	0 %	0 %	80 %	20 %	218533304
53	NC_011758	TCGGG	2	10	64377	64386	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011758	CCTGA	2	10	64528	64537	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_011758	CGGGT	2	10	71303	71312	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_011758	CTGGC	2	10	71612	71621	0 %	20 %	40 %	40 %	218533309
57	NC_011758	CGGAG	2	10	72682	72691	20 %	0 %	60 %	20 %	218533309
58	NC_011758	TGAAC	2	10	74185	74194	40 %	20 %	20 %	20 %	218533311
59	NC_011758	AGCTA	2	10	74727	74736	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011758	GTGCC	2	10	75433	75442	0 %	20 %	40 %	40 %	218533312
61	NC_011758	TAGCT	2	10	75946	75955	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011758	CTGTC	2	10	78620	78629	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_011758	GTCGA	2	10	78870	78879	20 %	20 %	40 %	20 %	218533316
64	NC_011758	GGCGC	2	10	79295	79304	0 %	0 %	60 %	40 %	218533316
65	NC_011758	CGGCG	2	10	79991	80000	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_011758	GCCGT	2	10	82275	82284	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_011758	CAGTC	2	10	83432	83441	20 %	20 %	20 %	40 %	218533320
68	NC_011758	GTCGC	2	10	85863	85872	0 %	20 %	40 %	40 %	218533322
69	NC_011758	GGCAT	2	10	86367	86376	20 %	20 %	40 %	20 %	218533322
70	NC_011758	GACGC	2	10	86475	86484	20 %	0 %	40 %	40 %	218533323
71	NC_011758	ACCGG	2	10	86491	86500	20 %	0 %	40 %	40 %	218533323
72	NC_011758	AGCGG	2	10	90322	90331	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011758	CGGGG	2	10	90749	90758	0 %	0 %	80 %	20 %	218533326
74	NC_011758	AGTCC	2	10	91922	91931	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_011758	TCATG	2	10	92781	92790	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_011758	CGGCT	2	10	93371	93380	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_011758	CCCGT	2	10	93488	93497	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_011758	GCGCC	2	10	93727	93736	0 %	0 %	40 %	60 %	218533328
79	NC_011758	GGGCC	2	10	95174	95183	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
80	NC_011758	TGGCC	2	10	95361	95370	0 %	20 %	40 %	40 %	218533331
81	NC_011758	CCGAC	2	10	96094	96103	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_011758	CGGTC	2	10	96498	96507	0 %	20 %	40 %	40 %	218533333
83	NC_011758	GCCGG	2	10	96522	96531	0 %	0 %	60 %	40 %	218533333
84	NC_011758	CAGGG	2	10	96670	96679	20 %	0 %	60 %	20 %	218533333
85	NC_011758	GCCCG	2	10	98315	98324	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_011758	TCGGC	2	10	98972	98981	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_011758	CCCTA	2	10	99710	99719	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_011758	GATCG	2	10	101704	101713	20 %	20 %	40 %	20 %	218533337
89	NC_011758	CGAGC	2	10	101857	101866	20 %	0 %	40 %	40 %	218533337
90	NC_011758	GATCG	2	10	102389	102398	20 %	20 %	40 %	20 %	218533337
91	NC_011758	GAACC	2	10	102836	102845	40 %	0 %	20 %	40 %	218533337
92	NC_011758	GGCGA	2	10	103359	103368	20 %	0 %	60 %	20 %	218533337
93	NC_011758	GGGAG	2	10	105177	105186	20 %	0 %	80 %	0 %	218533337
94	NC_011758	AGGGG	2	10	105768	105777	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011758	GGGGA	2	10	105887	105896	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011758	GCGAC	2	10	106117	106126	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_011758	AAGCT	2	10	106935	106944	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_011758	GGCAC	2	10	107449	107458	20 %	0 %	40 %	40 %	218533340
99	NC_011758	TAGCT	2	10	108155	108164	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011758	CGGTT	2	10	111148	111157	0 %	40 %	40 %	20 %	218533343
101	NC_011758	CGCCC	2	10	113106	113115	0 %	0 %	20 %	80 %	218533344
