MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes HCC23 chromosome

Total Repeats: 1237

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011660	TAAAAA	2	12	2670	2681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963305
2	NC_011660	GGTGCC	2	12	2795	2806	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	217963306
3	NC_011660	ACTTAG	2	12	3101	3112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963306
4	NC_011660	AATGCA	2	12	12804	12815	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963315
5	NC_011660	AACGAC	2	12	13919	13930	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963315
6	NC_011660	CAAATA	2	12	17364	17375	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	217963316
7	NC_011660	CATCGC	2	12	18517	18528	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	217963318
8	NC_011660	TGATTA	2	12	23002	23013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963324
9	NC_011660	ATGAAA	2	12	26589	26600	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011660	TTCCGC	2	12	29694	29705	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	217963333
11	NC_011660	CAAACA	2	12	32744	32755	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	217963336
12	NC_011660	GATGAA	2	12	32792	32803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963336
13	NC_011660	AGACCT	2	12	33578	33589	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963337
14	NC_011660	ACAAAA	2	12	34130	34141	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	217963337
15	NC_011660	GAAATC	2	12	34341	34352	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963337
16	NC_011660	GCCAAA	2	12	37277	37288	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963340
17	NC_011660	TTTTAA	2	12	37819	37830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217963340
18	NC_011660	TCAACA	2	12	38307	38318	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	217963341
19	NC_011660	GCAGAA	2	12	38351	38362	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963341
20	NC_011660	AAATGC	2	12	47845	47856	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963349
21	NC_011660	AGTTTT	2	12	57331	57342	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	217963359
22	NC_011660	TGGGAT	2	12	58288	58299	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011660	CCGGCT	2	12	64412	64423	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	217963368
24	NC_011660	GATATT	2	12	65168	65179	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963369
25	NC_011660	TAAATT	2	12	65786	65797	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011660	GCAAAA	2	12	68674	68685	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963373
27	NC_011660	TAACTG	2	12	70314	70325	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963375
28	NC_011660	CGAAAA	2	12	73619	73630	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963379
29	NC_011660	TGAATT	2	12	84109	84120	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963389
30	NC_011660	AACATT	2	12	86316	86327	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	217963391
31	NC_011660	CAGTAA	2	12	87017	87028	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963392
32	NC_011660	AGAAAT	2	12	87522	87533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963392
33	NC_011660	AAATAA	2	12	87835	87846	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011660	TTCTAA	2	12	88227	88238	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963393
35	NC_011660	CTTCTA	2	12	88634	88645	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963393
36	NC_011660	GGTTAT	2	12	90291	90302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	217963394
37	NC_011660	TCCATC	2	12	92612	92623	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	217963396
38	NC_011660	TGGACT	2	12	95800	95811	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963398
39	NC_011660	CCATTT	2	12	100146	100157	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963403
40	NC_011660	TCAGGT	2	12	105620	105631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963410
41	NC_011660	AAAAAT	2	12	107261	107272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963410
42	NC_011660	CCATTC	2	12	109020	109031	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	217963411
43	NC_011660	GAAGCA	2	12	109812	109823	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963411
44	NC_011660	TGGAAA	2	12	119520	119531	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963422
45	NC_011660	TGGCTG	2	12	126009	126020	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	217963428
46	NC_011660	GATTTC	2	12	127279	127290	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963429
47	NC_011660	GGAAAA	2	12	133969	133980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	217963436
48	NC_011660	TTGGTT	2	12	134687	134698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	217963436
49	NC_011660	GGTATA	2	12	134964	134975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011660	AAAAGA	2	12	136331	136342	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963437
51	NC_011660	GAAGTA	2	12	138037	138048	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963439
52	NC_011660	GTTCCA	2	12	138571	138582	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	217963439
53	NC_011660	GATTTA	2	12	139035	139046	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963440
54	NC_011660	ACTTTC	2	12	139692	139703	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963440
55	NC_011660	GTTCCA	2	12	142396	142407	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	217963442
56	NC_011660	TAAAGG	2	12	143252	143263	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963443
57	NC_011660	AACAAA	2	12	147379	147390	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	217963449
58	NC_011660	GAAATA	2	12	147456	147467	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963449
59	NC_011660	AAAAAG	2	12	149682	149693	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963449
60	NC_011660	ATTTTA	2	12	151237	151248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011660	ACAGCA	2	12	152085	152096	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963452
62	NC_011660	ATCAAG	2	12	152494	152505	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963452
63	NC_011660	ATTTTG	2	12	153379	153390	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	217963452
64	NC_011660	TACTGG	2	12	154550	154561	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963452
65	NC_011660	TTCTAC	2	12	157444	157455	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	217963454
66	NC_011660	AATCAA	2	12	157691	157702	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	217963454
