MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes HCC23 chromosome

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011660	ATGAAA	2	12	26589	26600	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011660	TGGGAT	2	12	58288	58299	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011660	TAAATT	2	12	65786	65797	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011660	AAATAA	2	12	87835	87846	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011660	GGTATA	2	12	134964	134975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011660	ATTTTA	2	12	151237	151248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011660	ATTCAA	2	12	229686	229697	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011660	AAGGAA	2	12	231258	231269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011660	TAGGCG	2	12	233163	233174	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_011660	AGTATT	2	12	257938	257949	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011660	ACAGAG	2	12	341697	341708	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_011660	CAATTT	2	12	348542	348553	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_011660	AAAATT	2	12	354718	354729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011660	TTACTA	2	12	356441	356452	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_011660	AATATA	2	12	410918	410929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011660	GCAGGA	2	12	425678	425689	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_011660	CATAAT	2	12	425925	425936	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011660	AAATAA	2	12	470573	470584	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011660	AGTGAA	2	12	492586	492597	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011660	AACTTC	2	12	520607	520618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_011660	TGATAT	2	12	609422	609433	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011660	CTTTTT	2	12	630432	630443	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011660	TTTTTG	2	12	634295	634306	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011660	GAAAAC	2	12	652019	652030	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_011660	AAAATG	2	12	679183	679194	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011660	ATAGAG	2	12	680382	680393	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011660	ATTCAA	2	12	791609	791620	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011660	AAGGAA	2	12	793180	793191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011660	TAGGCG	2	12	794833	794844	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_011660	TAGAAG	2	12	878385	878396	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011660	CAACAT	2	12	880575	880586	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011660	ATTCAA	2	12	896644	896655	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_011660	AAGGAA	2	12	898215	898226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011660	TAGGCG	2	12	899868	899879	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_011660	TTTTTA	2	12	952591	952602	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011660	AAAGCG	2	12	956856	956867	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_011660	TATTTT	2	12	980073	980084	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011660	GTTTAC	2	12	993021	993032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_011660	CTTATT	2	12	994171	994182	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011660	ACAACC	2	12	995727	995738	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_011660	TAATTA	2	12	1015240	1015251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011660	TATTTT	2	12	1036096	1036107	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011660	GAAGAG	2	12	1051561	1051572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011660	GAAATA	2	12	1067397	1067408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011660	TGGCTT	2	12	1135423	1135434	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011660	TTAAAA	2	12	1203853	1203864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011660	TTGTAC	2	12	1231089	1231100	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011660	TAAAAA	2	12	1259466	1259477	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011660	AATTGT	2	12	1328962	1328973	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011660	AATTGT	2	12	1331108	1331119	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011660	ATTAAT	2	12	1351657	1351668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011660	TCACCT	2	12	1356829	1356840	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_011660	ATAAAA	2	12	1386296	1386307	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011660	ATAAAC	2	12	1387000	1387011	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_011660	TAAATA	2	12	1415022	1415033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011660	AAAAAG	2	12	1493261	1493272	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011660	ACTAAA	2	12	1532599	1532610	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011660	ATTTTT	2	12	1541535	1541546	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011660	AAAAAT	2	12	1558784	1558795	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011660	TAAACC	2	12	1589078	1589089	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_011660	TCTTCC	2	12	1617538	1617549	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_011660	AGTCAA	2	12	1627717	1627728	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_011660	AAAAGT	2	12	1659910	1659921	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011660	TTCGTT	2	12	1715641	1715652	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_011660	CTATAT	2	12	1748878	1748889	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_011660	TTAAAT	2	12	1752036	1752047	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011660	TTTCAT	2	12	1754779	1754790	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011660	GATTAC	2	12	1763402	1763413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011660	CTATTT	2	12	1770205	1770216	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011660	CTTTTA	2	12	1789489	1789500	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_011660	CCTTTT	2	12	1859220	1859231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011660	TCTAAT	2	12	1891328	1891339	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011660	CCTATA	2	12	1919234	1919245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011660	ATAAAA	2	12	1934287	1934298	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011660	TTATTC	2	12	1944262	1944273	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011660	AATGAT	2	12	1969199	1969210	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011660	ATCCTT	2	12	2031031	2031042	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_011660	ACATTT	2	12	2085810	2085821	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011660	AGATAA	2	12	2095151	2095162	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011660	TCCTTA	2	12	2095270	2095281	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_011660	ACATTT	2	12	2095812	2095823	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011660	ATTTAT	2	12	2111972	2111983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011660	TATTTT	2	12	2180696	2180707	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011660	GCCGCT	2	12	2206429	2206440	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_011660	AGGGAG	2	12	2206696	2206707	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011660	TTGTTT	2	12	2228000	2228011	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011660	AAACTA	2	12	2246273	2246284	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011660	TAAATT	2	12	2267431	2267442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011660	TCTATG	2	12	2284310	2284321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_011660	TTTTAA	2	12	2292862	2292873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011660	TCATTT	2	12	2324363	2324374	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011660	TAAAGT	2	12	2342550	2342561	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011660	ATAAAA	2	12	2343821	2343832	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011660	ATATAA	2	12	2371625	2371636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011660	CGCCTA	2	12	2388228	2388239	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011660	TTTCCT	2	12	2389882	2389893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_011660	TTGAAT	2	12	2391454	2391465	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011660	CTTTTT	2	12	2391637	2391648	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_011660	CGCCTA	2	12	2394250	2394261	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_011660	TTTCCT	2	12	2395904	2395915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_011660	TTGAAT	2	12	2397476	2397487	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011660	CTTTTT	2	12	2397659	2397670	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011660	GTTTTC	2	12	2408361	2408372	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_011660	GAAAAA	2	12	2438169	2438180	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011660	TTTTTA	2	12	2461557	2461568	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011660	AACCTG	2	12	2489001	2489012	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_011660	GCAGAC	2	12	2564165	2564176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011660	ACAGCC	2	12	2582815	2582826	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011660	ATTTTT	2	12	2609082	2609093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011660	TAAGAG	2	12	2707435	2707446	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011660	ATACTT	2	12	2714527	2714538	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011660	TTTTTA	2	12	2715402	2715413	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011660	TCATTT	2	12	2715472	2715483	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011660	ATTGAT	2	12	2715485	2715496	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011660	GTTTTT	2	12	2827296	2827307	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011660	GAAAGG	2	12	2837069	2837080	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011660	TTAGAT	2	12	2864305	2864316	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011660	AAGAGG	2	12	2885779	2885790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011660	AAACCG	2	12	2900963	2900974	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_011660	AAGACG	2	12	2941793	2941804	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011660	ATTCAA	2	12	2970928	2970939	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011660	AAGGAA	2	12	2972500	2972511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011660	TAGGCG	2	12	2974406	2974417	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.