102	NC_011758	CCAGG	2	10	115044	115053	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_011758	TCGGG	2	10	115241	115250	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_011758	GAGGG	2	10	115932	115941	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011758	GCCCT	2	10	115966	115975	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_011758	CTCCC	2	10	116220	116229	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_011758	GGCTC	2	10	118667	118676	0 %	20 %	40 %	40 %	218533346
108	NC_011758	ACGGC	2	10	120028	120037	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_011758	GCCTC	2	10	120256	120265	0 %	20 %	20 %	60 %	218533349
110	NC_011758	GCGAC	2	10	120673	120682	20 %	0 %	40 %	40 %	218533349
111	NC_011758	CCGAC	2	10	120803	120812	20 %	0 %	20 %	60 %	218533349
112	NC_011758	GCTGG	2	10	122904	122913	0 %	20 %	60 %	20 %	218533350
113	NC_011758	CTCGG	2	10	123499	123508	0 %	20 %	40 %	40 %	218533350
114	NC_011758	CATTG	2	10	126862	126871	20 %	40 %	20 %	20 %	218533351
115	NC_011758	GCGCG	2	10	126912	126921	0 %	0 %	60 %	40 %	218533351
116	NC_011758	CGTCG	2	10	128444	128453	0 %	20 %	40 %	40 %	218533352
117	NC_011758	GAGCC	2	10	130042	130051	20 %	0 %	40 %	40 %	218533353
118	NC_011758	CGGGT	2	10	132486	132495	0 %	20 %	60 %	20 %	218533354
119	NC_011758	GATCG	2	10	134405	134414	20 %	20 %	40 %	20 %	218533356
120	NC_011758	GAGCT	2	10	137377	137386	20 %	20 %	40 %	20 %	218533360
121	NC_011758	CGGTC	2	10	138519	138528	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_011758	GCCCC	2	10	138644	138653	0 %	0 %	20 %	80 %	218533362
123	NC_011758	GTCCG	2	10	139122	139131	0 %	20 %	40 %	40 %	218533362
124	NC_011758	GCCCG	2	10	141322	141331	0 %	0 %	40 %	60 %	218533364
125	NC_011758	GAGCC	2	10	141445	141454	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_011758	CCCCT	2	10	141464	141473	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
127	NC_011758	CGGCT	2	10	142821	142830	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_011758	GGGCC	2	10	144326	144335	0 %	0 %	60 %	40 %	218533367
129	NC_011758	TCTCG	2	10	144496	144505	0 %	40 %	20 %	40 %	218533367
130	NC_011758	GCTGC	2	10	144778	144787	0 %	20 %	40 %	40 %	218533368
131	NC_011758	GGCCG	2	10	146238	146247	0 %	0 %	60 %	40 %	218533369
132	NC_011758	GCTCG	2	10	146990	146999	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_011758	CCGGG	2	10	148746	148755	0 %	0 %	60 %	40 %	218533372
134	NC_011758	CCAGA	2	10	150551	150560	40 %	0 %	20 %	40 %	218533374
135	NC_011758	GGACC	2	10	152891	152900	20 %	0 %	40 %	40 %	218533375
136	NC_011758	GGTGC	2	10	153639	153648	0 %	20 %	60 %	20 %	218533375
137	NC_011758	TTGCC	2	10	153695	153704	0 %	40 %	20 %	40 %	218533375
138	NC_011758	CGCAG	2	10	154040	154049	20 %	0 %	40 %	40 %	218533375
139	NC_011758	CCGAC	2	10	154546	154555	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_011758	TGCCG	2	10	154631	154640	0 %	20 %	40 %	40 %	218533376
141	NC_011758	TCGCA	2	10	155455	155464	20 %	20 %	20 %	40 %	218533376
142	NC_011758	GCCGC	2	10	158324	158333	0 %	0 %	40 %	60 %	218533377
143	NC_011758	TCGCG	2	10	159230	159239	0 %	20 %	40 %	40 %	218533379
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146	NC_011758	GCTGC	2	10	161315	161324	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
147	NC_011758	ACGTC	2	10	162124	162133	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_011758	TACGG	2	10	162829	162838	20 %	20 %	40 %	20 %	218533385
149	NC_011758	CTGTC	2	10	165354	165363	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_011758	GTCGA	2	10	165604	165613	20 %	20 %	40 %	20 %	218533390
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152	NC_011758	GCGCC	2	10	168274	168283	0 %	0 %	40 %	60 %	218533393
