MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 7424 chromosome

Total Repeats: 402

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011729	ATTTTA	2	12	31035	31046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011729	TATAGT	2	12	33416	33427	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011729	TCTCTT	2	12	38277	38288	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_011729	GGGAAG	2	12	63153	63164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011729	ATTTAT	2	12	73061	73072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011729	CGCACG	2	12	84475	84486	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_011729	TTCTTT	2	12	84823	84834	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011729	AAAGGA	2	12	85941	85952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011729	AAACAA	2	12	94029	94040	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_011729	GAACCA	2	12	94413	94424	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_011729	CAGAAA	2	12	94661	94672	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_011729	ATGGGC	2	12	94707	94718	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_011729	TTCGGC	2	12	96851	96862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_011729	AGATAA	2	12	103217	103228	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011729	TCAGTG	2	12	128771	128782	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011729	CCCCTT	2	12	140664	140675	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_011729	ATAAGT	2	12	168913	168924	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011729	TCTATA	2	12	171836	171847	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011729	TTAAAT	2	12	172735	172746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011729	TTATAT	2	12	175306	175317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011729	TTAAAT	2	12	185765	185776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011729	CTAAGT	2	12	202125	202136	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011729	ACTCCT	2	12	220376	220387	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_011729	ATTTAG	2	12	224998	225009	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011729	TTAAAT	2	12	225016	225027	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011729	AGAGGT	2	12	233371	233382	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011729	TTTAAA	2	12	242258	242269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011729	CCCCTT	2	12	261844	261855	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_011729	TATTTT	2	12	288490	288501	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011729	AGTTAC	2	12	321653	321664	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011729	TTTTCC	2	12	340443	340454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011729	CCTTTC	2	12	352995	353006	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_011729	TTTCCC	2	12	366885	366896	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_011729	TTTTCT	2	12	369621	369632	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_011729	TATTGA	2	12	373079	373090	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011729	AATTTT	2	12	398250	398261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011729	CCATAT	2	12	401639	401650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_011729	CTTTCT	2	12	450262	450273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_011729	AAGGAA	2	12	476944	476955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011729	ACTAAT	2	12	482819	482830	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011729	AGTTGT	2	12	484302	484313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011729	CTATTA	2	12	503875	503886	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011729	CTCAAT	2	12	532636	532647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_011729	TAATTT	2	12	545909	545920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011729	GATTGA	2	12	548198	548209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011729	AATAAA	2	12	556238	556249	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011729	TAATCC	2	12	557849	557860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_011729	TTACCT	2	12	557898	557909	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011729	ATTTTA	2	12	572493	572504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011729	AGCTTC	2	12	573061	573072	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_011729	ATAAGT	2	12	573436	573447	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011729	CTGTTT	2	12	574948	574959	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011729	TATAAT	2	12	575088	575099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011729	ATAAAA	2	12	576118	576129	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011729	ATACTG	2	12	586917	586928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_011729	AGATAA	2	12	601041	601052	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011729	ATAACT	2	12	611927	611938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011729	AACTAT	2	12	633679	633690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_011729	ATTAAA	2	12	634527	634538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011729	ACTGAA	2	12	719434	719445	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011729	TAACTC	2	12	732875	732886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011729	ATAAAG	2	12	733327	733338	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011729	TCAGGG	2	12	738763	738774	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011729	TCAGGG	2	12	738856	738867	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_011729	TGAAGA	2	12	755387	755398	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011729	CAAATA	2	12	759152	759163	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011729	AATTTA	2	12	763261	763272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011729	AAAATG	2	12	769169	769180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011729	AAAATT	2	12	786855	786866	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011729	GATTAT	2	12	814304	814315	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011729	CTTTTA	2	12	814389	814400	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_011729	TGTAAA	2	12	820278	820289	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011729	TTATTC	2	12	873493	873504	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_011729	TGGCGG	2	12	873675	873686	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011729	TTGAAA	2	12	874923	874934	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011729	TCATTT	2	12	888296	888307	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_011729	TAAAAA	2	12	891672	891683	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011729	TGGTGT	2	12	898954	898965	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011729	AAGGGG	2	12	918198	918209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011729	TTTTAG	2	12	936219	936230	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011729	ACTAAG	2	12	969047	969058	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011729	AAAATC	2	12	1000819	1000830	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_011729	AACTTA	2	12	1003942	1003953	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011729	TCTATC	2	12	1010428	1010439	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_011729	TAAATT	2	12	1018487	1018498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011729	TTTCTA	2	12	1029355	1029366	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_011729	CTAACT	2	12	1034282	1034293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_011729	GGGAAA	2	12	1037929	1037940	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011729	ACTCAA	2	12	1046506	1046517	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011729	TTAATA	2	12	1047861	1047872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011729	CCCTCT	2	12	1124416	1124427	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_011729	TAAATA	2	12	1137466	1137477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011729	CCAAAG	2	12	1148010	1148021	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_011729	TTATTT	2	12	1158255	1158266	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011729	TCGTCA	2	12	1170591	1170602	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011729	AAGGGG	2	12	1196359	1196370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011729	TTGATT	2	12	1199435	1199446	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011729	TCTTAA	2	12	1200632	1200643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_011729	CTTTTT	2	12	1249231	1249242	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_011729	CTTTAT	2	12	1262100	1262111	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_011729	CCTCTC	2	12	1298840	1298851	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_011729	TTGTAG	2	12	1300158	1300169	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011729	TTAATT	2	12	1303378	1303389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011729	TTTTTC	2	12	1321272	1321283	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011729	CGCACC	2	12	1322965	1322976	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_011729	GATTAG	2	12	1323813	1323824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011729	TAAATT	2	12	1343532	1343543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011729	GATTAG	2	12	1362068	1362079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011729	CCCCAA	2	12	1393990	1394001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_011729	AAATAT	2	12	1400978	1400989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011729	ATTATG	2	12	1461842	1461853	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011729	ACGAAC	2	12	1466696	1466707	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_011729	TGTCAT	2	12	1484460	1484471	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011729	ATTTAT	2	12	1487298	1487309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011729	TTTAGT	2	12	1495977	1495988	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011729	ATCTTA	2	12	1528539	1528550	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011729	TAATTT	2	12	1545127	1545138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011729	CTGATA	2	12	1564642	1564653	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_011729	ATTTTT	2	12	1578915	1578926	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011729	TCCCTT	2	12	1640241	1640252	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_011729	TAAACA	2	12	1698367	1698378	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011729	CTAAAA	2	12	1709455	1709466	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_011729	TCAGAA	2	12	1719476	1719487	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011729	AGGGGA	2	12	1742660	1742671	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011729	AAAAAT	2	12	1751848	1751859	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011729	CTAATA	2	12	1760458	1760469	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_011729	TTAATT	2	12	1761045	1761056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011729	CCCCTT	2	12	1773652	1773663	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_011729	CTCTTC	2	12	1849390	1849401	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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254	NC_011729	AAGGGG	2	12	3721779	3721790	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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378	NC_011729	ACATTA	2	12	5387419	5387430	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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380	NC_011729	GGCCAA	2	12	5412269	5412280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
381	NC_011729	ATTAAA	2	12	5447984	5447995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
382	NC_011729	ATATAA	2	12	5453438	5453449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.