67	NC_011660	AATAAA	2	12	163927	163938	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963458
68	NC_011660	GTGATG	2	12	166548	166559	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	217963463
69	NC_011660	TAGAAA	2	12	173984	173995	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963472
70	NC_011660	AAAGCA	2	12	176598	176609	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963474
71	NC_011660	AACGCA	2	12	182146	182157	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	217963481
72	NC_011660	TTTGTG	2	12	184026	184037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	217963484
73	NC_011660	TTTATA	2	12	188548	188559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217963487
74	NC_011660	TTCGAT	2	12	188821	188832	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963488
75	NC_011660	AATGCC	2	12	189266	189277	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963489
76	NC_011660	ACGATT	2	12	194465	194476	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963493
77	NC_011660	CGATTT	2	12	196353	196364	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963497
78	NC_011660	GAAGAT	2	12	196808	196819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963497
79	NC_011660	GCCATC	2	12	199390	199401	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	217963500
80	NC_011660	TGGTGT	2	12	205462	205473	0 %	50 %	50 %	0 %	217963505
81	NC_011660	TGGTCG	2	12	205648	205659	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	217963505
82	NC_011660	GTTCTT	2	12	210297	210308	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	217963511
83	NC_011660	CAATTG	2	12	214913	214924	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	217963517
84	NC_011660	AAAGTA	2	12	220131	220142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963520
85	NC_011660	CAAATA	2	12	220279	220290	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	217963520
86	NC_011660	TTTAAA	2	12	221881	221892	50 %	50 %	0 %	0 %	217963522
87	NC_011660	ATTCAA	2	12	229686	229697	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011660	AAGGAA	2	12	231258	231269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011660	TAGGCG	2	12	233163	233174	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_011660	TTCTGT	2	12	237380	237391	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	217963531
91	NC_011660	GAATTT	2	12	238400	238411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963533
92	NC_011660	TGTAGA	2	12	240513	240524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	217963535
93	NC_011660	CAAAAC	2	12	243275	243286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	217963537
94	NC_011660	TGTAGA	2	12	248827	248838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	217963542
95	NC_011660	GAAAAT	2	12	249771	249782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963543
96	NC_011660	CGATTG	2	12	250873	250884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963544
97	NC_011660	TCTTTT	2	12	256996	257007	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	217963550
98	NC_011660	AGTATT	2	12	257938	257949	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011660	CATTAA	2	12	259219	259230	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	217963553
100	NC_011660	TAAATT	2	12	259400	259411	50 %	50 %	0 %	0 %	217963553
101	NC_011660	TTTATA	2	12	263624	263635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217963559
102	NC_011660	AAATGG	2	12	276401	276412	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963571
103	NC_011660	TGAAAA	2	12	277339	277350	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963571
104	NC_011660	AAAAGA	2	12	281285	281296	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963572
105	NC_011660	AGCGAA	2	12	281321	281332	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963572
106	NC_011660	AAGTTT	2	12	284592	284603	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963576
107	NC_011660	TTTGAT	2	12	291237	291248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	217963585
108	NC_011660	TTTATC	2	12	294861	294872	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	217963588
109	NC_011660	TAAGTT	2	12	295985	295996	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963589
110	NC_011660	AAAAGG	2	12	301824	301835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	217963597
111	NC_011660	GATAGA	2	12	306094	306105	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963601
112	NC_011660	AAAGCG	2	12	306209	306220	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963601
113	NC_011660	CATTTG	2	12	310337	310348	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963604
114	NC_011660	ATAAAA	2	12	318926	318937	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	217963612
115	NC_011660	AGCGAT	2	12	319228	319239	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963613
116	NC_011660	GCAAAA	2	12	321825	321836	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217963615
117	NC_011660	AAAAGA	2	12	324540	324551	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	217963617
118	NC_011660	TAAAAT	2	12	324587	324598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	217963617
119	NC_011660	TTGTTT	2	12	324803	324814	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	217963617
120	NC_011660	AGGAAG	2	12	330614	330625	50 %	0 %	50 %	0 %	217963623
121	NC_011660	TATTCA	2	12	332060	332071	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963625
122	NC_011660	TGCGAA	2	12	335548	335559	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963629
123	NC_011660	ACAGAG	2	12	341697	341708	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011660	GATGCA	2	12	344667	344678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963637
125	NC_011660	ATCCAG	2	12	344758	344769	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963637
126	NC_011660	GCTCCA	2	12	344934	344945	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	217963637
127	NC_011660	GTCCAA	2	12	346413	346424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	217963640
128	NC_011660	ATTCAT	2	12	347286	347297	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217963640
129	NC_011660	CAATTT	2	12	348542	348553	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_011660	GATAAA	2	12	349429	349440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963642
131	NC_011660	TTCGTA	2	12	351687	351698	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963644
132	NC_011660	TCTGGT	2	12	352756	352767	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	217963645
