MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 8801 chromosome

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011726	GTTTAA	2	12	83710	83721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011726	ATCTTA	2	12	94143	94154	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_011726	TAAATC	2	12	106234	106245	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011726	GATCGC	2	12	142823	142834	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011726	GTAAAA	2	12	155391	155402	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011726	GAATAG	2	12	174242	174253	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011726	GTGAGG	2	12	234091	234102	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011726	TATCCC	2	12	260127	260138	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_011726	TCCCCC	2	12	262270	262281	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
10	NC_011726	TATGGA	2	12	304096	304107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011726	CAGCGA	2	12	314825	314836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011726	TACAGC	2	12	334804	334815	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011726	CTCCCC	2	12	351275	351286	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
14	NC_011726	TTAGAG	2	12	360969	360980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011726	GGGGAG	2	12	396380	396391	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011726	ACTTAG	2	12	398387	398398	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_011726	ATCTAT	2	12	446795	446806	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011726	CATTAT	2	12	469964	469975	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011726	ATTAAT	2	12	485064	485075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011726	ATTAAA	2	12	495215	495226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011726	CTTCCC	2	12	552022	552033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_011726	AAGCTA	2	12	577645	577656	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011726	AACCCC	2	12	580334	580345	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_011726	AAAGGA	2	12	607000	607011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011726	GTTAAA	2	12	698390	698401	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011726	CATACC	2	12	702984	702995	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_011726	AGATAA	2	12	706959	706970	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011726	TTAAAA	2	12	720376	720387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011726	TCCCCC	2	12	741637	741648	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
30	NC_011726	TTTGAC	2	12	764908	764919	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011726	AGGGTG	2	12	785212	785223	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011726	CGCCAA	2	12	788694	788705	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_011726	ATCAAA	2	12	803680	803691	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_011726	ATGATA	2	12	810361	810372	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011726	TCTTTG	2	12	815013	815024	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_011726	ATTTTA	2	12	826562	826573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011726	CAATAA	2	12	876866	876877	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_011726	GGAAAG	2	12	895290	895301	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011726	ATTCTT	2	12	902967	902978	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011726	TTAGGG	2	12	963399	963410	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011726	CAATGG	2	12	1009127	1009138	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011726	ATCAAA	2	12	1038101	1038112	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011726	TTGATG	2	12	1047215	1047226	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011726	GGGGGA	2	12	1055740	1055751	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011726	GTAACT	2	12	1079111	1079122	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011726	AGGGAG	2	12	1196227	1196238	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011726	CCCTTG	2	12	1196631	1196642	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_011726	ATTTTA	2	12	1212498	1212509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011726	ATTACT	2	12	1215494	1215505	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_011726	CATCTT	2	12	1217732	1217743	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_011726	TTAATA	2	12	1228102	1228113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011726	TCCCCC	2	12	1248523	1248534	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
53	NC_011726	TCAATA	2	12	1268436	1268447	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_011726	GCTTGA	2	12	1275504	1275515	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_011726	TGAGTG	2	12	1279996	1280007	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011726	TATTCA	2	12	1288278	1288289	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011726	GCAGAT	2	12	1290479	1290490	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011726	GAACAG	2	12	1291634	1291645	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_011726	CTCTCC	2	12	1298690	1298701	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_011726	ATGGGG	2	12	1335576	1335587	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011726	TGTTCG	2	12	1373495	1373506	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_011726	CTTTTT	2	12	1389598	1389609	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_011726	TCAATC	2	12	1421196	1421207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_011726	AGAGGG	2	12	1444661	1444672	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011726	GGGAGG	2	12	1490494	1490505	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011726	ATCATT	2	12	1517107	1517118	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011726	TCCATT	2	12	1526234	1526245	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_011726	ATTTTA	2	12	1572008	1572019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011726	CAATAA	2	12	1690558	1690569	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011726	ATGATA	2	12	1696784	1696795	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011726	AGGGGT	2	12	1720406	1720417	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011726	CAAACT	2	12	1743796	1743807	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_011726	TTTTTG	2	12	1758318	1758329	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011726	CCTTGC	2	12	1775511	1775522	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_011726	TTAATC	2	12	1779080	1779091	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011726	ATAATT	2	12	1818964	1818975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011726	GTCAGG	2	12	1865125	1865136	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011726	TTTTAC	2	12	1881219	1881230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011726	TTAACC	2	12	1889803	1889814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_011726	GACTTT	2	12	1905293	1905304	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011726	TTTTAA	2	12	1948069	1948080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011726	TCACCA	2	12	1959854	1959865	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_011726	TAACCA	2	12	1963111	1963122	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_011726	AATACT	2	12	1964154	1964165	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_011726	CTCGAT	2	12	1985419	1985430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011726	CCCCCT	2	12	1991322	1991333	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
87	NC_011726	TATAAA	2	12	2005275	2005286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011726	AATACG	2	12	2047583	2047594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_011726	TCATTT	2	12	2061410	2061421	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_011726	TTATCT	2	12	2075400	2075411	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_011726	TAGCTT	2	12	2094976	2094987	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011726	CTTCGT	2	12	2119187	2119198	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011726	AGATTT	2	12	2148521	2148532	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011726	ATTAAG	2	12	2199314	2199325	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011726	CTCATT	2	12	2218458	2218469	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011726	TAGATT	2	12	2218763	2218774	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011726	ACTCCC	2	12	2258680	2258691	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_011726	AATTAA	2	12	2272608	2272619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011726	GGAATG	2	12	2313646	2313657	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011726	GTTGTC	2	12	2339365	2339376	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_011726	TTATTT	2	12	2359153	2359164	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011726	TAGGAA	2	12	2363264	2363275	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011726	AGGGTA	2	12	2364608	2364619	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011726	GCATCA	2	12	2374377	2374388	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_011726	GATTTA	2	12	2380589	2380600	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011726	CAATGA	2	12	2401670	2401681	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011726	AGATAT	2	12	2433434	2433445	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011726	CTCCCT	2	12	2443690	2443701	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_011726	CTCAAG	2	12	2465852	2465863	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011726	ACAACC	2	12	2469857	2469868	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_011726	TTTAGG	2	12	2484127	2484138	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011726	AAGAAA	2	12	2511295	2511306	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011726	TTGACT	2	12	2539767	2539778	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011726	TTGTTA	2	12	2540420	2540431	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011726	TAATTA	2	12	2562195	2562206	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011726	TCTTAA	2	12	2565733	2565744	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011726	TAGATT	2	12	2636621	2636632	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011726	TACTCA	2	12	2657641	2657652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011726	TTCCTT	2	12	2672846	2672857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_011726	GATTAA	2	12	2698805	2698816	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011726	GCGTAG	2	12	2700957	2700968	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011726	TCTACC	2	12	2723426	2723437	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_011726	GATAGA	2	12	2765807	2765818	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011726	CAAAAG	2	12	2880368	2880379	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_011726	AAAAAG	2	12	2886937	2886948	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011726	TAATCT	2	12	2917520	2917531	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.