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154	NC_011758	AGCCG	2	10	169820	169829	20 %	0 %	40 %	40 %	218533394
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160	NC_011758	GCTGC	2	10	174666	174675	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
161	NC_011758	GCTCA	2	10	175273	175282	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
162	NC_011758	GCCGC	2	10	176989	176998	0 %	0 %	40 %	60 %	218533405
163	NC_011758	GGTGA	2	10	177009	177018	20 %	20 %	60 %	0 %	218533405
164	NC_011758	CGGAG	2	10	178905	178914	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
165	NC_011758	ACCAG	2	10	180959	180968	40 %	0 %	20 %	40 %	218533409
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167	NC_011758	CCCGA	2	10	182075	182084	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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169	NC_011758	GCGGG	2	10	188781	188790	0 %	0 %	80 %	20 %	218533416
170	NC_011758	TCGAG	2	10	189360	189369	20 %	20 %	40 %	20 %	218533416
171	NC_011758	CCGGC	2	10	191566	191575	0 %	0 %	40 %	60 %	218533417
172	NC_011758	GCCGG	2	10	192548	192557	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
173	NC_011758	GGCGT	2	10	193703	193712	0 %	20 %	60 %	20 %	218533418
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176	NC_011758	GGCGC	2	10	194507	194516	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
177	NC_011758	GCTGC	2	10	194917	194926	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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179	NC_011758	GATCA	2	10	196882	196891	40 %	20 %	20 %	20 %	218533421
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181	NC_011758	CGTCA	2	10	199520	199529	20 %	20 %	20 %	40 %	218533424
182	NC_011758	CGGGA	2	10	200384	200393	20 %	0 %	60 %	20 %	218533424
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184	NC_011758	CGAGG	2	10	202938	202947	20 %	0 %	60 %	20 %	218533426
185	NC_011758	CGTGA	2	10	203034	203043	20 %	20 %	40 %	20 %	218533426
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187	NC_011758	GCGGA	2	10	207670	207679	20 %	0 %	60 %	20 %	218533431
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189	NC_011758	CGGAT	2	10	208615	208624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
190	NC_011758	AGCGT	2	10	208825	208834	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
191	NC_011758	CGCCT	2	10	210173	210182	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
192	NC_011758	TTGCA	2	10	211924	211933	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
193	NC_011758	TCTTG	2	10	212231	212240	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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224	NC_011758	GACTC	2	10	237901	237910	20 %	20 %	20 %	40 %	218533459
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242	NC_011758	AGCGC	2	10	261826	261835	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
243	NC_011758	AAGCT	2	10	263290	263299	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
244	NC_011758	GGCAC	2	10	263804	263813	20 %	0 %	40 %	40 %	218533479
245	NC_011758	TAGCT	2	10	264510	264519	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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249	NC_011758	GACCT	2	10	266898	266907	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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251	NC_011758	CCTCG	2	10	269741	269750	0 %	20 %	20 %	60 %	218533484
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270	NC_011758	TGGCA	2	10	289149	289158	20 %	20 %	40 %	20 %	218533495
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272	NC_011758	GGTCG	2	10	295741	295750	0 %	20 %	60 %	20 %	218533500
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.