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137	NC_011660	TTACTA	2	12	356441	356452	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_011660	TATATG	2	12	357812	357823	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963650
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140	NC_011660	TGTCGA	2	12	363543	363554	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217963656
141	NC_011660	AATTCA	2	12	366311	366322	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	217963659
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143	NC_011660	TGACAA	2	12	371630	371641	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	217963661
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220	NC_011660	GTTTGG	2	12	543173	543184	0 %	50 %	50 %	0 %	217963830
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230	NC_011660	ATTATG	2	12	565057	565068	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963845
231	NC_011660	CTTGCA	2	12	572112	572123	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	217963852
232	NC_011660	ATGAAG	2	12	572884	572895	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217963852
233	NC_011660	GATAAA	2	12	573040	573051	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	217963853
234	NC_011660	GTTCTA	2	12	573854	573865	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	217963854
235	NC_011660	AGCAGA	2	12	575161	575172	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217963855
236	NC_011660	CAATGG	2	12	579407	579418	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217963860
237	NC_011660	TCGGTT	2	12	587905	587916	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	217963867
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242	NC_011660	ATTAAT	2	12	593211	593222	50 %	50 %	0 %	0 %	217963872
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248	NC_011660	TGTAAT	2	12	613350	613361	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	217963894
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317	NC_011660	GCTGAC	3	18	773006	773023	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
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320	NC_011660	GATGCG	3	18	773195	773212	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
321	NC_011660	GATGCG	2	12	773249	773260	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
322	NC_011660	GCTGAC	3	18	773282	773299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
323	NC_011660	GATGCG	3	18	773315	773332	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
324	NC_011660	GATGCT	3	18	773357	773374	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
325	NC_011660	GCCGAT	3	18	773384	773401	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
326	NC_011660	GATGCT	2	12	773411	773422	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
327	NC_011660	GCTGAT	2	12	773450	773461	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
328	NC_011660	GATGCT	3	18	773471	773488	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
329	NC_011660	GATGCT	2	12	773513	773524	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
330	NC_011660	GATGCT	2	12	773537	773548	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
331	NC_011660	GATGCG	2	12	773591	773602	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
332	NC_011660	GATGCG	2	12	773615	773626	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
333	NC_011660	GATGCG	2	12	773693	773704	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
334	NC_011660	GATGCG	5	30	773711	773740	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
335	NC_011660	GACGCC	3	18	773759	773776	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	217964049
336	NC_011660	GATGCT	2	12	773783	773794	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	217964049
337	NC_011660	GATGCG	2	12	773861	773872	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
338	NC_011660	GATGCG	2	12	773933	773944	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
339	NC_011660	GATGCG	2	12	774011	774022	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
340	NC_011660	GCCGAT	2	12	774062	774073	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
341	NC_011660	GATGCG	2	12	774089	774100	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
342	NC_011660	GATGCG	3	18	774107	774124	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	217964049
343	NC_011660	GATGCC	2	12	774509	774520	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
344	NC_011660	GATGCC	2	12	774539	774550	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
345	NC_011660	GACGCT	2	12	774593	774604	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	217964049
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347	NC_011660	TAATTT	2	12	780741	780752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217964058
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464	NC_011660	GTGTTT	2	12	1091282	1091293	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	217964337
465	NC_011660	GACAAA	2	12	1103599	1103610	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	217964347
466	NC_011660	GACGAA	2	12	1109256	1109267	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	217964352
467	NC_011660	AATTTT	2	12	1112279	1112290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217964357
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471	NC_011660	TTTCTG	2	12	1123453	1123464	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	217964372
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476	NC_011660	TGGTAT	2	12	1127531	1127542	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	217964375
477	NC_011660	TTAAAT	2	12	1129176	1129187	50 %	50 %	0 %	0 %	217964376
478	NC_011660	GCAGTA	2	12	1133584	1133595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	217964381
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480	NC_011660	TGGCTT	2	12	1135423	1135434	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
481	NC_011660	GGCGGA	2	12	1135781	1135792	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	217964382
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489	NC_011660	GAAGTA	2	12	1158910	1158921	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	217964405
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491	NC_011660	ATTACT	2	12	1161803	1161814	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	217964409
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499	NC_011660	TTAATT	2	12	1191242	1191253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	217964435
500	NC_011660	TTTATT	2	12	1191843	1191854	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	217964436

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